Маълумот

Нармафзори таҳрири дарахти филогенетикии ба корбар дӯстона

Нармафзори таҳрири дарахти филогенетикии ба корбар дӯстона


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Замина: Ман дарахти филогенетикии Hackett 2009 (аз birdtree.org) дорам ва ман бояд онро мувофиқи Prum 2015 аз нав тартиб диҳам. Ман инчунин танҳо бо баъзе намудҳои марбут ба лоиҳаи худ кор мекунам, на тамоми дарахт.


Ман дар айни замон Mesquite-ро истифода мебарам ва он покии мутлақ аст. Иҷрои ҳама гуна фармоиш дар Mesquite вақти девонаворро мегирад. Ман инчунин мехоҳам ба ҳар як намуд маълумоти олии таксон илова кунам (ба монанди фармоиш), то ба самти ман дар додаҳо кумак кунад. Ман мефаҳмам, ки баъзе камбудиҳои Mesquite шояд камбудиҳои формати Nexus бошанд. Азбаски ба ман лозим нест, ки маълумотро таҳлил кунам, ман метавонам дар формати беҳтаре кор кунам, ба мисли PhyloXML, то он даме, ки дар ниҳоят ба формати Nexus содир кардан мумкин аст.

Оё ягон роҳи ин кор вуҷуд дорад? Баъзе нармафзорҳо бо муҳаррири беҳтари визуалӣ (ва умуман UX беҳтар) ё усули дигари ин корро ба таври муассир? Ба ман бовар кардан душвор аст, ки маълумоти нисбатан калон бо чунин тарзи ночиз коркард карда мешаванд.


Бале, ман фикр мекунам, ки шумо бояд дар бораи истифодаи MultiSeq, ки маҷмӯи Visual Molecular Dynamics (VMD) аст, фикр кунед. Шумо метавонед динамикаи визуалии молекулавиро барои сохтани дарахтони филогенетикӣ дар асоси пайдарпаӣ/сохторӣ/дигар воситаҳои оморӣ истифода баред.

Агар шумо хоҳед, ки онро тафтиш кунед ва бубинед, ки ин барои шумо кор мекунад, пас динамикаи молекулавии визуалиро насб кунед: http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD

ва ин омӯзишҳоро дар зери Биоинформатика аз дистрибюторҳо санҷед:

Http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/

Эзоҳ: VMD дар системаҳои оператсионии 64-битии Windows чандон хуб кор намекунад, агар он чизест, ки шумо истифода мебаред. Барои он ки он хуб кор кунад, ман тавсия медиҳам, ки virtualbox-ро аз Oracle насб кунед ва системаи оператсионии ройгони Linux-и озоди худро ба virtualbox ё ба мошини linux меҳмони худ дар мошини мизбони худ насб кунед.

Ман тавсия медиҳам, ки Linux OS-и меҳмони худро дар виртуалӣ бо 1/2 RAM аз компютери физикии мизбонатон ҷудо кунед ва ба монанди 100 ГБ ҷой барои вақте ки шумо мефаҳмед, ки шумо LINUX-ро ин қадар дӯст медоред ва дар он маълумоти зиёде доред.

Барои пурра экрани OS меҳмони Linux, шумо бояд иловаҳои меҳмононро насб кунед.

Linux OS дӯстдоштаи ман Kali Linux аст.

Барои насб кардани иловаҳои меҳмон дар Kali Linux ва аксари меҳмонони Linux дар VirtualBox, шумо бояд ин корро кунед:

Аммо вақте ки ман фаҳмидам, шумо бояд Kali Linux -ро ба Kali Linux Rolling такмил диҳед, то Kali Linux -ро ба экрани пурра гиред. Чӣ тавр шумо инро тавассути ин иҷро мекунед:

Ва шумо эҳтимол набояд кори худро ҳамчун корбари "root" корбари пешфарз анҷом диҳед. Шумо қудрати аз ҳад зиёд доред, то барои баланд бардоштани амният дар Kali-Linux корбари нав эҷод кунед:

Агар шумо аллакай линуксро истифода баред, пас ҳангоми ба кор даровардани VMD ягон мушкилот нахоҳед дошт. Аммо дар омади гап, шумо бояд VMD-ро аз терминали фармон дар Linux насб кунед ва шумо ин корро мекунед.

Дастурҳо дар бораи он ки ин бача ин корро мекунад (ва мутаассифона ӯ забони англисиро намедонад) дар файли README ҳангоми зеркашии VMD мавҷуд аст.

Бубахшед, аз афташ, ман обрӯи кофӣ надорам, ки ҳамаи истинодҳоро ба шумо иқтибос кунам. Узр мехоҳам, ки ман маҷбур будам онҳоро нест кунам.


Ман бо Archaeopteryx таҷрибаи хуб доштам. Ин як бастаи java аст, бинобарин иҷро кардан осон аст, аммо ман BioLinux -ро тавсия медиҳам, агар шумо нахоҳед, ки вақти зиёдро барои насб кардан сарф кунед ва рост ба биология равед. Шумо метавонед онро ҳамчун мошини виртуалӣ иҷро кунед ё онро паҳлӯ ба паҳлӯ насб кунед. Он каме кӯҳна шуда истодааст, аммо ҳама чиз танҳо аз қуттӣ кор мекунад ва маҷмӯи васеи асбобҳои таҳриркунии дарахт насб карда шудааст. Танҳо рӯйхати бастаҳоро аз назар гузаронед.


PhySpeTree: лӯлаи автоматӣ барои азнавсозии дарахтони намудҳои филогенетикӣ

Дарахтони навъҳои филогенетикӣ барои муайян кардани муносибатҳои эволютсионӣ васеъ истифода мешаванд. Нармафзор ва алгоритмҳои мавҷуда асосан ба хулосаи филогенетикӣ тамаркуз мекунанд. Аммо, ба қадамҳои фосилавӣ, ба монанди коркарди пайдарпаии ниҳоят калон ва омода кардани файлҳои конфигуратсия барои пайваст кардани нармафзори сершумор, камтар таваҷҷӯҳ зоҳир карда шуд. Вақте ки шумораи намудҳо зиёд аст, қадамҳои фосилавӣ ба як мушкилие мубаддал мешаванд, ки метавонад ба самаранокии сохтмони дарахтон таъсири ҷиддӣ расонад.

Натиҷаҳо

Дар ин ҷо, мо як лӯлаи ба осонӣ истифодашавандаро бо номи PhySpeTree пешниҳод мекунем, то азнавсозии дарахтони намудҳо дар байни организмҳои бактериявӣ, архаалӣ ва эукариотӣ мусоидат намояд. Ба корбарон лозим аст, ки ихтисороти номҳои намудҳоро ворид кунанд PhySpeTree файлҳои мураккаби конфигуратсияро барои нармафзори гуногун омода мекунад, сипас ба таври худкор маълумоти геномиро зеркашӣ мекунад, пайдарпайҳоро тоза мекунад ва дарахтон месозад. PhySpeTree ба корбарон имкон медиҳад, ки тавассути танзими имконоти пешрафта қадамҳои муҳимеро ба мисли ҳамоҳангсозии пайдарпайӣ ва сохтани дарахтон иҷро кунанд. PhySpeTree ду лӯлаи параллелро дар асоси сафедаҳои хеле ҳифзшуда ва пайдарпаии хурди зербахши РНК рибосомӣ таъмин мекунад. Модулҳои лавозимот, аз қабили модулҳо барои ворид кардани намудҳои нав, тавлиди конфигуратсияҳои визуалӣ ва якҷоя кардани дарахтҳо, дар якҷоягӣ бо PhySpeTree тақсим карда мешаванд.

Хулоса

Дар якҷоягӣ бо модулҳои иловагӣ, PhySpeTree азнавсозии дарахтонро ба таври назаррас содда мекунад. PhySpeTree дар Python амалӣ карда мешавад, ки дар системаҳои оператсионии муосир (Linux, macOS ва Windows) кор мекунад. Рамзи сарчашма бо ҳуҷҷатҳои муфассал дастрас аст (https://github.com/yangfangs/physpetools).


Маврик 0.8.3

:: ТАВСИФ

Маврик модули питон барои коркарди ва визуализатсияи дарахтони филогенетикӣ мебошад. Он инчунин як ихтисораи рекурсивии Маврик Кладограммҳои Рикро тасвир мекунад :) Ҳадафи он як воситаи корбар барои коркарди дарахтони филогенетикӣ дар системаҳои ба монанди *NIX, махсусан Linux мебошад. Ҳамин тариқ, он дигар барномаҳои филогениро, ба монанди барномаҳои бастаи PHYLIP, пурра мекунад, ки барои ҳама ҷиҳатҳои қавӣ дар айни замон интерфейси хуби графикӣ надоранд.

:: СКЕНАРҲО

:: ТАЛАБОТ

:: МАFORMЛУМОТИ БЕШТАР


Роҳнамои биолог ба таҳлили филогенетикии Байесӣ

Усулҳои Байесӣ дар филогенетикаи молекулавӣ аз сабаби мавҷудияти нармафзори барои истифодабаранда дӯстона барои иҷро кардани моделҳои мураккаби эволютсия хеле маъмул гаштанд. Аммо, моделҳои филогенетикии Байесӣ мураккабанд ва таҳлилҳо аксар вақт бо истифода аз танзимоти пешфарз гузаронида мешаванд, ки шояд мувофиқат накунад. Дар ин ҷо мо хусусиятҳои асосии хулосаи филогенетикии Байесиро ҷамъбаст мекунем ва ҳисобкунии Байесиро бо истифода аз намунаи Марков занҷири Монте Карло (MCMC), ташхиси давиши MCMC ва роҳҳои ҷамъбасти намунаи MCMC муҳокима мекунем. Мо мушаххасоти пешакӣ, интихоби модели ивазкунӣ ва тақсимоти маълумотро муҳокима мекунем. Дар ниҳоят, мо рӯйхати бастаҳои нармафзори филогенетикии Байесиро пешниҳод мекунем ва барномаҳои мувофиқро тавсия медиҳем.

Усулҳои филогенетикии байесӣ дар солҳои 1990 -ум ҷорӣ карда шуданд ва аз он вақт инҷониб дар таҳлили маълумоти пайдарпаии геномӣ 3 тағирот ба амал оварданд. Намунаҳои чунин таҳлилҳо таҳлили филогеографии паҳншавии вирус дар одамон 4,5,6,7, хулосаи таърихи филогеографӣ ва муҳоҷират дар байни намудҳои 8,9,10, таҳлили сатҳи диверсификатсияи намудҳо 11,12, тахминии вақти фарқият 13,14, 15 ва хулосаи муносибатҳои филогенетикӣ байни намудҳо ё популятсияҳо 13,16,17,18,19,20. Чунин ба назар мерасад, ки маъруфияти усулҳои Байесӣ аз ду омил вобаста аст: (1) таҳияи моделҳои пуриқтидори таҳлили додаҳо ва (2) мавҷудияти барномаҳои компютерии барои истифодабарандагон қулай барои татбиқи моделҳо (Ҷадвали 1).


Таҳлили пайдарпайии тавсифӣ

Пешгӯӣ ва ҳисобкунии сохтори дуввуми РНК ва сафедаҳо ва ҳисобкунии энергияи ҳадди аққали болдор

DAMBE барои пешгӯии сохтори дуюмдараҷаи пайдарпаии РНК ва ҳисоб кардани энергияи ҳадди ақали қабати онҳо (MFE) китобхонаи сохтори дуввуми RNA-и Венаро истифода мебарад (Hofacker 2003). Он дорои намоиши графикии сохторҳои дуюмдараҷа мебошад (расми иловагӣ. S2, Маводи иловагӣ дар интернет). Якчанд таҳқиқот MFE-ро аз DAMBE барои омӯзиши муносибати байни N-терминали mRNA ва тарҷумаи сафедаҳо истифода кардаанд (масалан, Xia ва Holcik 2009 Zid et al. 2009 Xia et al. 2011). DAMBE модели пинҳонии Марковро барои пешгӯии сохтори дуввуми сафедаҳо дар асоси пайдарпайии омӯзиш бо сохтори протеинии таҷрибавии муайяншуда истифода мебарад (Xia 2007b, саҳ. 109–132).

Индексҳои беҳтаршудаи истифодаи кодон

Хатои истифодаи кодон таъсири муштараки ғарази мутация ва интихоби миёнаравии tRNA-ро инъикос мекунад (Ikemura 1981 Xia 1996, 1998a, 2005, 2008, 2012c Xia et al. 1996, 2007 Carullo and Xia 2008 Palidwor et al. 2010 Ran and Higgs 2012). DAMBE версияҳои такмилёфтаи нишондиҳандаҳои васеъ истифодашавандаи ғарази истифодаи кодонҳоро, аз ҷумла индекси мутобиқшавии кодон ба ген (Sharp ва Li 1987 Xia 2007c) ва шумораи самараноки кодонҳоро (Н.в, Wright 1990 Sun et al. 2012), инчунин истифодаи кодонҳои мушаххаси синоними кодон (RSCU). Ин нишондиҳандаҳои ғаразноки кодон ба кашфи ҳавзи тағирёфтаи тРНК барои тарҷумаи генҳои дер ВИЧ-1 (ван Верингҳ ва дигарон 2011), таъсири рисолаҳои поли (А) дар минтақаи хамиртуруши 5'-тарҷумашуда (5′-UTRs) мусоидат карданд. ) (Xia et al. 2011) ва фаҳмиши функсияи +4G дар консенсуси Козак дар mRNAs ширхӯрон (Xia 2007a).

Қитъаҳои каҷшавии нуклеотид

Ду риштаи ДНК аксар вақт ба мутатсияҳои гуногун дучор мешаванд, ки тавассути механизмҳои гуногуни репликатсияи ДНК ва ғарази пайдарпаии рамзгузорӣ миёнаравӣ мекунанд. Қитъаҳои каҷшавии нуклеотидҳо метавонанд аксар вақт дар бораи мутатсия ва интихоб, ки дар ҷараёни эволютсия амал мекунанд, маслиҳат диҳанд (Lobry 1996 Marin and Xia 2008 Xia 2012a, 2012c). Як мушкили асосӣ дар қитъаҳои каҷи нуклеотидҳои анъанавӣ интихоби андозаи тирезаҳои лағжанда мебошад (расми 2). Андозаи тирезаи хеле хурд садои аз ҳад зиёд ва намунаҳои ҷолибро дар бар мегирад ва андозаи аз ҳад зиёди тиреза аксар вақт дақиқ муайян намекунад, ки тағироти ногаҳонии таркиби нуклеотидҳо (ки маъмулан бо пайдоиш ва қатъи такрори ДНК алоқаманд аст) . DAMBE андозаи оптималии равзанаро ҳамчун он муайян мекунад, ки майдони бо хатти каҷ ва хати уфуқӣ, ки бо каҷшавии глобалӣ муайян карда шудааст, ба ҳадди аксар мерасонад (расми 2). Далели эмпирикии чунин таъриф дар он аст, ки маконе, ки хатти каҷ қутбиятро тағйир медиҳад, ҳамеша ба пайдоиш ва қатъи репликатсияи ДНК дар геномҳои бактериявӣ хеле наздик аст. Истифодабарандагон метавонанд андозаи равзана ва андозаи қадами худро муайян кунанд.

Қитъаҳои каҷ аз Bacillus subtilis геном дар се андозаи гуногуни тиреза, бо каҷи каҷ бо сурх ранги дорои андозаи оптималии тиреза. Хати уфуқӣ каҷшавии глобалии GC мебошад, ки аз тамоми геном ҳисоб карда мешавад.

Қитъаҳои каҷ аз Bacillus subtilis геном дар се андозаи гуногуни тиреза, бо каҷи каҷ бо сурх ранги дорои андозаи оптималии тиреза. Хати уфуқӣ каҷии ҷаҳонии GC мебошад, ки аз тамоми геном ҳисоб карда шудааст.

Профили нуқтаи изоэлектрии сафеда

Нуқтаи изоэлектрикии сафедаҳо (pI) барои фаҳмидани таъсири мутақобилаи байни сафедаҳо ва дигар ҷузъҳои ҳуҷайра муҳим аст, зеро бисёре аз ин гуна таъсирҳо тавассути таъсири мутақобилаи электростатикӣ ба амал меоянд, масалан, ферментҳои зарядноки мусбат ба субстратҳои зарядноки манфии он ҷалб карда мешаванд. DAMBE протеини назариявии pI-ро бо алгоритми итеративӣ ҳисоб мекунад (Xia 2007b, саҳ. 207–219). Маълумоти эмпирикӣ дар асоси протеини pI аз патогени ба кислота тобовар меъда, Helicobacter pylori, барои санҷидани се гипотезаи асосии эволютсионӣ истифода шудаанд: гипотезаи пешакӣ, гипотезаи экзаптация ва гипотезаи мутобиқшавӣ (Xia ва Palidwor 2005). pI аз DAMBE инчунин барои омӯзиши эволютсияи мутобиқшавии матритсаи фосфогликопротеини берун аз ҳуҷайра дар ширхӯрон ва таъсири тағирёбии он дар қабати сафедаҳо истифода шудааст (Machado et al. 2011). DAMBE pI -и ҳисобшударо дар гели силикои 2D истифода бурд, ки дар он силсилаи сафедаҳои даромад дар зарф ва вазни молекулавии онҳо дар силикоел намоиш дода мешаванд (Xia 2007b, саҳ. 207–219). Тағйирёбии ҷойгиршавии сафедаи мушоҳидашуда дар гел аз пешгӯии силико нишон медиҳад, ки тағирёбии посттранслятсионӣ.

Хусусиятҳои кислотаи аминокислотаҳоро дар пайдарпаии сафедаҳо нақша кунед

Кислотаҳои аминокислотаҳо (AAs) бо андоза, заряд, гидрофобӣ/қутбӣ ва майли онҳо ба ташаккули чархҳои α ва варақаҳои β тавсиф мешаванд. Нақшаи ин хосиятҳо дар баробари пайдарпаии сафедаҳо метавонад аксар вақт ба сохторҳои маҳаллӣ ва доменҳои функсионалӣ равшанӣ диҳад. Масалан, доменҳои ҳатмии ДНК ё РНК маъмулан бо дарозии АА-ҳои мусбат заряднок ба монанди лизин, аргинин ва гистидин тавсиф мешаванд, дар ҳоле ки сафедаҳои трансмембранӣ одатан доменҳои гидрофобӣ доранд (расми 3). Мавҷудияти ин доменҳо якхелагии сохториро ба вуҷуд меорад ва як манбаи асосии гетерогении суръат дар ҷойивазкунии бидуни синоним дар байни сайтҳо мебошад (Xia 1998b Xia ва Li 1998), ки аксар вақт метавонанд баҳои филогенетикиро ғаразнок кунанд. Якчанд пайдарпаии гомологиро метавон якҷоя кард, то тасаввур кунад, ки чӣ гуна ивазкунии АА ба тағирёбии фенотипи сафеда оварда мерасонад (расми 3). Функсияи DAMBE оид ба кашидани ин хосиятҳои АА дар пайдарпаии сафедаҳо бо пахши "Графика | хосиятҳои кислотаҳои аминокислотаҳо дар пайдарпайҳо" дастрас карда мешавад.

Қитъаи гидрофобӣ барои инсон (NP_000530.1) ва паранда (Emberiza bruniceps: AFK10338) родопсин бо ҳафт доменҳои трансмембранавӣ (қуллаҳо). Қуллаи сусти 7 аз сабаби α-спирали нисбатан кӯтоҳ аст. Натиҷа аз DAMBE. Равзанаи лағжиши 12 АА истифода мешавад.

Қитъаи гидрофобӣ барои инсон (NP_000530.1) ва паранда (Emberiza bruniceps: AFK10338) родопсин бо ҳафт домени трансмембранӣ (қуллаҳо). Қуллаи заифи 7 аз сабаби α-спирали нисбатан кӯтоҳ аст. Натиҷа аз DAMBE. Равзанаи лағжиши 12 АА истифода мешавад.

Фосилаҳои нуклеотид, динуклеотид, АА ва Ди-АА

Ин басомадҳои оддӣ на танҳо ҳамчун нуқтаи вуруди аълои таълими эволютсияи молекулавӣ хизмат мекунанд, балки метавонанд ба ақидаҳои назарраси биологӣ оид ба мутацияи стихиявӣ дар ҷараёни эволютсия оварда расонанд (Ся ва дигарон. 1996, 2006 Xia 2003, 2012a, 2012c Ся ва Юен 2005). Барои намуна, Mycoplasma genitalium дорои басомадҳои геномии CpG динуклеотидҳо нисбат ба M. pneumoniae, аммо метилизатсияи дифференсиалии CpG-хоси ДНК ҳамчун тавзеҳ истисно карда шудааст, зеро ҳеҷ як намуди он метилтрансферазаи хоси CpG надорад. Маълум шуд, ки намудҳои хоҳари онҳо, M. pulmonis, инчунин якчанд хешовандони дигар, ки решаҳои амиқтар доранд, метилтрансферазаҳои хоси CpG доранд ва басомадҳои динуклеотидҳои CpG ҳатто пасттар доранд. Ин метилизатсияи ДНК-ро ҳамчун шарҳи тағирёбии басомадҳои CpG байни онҳо барқарор мекунад M. genitalium ва M. pneumоне. Яъне аҷдоди умумии M. genitalium ва Пневмония метилтрансферазаҳои хоси CpG-ро аз даст дод ва ҳарду наслҳои духтар дар басомадҳои CpG дубора барқарор шуданд. Зеро M. pneumoniae назар ба он хеле тезтар инкишоф ёфт M. genitalium, басомади CpG -и он ба сатҳи хеле баландтар нисбат ба M. genitalium (Ся 2003). Ба ҳамин монанд, басомадҳои ди-АА дар байни протеомҳо аз як қатор организмҳо маҳдудиятҳои АА-ро аз ҷониби ҳамсоягонашон ошкор кардаанд (Ся ва Сие 2002) ва эволютсияи таҷрибавӣ нишон дод, ки Pasteurella multocida ки дар ҳарорати баланд барои зиёда аз 14,400 насл парвариш карда мешаванд, коҳиш ёфтани GC геномӣ (Xia et al. 2002), бар хилофи фарзияи анъанавӣ, ки GC -и геномӣ бояд бо афзоиши ҳарорати муҳити зист афзоиш ёбад.


Омӯзиши дарахти Ҳуггер шудан

Эми Максмен
1 августи 2011

Натиҷа аз таҳлили BEAST, ки дар барномаи Tree Fig дида шудааст, нишон медиҳад, ки муносибатҳои филогенетикӣ дар байни & gt300 намунаҳои мӯрчагон аз тамоми ҷаҳон нишон дода шудаанд. Корри Саукс Моро, Осорхонаи саҳроии таърихи табиат

Сохтани дарахти эволютсионӣ метавонад ба монанди пешниҳоди андоз ба онҳое, ки забони компютериро хуб намедонанд, ба назар ғайриимкон менамояд. Аммо, мутаассифона, фаҳмидани он, ки чӣ тавр як организм бо организмҳои дигар робита дорад, аксар вақт қадами аввалини ҳалли масъалаҳои биологӣ аст, хоҳ онҳо дар бораи таҳаввулоти штаммҳои ба маводи мухаддир тобовар ё пайдоиши қисмҳои бадан. Нармафзори пешрафта барои ҳамоҳангсозии пайдарпайии генетикӣ ё сафедаҳо ва сохтани филогенияҳо вуҷуд дорад, аммо аксари барномаҳо ворид кардани сатрҳои скрипти компютериро талаб мекунанд. Ричард Ри, биологи эволютсиони дар Осорхонаи таърихи табиат дар Чикаго, тавзеҳ медиҳад, ки таваҷҷӯҳи ночизи тиҷоратӣ ба таҳияи нармафзори филогенетика биологҳоро маҷбур кардааст, ки ба таври васеъ мустақилона барномаҳо бинависанд. &ldquoДар натиҷа, интерфейси корбар майл ба зиён меорад, зеро мо &rsquot.

Аммо натарсед: барномаҳои сохтани дарахт ва визуализатсияи дарахтҳо бо нуқта ва клик вуҷуд доранд-ва агар онҳо филогенетика занги дарозмуддати шумо набошад, ба ҳама ҷое, ки шумо мехоҳед биравед. Ҳамчун хидмат ба биологҳо бо ғояҳои амиқ, аммо фобияи Java-Script ва "R," Донишманд як сафари нармафзори ройгонро барои ҳамоҳангсозии пайдарпаӣ, сохтани филогенияҳо дар бораи эволютсия ва намоиши дарахти ниҳоии возеҳ ва писандида дар презентатсияҳо ва нашрияҳо пешкаш мекунад.

Чӣ тавр ман пайдарпайҳоро барои муқоиса омода мекунам?

Қадами аввалини ҳама гуна муқоисаи пайдарпаии ДНК ё сафедаҳо ин мувофиқ кардани пайдарпайҳо мебошад, то мавқеъҳои гомологии нуклеотид ё аминокислотаҳо дар саросари таксонҳо мувофиқат кунанд. Пас аз гирифтани пайдарпаии боэътимоди ДНК ё сафеда, шумо бояд ҳар як пайдарпаиро ба формати матнӣ бо номи FASTA табдил диҳед, агар он аллакай дар ин услуб набошад. Барои ин, танҳо пайдарпайии худро ба ягон ҳуҷҷати коркарди матн нусхабардорӣ кунед ва часбонед, сипас ба пайдарпай нишонаи мушаххасе диҳед, ки бо ">" оғоз шуда, бо фосила анҷом меёбад. Пайдарпайро пас аз фосила гузоред. Агар он сафеда бошад, он бояд чунин бошад: >gi|5524211|gb LCLYTHIGRNIYYGSLP LYSETWNTGIMLLLITMATAFMGY

Агар шумо пайдарпайҳоро аз GenBank илова кунед, танҳо онҳоро дар формати FASTA зеркашӣ кунед ва онҳоро ба ҳамон файл нусхабардорӣ кунед. Файли ҳамаи пайдарпаии FASTA -ро ҳамчун файли .txt захира кунед.

Як кори маъмул барои ҳамоҳангсозӣ Clustal аст, аммо бисёр дигарон ҳастанд. Платформаҳо ба монанди SeaView барномаҳои гуногуни ҳамоҳангсозӣ ва филогенияро, аз ҷумла Clustal, идора мекунанд ва онҳоро бо содда кардани онҳо ба хусусиятҳои асосии худ осонтар мекунанд. "Ин захираҳои онлайн баъзе душвориҳои иҷрои барномаҳои мушаххасро бартараф мекунанд, ки ин нисфи мубориза аст". Корри Моро, биологи Осорхонаи саҳроӣ, ки ба эволютсияи мӯрчагон тахассус дорад.

Барои истифодаи Clustal тавассути SeaView, файли .txt-и худро дар SeaView кушоед. Пайдарпаии шумо дар панели чап ва пайдарпаии мувофиқ дар панели рост пайдо мешавад. Клик кунед Ҳамоҳанг созед ? Ҳамоҳангсозӣ имконот ва Clustal -ро интихоб кунед (SeaView версияи ClustalW2 -ро меронад). Клики навбатӣ Ҳамоҳанг созед ? Ҳамаро ҳамоҳанг кунед. Тирезае пайдо мешавад, ки ҷараёни раванди ҳамоҳангиро нишон медиҳад. Ҳамоҳангсозии анҷомёфтаро ҳамчун файли NEXUS захира кунед. Шумо ҳоло омодаед, ки дарахт созед.

Чӣ тавр ман филогенияро сохта метавонам, ки ба ман ҳангоми эволютсияи организмҳо хабар диҳад?

Пеш аз он ки ба яке аз барномаҳои сершумори филогения дохил шавед, дар бораи он чизе ки шумо дар ниҳоят донистан мехоҳед, фикр кунед. Агар шумо ба дарахти муносибатҳо ниёз доред, пас ин корро барномаҳои эҳтимолияти ҳадди аксар ба монанди RAxML, барномаҳои парсимонӣ ба монанди TNT ё барномаҳои эҳтимолии Байесӣ ба монанди MrBayes иҷро мекунанд. Гарчанде ки ин се намуди барномаҳо барои таҳлили муносибатҳои эволютсионӣ усулҳои гуногуни математикиро истифода мебаранд, дарахтони натиҷавӣ бояд хеле монанд бошанд. Дар ҳоле ки баъзе филогенетикҳо ба як усул пайравӣ мекунанд, бисёр биологҳо бартарии кори худро бо истифода аз ду ё се тасдиқ мекунанд. Платформаҳои ба интернет асосёфта, ба монанди SeaView, истифодаи баъзе аз ин барномаҳоро осон мегардонанд, аммо омода бошед, ки бо дастури барнома шинос шавед.

Агар шумо хоҳед, ки кай эволютсияи организмҳоро арзёбӣ кунед, шумо хушбахт ҳастед, зеро барномаи филогении BEAST ин вазифаро камтар душвортар мекунад. Лабораторияи Моро BEAST -ро истифода мебарад, зеро он метавонад далелҳои канданиҳо, маълумоти геологӣ ва суръати мутатсияро барои арзёбии муносибатҳои намудҳо ва фарқиятҳои вақт дар як вақт дар бар гирад.

Ҳангоми кушодани папкаи BEAST, BEAUti, интерфейси корбари графикии BEAST -ро ду маротиба клик кунед. Дар BEAUti, ро интихоб кунед Файл ? Ҳамоҳангсозии воридотва ҳамоҳангсозии формати NEXUS-и худро интихоб кунед. Он чизе, ки шумо минбаъд мекунед, аз он вобаста аст, ки шумо вақтро чӣ гуна чен кардан мехоҳед: тавассути сангҳо, геология ва / ё суръати мутатсия. Моро барои муқаррар кардани ҳудуди синну сол сангҳо ва геологияро истифода мебарад. "Агар ман як сангшакл дошта бошам ва ман медонам, ки он ба як гурӯҳи мӯрчагони ман тааллуқ дорад, ман ба BEAST мегӯям, ки гурӯҳи мӯрчагон бояд ҳадди аққал ба қадри кӯҳна монанд бошанд" - шарҳ медиҳад ӯ. "Ё агар як гурӯҳи мӯрчагон дар ҷазира эндемикӣ бошад, ман медонам, ки ин гурӯҳ наметавонад аз ҷазира калонтар бошад." Интихобан, агар гене, ки шумо барои сохтани филогенияи худ пайдарпайӣ кардаед, суръати маълуми мутатсия дошта бошад, BEAST метавонад онро барои ҳисоб кардани кай пайдо шудани ҳар як таксон истифода барад.

Барои ворид кардани маълумоти фоссилӣ ё геологӣ, клик кунед Пештар ҷадвал ва гурӯҳи таксонҳои марбут ба канданиҳои фоиданок ва инчунин организмеро, ки бо ин гурӯҳ зич алоқаманданд, қайд кунед. Синну соли маъдан ё геологиро (масалан, синну соли ҷазира) ба қисме бо номи "TMRCA" (Охирин гузаштаи маъмултарин) ворид кунед. Барои ворид кардани сатҳи мутацияи маълум ё тахминӣ, тугмаи Модели соат ҷадвал, интихоб кунед Соати сахт ва нархро ворид кунед. Барои кӯмак ё омӯхтани вазифаҳои дигар, дарсҳои онлайн ё гурӯҳи корбарони BEAST -ро, ки аз ҷониби таҳиягароне, ки ин барномаро навиштаанд, назорат мекунанд.

Пас аз он ки шумо танзимоти худро ҳамчун файли XML захира мекунед, ба папкаи BEAST баргардед, BEAST -ро кушоед ва интихоб кунед Давидан. Вақте ки барнома ба охир мерасад, файлро ба TreeAnnotator ворид кунед (инчунин дар папкаи BEAST). BEAST бисёр дарахтони боэътимод тавлид мекунад, ки ҳар яки онҳо эҳтимолияти ба он алоқаманд доранд, зеро муайян кардани ин дарахт бо 100 фоиз яқин ғайриимкон аст. Дар натиҷа, файли маълумоте, ки бевосита аз BEAST тавлид мешавад, хеле калон аст. TreeAnnotator як дарахти намояндаро ҷудо мекунад ва онро бо маълумоте, ки аз дигар дарахтҳои эҳтимолӣ ҷамъбаст карда шудааст, шарҳ медиҳад. Масалан, агар қисми зиёди дарахтони мӯътамад дар робитаи байни А ва В мувофиқ бошанд, ин нишон медиҳад, ки муносибати байни А ва В хуб дастгирӣ карда мешавад. Ин дарахтро ҳамчун файли .tree захира кунед. Баъдан, файли .tree -и худро дар FigTree кушоед. Дар ин ҷо шумо метавонед натиҷаҳои дигари барномаро ба мисли санаҳои тафовут (бо сатри хатогиҳои мувофиқи онҳо) тартиб диҳед. Ин дарахтро ҳамчун файли NEXUS захира кунед. Дар байни дигар маълумот дар дохили он файл, сатри пур аз қавс (ба монанди орангутан(шимпа(инсон)) дарахти шуморо дар формате, ки бо номи Нюик маълум аст, рамзгузорӣ мекунад, ки барномаҳои марбут ба филогения онро ҳама медонанд.

Чӣ тавр ман филогенияи худро барои омӯхтани эволютсияи хусусиятҳо истифода мебарам?

Ҳоло, ки шумо дарахт доред, шумо омодаед, ки ақидаҳоро дар бораи он ки чаро ин организмҳо гуногуншакланд, озмоиш кунед. Оё гамбӯсаки шохдор ба бисёр намудҳои шохдор ҷой дод ё ин навъҳои шохдор мустақилона аз гамбӯсаки ноггини ҳамвор ба вуҷуд омадаанд? Ин метавонад як саволи оддӣ бошад, аммо вақте ки шумо 100 ҳолати таксонӣ ва 8 аломат доред (масалан шохи баланд, шохи ҷингила), ба шумо лозим меояд, ки ҳолати аҷдодиро дар байни ҳар як ҷуфт организм то решаи дарахт Барои ин мушкилот, Ри Mesquite-ро тавсия медиҳад, ки барномаи ба графика нигаронидашуда, ки саволҳои эволютсияи характер, шаклҳои диверсификатсияи намудҳо, дархостҳо дар бораи генетикаи аҳолӣ ва ғайраро ҳал мекунад.

Mesquite-ро кушоед ва клик кунед Файл ? Нав. Нишон диҳед, ки шумо дар дарахти худ чанд таксон доред ва дарҳол матритсаи аломатҳо созед. Агар хусусиятҳое, ки шумо ворид кардан мехоҳед, алоҳида бошанд, клик кунед Матритсаи категориявӣ. Агар онҳо пайваста бошанд, ба монанди баландӣ, клик кунед Матритсаи давомдор. Сипас таксиҳо ва ҳолати аломатҳои худро дар матритсаи пешниҳодшуда ворид кунед. Агар ин ченак бошад, рақамҳоро бе воҳидҳо ворид кунед. Ниҳоят, файли NEXUS -ро, ки дарахти шумост, бор кунед.

Мисли дарахтони сохтани дарахт, шумо метавонед ҳолати аҷдодиро бо парсимония ё эҳтимолияти ҳадди аксар арзёбӣ кунед. Парсимонӣ ҳалли худро бо шумораи ками тағирот хоҳад ёфт. (Ин ягона варианти шумо бо аломатҳои давомдор аст.) Бо пахш кардани тугма таҳлили парсимонияро анҷом диҳед Таҳлил ? Таърихи пайдоиши аломатҳо ? Давлатҳои аҷдодии Парсимонӣ. Ҳолатҳои аҷдодии тахминӣ дар гиреҳҳо пайдо мешаванд.

Эҳтимолияти ҳадди аксар, аз тарафи дигар, ҳангоми муайян кардани ҳолати аҷдодон дарозии шохаҳоро ба назар мегирад. Барнома дар бораи ҳолати аҷдоде, ки ду намудро, ки миллионҳо сол пеш тақсим шудаанд, камтар аниқтар хоҳад буд. Диаграммаи хурд дар ҳар як гиреҳ ин эҳтимолиятро нишон медиҳад. Ва эҳтимолияти камтар дар гиреҳҳои баъдӣ такрор мешаванд. Барои гузаронидани таҳлили эҳтимолияти ҳадди аксар, ба Пайгирӣ ? Усули барқарорсозӣ ? Эҳтимолияти давлатҳои аҷдодон.

Муаррифии дарахт: Зиндагӣ бе услуб чист?

Ҳар касе, ки ба дарахтони дорои зиёда аз 30 таксон нигарист, медонад, ки онҳоро хондан осон нест. Даҳҳо хатҳои параллелӣ ва перпендикулярӣ омехтаанд ва дидани достони онҳо нақл кардан душвор аст. Филогенетики Донишгоҳи Аризона Майкл Сандерсон Dendroscope-ро тавсия медиҳад, то он чизеро, ки шумо мебинед, маънидод кунад.

Бо боркунии файли NEXUS, ки дарахти шуморо дар бар мегирад, ба Dendroscope оғоз кунед. Дар лавҳаи асбобҳо шумо нишонаҳоро барои намудҳои гуногуни дарахтон мебинед: онҳое, ки пайвастагиҳои диагоналӣ доранд, шохаҳояшон аз марказ паҳн мешаванд, гурӯҳҳои асосӣ бо шохаҳои дароз ҷудо шудаанд ва дигарон. Ҳар яке аз онҳоро клик кунед, то бубинед, ки дарахти шумо дар ҳар як формат чӣ гуна хоҳад буд - муносибатҳо бетағйир боқӣ мемонанд.

Агар шумо хоҳед, ки як гурӯҳи таксонҳоро қайд кунед, тугмаи гузаришро пахш кунед ва шохаи дар он гурӯҳ бударо клик кунед. Ин ранги ин шохаҳоро тағйир медиҳад. Кушодан Формат тиреза ва дар зери он Таҳрир кардан, шрифт, ранг ва паҳнои сатрҳоро тағир диҳед. Вақте ки шумо он чизеро, ки мебинед, дӯст медоред, файлро ҳамчун JPEG, PDF, GIF ё формати дигар содир кунед.

Барои муаррифии қотилони 3-D, файли NEXUS-и худро ба барномаи визуализатсия бо номи Paloverde бор кунед ва нишонаеро клик кунед, ки шакли дарахти 3-D ба шумо маъқул аст. Паловерде барои тасаввур кардани дарахтони мӯътадили калон аз 100 то 2500 таксон хуб кор мекунад.

Ба таври дигар, агар шумо дар бораи куҷо ҷамъ шудани ҳар як организм маълумоти боэътимод дошта бошед, шумо метавонед филогенияи худро дар рӯи замин бо барномаи GeoPhylo паҳн кунед, ки филогенияҳоро дар Google Earth ё NASA World Wind тарҳрезӣ мекунад (шумо бояд аввал ин барномаҳоро зеркашӣ кунед) ). Хати қавсиро аз файли NEXUS, ки барномаи сохтани дарахти шумо тавлид кардааст, нусхабардорӣ кунед Қуттии дарахти решавӣ дар GeoPhylo. Дар зери Маълумот ва координаталар ҷадвал, дарозӣ ва арзро, ки ҳар як таксон ёфт шудааст, ворид кунед. Клик кунед Давиданва дарахти шумо дар рӯи Замин намоиш дода мешавад.

Эндрю Ҳилл, аспиранти Донишгоҳи Колорадо, Боулдер, ки GeoPhylo -ро бо мушовири худ Роберт Гуралник таҳия кардааст, онро барои омӯхтани паҳншавии зукоми паранда истифода кардааст. Аввалан, онҳо филогенияи вирусҳои зукомро, махсусан онҳое, ки мутатсияҳои муқовимат ба маводи мухаддирро сохтанд, сохтанд. Сипас онҳо дарахтро дар рӯи замин тарҳрезӣ карданд, то бубинанд, ки ин наслҳо чӣ гуна пайдо шуданд ва дар саросари ҷаҳон паҳн шуданд.


2 УСУЛ

Барнома бо версияҳои қаблан тартибдодашудаи ҳамгирошудаи RAxML барои системаҳои асосии амалиётӣ (MacOS, Windows, Linux), аз ҷумла версияҳои PTHREADS ва SSE3 (Stamatakis, 2014) меояд, ки ба корбар имкон медиҳад, ки бо истифода аз ҳисоббарории параллелӣ ҳангоми мавҷуд будани CPU-ҳои сершумор таҳлилҳои тезтарро иҷро кунанд. дастрас. Версияҳои пешакӣ тартибдодашудаи RAxML-NG барои MacOS ва Linux пешбинӣ шудаанд. Вақте ки аз дастаи таҳияи RAxML-NG дастрас аст, версияи Windows илова карда мешавад.

raxmlGUI 2.0 ба панҷ фасли мухталиф, INPUT, ANALIS, OUTPUT, RAXML ва CONSOLE тарҳрезӣ шудааст (Расми 1). Панели чап бо се қисмати аввал ба корбар имкон медиҳад, ки файлҳои вурудиро бор кунад, таҳлилро танзим кунад, моделҳои ивазкунӣ ва қисмҳоро муайян кунад, роҳи баромадро интихоб кунад ва дар байни дигар хусусиятҳо. Панели рост ба корбар имкон медиҳад, ки версияи RAxML -ро интихоб кунад, фармонеро, ки аз вуруди панели чап ба даст омадааст, бубинад ва иҷро кунад ва пешрафт ва баромади RAxML -ро дар консоли маҷмӯӣ бубинад.

2.1 Танзимоти асосӣ

raxmlGUI 2.0 файлҳои ҳамоҳангсозиро дар форматҳои гуногун, ки одатан дар таҳлили филогенетикӣ истифода мешаванд, дастгирӣ мекунад: PHYLIP, FASTA, NEXUS ва MEGA -и васеъшуда (файлҳои намунавӣ дар анбори барнома дастрасанд). Ҳангоми бор кардани ҳамоҳангсозӣ, барнома номҳоеро, ки ба ҳар як пайдарпаӣ (масалан, номи намудҳо) тааллуқ доранд, таҳлил мекунад ва рӯйхати таксонҳоро дар Гурӯҳи тугмаи меню, ки метавонад барои решакан кардани дарахт дар асоси гурӯҳи берун аз ҷониби корбар муайяншуда истифода шавад. Дар хотир доред, ки дарахтони эҳтимолии ҳадди аксар метавонанд пас аз таҳлил бо истифода аз нармафзори дидани дарахтҳо ба монанди FigTree (Rambaut, 2012) дубора решакан карда шаванд.

Таҳлили филогенетикиро дар асоси намудҳои гуногуни маълумот иҷро кардан мумкин аст: пайдарпаии нуклеотидҳо (ДНК, РНК), пайдарпаии кислотаҳои аминокислотаҳо, аломатҳои дискретии бинарӣ ва бисёрҳолатӣ (масалан, барои тавсифи маълумоти морфологӣ истифода мешаванд). Азбаски ҳар як намуди маълумот синфи муайяни моделҳои ивазкуниро талаб мекунад, raxmlGUI 2.0 намуди маълумотро аз файли воридшудаи боршуда ба таври худкор эътироф мекунад ва ба корбар менюи афтандаеро нишон медиҳад, ки ҳама моделҳои ивазкунандаи мувофиқро бо ҳамоҳангӣ нишон медиҳад.

2.2 Қубурҳои таҳлилӣ

Қубурҳои таҳлилӣ, ки ба осонӣ дар raxmlGUI 2.0 амалӣ карда мешаванд, эҳтимолияти эҳтимолияти дарахти беҳтаринро дар бар мегирад ва пас аз он таҳлили пурборшаванда. Пас аз он арзишҳои дастгирии bootstrap ба дарахти эҳтимолияти ҳадди аксар кашида мешаванд. Пас аз боркунии файли ҳамоҳангсозӣ ва насб кардани модели ивазкунии афзалиятнок (имкониятҳо барои санҷиши модел мустақиман аз raxmlGUI 2.0 дар зер тавсиф шудаанд), оғоз кардани таҳлили пешфарз танҳо пахш кардани тугмаро талаб мекунад. Давидан тугмаи дар панели рост. Дар панели таҳлил имконоти дигар мавҷуданд, то шумораи такрори псевдо-bootstrap-ро муқаррар кунанд. Пешрафти таҳлилро дар қисмати консолии raxmlGUI 2.0 назорат кардан мумкин аст. Пас аз анҷом ёфтани таҳлил, рӯйхати файлҳои баромад дар қисмати баромад дастрас хоҳад буд. Пахш кардани номи файлҳо файлҳоро дар барномаи пешфарзии корбар мекушояд (масалан FigTree барои файлҳои дарахт). Натиҷаи муҳимтарини ин таҳлил 'RAxML_bipartitions ном дорад.вуруд.tre '(дар куҷо вуруд бо нобаёнӣ номи файли ҳамоҳангсозӣ аст) ва эҳтимолияти максималии топологияи дарахтон ва дарозии шохаҳоро бо тамғакоғазҳо дар бораи холҳои боркунӣ барои ҳар як гиреҳ (ду қисм) дарахт дар бар мегирад. Ҳама файлҳои баромад бо нобаёнӣ дар ҳамон феҳристи файли вуруд сабт карда мешаванд.

Якчанд намудҳои дигари таҳлил дар raxmlGUI 2.0 дастрасанд. Баъзе таҳлилҳо зангҳои сершуморро ба RAxML барои содда кардани таҷрибаи корбар дар як лӯла муттаҳид мекунанд. Масалан, ML + сарбории ҳамаҷониба опсияро бо як клики оддӣ оғоз мекунад, ки пайдарпаии се занги RAxML барои (a) дарахти эҳтимолияти ҳадди аксар тавассути шумораи муайяни ҷустуҷӯҳои мустақилона муайян карда мешавад (б) шумораи муайяни такрори ҳамаҷонибаи параметри bootstrap ва ( в) арзишҳои дастгирии bootstrapро ба дарахти эҳтимолияти ҳадди аксар кашед.

2.3 Контексияи худкори ҳамоҳангсозӣ ва қисмҳо

Хусусияти муҳими raxmlGUI 2.0 консентатсия ва тақсимоти худкори автоматизатсия мебошад, ки таҳлили генҳои сершумор ё омезиши намудҳои гуногуни маълумот, масалан, пайдарпаии кислотаҳои аминокислотаҳо ва маълумоти морфологиро осон мекунад. Пас аз боркунии ҳамоҳангсозии аввал, корбар метавонад навҳоро илова кунад, то онҳоро дар як таҳлил муттаҳид созад. Ҳангоми боркунии ҳамоҳангсозии иловагӣ, raxmlGUI 2.0 вазифаҳои зеринро иҷро мекунад:

  • Барои муайян кардани намуди маълумот (нуклеотидҳо, аминокислотаҳо, бисёрсатнӣ) маълумотро таҳлил кунед.
  • Номҳои таксонҳоро таҳлил кунед, то мутмаин шавед, ки муттаҳидшавии пайдарпайҳо дар байни таксонҳои мувофиқ сурат мегирад, ҳатто агар онҳо бо тартиби гуногун дар байни файлҳои воридотӣ номбар карда шаванд.
  • Барои ҳама номувофиқатӣ байни таксонҳои қисмҳои гуногун, имкон диҳед, ки пайдарпайии маълумоти гумшударо дар ҳамоҳангии муттаҳидшуда эҷод кунед ё таксонҳоро бо пайдарпайии гумшуда дар ягон бахш ҷудо кунед.
  • Барои ҳамоҳангсозии нав қисмҳои пешфарзро таъин кунед ва қисмати муттаҳидшударо дубора ҳисоб кунед.

Ин хусусиятҳо муттаҳидсозии файлҳои гуногуни ҳамоҳангсозӣ, эҷоди файлҳои тақсимкунӣ ва тавлиди матритсаҳои парокандаро, ки дар натиҷаи маҷмӯи маҷмӯаи маълумотҳо бо фарогирии таксономӣ гуногун ва танҳо қисман ба ҳам мувофиқанд, мусоидат мекунанд. These tools also reduce the probability of errors stemming from manually merging sequences by matching taxa names. Additionally, raxmlGUI 2.0 provides an intuitive interface to create partitions within a single alignment file, including the possibility to specify codon based evolutionary models for coding nucleotide sequences (Figure 2). Finally, the user can load their own partition files, which must be provided in a RAxML compatible format (Figure 1).

2.4 Support for both RAxML 8.x and RAxML-NG

In addition to RAxML 8.x, raxmlGUI 2.0 adds support for RAxML Next Generation (Kozlov et al., 2019 ), which provides new options and improved performance for very large datasets, which are typical for the analyses of genomic data. Among the novel methods implemented in RAxML-NG, and available through raxmlGUI 2.0, is the Transfer Bootstrap Expectation algorithm to quantify topological support for a tree (Lemoine et al., 2018 ). This algorithm has been shown to outperform the traditional bootstrap analysis (Felsenstein, 1985 ) when applied to large phylogenetic trees (thousands of tips). The user can select which version of RAxML they want to run from the GUI, and the available settings are automatically updated for the specific version. For guidelines of which RAxML version to use for particular objectives and datasets, please refer to Kozlov et al. (2019).

2.5 Model testing

One of the advantages of RAxML-NG over RAxML is its increased range of available substitution models for nucleotide and amino acid data. This feature also allows users to define different substitution models for each partition, for example, when analysing concatenated genes. To facilitate the use of these features, we implemented a model testing feature in raxmlGUI 2.0 that allows the user to select the best substitution model based on the corrected Akaike Information Criterion (AICc Burnham & Anderson, 2002 ). Model testing is carried out using the program ModelTest-NG (Darriba et al., 2019 ), and is seamlessly integrated within raxmlGUI 2.0 through the OPTIMIZE button (Figure 1). The test can be run separately for each partition and the best model will be specified automatically for the following analysis. As for RAxML-NG, ModelTest-NG is currently provided for MacOS and Linux, whereas Windows support will be added as soon as a compatible version is made available by the ModelTest-NG development team.

2.6 Performance and implementation

There is no performance difference between running RAxML on the command line and running it from the GUI as raxmlGUI 2.0 just forwards all settings as parameters to the command line version of RAxML and runs that as a separate process. raxmlGUI 2.0 also supports a tabbed interface for running multiple analyses in parallel (Figure 1).

raxmlGUI 2.0 is built with Electron (Github Inc., 2020 ), a framework for creating cross-platform desktop applications using web technologies such as JavaScript, HTML and CSS. The user interface is built with Material-UI (Material-UI, 2020 ), a React (Facebook Inc., 2020 ) user interface framework with components that implement Google's Material Design (Google, 2020 ). The Electron base improves the portability and compatibility across platforms and operating systems compared to the previous version of raxmlGUI that uses an obsolete Python 2.x codebase. The installation is extremely simple and does not require any additional external libraries or dependencies, nor does it require admin rights on the machine.

On machines featuring multiple CPUs (i.e. most desktop and laptop computers) the GUI allows users to easily use RAxML's powerful parallel computing, which can drastically speed up the analyses. raxmlGUI 2.0 includes pre-compiled versions of the PTHREAD version of RAxML and a dropdown menu button to specify the desired number of CPUs allocated for the analysis.


Pôle Rhône-Alpes de Bioinformatique Site Doua

Version 5.0.4

NEW: seaview performs reconcilation between gene and species trees using Treerecs version 1.2
NEW: bootstrap support optionally with the "Transfer Bootstrap Expectation" method
NEW: trimming-rule to shorten long sequence names in phylogenetic trees
NEW: 64-bit version for the MS Windows platform
NEW: multiple-tree windows
NEW: seaview uses PHYLIP v3.696 to compute parsimony trees
NEW: seaview can be run without GUI using a command line
NEW: seaview drives the PhyML v3.1 program to compute maximum likelihood phylogenetic trees.
NEW: seaview drives the Gblocks program to select blocks of conserved sites.

SeaView is a multiplatform, graphical user interface for multiple sequence alignment and molecular phylogeny.

  • SeaView reads and writes various file formats (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) of DNA and protein sequences and of phylogenetic trees.
  • SeaView drives programs muscle or Clustal Omega for multiple sequence alignment, and also allows to use any external alignment algorithm able to read and write FASTA-formatted files.
  • Seaview drives the Gblocks program to select blocks of evolutionarily conserved sites.
  • SeaView computes phylogenetic trees by
    • parsimony, using PHYLIP's dnapars/protpars algorithm,
    • distance, with NJ or BioNJ algorithms on a variety of evolutionary distances,
    • maximum likelihood, driving program PhyML 3.1.

    Screen shots of the main alignment and tree windows. Dialog window to perform Maximum-Likelihood tree-building.
    On-line help document.Old seaview version 3.2

    Download SeaView

    MacOS X ready for MacOS 10.3 - 11.0
    32-bit Linux on x86 64-bit Linux on x86_64
    MS Windows self-extractible archive
    Solaris on SPARC
    Source code (also available in ftp://pbil.univ-lyon1.fr/pub/mol_phylogeny/seaview/archive/) Change log

    Note for MS Windows users: The downloaded file (seaview5.exe) is a self-extracting archive: open it, and it will create a folder called seaview5 on your computer. The window that appears when you open seaview5.exe allows you to choose where to place the seaview5 folder. This folder contains the seaview program, an example data file, a .html file, and 5 other programs (muscle, clustalo, phyml, Gblocks, treerecs) that seaview drives. This folder contains also seaview32bit.exe, a 32-bit version of the seaview program. If you run a 32-bit version of MS Windows (typically Windows XP), you can discard seaview.exe and use seaview32bit.exe.

    Note for Linux/Unix users: The downloaded archives contain the seaview executable itself, an example data file, a .html file, and 5 other programs (muscle, clustalo, phyml, Gblocks, treerecs) that seaview drives. These 5 programs and the .html file can either be left in the same directory as seaview, or be put in any directory of your PATH.

    Note for macOS users: Right after decompression of the .zip file, it can be necessary to ctrl-click the seaview icon and select "Open" in the appearing menu. Once this has been done, seaview can be opened normally by double-clicking its icon.

    Маълумотнома

    If you use SeaView in a published work, please cite the following reference:

    Gouy M., Guindon S. & Gascuel O. (2010) SeaView version 4 : a multiplatform graphical user interface for sequence alignment and phylogenetic tree building. Molecular Biology and Evolution 27(2) :221-224.


    The authors acknowledge the contributions of the Arbor team, Luke Harmon of the University of Idaho, Chelsea Specht of the University of California at Berkeley, Robert Thacker of the University of Alabama at Birmingham, Jorge Soberon of the University of Kansas, Wes Turner of Simquest, Inc., and Jeff Baumes of Kitware, Inc. We are particularly indebted to Luke Harmon for his insightful editing of this paper and to his research group for their contributions to the formative evaluations of the user interface presented here. The authors also acknowledge an anonymous reviewer of a previous version of this paper for suggestions to improve future versions of PhyloPen, including converting the annotations to text using handwriting recognition, reorganizing the tree or collapsing a part of it to take advantage of the regained space, and group deletions of identical annotations passed up or down the tree.

    Software engineer by day, aspiring PhD student by night. I graduated from the University of Central Florida with a B.S. in Computer Science in 2011 and an M.S. in Computer Science in 2012. I work at CG Squared (CG2), Inc., a Rɭ company that develops commercial LIDAR visualization software and is also a defense contractor. I am a PhD student at UCF, with Dr. Hassan Foroosh as my current advisor. My PhD research is currently compressive sensing in the field of computer vision, but I also have experience in software integration, accelerated processing, and visualization with 2D and 3D data and sensors (most notably in LIDAR point processing), as well as computer graphics and traditional, pen-and-touch, and 3D (a la Kinect) user interface design and implementation.

    Dr. Lisle received his Ph.D. in Computer Science from the University of Central Florida in 1998 and has focused on developing visualization technology primarily for medical and biological applications since then. Prior to completing his degree, Dr. Lisle developed custom hardware and software for applications in high-performance computer graphics while working as a staff member of Silicon Graphics, General Electric, and the University of Central Florida.

    Charles Hughes is a Pegasus Professor in the Department of Electrical Engineering and Computer Science, Computer Science Division, at the University of Central Florida. He also holds appointments in the School of Visual Arts and Design and the Institute for Simulation and Training (IST), is a Fellow of the UCF Academy for Teaching, Learning and Leadership, and holds an IPA appointment with the US Department of Veterans Affairs. He is co-director of the UCF Synthetic Reality Laboratory (http://sreal.ucf.edu). His research is in augmented reality environments with a specialization in networked digital puppetry (the remote control by humans of surrogates in the form of virtual or physical-virtual avatars). He conducts research on the use of digital puppetry-based experiences in cross cultural and situational awareness training, teacher and trainer education, social and interpersonal skills development, and physical and cognitive assessment and rehabilitation. He is author or co-author of over 170 refereed publications. He is an Associate Editor of Entertainment Computing and the Journal of Cybertherapy and Rehabilitation, and a member of the Program Committee and co-chair of Research Exhibits for IEEE VR 2013. He has active funding to support his research from the National Endowments for the Humanities, the National Institutes of Health, the National Science Foundation, the Office of Naval Research, Veterans Affairs and the Bill & Melinda Gates Foundation. His funding (PI or co-PI) over the last decade exceeds $15M.


    Натиҷаҳо

    Metadata cleanup and organization

    While a minimum set of metadata field requirements are a progressive step, in instance the isolation sources are currently entered as non-controlled free text, which required time-consuming verification and validation procedures before being integrated with genomic data for analyses. Moreover, public health agencies have different constraints about the level of metadata that can be made openly accessible. For example, the Centers for Disease Control and Prevention (CDC) provide only the years of clinical cases occurrence and does not communicate the geographical location of the cases. GenomeGraphR integrates NCBI metadata that has been cleaned and organized. We used a hierarchical classification/categorization of isolation sources built on the IFSAC scheme [13], chosen for its simplicity, acceptability, and use in the food safety attribution domain.

    A total of 139,754 isolates of S. enterica. were submitted to NCBI from 2010 to 2018 as of July 31 st , 2018. The isolation source of 812 (0.6% of all the strains) were not classified because of missing or unclear/unintelligible data. Барои Л. моноцитогенҳо only 59 isolates out of a total of 16,567 were not assignable to any of the defined isolate categories. The distribution of isolates by major isolate categories is presented in Table 1. The categorization scheme applied to Л. моноцитогенҳо ва S. enterica strains consists of the eight-level hierarchy for categorization of foods developed by IFSAC [13], extended to include environmental and animal (non-food) sources and applied here to strain isolation sources NCBI. Fig 2 illustrates the hierarchy for the non-clinical strains and the volume of strains associated with each level using a Sankey plot.


    Видеоро тамошо кунед: Филогения и кладистика. Основы. (Ноябр 2022).