Маълумот

Оё аз рӯи маълумоти GRN ё PPI ҳамкорӣ ё роҳҳои нав пешгӯӣ шуда буданд ва баъдтар бо таҷриба тасдиқ карда шуданд?

Оё аз рӯи маълумоти GRN ё PPI ҳамкорӣ ё роҳҳои нав пешгӯӣ шуда буданд ва баъдтар бо таҷриба тасдиқ карда шуданд?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Ман ба наздикӣ дар бораи шабакаи танзими генҳо (GRN) ва шабакаи мутақобилаи сафедаҳо-протеинҳо (PPI) маълумот гирифтам. Ман миқдори зиёди коғазҳои бениҳоят ҷолибро дар бораи ҷамъоварии маълумоти шабакаи биологӣ ва омӯхтани он пайдо кардам.

Аммо, он чизе ки ман наёфтам, ягон мисоле нест, ки маълумотҳои шабакавӣ барои пешгӯии нав истифода мешуданд, ки баъдтар дар таҷриба нишон дода шудааст, ки воқеан вуҷуд дорад. Баъзе ҳолатҳое ҳастанд, ки ин ҳодиса рӯй додааст?


Дар ин бобат аз ҷониби Эд Маркот кори хеле ҷолиб анҷом дода шудааст. Шарҳи "мошин" ва ҳифзи он дар байни намудҳо дар ин ҷост. Гап дар сари он аст, ки мошин ё шабака нигоҳ дошта мешавад, аммо дар организмҳои гуногун бо тарзҳои гуногун истифода мешавад. Аз ин рӯ, фенотипҳои мутантҳо метавонанд гуногун бошанд, аммо онҳо дар бисёр вариантҳои ҷузъҳои мошин мувофиқат мекунанд.

Як мақолаи ӯ асбоберо тавсиф мекунад, ки дар он принсипҳои хуб таҳияшудаи иттиҳодия дар шабакаи генҳои инсон барои муайян кардани ассотсиатсияҳои маҷмӯи генҳо истифода мешаванд. Ин дар www.functionalnet.org/RIDDLE дастрас аст.

Муносибати онҳоро ба афзалият додани генҳои бемориҳои номзад тавассути афзоиши шабакаи маълумотҳои ассотсиатсия дар саросари геном ба назар гиред.

Баъзе намунаҳои мушаххаси "мошини" ҳифзшуда дар ин коғази шево PNAS оварда шудаанд. Хуб аст, ки онҳо чӣ гуна генҳоро озмоиш карданд Ксенопус ҷанинҳо.


Эрик Дэвидсон бояд аввалин бандари шумо барои кор бо GRN бошад!

Вай чанде пеш як коғази олӣ нашр кард, ки маҳз он чизеро, ки шумо мегӯед, нишон медиҳад. Бо дарназардошти динамикаи фазоӣ-муваққатии ифодаи генҳо (масалан, муодилаҳои дифференсиалӣ, ки миқёси вақти ифодаи генро модел мекунанд), онҳо модели пешгӯии мантиқии мантиқии мантиқиро барои ифодаи генҳо дар рушди кирпи аввали баҳр сохтанд. Натиҷаҳои онҳо на танҳо дақиқ буданд, балки воқеан дар бораи генҳо пешгӯиҳо карданд, ки онҳо ба таври таҷрибавӣ санҷида нашудаанд…

Инро Санҷ:

http://www.caltech.edu/content/modeling-genes-development

ва коғаз:

http://www.pnas.org/content/early/2012/08/22/1207852109.abstract


Таҳлили шабакаи экспрессионатсияи генҳо як механизми нави мубодилаи моддаҳоро нишон медиҳад Clostridium acetobutylicum вокуниш ба ингибиторҳои фенолӣ аз гидролизатҳои лигноселлюлозӣ

Биомассаи лигнокеллюлозӣ манбаи умедбахши биохимиявии барқароршаванда ва сӯзишвории биологӣ мебошад. Аммо, мавҷудияти ингибиторҳо дар гидролизатҳои лигноцеллюлозӣ (LCH) як мушкили бузург барои ферментатсияи ацетон-бутанол-этанол (ABE) мебошад. Clostridium acetobutylicum. Махсусан, пайвастагиҳои фенолӣ (ФК) аз LCH истеҳсоли ABE-ро ҳатто дар консентратсияи паст қатъ мекунанд. Ҳамин тариқ, зарур аст, ки дар бораи ихтилоли мубодилаи ҳуҷайраҳои дохили ҳуҷайра, ки аз ҷониби ингибиторҳои фенолӣ ба вуҷуд омадаанд, фаҳмед ва механизмҳои асосиро барои муайян кардани монеаҳои асосии саноатӣ, ки истеҳсоли самараноки ABE халалдор мекунанд, муайян кунед.

Натиҷаҳо

Дар ин омӯзиш, як давраи вақти ферментатсияи ABE аз ҷониби C. acetobutylicum дар ҳузури чаҳор компютерҳои фардӣ хос (сирингалдегид, ванилин, кислотаи ферулӣ ва саҳ-кислотаи кумарин) мутаносибан тавсиф карда шуд. Илова кардани компютерҳои фардӣ ба истеҳсоли ABE таъсири гуногуни бебозгашт ба бор овард. Махсусан, сирингалдегид бузургтарин монеаи истеҳсоли бутанолро нишон дод, баъд ванилин, кислотаи ферулӣ ва саҳ-кислотаи кумарӣ. Сипас, таҳлили шабакаи ифодаи вазнии муштараки генҳо (WGCNA) дар асоси маълумотҳои пайдарпайии РНК барои муайян кардани изтиробҳои метаболикӣ, ки аз чаҳор компютери аз LCH гирифташуда ба вуҷуд омадаанд ва модулҳои гении марбут ба аломатҳои ферментатсияи берун аз ҳуҷайра истифода шуданд. Генҳои марказӣ дар ҳар як модул мавриди таҳлили таъсири мутақобилаи сафеда ва сафеда ва таҳлили ғанисозӣ қарор гирифтанд. Натиҷаҳо нишон доданд, ки модулҳои функсионалӣ аз компютер вобаста буданд ва баъзе хусусиятҳои беназирро мубодила карданд. Махсусан, саҳкислотаи кумарӣ боиси халалдоршавии васеътари транскриптомӣ гардид, хусусан ба ифодаи генҳои сафедаҳои рибосома ва ҷамъшавии флагелла, такрори ДНК, таъмир ва рекомбинатсия, илова кардани сирингалдегид боиси ихтилоли назарраси мубодилаи моддаҳо дар ифодаи генҳои сафедаҳои рибосома, крахмал ва сахароза метаболизм ванилин асосан вайроншавии мубодилаи пурин, спорулятсия ва интиқоли сигнал ва кислотаи феруликӣ боиси вайроншавии метаболизм дар ифодаҳои генҳои марбут ба гликозил трансфераза гардид.

Хулоса

Ин тадқиқот бори аввал фаҳмишҳои навро дар бораи механизмҳои ингибитории компютерҳои фардӣ кашф мекунад ва барои талошҳои минбаъдаи муҳандисии метаболикӣ роҳнамо медиҳад, ки барои тавлиди штаммҳои ба фенол таҳаммулпазир C. acetobutylicum барои истеҳсоли аз ҷиҳати иқтисодӣ устувори ABE бо ҳосилнокии баланд аз биомассаи лигноселлюлозӣ.


Мақолаи оригиналӣ

Вейди Ванг 1,2 †, Юкан Чен 1†, Ҷинҷинг Чжао 1, Лян Чен 1, Weichen Суруди 1, Ли Ли 1* ва Гуан Нин Лин 1,2*
  • 1 Маркази саломатии рӯҳии Шанхай, Мактаби тиббии Донишгоҳи Шанхай Ҷиао Тонг, Мактаби муҳандисии биотиббӣ, Донишгоҳи Шанхай Ҷиао Тонг, Шанхай, Хитой
  • 2 Лабораторияи асосии Шанхай оид ба ихтилоли равонӣ, Шанхай, Чин

Протеини домении ресепторҳои ядроӣ SET (NSD2) дар патогенези Синдроми Гург Ҳиршхорн (WHS) нақши асосиро мебозад ва дар миеломаҳои сершумори инсон аз ҳад зиёд ифода карда мешавад, аммо шаклҳои мутақобилаи протеинҳои сафедаи он (PPI), махсусан дар сатҳҳои изоформ/эксон, суст омӯхта шудаанд. Мо локализатсияи зерҳуҷайраҳои чор намояндаро таҳқиқ кардем NSD2 транскриптҳо бо микроскопияи иммунофлуоресценсионӣ. Минбаъд, мо барои анҷом додани таҳлили масс-спектрометрияи иммунопреципиатсия (IP-MS) аз транскриптҳо миқдорбандии бидуни тамғаро истифода бурдем. Бо истифода аз шарикони мутақобила барои ҳар як транскрипте, ки дар натиҷаҳои IP-MS ошкор карда шудааст, мо 890 шарики PPO-и махсуси изоформро муайян кардем (83% нав ҳастанд). Ин шабакаҳои PPI минбаъд ба чор категорияи интерактиви махсуси эксон тақсим карда шуданд. Дар ин шарикони мушаххаси PPI, ду ген, RPL10 ва HSPA8, бо иммунопресипитация ва блоттинги ғарбӣ бомуваффақият тасдиқ карда шуданд. RPL10 пеш аз ҳама бо Isoforms 1, 3 ва 5 ҳамкорӣ кардааст ва HSPA8 мутаносибан бо ҳамаи чор изофорҳо ҳамкорӣ кардаанд. Бо истифода аз таъсири мутақобилаи протеинҳои NSD2, мо манзараи изоформии PPI-ро барои NSD2 сохтем, то ҳамчун маълумотҳои интерактомӣ барои таҳқиқоти сатҳи NSD2 сплайсеосома хидмат кунад. Ғайр аз он, равандҳои пайвасткунии РНК, ки аз ҷониби ин шарикони изофа дастгирӣ карда мешаванд, нақшҳои гуногуни NSD2 -ро дар WHS ва рушди миелома мебозанд. Мо инчунин муоширатро бо истифодаи blotting Western, RPL10 ва се NSD2 (Isoform 1, 3 ва 5) тасдиқ кардем. Натиҷаҳои мо шабакаҳои гении NSD2 PPI-ро васеъ мекунанд ва барои табобати бемориҳои рушди марбут ба NSD2 замина фароҳам меоранд.


Таърихро тағир диҳед

Таъсири мутақобилаи сафеда -протеин: интерактив дар зери сохтмон. Табиат 468, 851–854 (2010)

Vidal, M., Cusick, M. E. & Barabasi, A. L. Шабакаҳои интерактивӣ ва бемориҳои инсон. Ҳуҷайра 144, 986–998 (2011)

Пойафзол, Б.А. ва Панченко, А.Р. Дешифринги мутақобилаи сафедаҳо ва сафедаҳо. Қисми I. Усулҳои таҷрибавӣ ва пойгоҳи додаҳо. PLOS Comput. Биол. 3, e42 (2007)

Ба таври мунтазам, Т. ва дигарон. Курс ва таҳлили ҳамаҷонибаи шабакаҳои глобалии мутақобила дар Saccharomyces cerevisiae. J. Biol. 5, 11 (2006)

Пойафзол, Б.А. ва Панченко, А.Р. Дешифринги мутақобилаи сафедаҳо ва сафедаҳо. Қисми II. Усулҳои ҳисоббарорӣ барои пешгӯии шарикони мутақобилаи сафеда ва домен. Ҳисобкунии PLOS. Биол. 3, e43 (2007)

Салвински, Л. & amp; Курр. Фикр. Сохтор. Биол. 13, 377–382 (2003)

фон Меринг, C. ва дигарон. Арзёбии муқоисавии маҷмӯаи маълумотҳои миқёси мутақобилаи сафеда-протеин. Табиат 417, 399–403 (2002)

Браун, П.ва дигарон. Холи эътимоди аз тариқи таҷрибавӣ ҳосилшуда барои мутақобилаи сафедаҳои бинарӣ ва сафедаҳо. Усулҳои табиат 6, 91–97 (2009)

Deane, C. M., Salwinski, L., Xenarios, I. & Eisenberg, D. Таъсири мутақобилаи сафедаҳо: ду усул барои арзёбии эътимоднокии мушоҳидаҳои баландсифат. Мол. Ҳуҷайра. Протеомика 1, 349–356 (2002)

Пиепер, У. ва дигарон. MODBASE: пойгоҳи додаҳои моделҳои муқоисашавандаи сохтори протеин ва захираҳои алоқаманд. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 34, D291 -D295 (2006)

Миркович, Н., Ли, З., Парнасса, А. & amp Мюррей, D. Стратегияҳо барои моделсозии муқоисавии баландсуръат: барномаҳо барои таҳлили фишангҳо дар геномикаи сохторӣ ва ташкили оилаи сафедаҳо. Протеинҳо 66, 766–777 (2007)

Ҳенрик, K. & amp Торнтон, J. M. PQS: сервери файли сохтори чоркунҷаи сафедаҳо. Тамоюлҳои биохимия. Илм. 23, 358–361 (1998)

Aloy, P. & Amp Russell, R. B. Пурсиш кардани шабакаҳои мутақобилаи сафедаҳо тавассути биологияи сохторӣ. Прок. Натл Акад. Илм. ИМА 99, 5896–5901 (2002)

Лу, Л., Лу, Ҳ. & Сколник, Ҷ. Протеинҳо 49, 350–364 (2002)

Дэвис, F. P. ва дигарон. Таркибҳои мураккаби сафедаҳое, ки бо шабоҳати сохтор пешбинӣ шудаанд. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 34, 2943–2952 (2006)

Tuncbag, N., Gursoy, A., Guney, E., Nussinov, R. & amp Keskin, O. Меъморӣ ва фарогирии функсионалии интерфейсҳои сафеда -протеин. J. Мол. Биол. 381, 785–802 (2008)

Чжан, QC, Петрей, Д., Норел, Р & amp Хониг, B.H. Ҳифзи интерфейси сафедаҳо дар фазои сохтор. Прок. Натл Акад. Илм. ИМА 107, 10896–10901 (2010)

Гао, М. & amp Сколник, J. Фазои сохтории интерфейсҳои сафеда -сафеда таназзул ёфтааст, ба анҷом наздик аст ва ба ҳам хеле пайваст аст. Прок. Натл Акад. Илм. ИМА 107, 22517–22522 (2010)

Wass, M. N., Fuentes, G., Pons, C., Pazos, F. & Valensia, A. Ба пешгӯии шарикони мутақобилаи сафедаҳо бо истифода аз пайвасткунии ҷисмонӣ. Мол. Сист. Биол. 7, 469 (2011)

Чен, Х.Л. & amp Чжоу, Х.Х. Пешгӯии боқимондаҳои интерфейс дар комплексҳои сафеда -протеин бо усули консенсуси шабакаи нейрон: озмоиш бар зидди маълумоти NMR. Протеинҳо 61, 21–35 (2005)

Liang, S., Zhang, C., Liu, S. & amp Zhou, Y. Пешгӯии макони сафедаҳо бо истифода аз функсияи баҳодиҳии эмпирикӣ. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 34, 3698–3707 (2006)

Чжан, QC ва дигарон. PredUs: сервери веб барои пешгӯии интерфейсҳои сафеда бо истифода аз ҳамсоягони сохторӣ. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 39, 283–287 (2011)

Ю, X. ва дигарон. Харитаи мутақобилаи сафедаҳои дуӣ-сифати шабакаи интерактомии хамиртуруш. Илм 322, 104–110 (2008)

Lefebvre, C. et al. Интерактивомаи B-ҳуҷайраи инсон MYB ва FOXM1-ро ҳамчун танзимгари асосии паҳншавии марказҳои герминалӣ муайян мекунад. Мол. Сист. Биол. 6, 377 (2010)

Янсен, Р. Равиши шабакаҳои Байесӣ барои пешгӯии таъсири мутақобилаи сафедаҳо ва сафедаҳо аз маълумоти геномӣ. Илм 302, 449–453 (2003)

фон Меринг, C. ва дигарон. STRING: ассотсиатсияҳои маълум ва пешгӯии сафеда-протеинҳо, ки дар байни организмҳо муттаҳид ва интиқол дода мешаванд. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 33, D433 -D437 (2005)

Столовицкий, Г., Прилл, R. J. & Califano, A. Дарсҳо аз мушкилоти DREAM2. Анн. NY Акад. Илм. 1158, 159–195 (2009)

Кескин, О., Нуссинов, Р. ва Гурсой, A. PRISM: пешгӯии таъсири мутақобилаи сафедаҳо ва сафедаҳо тавассути мувофиқати сохторӣ. Усулҳои Мол. Биол. 484, 505–521 (2008)

Юинг, Р.М.ва дигарон. Харитасозии миқёси мутақобилаи протеин-сафедаи инсон бо спектрометрияи оммавӣ. Мол. Сист. Биол. 3, 89 (2007)

Левитт, M. Табиати олами сафеда. Прок. Натл Акад. Илм. ИМА 106, 11079–11084 (2009)

Апвейлер, Р.ва дигарон. UniProt: пойгоҳи иттилоотии универсалии протеин. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 32, D115 -D119 (2004)

Letunic, I., Doerks, T. & amp Bork, P. SMART 6: навсозиҳои охирин ва таҳаввулоти нав. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 37, D229–D232 (2009)

Берман, H. M. ва дигарон. Банки маълумоти протеин. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 28, 235–242 (2000)

Альтшул, S. F. ва дигарон. GLA BLAST ва PSI-BLAST: насли нави барномаҳои ҷустуҷӯи пойгоҳи додаҳои сафеда. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 25, 3389–3402 (1997)

Санчес, Р. & Сали, A. Моделсозии сохтори протеинҳои миқёси калон Saccharomyces cerevisiae геном. Прок. Натл Акад. Илм. ИМА 95, 13597–13602 (1998)

Petrey, D. & amp Honig, B. GRASP2: визуализатсия, хосиятҳои рӯи ва электростатикаи сохторҳо ва пайдарпаии макромолекулавӣ. Усулҳои ферментол. 374, 492–509 (2003)

Янг, A.S & amp Honig, B. Муносибати ҳамаҷониба ба таҳлил ва моделсозии пайдарпаӣ ва сохторҳои сафеда. I. Ҳамоҳангсозии сохтории сафедаҳо ва ченаки миқдорӣ барои масофаи сохтории сафедаҳо. J. Мол. Биол. 301, 665–678 (2000)

Krissinel, E. & Henrick, K. Хулосаи маҷлисҳои макромолекулаҳо аз ҳолати кристаллӣ. J. Мол. Биол. 372, 774–797 (2007)

Консорсиуми Ген Онтология Ген Онтология: абзор барои муттаҳидсозии биология. Генет табиат. 25, 25–29 (2000)

Mewes, HW, Albermann, K., Heumann, K., Liebl, S. & amp Pfeiffer, F. MIPS: махзани маълумот барои пайдарпаии сафедаҳо, маълумоти гомология ва иттилооти геномии хамиртуруш. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 25, 28–30 (1997)

Huynen, M., Snel, B., Lathe, W., III & Bork, P. Пешгӯии функсияи сафеда аз рӯи контексти геномӣ: арзёбии миқдорӣ ва хулосаҳои сифатӣ. Genome Res. 10, 1204–1210 (2000)

Sun, L. et al. Омили ҳуҷайраҳои бунёдии нейронӣ ва глиома, ангиогенезро дар майна ба вуҷуд меорад. Ҳуҷайраи саратон 9, 287–300 (2006)

Барретт, Т. ва дигарон. NCBI GEO: бойгонӣ барои маҷмӯи маълумотҳои функсионалии геномика - 10 сол пас. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 39, D1005 -D1010 (2011)

Enault, F., Suhre, K. & Claverie, J. M. Phydbac "Пешгӯи функсияи ген": воситаи шарҳи ген дар асоси таҳлили контексти геномӣ. Биоинформатикаи BMC 6, 247 (2005)


Эзоҳҳо

1 Минбаъд истилоҳ системаи биологӣ ба ячейка ишора мекунад.

2 Азбаски аксарияти маълумоте, ки мо дар ин мақола тамаркуз мекунем, метавонанд ҳамчун шабакаҳо муаррифӣ карда шаванд (ниг. §2) ва минбаъд мо истилоҳҳоро истифода хоҳем бурд ҳамгироии шабака ва ҳамгироии маълумот ба ҷои дигар.

3 Шабакаи модулӣ шабакаест, ки гиреҳҳояшро ба гурӯҳҳо (ҷамоаҳо) тақсим кардан мумкин аст ва кунҷҳои он дар байни гиреҳҳои дохили ҷомеа хеле зич ва дар байни гиреҳҳои ҷомеаҳои гуногун хеле каманд [88].

4 Хулоса раванди пешгӯии рӯйдодҳои нонамоён дар асоси далелҳои мушоҳидашуда мебошад.

5 eQTL локусҳои геномӣ (ҷойҳои мушаххаси ген) мебошанд, ки сатҳи ифодаи mRNA-ро танзим мекунанд. eQTL-ҳо, ки ифодаи генати пайдоиши онҳоро танзим мекунанд, номида мешаванд cis-eQTL, дар ҳоле ки eQTLҳо, ки ифодаи генҳои дурро танзим мекунанд, номида мешаванд транс-eQTL [146].

6 CNVҳо минтақаҳои геном мебошанд, ки нисбат ба пайдарпаии геноми инсон ба таври назаррас бештар ё камтар нусхаҳо доранд.

7 Матритсаи нимтайри мусбат матритсаест, ки арзишҳои аслии манфӣ надорад [149].

8 Маржаи мулоим ба усули SVM дахл дорад, ки имкон медиҳад, ки нуқтаҳои маълумот нодуруст нишон дода шаванд. Он вақте истифода мешавад, ки гиперплан нуқтаҳои маълумотро ба синфҳои -1 ва +1 ҷудо карда наметавонад. Дар ин ҳолат, усули маржаи мулоим гиперпланеро интихоб мекунад, ки нуқтаҳои маълумотро то ҳадди имкон бо роҳи ҷорӣ кардани тағирёбандаҳои сусти манфӣ, ки дараҷаи таснифоти нодурустро чен мекунанд, ҷудо мекунад. 1-меъёр ба меъёри тағирёбандаҳои суст, ки ба вазифаи объективии SVM ҳамчун шартҳои ҷазо ворид карда шудаанд, ишора мекунад [158].

Нашр аз ҷониби Ҷамъияти Шоҳона. Ҳамаи ҳуқуқ маҳфуз аст.

Адабиёт

2000 Ба харитаи мутақобилаи сафеда ва сафедаи хамиртуруши шукуфтан: системаи ҳамаҷониба барои тафтиши мутақобилаи ду гибридӣ дар ҳама комбинатсияҳои имконпазир байни сафедаҳои хамиртуруш. Прок. Натл Акад. Илм. ИМА 97, 1143–1147. (doi: 10.1073/pnas.97.3.1143) Crossref, PubMed, Google Scholar

2000 Таҳлили ҳамаҷонибаи таъсири мутақобилаи сафеда ва сафеда дар Saccharomyces cerevisiae . Табиат 403, 623–627. (doi: 10.1038/35001009) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2003 Харитаи ҳамкории сафедаҳо аз Drosophila melanogaster . Илм 302, 1727–1736. (doi: 10.1126/science.1090289) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2004 Харитаи шабакаи интерактивии метазоан C. elegans . Илм 303, 540-543. (doi: 10.1126/science.1091403) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2005 Шабакаи мутақобилаи сафеда ва сафедаи инсон: захира барои шарҳ додани протеом. Ҳуҷайра 122, 957–968. (doi: 10.1016/j.cell.2005.08.029) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2009 Харитасозии эмпирикӣ назоратшавандаи Caenorhabditis elegans шабакаи интерактивии протеин-протеин. Нат. Усулҳо 6, 47–54. (doi: 10.1038/nmeth.1279) Crossref, PubMed, Google Scholar

. 2011 Далелҳо барои эволютсияи шабака дар як Арабидопсис харитаи интерактивӣ. Илм 333, 601–607. (doi:10.1126/science.1203877) Crossref, PubMed, Google Scholar

2006 Тадқиқоти Proteome модулияти мошини ҳуҷайраи хамиртурушро нишон медиҳад. Табиат 440, 631–636. (doi: 10.1038/nature04532) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2006 Манзараи глобалии комплексҳои сафеда дар хамиртуруш Saccharomyces cerevisiae . Табиат 440, 637–643. (doi: 10.1038/nature04670) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

. 2010 Геномикаи насли нав: равиши ҳамгироӣ. Нат. Ваҳй Генет. 11, 476–486. (doi: 10.1038/nrg2795) Crossref, PubMed, Google Scholar

Nielsen R, Paul JS, Albrechtsen A, Song YS

. 2011 Genotype ва SNP занг аз маълумоти пайдарпайии насли оянда. Нат. Ваҳй Генет. 12, 443-451. (doi: 10.1038/nrg2986) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

. 2005 Тадқиқоти ассотсиатсияи геномӣ барои бемориҳои умумӣ ва хусусиятҳои мураккаб. Нат. Ваҳй Генет. 6, 95–108. (doi: 10.1038/nrg1521) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2006 Тадқиқоти ассотсиатсияи геномӣ IL23R-ро ҳамчун гени бемории илтиҳобии рӯда муайян мекунад. Илм 314, 1461–1463. (doi:10.1126/science.1135245) Crossref, PubMed, Google Scholar

. 2001 Таҳлили ҳисоббарории маълумоти микроаррей. Нат. Ваҳй Генет. 2, 418-427. (doi: 10.1038/35076576) Crossref, PubMed, Google Scholar

Далквист КД, Саломонис Н, Вранизан К, Лоулор СК, Конклин БР

. 2002 GenMAPP, як воситаи нав барои дидан ва таҳлили маълумоти микроаррей дар бораи роҳҳои биологӣ. Нат. Генет. 31, 19-20. (doi: 10.1038/ng0502-19) Crossref, PubMed, Google Scholar

Мариони ҶК, Мейсон CE, Мане СМ, Стивенс М, Гилад Ю

. 2008 RNA-seq: Арзёбии такроршавандагии техникӣ ва муқоиса бо массивҳои ифодаи ген. Genome Res. 18, 1509-1517.(doi: 10.1101/гр.079558.108) Crossref, PubMed, Google Scholar

Mortazavi A, Williams BA, McCue K, Schaeffer L, Wold B.

. 2008 Харитасозӣ ва миқдор кардани транскриптомҳои ширхӯрон аз ҷониби RNA-seq. Нат. Усулҳо 5, 621-628. (doi:10.1038/nmeth.1226) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Ван З, Герштейн М, Снайдер М

. 2009 RNA-seq: воситаи инқилобӣ барои транскриптомика. Нат. Ваҳй Генет. 10, 57-63. (doi: 10.1038/nrg2484) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

. 2006 Организми намунавӣ ҳамчун система: ҳамгироӣ omics маҷмӯи маълумот. Нат. Ваҳй Мол. Ҳуҷайраҳои биол. 7, 198–210. (doi: 10.1038/nrm1857) Crossref, PubMed, Google Scholar

2014 Интегратсияи маълумот дар давраи омика: мушкилоти ҷорӣ ва оянда. Системаи BMC. Биол. 8, I1. (doi: 10.1186/1752-0509-8-S2-I1) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Видал М, Кусик ME, Барабаси А.

. 2011 Шабакаҳои интерактивӣ ва бемории инсон. Ҳуҷайра 144, 986-998. (doi:10.1016/j.cell.2011.02.016) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Айттокалио Т, ​​Швиковски Б.

. 2006 Усулҳои графикӣ барои таҳлили шабакаҳо дар биологияи ҳуҷайра. Биоинформатикаи мухтасар 7, 243–255. (doi: 10.1093/bib/bbl022) Crossref, PubMed, Google Scholar

. 2011 Таъсири мутақобилаи сафеда-протеин: фаҳмидани шабакаҳо тавассути моделсозии графикӣ-назариявӣ. Bioessays 33, 115–123. (doi: 10.1002/bies.201000044) Crossref, PubMed, Google Scholar

Хейкс Л, Пинни Ҷ.В., Робертсон DL, Ловелл SC

. 2008 Шабакаҳои мутақобилаи сафеда-протеин ва биология - чӣ робита дорад? Нат. Биотехнол. 26, 69–72. (doi: 10.1038/nbt0108-69) Crossref, PubMed, Google Scholar

2004 Харитасозии глобалии шабакаи мутақобилаи генетикии хамиртуруш. Илм 303, 808-813. (doi: 10.1126/science.1091317) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Диксон СҶ, Костанцо М, Барышникова А, Эндрюс Б, Бун С

. 2009 Харитаи системавии шабакаҳои мутақобилаи генетикӣ. Анну. Ваҳй Генет. 43, 601–625. (doi: 10.1146/annurev.genet.39.073003.114751) Crossref, PubMed, Google Scholar

2010 Манзараи генетикии ҳуҷайра. Илм 327, 425–431. (doi: 10.1126/science.1180823) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

. 2005 Шабакаҳои метаболикии аз ҷиҳати миқёс бой. Физ. Ваҳй Летт. 94, 168101. (doi: 10.1103/PhysRevLett.94.168101) Crossref, PubMed, Google Scholar

Равас Е, Сомера АЛ, Монгру DA, Олтвай ЗН, Барабаси А-Л

. 2002 Ташкили иерархияи модулият дар шабакаҳои метаболикӣ. Илм 297, 1551–1555. (doi: 10.1126/science.1073374) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

. 2003 Азнавсозии шабакаҳои метаболикӣ аз маълумоти геномӣ ва таҳлили сохтори глобалии онҳо барои организмҳои гуногун. Биоинформатика 19, 270-277. (doi: 10.1093/биоинформатика/19.2.270) Crossref, PubMed, Google Scholar

. 2001 Ҷаҳони хурд дар дохили шабакаҳои бузурги метаболикӣ. Прок. R. Soc. Лондон. Б. 268, 1803-1810. (doi: 10.1098/rspb.2001.1711) Истинод, ISI, Google Scholar

Прието С, Рисуэо А, Фонтанилло С, Де Лас Ривас Ҷ

. 2008 Манзараи муштараки генҳои инсон: шабакаи боэътимоде, ки аз профилҳои транскриптомии бофтаҳо гирифта шудааст. PLoS ЯК 3, e3911. (doi: 10.1371/journal.pone.0003911) Crossref, PubMed, Google Scholar

Стюарт ҶМ, Сегал Е, Коллер Д, Ким С.К

. 2003 Шабакаи генофондисионӣ барои кашфи глобалии модулҳои ҳифзшудаи генетикӣ. Илм 302, 249-255. (doi: 10.1126/science.1087447) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Мостафави С, Рэй Д, Уорде-Фарли Д, Гроуиос С, Моррис К

. 2008 GeneMANIA: алгоритми ҳамгироии шабакаҳои сершумори ассотсиатсионӣ барои пешгӯии функсияи ген. Геном Биол. 9, S4. (doi:10.1186/gb-2008-9-s1-s4) Crossref, PubMed, Google Scholar

Linghu B, Snitkin E, Hu Z, Xia Y, DeLisi C.

. 2009 Афзалияти умумиҷаҳонии геномӣ ба генҳои беморӣ ва муайян кардани ассотсиатсияҳои беморӣ ва бемориҳо аз шабакаи ҳамгирошудаи алоқаи функсионалии инсон. Геном Биол. 10, R91. (doi: 10.1186/gb-2009-10-9-r91) Crossref, PubMed, Google Scholar

Прюитт КД, Татусова Т, Браун GR, Маглотт DR

. 2012 пайдарпаии истинод NCBI (RefSeq): вазъи ҷорӣ, хусусиятҳои нав ва сиёсати тафсир геном. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 40, D130 -D135. (doi: 10.1093/nar/gkr1079) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2007 Тадқиқоти ассотсиатсияҳои геномӣ макони нави хавфи диабети намуди 2-ро муайян мекунад. Табиат 445, 881–885. (doi: 10.1038/nature05616) Crossref, Google Scholar

2013 Лоиҳаи таҳлили саратони геномаи атлас. Нат. Генет. 45, 1113–1120. (doi: 10.1038/ng.2764) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Заррей М, Мерико Д, Шерер С.В

. 2015 Нусхаи харитаи тағирёбии шумораи геномҳои инсон. Нат. Ваҳй Генет. 16, 172–183. (doi: 10.1038/nrg3871) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2000 Онтологияи ген: абзори муттаҳидсозии биология. Нат. Генет. 25, 25–29. (doi: 10.1038/75556) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Schriml LM, Arze C, Nadendla S, Chang Y-WW, Mazaitis M, Felix V, Feng G, Kibbe WA

. 2012 Онтологияи бемориҳо: шоҳроҳи ҳамгироии семантикии бемориҳо. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 40, D940–D946. (doi: 10.1093/nar/gkr972) Crossref, PubMed, Google Scholar

Берман ҲМ, Уэстбрук Ҷ, Фен З, Гиллиланд Г, Бхат Т, Вайсиг Х, Шиндалов И.Н.

. 2000 Бонки маълумоти сафедаҳо. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 28, 235-242. (doi: 10.1093/nar/28.1.235) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Wishart DS, Knox C, Guo AC, Cheng D, Shrivastava S, Tzur D, Gautam B, Hassanali M

. 2008 Drugbank: Пойгоҳи дониш барои маводи мухаддир, амалҳои маводи мухаддир ва ҳадафҳои маводи мухаддир. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 36(Замимаи 1), D901 -D906. (doi: 10.1093/nar/gkm958) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2013 Махзани маълумоти муқоисавии токсикогеномика: навсозии 2013. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 41, D1104 -D1114. (doi: 10.1093/nar/gks994) Crossref, PubMed, Google Scholar

Болтон ЕЭ, Ванг Ю, Тиссен ПА, Брайант Ш

. 2008 PubChem: платформаи ҳамгирошудаи молекулаҳои хурд ва фаъолиятҳои биологӣ. Анну. Ҳисоббаробаркунӣ. Химия. 4, 217–241. (doi: 10.1016/S1574-1400(08)00012-1) Crossref, Google Scholar

. 2007 Хулосаи шабакавӣ, таҳлил ва моделсозӣ дар биологияи системаҳо. Ҳуҷайраи растаниҳо 19, 3327–3338. (doi: 10.1105/tpc.107.054700) Crossref, PubMed, Google Scholar

2002 Шабакаҳои танзимкунандаи транскрипсия дар Saccharomyces cerevisiae . Илм 298, 799–804. (doi:10.1126/science.1075090) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Hecker M, Lambeck S, Toepfer S, Van Someren E, Guthke R.

. 2009 Хулосаи шабакаи танзимкунандаи ген: ҳамгироии маълумот дар моделҳои динамикӣ - бознигарӣ. Системаҳои биосистема 96, 86-103. (doi: 10.1016/j.biosystems.2008.12.004) Crossref, PubMed, Google Scholar

Ли I, Date SV, Adai AT, Marcotte EM

. 2004 Шабакаи эҳтимолии функсионалии генҳои хамиртуруш. Илм 306, 1555-1558. (doi: 10.1126/science.1099511) Crossref, PubMed, Google Scholar

Ланкриет ГРГ, Де Би Т, Кристианини Н, Ҷордан Ми, Нобл ВС

. 2004 Чаҳорчӯбаи оморӣ барои омезиши маълумотҳои геномӣ. Биоинформатика 20, 2626–2635. (doi: 10.1093/биоинформатика/bth294) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Ланкриет Г, Денг М, Кристианини Н, Иордан М, Нобл В

. 2004 Омезиши маълумот дар асоси ядро ​​ва татбиқи он барои пешгӯии функсияи сафеда дар хамиртуруш. Дар Биокомпютер 2004, Proc. Уқёнуси Ором, Ҳавайӣ, ИМА, 6-10 январ, саҳ. 300–311. Google Scholar

. 2013 Муносибатҳои интегратсионӣ барои пешгӯии функсияи сафедаҳо ва афзалият додани генҳо барои фенотипҳои мураккаб бо истифода аз шабакаҳои мутақобилаи сафедаҳо. Мухтасар. Биоинформатика 15, 685-698. (doi: 10.1093/bib/bbt041) Crossref, PubMed, Google Scholar

Троянская ОГ, Долинский К, Оуэн АБ, Алтман РБ, Ботштейн Д.

. 2003 Чаҳорчӯбаи Bayesian барои омезиши манбаъҳои маълумоти гетерогенӣ барои пешгӯии функсияи ген (дар Saccharomyces cerevisiae) . Прок. Натл Акад. Илм. ИМА 100, 8348–8353. (doi: 10.1073/pnas.0832373100) Crossref, PubMed, Google Scholar

Глигориевич В, Янич В, Пржуль Н

. 2014 Интегратсияи маълумоти шабакаи молекулавӣ барқарорсозии онтологияи ген. Биоинформатика 30, i594–i600. (doi: 10.1093/bioinformatics/btu470) Crossref, PubMed, Google Scholar

Нариаи Н, Колачык ЭД, Касиф С

. 2007 Пешгӯии функсияи сафедаи эҳтимолӣ аз маълумотҳои гетерогении геномӣ. PLoS ЯК 2, e337. (doi: 10.1371/journal.pone.0000337) Crossref, PubMed, Google Scholar

Ван Х, Хуан Х, Дин Ч, Ни Ф

. 2013 Пешгӯии мутақобилаи протеин-протеин аз манбаъҳои мултимодалии биологӣ тавассути три-факторизатсияи матритсаи манфӣ. Ҷ. Ҳисоббарор. Биол. 20, 344-358. (doi: 10.1089/cmb.2012.0273) Crossref, PubMed, Google Scholar

Köhler S, Bauer S, Horn D, Robinson PN

. 2008 Қадами интерактивӣ барои афзалият додани генҳои бемориҳои номзад. Ам. J. Hum. Генет. 82, 949–958. (doi: 10.1016/j.ajhg.2008.02.013) Crossref, PubMed, Google Scholar

. 2013 Боби 15: Афзалияти генҳои беморӣ. Ҳисоби PLoS. Биол. 9, e1002902. (doi: 10.1371/journal.pcbi.1002902) Crossref, PubMed, Google Scholar

Хван Т, Атлури Г, Сие М, Дей С, Ҳонг С, Кумар В, Куанг Р

. 2012 Феномегеномаи кластерӣ барои таснифи фенотип ва кашфи генҳои беморӣ. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 40, e146. (doi: 10.1093/nar/gks615) Crossref, PubMed, Google Scholar

Žitnik M, Janjić V, Chris L et al.

2013 Кашф кардани ассотсиатсияҳои бемориҳо ва бемориҳо тавассути омезиши маълумоти молекулавии сатҳи система. Илм. Намояндагӣ 3, 3202. (doi: 10.1038/srep03202) Crossref, PubMed, Google Scholar

. 2004 Ҷойгиркунии маводи мухаддир: муайян ва таҳияи истифодаи нави доруҳои мавҷуда. Нат. Rev. маводи мухаддир Discov. 3, 673–683. (doi: 10.1038/nrd1468) Crossref, PubMed, Google Scholar

Наполитано Ф, Чжао Ю, Морейра ВМ, Тальяферри Р, Кере Ҷ, Д'Амато М, Греко Д

. 2013 Ҷойгиркунии маводи мухаддир: равиши омӯзиши мошин тавассути ҳамгироии маълумот. Ҷ. Чеминформ. 5, 30. (doi: 10.1186/1758-2946-5-30) Crossref, PubMed, Google Scholar

. 2010 Роҳ ба тибби фардӣ. Н. Англия. J. Med. 363, 301-304. (doi: 10.1056/NEJMp1006304) Crossref, PubMed, Google Scholar

Ричи MD, де Андраде М, Куиваниеми Ҳ

. 2015 Асоси тибби дақиқ: ҳамгироии сабтҳои электронии саломатӣ бо геномика тавассути таҳқиқоти бунёдӣ, клиникӣ ва тарҷумавӣ. Фронт. Генет. 6, 1-4. (doi: 10.3389/fgene.2015.00104) Crossref, PubMed, Google Scholar

Dutkowski J, Kramer M, Surma MA, Balakrishnan R, Cherry JM, Krogan NJ, Ideker T

. 2013 Онтологияи ген, ки аз шабакаҳои молекулавӣ бармеояд. Нат. Биотехнол. 31, 38-45. (doi: 10.1038/nbt.2463) Crossref, PubMed, Google Scholar

Sun K, Buchan N, Larminie C, Pržulj N

. 2014 Шабакаи маҷмӯии бемориҳо. Интегр. Биол. 6, 1069-1079. (doi: 10.1039/c4ib00122b) Crossref, Google Scholar

. 2011 Омӯзиш ва истисмори мутақобилаи бемориҳо аз шабакаҳои генетикӣ ва фенотипӣ. PLoS ЯК 6, e22670. (doi: 10.1371/journal.pone.0022670) Crossref, PubMed, Google Scholar

Гуо X, Гао Л, Вей С, Янг Х, Чжао Ю, Донг А

. 2011 Усули ҳисоббарорӣ ба ҳамгироии шабакаҳои гетерогенӣ барои пешгӯии ассотсиатсияҳои генҳои беморӣ асос ёфтааст. PLoS ЯК 6, e24171. (doi: 10.1371/journal.pone.0024171) Crossref, PubMed, Google Scholar

2012 Пешгӯии таъсири мутақобилаи маводи мухаддир ва ҷойгиркунии маводи мухаддир тавассути хулосаи ба шабака асосёфта. Ҳисоби PLoS. Биол. 8, e1002503. (doi:10.1371/journal.pcbi.1002503) Crossref, PubMed, Google Scholar

Эмиг Д, Ивлиев А, Пустовалова О, Ланкашир Л, Буреева С, Никольский Ю, Бессарабова М.

. 2013 Пешгӯӣ ва ҷойгиркунии ҳадафи маводи мухаддир бо истифода аз равиши ҳамгирошудаи шабакавӣ. PLoS ЯК 8, e60618. (doi: 10.1371/journal.pone.0060618) Crossref, PubMed, Google Scholar

Вануну О, Маггер О, Руппин Е, Шломи Т, Шаран Р

. 2010 Пайвастани генҳо ва комплексҳои сафеда бо беморӣ тавассути паҳншавии шабака. Ҳисоби PLoS. Биол. 6, e1000641. (doi: 10.1371/journal.pcbi.1000641) Crossref, PubMed, Google Scholar

. Хулоса баровардани ассотсиатсияҳои бемориҳои нашъамандӣ аз ҳамгироии маълумоти химиявӣ, геномӣ ва фенотип бо истифода аз паҳнкунии шабака. BMC Med. Геномика 6, 1–14. (doi: 10.1186/1755-8794-6-S3-S4) Crossref, PubMed, Google Scholar

Савора АК, Чавла Н.В., Эмрих СЖ

. 2013 Тадқиқоти алгоритмҳои ҷории интегратсионии шабака барои биологияи системаҳо , саҳ. 479–495. Амстердам, Нидерландия: Springer. Google Scholar

. 2010 Интегратсияи маълумот ва таҳлили шабакаҳои биологӣ. Курр. Фикр. Биотехнол. 21, 78-84. (doi:10.1016/j.copbio.2010.01.003) Crossref, PubMed, Google Scholar

Bebek G, Koyutuerk M, Нарх ND, Шанс MR

. 2012 Усулҳои биологияи шабакавӣ, ки маълумоти биологиро барои илми тарҷума муттаҳид мекунанд. Мухтасар. Биоинформатика 13, 446-459. (doi: 10.1093/bib/bbr075) Crossref, PubMed, Google Scholar

Hamid JS, Hu P, Roslin NM, Ling V, Greenwood CMT, Beyene J

. 2009 Ҳамгироии маълумот дар генетика ва геномика: усулҳо ва мушкилот. Хум. Геномика Протеомика 2009, 869093. (doi: 10.4061/2009/869093) PubMed, Google Scholar

Кристенсен ВН, Лингжерде ОК, Руснес ХГ, Воллан ХКМ, Фригесси А, Борресен-Дейл А.Л.

. 2014 Принсипҳо ва усулҳои таҳлили интегративии геномӣ дар саратон. Нат. Ваҳй Саратон 14, 299-313. (doi: 10.1038/nrc3721) Crossref, PubMed, Google Scholar

. 2011 Усулҳои ядро ​​дар биоинформатика. Дар Дастурамали биоинформатикаи оморӣ (тахрир

), Дастурҳои Springer оид ба омори ҳисоббарорӣ, саҳ. 317–334. Берлин, Олмон: Springer. Crossref, Google Scholar

Нидхэм CJ, Брэдфорд Ҷ.Р., Булпитт АҶ, Вестхед ДР

. 2007 Аввалин омӯзиш дар шабакаҳои Байесӣ барои биологияи ҳисоббарорӣ. Ҳисоби PLoS. Биол. 3, e129. (doi: 10.1371/journal.pcbi.0030129) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

. 2008 Факторизатсияи матритсаи манфӣ: воситаи таҳлилӣ ва тафсирӣ дар биологияи ҳисоббарорӣ. Ҳисоби PLoS. Биол. 4, e1000029. (doi:10.1371/journal.pcbi.1000029) Crossref, PubMed, Google Scholar

. 2015 Усулҳои ҳисоббарорӣ барои ҳамгироии маълумоти биологӣ. Дар Тибби фардӣ: мушкилоти нави тиббӣ ва иҷтимоӣ (муаллифон Н Бодирога-Вукобрат, К Павелич, Д Рукавина, Г. Г. Сандер). Берлин, Олмон: Springer. Google Scholar

Алкараз Н, Полинг Ҷ, Батра Р, Барбоза Е, Юнге А, Кристенсен А, Азеведо В, Дитзел ҲЖ, Баумбах Ҷ

. 2014 Keypathwayminer 4.0: Таҳлили роҳи мушаххаси шароит тавассути омезиши якчанд таҳқиқоти омикӣ ва шабакаҳо бо cytoscape. Системаи BMC. Биол. 8, 99. (doi: 10.1186/s12918-014-0099-x) Crossref, PubMed, Google Scholar

Митра К, Карвунис А-Р, Рамеш СК, Идекер Т

. 2013 Равишҳои интегралӣ барои дарёфти сохтори модулӣ дар шабакаҳои биологӣ. Нат. Ваҳй Генет. 14, 719-732. (doi: 10.1038/nrg3552) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2015 Интегратсияи шабакавии маълумоти параллелии метаболикӣ ва транскриптӣ модулҳои мубодилаи моддаҳоро нишон медиҳад, ки поляризатсияи макрофагҳоро танзим мекунанд. Иммунитет 42, 419-430. (doi: 10.1016/j.immuni.2015.02.005) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2005 Усули ҳамгироии додаҳо барои биологияи системаҳо. Прок. Натл Акад. Илм. ИМА 102, 17 296–17 301. (doi:10.1073/pnas.0508647102) Crossref, Google Scholar

. 2000 Муқаддима ба назарияи графикӣ , нашри 2. Ню Йорк, NY: Толори Прентис. Google Scholar

. 2010 Шабакаҳо: муқаддима . New York, NY: Oxford University Press, Inc. Crossref, Google Scholar

. 2004 Спектри Лапласии график. Ҳисоб. Математика Appl. 48, 715-724. (doi:10.1016/j.camwa.2004.05.005) Crossref, Google Scholar

Белкин М, Ниёги П, Синдвани В.

. 2006 Танзими бисёрҷониба: чаҳорчӯбаи геометрӣ барои омӯзиш аз намунаҳои нишонгузор ва номаълум. J. Mach. Омӯзед. Рес. 7, 2399–2434. Google Scholar

. 2005 Шабакаҳои бидуни миқёс дар биологияи ҳуҷайра. J. Cell Sci. 118, 4947–4957. (doi:10.1242/jcs.02714) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

. 2004 Биологияи шабака: Фаҳмидани созмони функсионалии ҳуҷайра. Нат. Ваҳй Генет. 5, 101–113. (doi: 10.1038/nrg1272) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Пржулҷ Н, Корнейл Д.Г., Юрисика I

. 2004 Моделсозии интерактивӣ: бе миқёс ё геометрӣ? Биоинформатика 20, 3508-3515. (doi: 10.1093/bioinformatics/bth436) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Higham DJ, Rašajski M, Pržulj N.

. 2008 Ҷойгир кардани графикаи геометрӣ ба шабакаи мутақобилаи сафедаҳо. Биоинформатика 24, 1093–1099. (doi: 10.1093/bioinformatics/btn079) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Winterbach W, Mieghem PV, Reinders M, Wang H, Ridder DD

. 2013 Топологияи шабакаҳои мутақобилаи молекулавӣ. Системаи BMC. Биол. 7, 90. (doi: 10.1186/1752-0509-7-90) Crossref, PubMed, Google Scholar

Пойгоҳи иттилоотии ҳамкории BioGRID 2013. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 41, D816 -D823. (doi: 10.1093/nar/gks1158) Crossref, PubMed, Google Scholar

Канехиса М, Гото С, Сато Ю, Фурумичи М, Танабе М

. 2012 KEGG барои ҳамгироӣ ва тафсири маҷмӯаҳои маълумоти молекулавии миқёси калон. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 40, D109 -D114. (doi: 10.1093/nar/gkr988) Crossref, PubMed, Google Scholar

2011 DrugBank 3.0: як манбаи ҳамаҷониба барои тадқиқоти 'omics' оид ба маводи мухаддир. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 39(Замимаи 1), D1035 -D1041. (doi: 10.1093/nar/gkq1126) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2012 GWASdb: пойгоҳи додаҳо барои вариантҳои генетикии инсон, ки аз ҷониби таҳқиқоти ассотсиатсияи умуми геном муайян карда шудаанд. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 40, D1047 -D1054. (doi: 10.1093/nar/gkr1182) Crossref, PubMed, Google Scholar

2013 Муқоисаи систематикии омӯзиши ассотсиатсияҳои феномаи маълумот дар бораи сабтҳои тиббии электронӣ ва маълумотҳои омӯзиши ассотсиатсияҳои геномӣ. Нат. Биотехнол. 31, 1102–1111. (doi: 10.1038/nbt.2749) Crossref, PubMed, Google Scholar

2007 NCBI GEO: истихроҷи даҳҳо миллионҳо пойгоҳи додаҳо ва навсозии асбобҳо. Кислотаҳои нуклеин Рез . 35(Замимаи 1), D760 -D765. (doi: 10.1093/nar/gkl887) Crossref, PubMed, Google Scholar

2005 ArrayExpress - анбори ҷамъиятӣ барои маълумот оид ба ифодаи генҳои микроэлементҳо дар EBI. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 33(Замимаи 1), D553 – D555. (doi: 10.1093/nar/gki056) Crossref, PubMed, Google Scholar

2009 Татбиқи GenePattern дар дохили базаи микроаррей Стэнфорд. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 37, D898 -D901.(doi: 10.1093/nar/gkn786) Crossref, PubMed, Google Scholar

Кун М, Кампиллос М, Летунич I, Йенсен ЛЖ, Борк П

. 2010 Манбаи таъсири тараф барои гирифтани таъсири фенотипии маводи мухаддир. Мол. Сист. Биол. 6, 343. (doi: 10.1038/msb.2009.98) Crossref, PubMed, Google Scholar

. 1995 Таъсири мутақобилаи сафеда ва сафеда: усулҳои ошкор ва таҳлил. Микробиол. Ваҳй. 59, 94–123. PubMed, Google Scholar

Jeong H, Tombor B, Albert R, Oltvai ZN, Barabasi A-L

. 2000 Ташкили васеъмиқёси шабакаҳои метаболикӣ. Табиат 407, 651–654. (doi: 10.1038/35036627) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

. 2013 Таҷдиди ҳисоббарории шабакаҳои метаболикӣ аз Kegg. Дар Токсикологияи ҳисоббарор , ҷ. 930 (тахрир

), саҳ. 235–249. Ню Йорк, NY: Humana Press. Google Scholar

Йилдирим М.А., Го КИ, Кусик ME, Барабаси АЛ, Видал М

. 2007 Шабакаи мақсадноки маводи мухаддир. Нат. Биотехнол. 25, 1119–1126. (doi: 10.1038/nbt1338) Crossref, PubMed, Google Scholar

2003 Кашфи ҳисоббаробаркунии модулҳои генҳо ва шабакаҳои танзимкунанда. Нат. Биотехнол. 21, 1337–1342. (doi: 10.1038/nbt890) Crossref, PubMed, Google Scholar

De Smet F, Mathys J, Marchal K, Thijs G, De Moor B, Moreau Y

. 2002 Кластерсозии мутобиқшавӣ ба сифат профилҳои ифодаи генҳо. Биоинформатика 18, 735-746. (doi: 10.1093/биоинформатика/18.5.735) Crossref, PubMed, Google Scholar

Луо Ф, Ян Ю, Чжун Ҷ, Гао Х, Хан Л, Томпсон Д, Чжоу Ҷ

. 2007 Сохтани шабакаҳои муштараки генҳо ва пешгӯии функсияҳои генҳои номаълум бо назарияи матритсаи тасодуфӣ. Биоинформатикаи BMC 8, 299. (doi: 10.1186/1471-2105-8-299) Crossref, PubMed, Google Scholar

. 2008 Якҷоя кардани таносуби қисман ва равиши назарияи иттилоот ба муҳандисии баръакси шабакаҳои ифодаи генҳо. Биоинформатика 24, 2491–2497. (doi: 10.1093/bioinformatics/btn482) Crossref, PubMed, Google Scholar

Баба К, Шибата Р, Сибуя М.

. 2004 Коррелятсияи қисман ва таносуби шартӣ ҳамчун ченакҳои истиқлолияти шартӣ. Ост. Н.З. J. Стат. 46, 657-664. (doi: 10.1111/j.1467-842X.2004.00360.x) Crossref, Google Scholar

. 2012 Унсурҳои назарияи иттилоот . Ню Йорк, Ню Йорк: Ҷон Вили ва писарон. Google Scholar

Виллетт П, Барнард ҶМ, Даунс GM

. 1998 Ҷустуҷӯи монандии кимиёвӣ. J. Chem. Инф. Ҳисоб. Илм. 38, 983–996. (doi: 10.1021/ci9800211) Crossref, Google Scholar

. 2003 Равишҳо барои чен кардани монандии кимиёвӣ - бознигарӣ. QSAR комбинатсияи. Илм. 22, 1006–1026. (doi: 10.1002/qsar.200330831) Crossref, Google Scholar

Чжан П, Агарвал П, Обрадович З

. 2013 Ҷойгиркунии ҳисоббаробаркунии доруҳо аз рӯи рейтинг ва ҳамгироии сарчашмаҳои сершумори маълумот , ҷилди. 8190 аз Тавсифи лексияҳо дар илми информатика, саҳ. 579 – 594. Берлин, Олмон: Springer. Crossref, Google Scholar

Atkinson HJ, Morris JH, Ferrin TE, Babbitt PC

. 2009 Истифодаи шабакаҳои шабеҳи пайдарпай барои визуализатсияи муносибатҳо дар байни оилаҳои гуногуни сафедаҳо. PLoS ЯК 4, e4345. (doi: 10.1371/journal.pone.0004345) Crossref, PubMed, Google Scholar

Валаванис I, Спиру Г, Никита К.

. 2010 Муносибати шабакавии шабеҳ барои таҳлил ва муқоисаи маҷмӯи пайдарпаӣ/сохторҳои сафеда. Ҷ. Биомед. Хабар диҳед. 43, 257–267. (doi:10.1016/j.jbi.2010.01.005) Crossref, PubMed, Google Scholar

Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ

. 1990 Воситаи асосии ҷустуҷӯи ҳамоҳангсозии маҳаллӣ. J. Мол. Биол. 215, 403–410. (doi:10.1006/jmbi.1990.9999) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

. 2000 коргоҳи DaliLite барои муқоисаи сохтори сафедаҳо. Биоинформатика 16, 566–567. (doi: 10.1093/биоинформатика/16.6.566) Crossref, PubMed, Google Scholar

. 2003 Интегратсия омик маълумот: пули байни геномика ва биологияи системаҳо. Тамоюлҳои Genet. 19, 551–560. (doi: 10.1016/j.tig.2003.08.009) Crossref, PubMed, Google Scholar

Mani R, St.Onge RP, Hartman JL, Giaever G, Roth FP

. 2008 Муайян кардани таъсири мутақобилаи генетикӣ. Прок. Натл Акад. Илм. ИМА 105, 3461-3466. (doi:10.1073/pnas.0712255105) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

. 2012 Якҷоя кардани бисёр шабакаҳои мутақобила барои пешгӯии функсияи генҳо ва таҳлили рӯйхати генҳо. Протеомика 12, 1687–1696. (doi: 10.1002/pmic.201100607) Crossref, PubMed, Google Scholar

2008 Интегратсияи маълумоти васеъмиқёси функсионалии геномӣ барои ҷудо кардани мураккабии шабакаҳои танзимкунандаи хамиртуруш. Нат. Генет. 40, 854–861. (doi: 10.1038/ng.167) Crossref, PubMed, Google Scholar

2013 Равиши системаҳои интегратсионӣ гиреҳҳо ва шабакаҳои генетикиро дар бемории Алтсгеймер дер саршуда муайян мекунад. Ҳуҷайра 153, 707–720. (doi: 10.1016/j.cell.2013.03.030) Crossref, PubMed, Google Scholar

2003 Муносибати шабакаҳои Байесӣ барои пешгӯии мутақобилаи сафедаҳо ва протеинҳо аз маълумоти геномӣ. Илм 302, 449–453. (doi: 10.1126/science.1087361) Crossref, PubMed, Google Scholar

Gevaert O, Smet FD, Timmerman D, Moreau Y, Moor BD

. 2006 Пешгӯии пешгӯии саратони сина тавассути ҳамгироии маълумоти клиникӣ ва микроарравӣ бо шабакаҳои Байесӣ. Биоинформатика 22, e184 -e190. (doi: 10.1093/bioinformatics/btl230) Crossref, PubMed, Google Scholar

ван Влиет М.Х., Хорлингс Ҳ.М, ван де Вийвер МҶ, Реиндерс МҶ, Весселс Л.Ф.

. 2012 Интегратсияи маълумоти ифодаи клиникӣ ва генӣ ба пешгӯии натиҷаи саратони сина таъсири синергетикӣ дорад. PLoS ЯК 7, e40358. (doi:10.1371/journal.pone.0040358) Crossref, PubMed, Google Scholar

Юан Ю, Savage RS, Markowetz F

. 2011 Якҷоякунии маълумоти мушаххаси беморон зергурӯҳҳои пешгӯии саратонро муайян мекунад. Ҳисоби PLoS. Биол. 7, e1002227. (doi: 10.1371/journal.pcbi.1002227) Crossref, PubMed, Google Scholar

Ван Ю, Чен С, Дэн Н, Ван Ю

. 2013 Ҷойгиркунии маводи мухаддир тавассути ҳамгироии ба ядро ​​асосёфтаи сохтори молекулавӣ, фаъолияти молекулавӣ ва маълумоти фенотипӣ. PLoS ЯК 8, e78518. (doi: 10.1371/journal.pone.0078518) Crossref, PubMed, Google Scholar

. 2005 Интегратсияи интихобии маълумоти сершумори биологӣ барои хулосаи шабакаҳои назоратшаванда. Биоинформатика 21, 2488–2495. (doi: 10.1093/bioinformatics/bti339) Crossref, PubMed, Google Scholar

Яманиши Ю, Верт Ҷ-П, Канехиса М

. 2004 Хулосаи шабакаи сафедаҳо аз маълумоти сершумори геномӣ: равиши назоратшаванда. Биоинформатика 20(Замимаи 1), i363 – i370. (doi: 10.1093/bioinformatics/bth910) Crossref, PubMed, Google Scholar

Дамен А, Геваерт О, Де Мур Б

. 2007 Ҳамгироии маълумоти клиникӣ ва микроарравӣ бо усулҳои ядро. Дар Муҳандисӣ дар ҷомеаи тиб ва биология, 2007. EMBS 2007. Intth 29th Annual Int. Конф. аз IEEE , саҳ. 5411–5415. Piscataway, NJ: IEEE. Google Scholar

. 2015 Омезиши маълумот аз рӯи факторизатсияи матритса. IEEE Trans. Намунаи анал. Мах. Интелл. 37, 41-53. (doi: 10.1109/TPAMI.2014.2343973) Crossref, PubMed, Google Scholar

Pavlidis P, Cai J, Weston J, Noble WS

. 2002 Омӯзиши гурӯҳбандии функсионалии генҳо аз намудҳои гуногуни маълумот. Ҷ. Ҳисоббарор. Биол. 9, 401-411. (doi: 10.1089/10665270252935539) Crossref, PubMed, Google Scholar

Озен А, Гонен М, Алпайдин Э, Халилоглу Т.

. 2009 Ҳамгироии омӯзиши мошинсозӣ барои пешгӯии таъсири ивазкуниҳои аминокислотаҳои ягона ба устувории сафедаҳо. Сохтори BMC. Биол. 9, 66. (doi: 10.1186/1472-6807-9-66) Crossref, PubMed, Google Scholar

Чен Ы, Ҳао Ҷ, Ҷианг В, Хе Т, Чжан Х, Цзян Т, Цзян Р

. 2013 Муайян кардани генҳои эҳтимолии драйвери саратон тавассути ҳамгироии маълумоти геномӣ. Илм. Намояндагӣ 3, 66. (doi: 10.1038/srep03538) Crossref, Google Scholar

Goh K-I, Cusick ME, Valle D, Childs B, Vidal M, Barabsi A-L

. 2007 Шабакаи бемориҳои инсон. Прок. Натл Акад. Илм. ИМА 104, 8685–8690. (doi: 10.1073/pnas.0701361104) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

. 2008 Шабакаҳои Байесӣ . Ню Йорк, Ню -Йорк: Ҷон Вили ва ампсонҳо, Ltd. Google Scholar

Sachs K, Perez O, Peer D, Lauffenburger DA, Nolan GP

. 2005 Шабакаҳои протеинали сигнализатсионӣ, ки аз маълумоти бисёрпараметрии як ҳуҷайра гирифта шудаанд. Илм 308, 523-529. (doi:10.1126/science.1105809) Crossref, PubMed, Google Scholar

. 2004 Баррасии шабакаҳои мобилӣ бо истифода аз моделҳои графикии эҳтимолӣ. Илм 303, 799-805. (doi: 10.1126/science.1094068) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

. 1996 Омӯзиши шабакаҳои Байесӣ NP-пурра аст. Дар Омӯзиш аз маълумот , саҳ.112-130. Берлин, Олмон: Springer. Google Scholar

. 1990 Мушкилии ҳисобкунии хулосаи эҳтимолӣ бо истифода аз шабакаҳои эътиқоди Байесӣ. Артиф. Интелл. 42, 393-405. (doi: 10.1016/0004-3702(90)90060-D) Crossref, ISI, Google Scholar

Шадт Е, Дӯст С, Шайвиц Д

. 2009 Намуди шабакавӣ оид ба беморӣ ва скрининги мураккаб. Нат. Rev. маводи мухаддир Discov. 8, 286-295. (doi: 10.1038/nrd2826) Crossref, PubMed, Google Scholar

. 2006 Генетикаи ифодаи глобалии ген. Нат. Ваҳй Генет. 7, 862–872. (doi: 10.1038/nrg1964) Crossref, PubMed, Google Scholar

2013 STRING v9.1: шабакаҳои мутақобилаи сафеда ва сафеда, бо фарогирии васеъ ва ҳамгироӣ. Кислотаҳои нуклеинӣ Res. 41, D808 -D815. (doi: 10.1093/nar/gks1094) Crossref, PubMed, Google Scholar

Schölkopf B, Tsuda K, Vert J-P

. 2004 Усулҳои ядро ​​дар биологияи ҳисоббарорӣ . Кембриҷ, MA: Матбуоти MIT. Google Scholar

. 2012 Ҳисобҳои матритса , ҷ. 3. Балтимор, MD: JHU Press. Google Scholar

Лесли CS, Eskin E, Noble WS

. 2002 Ядрои спектр: ядрои сатр барои таснифи сафедаи SVM. Дар Симп Уқёнуси Ором. оид ба биокомпьютер, 3-7 январ, саҳ. 566–575. Google Scholar

Лесли CS, Эскин Е, Коэн А, Вестон Ҷ, Нобл ВС

. 2004 Набудани ядроҳои сатр барои таснифи табъизи табъиз. Биоинформатика 20, 467-476. (doi: 10.1093/bioinformatics/btg431) Crossref, PubMed, Google Scholar

. 2003 Муайянкунии дурдасти гомология: равиши ба мотив асосёфта. Биоинформатика 19(Замимаи 1), 26 – i33. (doi: 10.1093/bioinformatics/btg1002) Crossref, Google Scholar

Гомес SM, Noble WS, Rzhetsky A.

. 2003 Омӯзиш барои пешгӯии мутақобилаи сафедаҳо ва сафедаҳо аз пайдарпаии сафедаҳо. Биоинформатика 19, 1875-1881. (doi: 10.1093/bioinformatics/btg352) Crossref, PubMed, Google Scholar

. 2002 ядроҳои диффузия дар графикҳо ва дигар сохторҳои дискретӣ. Дар Прок. ICML, 8-12 июл, саҳ. 315–322. Google Scholar

Ҳерст MA, Думаис С.Т., Осман Е, Платт Ҷ, Шолкопф Б.

. 1998 Дастгирии мошинҳои векторӣ. IEEE Интелл. Сист. Appl. 13, 18–28. (doi: 10.1109/5254.708428) Google Scholar

. 2005 Таҳлили ҷузъҳои асосӣ . Ню Йорк, Ню Йорк: Китобхонаи онлайн Wiley. Google Scholar

Хардун Д, Сзедмак С, Шоу-Тейлор Ҷ

. 2004 Таҳлили таносуби каноникӣ: шарҳи истифодаи усулҳои омӯзиш. Ҳисобкунии асаб 16, 2639–2664. (doi: 10.1162/0899766042321814) Crossref, PubMed, Google Scholar

. 1998 Назарияи омӯзиши оморӣ , ҷ. 1. Ню Йорк, Ню Йорк: Вили. Google Scholar

Boser BE, Guyon IM, Vapnik VN

. 1992 Алгоритми омӯзиш барои таснифкунандагони маржа оптималӣ. Дар Прок. Семинари панҷуми солона оид ба назарияи омӯзиши ҳисоббарорӣ , 27-29 июл, саҳ. 144–152. Ню Йорк, Ню -Йорк: ACM. Google Scholar

Бен-Хур А, Онг CS, Сонненбург С, Шолкопф Б, Ратч Г.

. 2008 Дастгирии мошинҳои векторӣ ва ядроҳо барои биологияи ҳисоббарорӣ. Ҳисоби PLoS. Биол. 4, e1000173. (doi: 10.1371/journal.pcbi.1000173) Crossref, PubMed, Google Scholar

2004 Дастгирии барномаҳои мошини векторӣ дар биологияи ҳисоббарор. Дар Усулҳои ядро ​​дар биологияи ҳисоббарорӣ (eds B Schoelkopf, K Tsuda, J-P Vert), саҳ. 71–92. Кембриҷ, MA: MIT Press. Google Scholar

. 2011 Алгоритмҳои сершумори омӯзиши ядро. J. Mach. Омӯзед. Рес. 12, 2211-22268. Google Scholar

. Усулҳои ядро ​​барои таҳлили миқёси миқёси геномии 2014. Мухтасар. Биоинформатика 16, 183–192. (doi: 10.1093/bib/bbu024) Crossref, PubMed, Google Scholar

Ю С, Транчевент Л.-С, Мур БД, Моро Ю

. 2011 Омезиши маълумот дар асоси ядро ​​барои омӯзиши мошин-усулҳо ва барномаҳо дар биоинформатика ва истихроҷи матн, ҷ. 345 Тадқиқотҳо дар зеҳни ҳисоббарорӣ . Берлин, Олмон: Springer. Google Scholar

. 1999 Майдонҳои хурдтарин таснифи мошини векториро дастгирӣ мекунанд. Раванди асаб. Летт. 9, 293-300. (doi: 10.1023/A: 1018628609742) Crossref, Google Scholar

. 1999 Омӯзиши қисмҳои объектҳо тавассути факторизатсияи матритсаи ғайриманфӣ. Табиат 401, 788–791. (doi: 10.1038/44565) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

. 1992 Квантизатсияи векторӣ ва фишурдани сигнал . Берлин, Олмон: Springer Science & amp Business Media. Crossref, Google Scholar

Cichocki A, Zdunek R, Phan AH, Amari S-I

. 2009 Матрицаи ғайриманфӣ ва факторизатсияҳои тензор: замимаҳо ба таҳлили бисёрҷонибаи маълумот ва ҷудокунии сарчашмаҳои кӯр . Ню Йорк, Ню Йорк: Ҷон Уайли ва Писарон. Crossref, Google Scholar

. 2005 Дар бораи эквивалентии факторизатсияи матритсаи ғайриманфӣ ва кластерсозии спектрӣ. Дар Прок. SIAM Int 2005 Конф. оид ба истихроҷи маълумот, 21-23 апрел, саҳ. 606–610. Google Scholar

. 2005 Равиши муттаҳидкунанда ба кластерсозии сахт ва эҳтимолӣ. Дар Даҳуми IEEE Int. Конф. оид ба биниши компютерӣ, 2005. ICCV 2005 , ҷ. 1, саҳ. 294–301. Piscataway, NJ: IEEE. Google Scholar

. 2013 Факторизатсияҳои матритсаи манфӣ барои кластеринг: тадқиқот. Дар Кластеризатсияи маълумот: алгоритмҳо ва барномаҳо , саҳ. 149–176. Ню Йорк, Ню -Йорк: Чапман ва амп Холл/CRC. Google Scholar

. 2004 Усулҳои факторизатсияи матритсаи ғайриманфӣ барои шинохти объект. Шинохти намуна. Летт. 25, 893-897. (doi:10.1016/j.patrec.2004.02.002) Crossref, Google Scholar

. 2003 Кластерсозии ҳуҷҷатҳо дар асоси факторизатсияи матритсаи ғайриманфӣ. Дар Прок. 26 -умин солонаи Int. ACM Sigir Conf. оид ба тадқиқот ва рушд дар ҷустуҷӯи иттилоот, 28 июл - 1 август , саҳ. 267–273. Ню Йорк, Ню -Йорк: ACM. Google Scholar

Шаҳноз Ф, Берри МВ, Паука ВП, Племмонс РҶ

. 2006 Кластергузории ҳуҷҷатҳо бо истифода аз факторизатсияи матритсаи манфӣ. Инф. Раванд. Идора кардан. 42, 373-386. (doi: 10.1016/j.ipm.2004.11.005) Crossref, Google Scholar

. 2003 Факторизатсияи матрицаи манфӣ барои транскрипсияи мусиқии полифонӣ. Дар Барномаҳои коркарди сигнал ба аудио ва акустика , саҳ.177–180. Piscataway, NJ: IEEE. Google Scholar

. 2007 Ҷудо кардани сарчашмаи садои моноалӣ бо факторизатсияи матрицаи манфӣ бо давомнокии муваққатӣ ва критерияҳои камшумор. IEEE Trans. Аудио, забони сухан. Раванд. 15, 1066–1074. (doi: 10.1109/TASL.2006.885253) Crossref, Google Scholar

Brunet J-P, Tamayo P, Golub TR et al.

2004 Метагенҳо ва кашфи шакли молекулавӣ бо истифода аз факторизатсияи матритса. Прок. Натл Акад. Илм. ИМА 101, 4164-4169. (doi: 10.1073/pnas.0308531101) Crossref, PubMed, Google Scholar

Хатчинс Л.Н., Мерфи SM, Сингҳ П, Грабер Ҷ

. 2008 Тавсифи мотиви аз мавқеъ вобаста бо истифода аз факторизатсияи матритсаи ғайриманфӣ. Биоинформатика 24, 2684–2690. (doi: 10.1093/bioinformatics/btn526) Crossref, PubMed, Google Scholar

Корен Ю, Белл Р, Волинский C.

. 2009 Усулҳои факторизатсияи матритса барои системаҳои тавсиядиҳанда. Компютер 42, 30-37. (doi: 10.1109/MC.2009.263) Crossref, Google Scholar

Чжан С, Ванг В, Форд Ҷ, Македон Ф

. 2006 Омӯзиш аз рейтингҳои нопурра бо истифода аз факторизатсияи матритсаи манфӣ. Дар СДМ , саҳ. 549–553. Бетезда, MD: SIAM. Google Scholar

Cheng C, Yang H, King I, Lyu MR

. 2012 Факторизатсияи матритсаи муттаҳидшуда бо таъсири ҷуғрофӣ ва иҷтимоӣ дар шабакаҳои иҷтимоии ба макон асосёфта. Дар Aaai'12 , 22-26 июл, саҳ. 1–1. Google Scholar

. 2009 Усули три-факторизатсияи матрицаи манфӣ ба таснифи эҳсосот бо дониши қаблии лексикӣ. Дар Прок. конфронси муштарак. Анҷумани 47-уми солонаи ACL ва 4-уми Int. Конфронси муштарак. дар бораи коркарди забони табиии AFNLP, 2-7 август, саҳ. 244–252. Ассотсиатсияи забоншиносии компютерӣ. Google Scholar

2006 Матритсаи ғайригативии ортогоналӣ Се факторизатсия барои кластер. Дар Прок. 12 -уми ACM SIGKDD Int. Конф. Дар бораи кашфи дониш ва истихроҷи маълумот, KDD '06, 20-23 август, саҳ. 126–135. Ню Йорк, Ню -Йорк: ACM. Google Scholar

. 1990 Проблемаҳои анҷом додани матритса: пурсиш. Дар Назария ва татбиқи матритса , ҷ. 40 аз Маводҳои симпозиум дар математикаи амалӣ, саҳ. 171–198. Провиденс, RI: AMS. Google Scholar

. 2009 Дар бораи мураккабии факторизатсияи матритсаи манфӣ. SIAM J. Оптим. 20, 1364–1377. (doi: 10.1137/070709967) Crossref, Google Scholar

Берри МВ, Браун М, Лангвилл АН, Паука ВП, Племмонс РҶ

. 2007 Алгоритмҳо ва барномаҳо барои факторизатсияи матрицавии тахминии манфӣ. Ҳисоб. Маълумоти оморӣ 52, 155-173. (doi:10.1016/j.csda.2006.11.006) Crossref, ISI, Google Scholar

. 2010 Факторизатсияҳои матритсаи барҷаста ва нимнегативӣ. IEEE Trans. Намунаи анал. Мах. Intell. 32, 45–55. (doi: 10.1109/TPAMI.2008.277) Crossref, PubMed, Google Scholar

. 2006 Назария ва усулҳои оптимизатсия: барномасозии ғайрихаттӣ , ҷ. 1. Берлин, Олмон: Springer Science & amp Business Media. Google Scholar

. 2001 Алгоритмҳо барои факторизатсияи матритсаи ғайриманфӣ. Дар Пешрафтҳо дар системаҳои коркарди иттилооти нейрон , саҳ. 556–562. Cambdrige, MA: Матбуоти MIT. Google Scholar

Олбрайт Р, Кокс Ҷ, Дулинг Д, Ленгвилл А, Мейер С

. 2006 Алгоритмҳо, инициализатсияҳо ва конвергенсия барои факторизатсияи матритсаи манфӣ. техника. Реп, 81706. Донишгоҳи Давлатии Каролинаи Шимолӣ, Роли, Google Scholar

. 2004 Беҳсозии оптикӣ . Ню Йорк, NY: Донишгоҳи Кембриҷ. Crossref, Google Scholar

. 2011 Кластербандии ҳамзамон маълумоти релясионии бисёрнамуд тавассути сефакторизатсияи матритсаи симметрии ғайриманфӣ. Дар Прок. 20 -уми ACM Int. Конф. оид ба идоракунии иттилоот ва дониш, CIKM ’11 , саҳ. 279–284. Ню Йорк, Ню -Йорк: ACM. Google Scholar

. 2008 Кластерсозии нимпайкаравӣ тавассути факторизатсияи матритса. Дар СДМ , саҳ. 1–12. Атланта, ҶА: СИАМ. Google Scholar

Cai D, He X, Han J, Huang TS

. 2011 Графикаи омилсозии матритсаи ғайриманфӣ барои муаррифии маълумот. IEEE Trans. Намунаи анал. Мах. Интелл. 33, 1548–1560. (doi: 10.1109/TPAMI.2010.231) Crossref, PubMed, Google Scholar


Хулосаи шабака

Хулосаи шабака равишҳо дар асоси маълумоти ифодаи генҳо GRN -ро пешгӯӣ мекунанд. Ҳамин тариқ сохтори GRN аз маълумоти ифодаи ген дар посух ба ангезаи татбиқшаванда (муҳандисии баръакс) барқарор карда мешавад.

Воридшавӣ барои равишҳои NI матритсаи ифодаи ген мебошад, ки дорои арзишҳои (ё тағироти) генҳо ҳангоми табобат бо ангезаҳои гуногун ва/ё бо мурури замон мебошад. Шумораи генҳои дохилшуда аз саволи тадқиқот ва равиши татбиқшавандаи NI вобаста аст. Муҳим он аст, ки шумораи сохторҳои имконпазири шабака бо шумораи генҳои дохилшуда (лаънати андоза) ба таври геометрӣ меафзояд. Якчанд стратегияҳо барои рафъи лаънати андоза истифода мешаванд. Бо назардошти мушоҳидаҳо, ки шабакаҳои биологӣ нисбат ба интизориҳо дар шабакаҳои тасодуфӣ камтар ҳамкорӣ доранд, бисёр равишҳои NI меъёри камшумориро татбиқ мекунанд, яъне шумораи камтарини мутақобиларо барои мувофиқ кардани маълумоти ченшаванда пешгӯӣ мекунанд. Хусусияти дигари GRNs, ки аксар вақт ҳамчун меъёри интихоби шабака истифода мешаванд, ин озодии миқёс аст. Ин маънои онро дорад, ки шумораи шарикони мутақобила ба як ген қонуни тақсимшудаи қудрат аст, яъне аксари генҳо бо шумораи хеле ками генҳо муомила мекунанд, дар ҳоле ки чанд генҳо (хабҳо) шумораи зиёди шарикони мутақобила доранд (Barab ási ва Oltvai, 2004) . Дониши қаблӣ номида мешавад, ки таъсири мутақобила аз адабиёт ё манбаъҳои иловагии додаҳо, ба монанди пайдоиши маконҳои ҳатмии омили транскрипсия дар промоутерҳо гирифта шудааст. Интегратсияи донишҳои қаблӣ дар давоми NI дурустии муносибатҳои пешгӯишударо ба таври назаррас беҳтар мекунад (Hecker et al., 2009a).

Натиҷаи NI метавонад вобаста ба равиши асосии NI як шабакаи таносуб, шабакаи Байесӣ ё модели математикӣ бошад. Муносибатҳои NI дар тафсилоти муносибатҳои пешбинишуда фарқ мекунанд. Онҳо метавонанд ё таъсири мутақобилаи ғайримустақим (А ва В мутақобила) ё мутақобилаи мутақобила (А танзим B танзим) пешгӯӣ. Муносибатҳои мустақим метавонанд ба таври иловагӣ имзо карда шаванд (A боиси В, A репрессивӣ мекунад). Вобаста аз равиши NI модели шабакаи устувор ё динамикӣ гирифтан мумкин аст. Дар моделҳои шабакавии динамикӣ, ҳолат дар як вақти муайян аз ҳолати он дар нуқтаҳои вақти қаблӣ вобаста аст. Моделҳои шабакаи динамикӣ метавонанд барои пешгӯии рафтори ояндаи система истифода шаванд.

Арзёбии равишҳои NI душвор аст, зеро онҳо аксар вақт ба саволҳои хеле гуногуни тадқиқотӣ татбиқ карда мешаванд ва муваффақият дар як дастгоҳи таҷрибавӣ муваффақияти дигареро кафолат намедиҳад. Аз соли 2006 инҷониб, 𠇍ialog барои баҳодиҳӣ ва усулҳои баръакси муҳандисӣ â ” (DREAM, www.dreamchallenges.org) озмунҳои ҳарсолаи усулҳои биологияи системаро, аз ҷумла NI (Stolovitzky et al., 2007) оғоз кардааст.

Дар зер, мо тавсифи мухтасар ва умумии усулҳои муҳимтарини NI -ро медиҳем ва афзалиятҳо ва нуқсонҳои онҳоро муҳокима мекунем. Мо хонандаи манфиатдорро барои баррасиҳои мукаммал ва муфассали равишҳои NI ба баррасиҳои аъло ҳидоят мекунем (Хеккер ва дигарон, 2009б Ву ва Чан, 2012 Эммерт-Стрейб ва дигарон, 2014 Линде ва дигарон, 2015).

Равишҳо дар асоси назарияи коррелятсия ва иттилоот

Яке аз усулҳои соддатарин барои пешгӯии GRN ҳисоб кардани таносуби ҷуфт байни ҳар як ҷуфт ген мебошад. Ҳамкорӣ пешгӯӣ карда мешавад, агар арзиши коррелятсия аз нуқтаи аз ҷониби корбар муайяншуда бошад. Ин равиш аз ҷиҳати ҳисобӣ хеле зуд аст ва онро метавон ба шумораи зиёди генҳо татбиқ кард. Азбаски мафҳуми коррелятсия ба ҳама маълум аст, натиҷаҳоро шарҳ додан осон аст. Аммо, робита маънои сабабиятро надорад. Масалан, як омили транскрипсияро, ки ду генҳои мақсаднокро ба вуҷуд меорад, баррасӣ кунед. Генҳои ҳадаф дорои арзиши баланди коррелятсионӣ мебошанд, аммо бо ҳам робита надоранд.

Барои бартараф кардани ин мушкилот, равишҳо дар асоси назарияи иттилоот иттилооти мутақобиларо дар асоси матритсаи коррелятсияи ҷуфтӣ ҳисоб мекунанд. Ин истилоҳ вобастагии омориро байни ду тағирёбандаи тасодуфӣ, ки шиддатнокии ифодаи ду генро ифода мекунанд, чен мекунад. Якчанд равишҳои мутақобилан иттилоотӣ мавҷуданд (Бютте ва Кохане, 2000 Бассо ва дигарон, 2005 Faith et al., 2007 Meyer et al., 2007 Altay and Emmert-Streib, 2010). Одатан, ин равишҳо донишҳои қаблиро муттаҳид намекунанд ва камёфтӣ ё озодии миқёсро талаб намекунанд. Дар маҷмӯъ, онҳо дар бораи шабакаҳои статикии бесамар хулоса мебароранд, аммо афзоишҳо барои тавлиди шабакаҳои равонашуда мавҷуданд (Madar et al., 2010).

Шабакаҳои Байесӣ

Муносибати дигари эҳтимолӣ Байесян Н.И. Дар ин ҷо ифодаи ҳар як ген як тағирёбандаи тасодуфӣ ҳисобида мешавад, ки аз паи тақсимоти эҳтимолият меравад. Бо истифода аз теоремаи Байесӣ, алгоритмҳои шабакаҳои намунавӣ аз тақсимоти қаблӣ ва шабакае интихоб карда мешавад, ки маълумоти ченакро беҳтар шарҳ медиҳад. Бо ёрии тақсимоти пешакии шабакаҳо, донишҳои қаблиро метавон ба таври шево муттаҳид кард. GRN-ҳои тахминӣ равона карда шудаанд ва метавонанд статикӣ ё динамикӣ бошанд (бе фикру мулоҳизаҳои мустақим). Равишҳои NI Bayesian (Murphy and Mian, 1999 Hartemink et al., 2001 Rau et al., 2010 Yeung et al., 2011) мустақиман озодии миқёсро татбиқ намекунанд, аммо ин меъёр метавонад ба тақсимоти қаблӣ дохил карда шавад. Камбудии асосӣ дар он аст, ки дақиқии муомилоти пешбинишуда аз миқдори нисбатан зиёди маълумоти ифодаи ченкарда вобастагӣ дорад.

НИ ба регрессияи хаттӣ асос ёфтааст

Бо истифода аз регрессияи хатӣ, ифодаи ген дар ҳолати (нуқтаи вақт) t ҳамчун маблағи вазншудаи ифодаи ҳама генҳои дигар модел карда мешавад. Илова бар ин, баъзе равишҳо ангезаи берунаро ҳамчун як қисми маблағи вазншуда дар бар мегиранд. Ин тағирот дар муҳити атрофро ифода мекунад. Қиматҳои вазнҳо бо алгоритмҳои оптимизатсия муайян карда мешаванд, то ба маълумоти ифодаи ченшуда мувофиқат кунанд. Вазнҳои ғайрисифр сохтори шабакаро муайян мекунанд, ки дар он вазни мусбат фаъолсозӣ ва вазни манфӣ репрессияро ифода мекунад. Ҳамин тариқ, регрессияи хатӣ боиси шабакаҳои устувори равонашуда ва имзошуда мегардад. Бисёре аз равишҳои регрессияи хатӣ меъёри камро истифода мебаранд. Онҳо GRN -ро пешгӯӣ мекунанд, ки шумораи ҳадди аққали (ё ками) муштаракро доранд, аммо ба ҳар ҳол қодир ба маълумоти ченшуда мебошанд. Гузашта аз ин, онҳо дониши қаблиро мулоим муттаҳид мекунанд (масалан, Гарднер ва дигарон, 2003 Toepfer et al., 2007 Zou and Hastie, 2005 Hecker et al., 2009a Gustafsson et al., 2005). Муносибатҳои навтарин инчунин GRN-ҳои бе миқёсро пешгӯӣ мекунанд (Хеккер ва дигарон, 2009а Густафссон ва H örnquist, 2010 Altwasser et al., 2012).

Муодилаи дифференсиалӣ дар асоси NI

Системаҳои ODE дар физика, химия ва биология барои тавсиф ва моделсозии системаҳои динамикӣ васеъ истифода мешаванд. Бо вуҷуди ин, ODEҳо як роҳи олие барои хулосаи математикӣ дар бораи GRN мебошанд. Дар ин ҷо, тағирёбии ифодаи ген дар як вақт ҳамчун маблағи вазншудаи ифодаи ҳама генҳои дигар модел карда мешавад ва ангезаҳои беруна тағироти муҳити зистро ифода мекунанд. Дар муқоиса бо моделҳои устувори регрессияи хатӣ, муодилаҳои дифференсиалӣ тағирёбии ифодаи генро модел мекунанд, на худи ифодаи ген.

Равишҳои муодилаи дифференсиалӣ робитаҳои сабабу натиҷаро инъикос мекунанд, ки онҳоро тавассути шабакаҳои равонашуда тасаввур кардан мумкин аст. Тағироти муҳити зист мустақиман ба генҳои зуд вокунишкунанда оварда мерасонад, ки генҳоро танзим мекунанд, ки баъдтар ҷавоб медиҳанд. Ҳамин тариқ, GRN -ҳо, ки аз ҷониби ODE -ҳо тарҳрезӣ шудаанд, бо кунҷҳои равоншуда ва имзошуда (вазншуда) динамикӣ мебошанд. Монанди усулҳои регрессияи хатӣ, вазнҳо бо алгоритмҳои оптимизатсия бо мақсади мувофиқ кардани маълумоти ченшуда муайян карда мешаванд. Дар ин категорияи NI, бисёр равишҳо меъёри камшумориро татбиқ мекунанд ва дониши қаблиро тавассути афзалиятҳои мутақобилаи маълум ҳангоми оптимизатсияи сохтори моделӣ муттаҳид мекунанд (масалан, Гутке ва дигарон, 2005 Гринфилд ва дигарон, 2013 Чжан ва дигарон, 2013). Гарчанде ки GRN -ҳои пешбинишуда одатан хеле дақиқанд, камбудӣ дар он аст, ки равишҳо аз ҷиҳати компютерӣ серталабанд. Ҳамин тариқ, онҳо аксар вақт ба шумораи ками генҳо истифода мешаванд, ки бояд бодиққат интихоб карда шаванд (ба поён нигаред).

Як равиш, ки ба муодилаҳои дифференсиалӣ асос ёфтааст, NetGenerator мебошад (Guthke et al., 2005 Toepfer et al., 2007). Восита меъёри камшумориро бо ёрии стратегияи ҷустуҷӯии эвристикӣ татбиқ мекунад. Ғайр аз он, он донишҳои қаблиро ба таври нарм муттаҳид мекунад ва барои пешгӯии мутақобила, ки бар зидди садо дар додаҳои баён устувор аст, такмил дода шудааст (Linde et al., 2010). NetGenerator бомуваффақият барои пешгӯии GRNs барои бемориҳои иммунӣ (Guthke et al., 2005), равандҳои мутобиқшавии стресс аз патогенҳо (Linde et al., 2010, 2012) ва артритҳои ревматоидӣ (Kupfer et al., 2014) бомуваффақият истифода шуданд. Аз соли 2013 инҷониб, NetGenerator қодир аст, ки GRN -ро дар асоси зиёда аз як маҷмӯи маълумотҳои ифодакунанда ва зиёда аз як ангезанда пешгӯӣ кунад (Вебер ва дигарон, 2013), ки барои табобати якҷояи маводи мухаддир муфид аст.


Хулосахо

Таҳқиқоти мо дар асоси маълумоти ретроспективӣ як пешгӯкунандаи 11-PPI-Modро муайян кард, ки арзиши пешгӯишавандаи фоидаи зиндамонии химиотерапияи адъювантиро дар марҳилаи II CRC нишон дод. Шумораи нисбатан ками беморон дар гурӯҳи химиотерапияи ёрирасон метавонад самаранокии пешгӯиро маҳдуд кунад. Барои тасдиқи имзои 11-PPI-Mod як тадқиқоти ояндаи когортӣ пешниҳод карда мешавад. Ғайр аз он, модулҳо/генҳои хавфи баланд, ки дар ин тадқиқот муайян шудаанд, метавонанд ҳадафҳои нави табобатӣ барои баланд бардоштани ҳассосияти химиявӣ ва беҳтар кардани натиҷаи беморон бошанд.


Маълумоти дастгирӣ

Расми S1.

Коэффисиенти кластеркунии канори DLI бо холҳои гуногуни нигоҳдорӣ. DLI-ҳо бо нигоҳдории мотивҳои иборат фармоиш дода шуда, ба 10 гурӯҳ тақсим карда шуданд. Рақамҳо дар қавс шумораи DLI-ро дар ҳар як гурӯҳ нишон медиҳанд.

Расми S2.

Кластербандии коэффисиентҳои DLI аз рӯи эҳтимолияти ифодаи муқаррарии мотив. (а) Коэффисиентҳои кластерии DLI бо маҳдудиятҳои эҳтимолии гуногун бо DDI муқоиса карда шуданд. (б) Ҳар як нуқта мотивро ифода мекунад, ки ифодаи беназири муқаррарӣ дорад, ки эҳтимолияти тасодуфан дар меҳвари x пайдо мешавад, дар ҳоле ки коэффисиенти кластерии мутақобила дар меҳвари Y. Эҳтимолияти ифодаи муқаррарии мотив ҳамчун маҳсули эҳтимолияти кислотаи аминокислотаҳо дар ҳар мавқеи мотив ҳисоб карда шудааст [18].

Расми S3.

Намунаҳои DLI ва DDIs дар робита байни модулҳои биологӣ барои (а) гурӯҳҳои функсионалӣ, (б) комплексҳои сафедаҳо ва (в) маҳаллисозии зерҳуҷайра.

Расми S4.

Шумораи доменҳо ва мотивҳои хатӣ, ки миёнаравии DDI ва DLI дар шабакаҳои PPI эукариотҳо мебошанд. Шумораи миёнаи як сафеда барои ҳар як намуд ва саҳ-арзиш дар муқоиса бо 45 намуди ғайриметазоан ва 53 намуди метазоан гирифта шудааст т-озмоиш.

Расми S5.

Ғанигардонии DLI ва DDI дар байни ва дар дохили модул. Ба сифати гурӯҳҳои функсионалӣ истилоҳоти GO-и такрорнашаванда истифода мешуданд. Андозаи модул шумораи сафедаҳоро дар як истилоҳи GO нишон медиҳад.

Расми S6.

Ганигардонии homo-DDI ва DLI дар байни ва дар дохили модул.

Расми S7.

Гетеро-DDI ва DLI-ро дар байни ва дар дохили модул ғанисозӣ кунед.

Расми S8.

Афзоиши ҳамкории байни модулҳо дар шабакаҳои метазоани PPI дар байни комплексҳои сафеда. (а) Миқдори таъсири мутақобилаи байни ва дохили модул дар намудҳои эукариотӣ дар байни комплексҳои сафеда. Арзишҳо барои нӯҳ намуди эукариотҳои намояндагӣ нишон дода шудаанд. (б) Ҳиссаи миёнаи мутақобилаи байни ва дар дохили модул дар намудҳои ғайритазоан ва метазоан.

Расми S9.

Муқоисаи сифати модул байни модулҳои муайяншудаи DLI/DDI ва модулҳои муқаррарии бо PPI муайяншуда барои гурӯҳҳои гуногуни функсионалӣ. Барои ҳам функсияи молекулавӣ ва ҳам раванди биологӣ, андозаи таъсир, д, ва саҳ-арзиш нишон дода шудааст, аз рӯи андозаи модул стратификатсия карда шудааст.

Тасвири S10.

Коэффисиенти кластеркунии канории DDI ва DLI дар шабакаи SPPI.

Расми S11.

Ф1 хол барои пешгӯии ҷуфтҳои мутақобилаи домен-домен нисбат ба арзиши бурида, CS0. Дар Ф1 хол барои пешгӯиҳои мусбӣ ҳисоб карда шуд, ки ҷуфтҳои домен-домен бо холҳои эътимод буданд, CS, бузургтар аз CS0.

Расми S12.

Нақшае, ки нишон медиҳад, ки чӣ тавр PPI-ҳоро дар байни мутақобила ё дар дохили модул тасниф кардаанд.

Ҷадвали S1.

Шабакаи PPI-и ба инсон таъиншудаи DDI ва DLI.

Ҷадвали S2.

Шумораи DDI ва DLI ҳамчун мутақобилаи дохили ё байни модул.

Ҷадвали S3.

Фраксияи DLI бо нигоҳдории гуногун дар байни ё дохили модул.

Ҷадвали S4.

Ғанигардонии гомо- ва гетеро-DDI дар робита байни модулҳои биологӣ.

Ҷадвали S5.

Шумораи мутақобила дар шабакаҳои PPL -и ортологии намудҳои эукариотҳо.

Ҷадвали S6.

Шумораи DDI ва DLIҳо ҳамчун муомилаи байни модулҳо ё байни модулҳо дар шабакаи SPPI.

Ҷадвали S7.

Узвияти модули сафедаҳо барои модулҳои PPI ва модулҳои DLI/DDI.


Усулҳо

Нигоҳубини зебрафишӣ

Ҷанинҳои ваҳшӣ (WT) ва ҷанинҳои зебрафишҳо тавассути ҷуфтшавии табиӣ ҷамъоварӣ карда шуданд. Ҳама ҷанинҳо мувофиқи меъёрҳои морфологии қаблан тавсифшуда марҳила карда шуданд [53]. Ҳама хатҳои зебрафишҳо дар муассисаи тиббии Донишгоҳи Массачусетс бардошта шуданд.

Гибридизатсияи in situ

Ҷанинҳо дар нуқтаҳои гуногуни вақт байни 11hpf ва 24hpf ҷамъоварӣ карда шуданд ва дар 4% параформалдегид собит карда шуданд ва дар 100% метанол дар -20 ° C нигоҳ дошта шуданд. Гибридизизатсия дар ҷой (ISH) тавре ки қаблан тавсиф шуда буд ва пас аз он аксуламали рангӣ бо истифода аз NBT/BCIP ё INT/BCIP дар спирти 10% поливинил [54] ба амал омад. Синтези пробҳои РНК барои генҳо субҳ 6, субҳ 2, krox20, hoxb1a, fgf3, fgf8 ва Валентино пештар тавсиф шуда буд [55]. 800-1000 bp пайдарпаии рамзгузорӣ барои генҳо pax2, spry1, hoxd4a, dm20, efnb2a, sall4, greb1l, egfl6, hoxb2a, engrailed1b, irx7, meis1a, tox3, sema3fb, mpz, gas6, hoxb3a, hoxa3, isl1/2, neurod6b, atoh4b ва nr2f2 клон карда шуданд ва барои синтези зонд истифода шуданд. Дар ccnjl, cefl2, col15a1b ва gbx1 зондҳо аз Маркази байналмилалии захираҳои Zebrafish (ZIRC) харида шудаанд. Ҳар як озмоиши ISH назорати мусбати ҷанинҳои ваҳшӣ, ки бо як зонд бо намунаҳои таҷрибавӣ ранг карда шудаанд, дар бар мегирад. Вақте ки ҷанинҳои назоратӣ ба рангкунии оптималӣ расиданд, аксуламалҳои назоратӣ ва таҷрибавии ISH қатъ карда шуданд. Панелҳои дар ҳар як рақам нишон додашуда ҳатман дар ҳамон рӯз коркард карда намешаванд.

Иммуностимулятор

Барои иммуностаинги кӯҳӣ, ҷанинҳо дар 4% параформалдегид/8% сахароза/1 × PBS собит карда шуданд. Рангкунии антителоҳои флуоресцентӣ тавре анҷом дода шуд, ки қаблан тавсиф шуда буд [56]. Антителоҳои ибтидоӣ барои ошкор кардани нейронҳои Mauthner (3A10 1:100 Тадқиқоти рушди Hybridoma Bank [DSHB]) ва нейронҳои мотории Абдусенс (муши зидди Zn8 1: 1000 DSHB) истифода шуданд. Антиденои дуввум истифодашуда зидди бузи зидди муш Alexa Fluor 488 (1: 200 Probes Molecular A11001) буд.

Тасвир

Ҷанинҳои байни 11hpf ва 19hpf дар 3% метил целлюлоза барои тасвиркунӣ боздошта шуданд. Тасвирҳо бо истифода аз микроскопи Leica M165 FC, ки бо камераи Leica DFC310 FX муҷаҳҳаз шудаанд, гирифта шудаанд. 24 hpf, 48 hpf ва 4 рӯзи пас аз бордоршавӣ (dpf) ҷанинҳои кӯҳна аз зард тоза карда шуданд ва дар 70% глицероли ҳамвор барои тасвир дар пӯшишҳои пулакӣ ҷойгир карда шуданд. Ҷанинҳои пурраи кӯҳиро бо микроскопи Nikon Eclipse E600 муҷаҳҳаз кардаанд, ки бо объективи Nikon 20 × Plan Fluor муҷаҳҳаз шудаанд ва ҷанинҳои ҳамвор бо камераи рангаи Zeiss Axiocam 503 тасвир карда шудаанд. Тасвирҳои гирифташуда дар Adobe Photoshop бурида ва танзим карда шуданд (маҳдуд ба контраст ва сатҳҳо).

Табобати фармакологӣ

Маҳлули захиравии 250 мм SU5402 (ингибитори рақобатпазири ресептори тирозинкиназаи Calbiochem) ва маҳлули 1М захираи 4(Диэтиламино)-бензалдегид (DEAB – ингибитори хурди молекулаи ферменти RALDH, ки дар синтези РА иштирок мекунад) суст карда шуд. DMSO ва дар -20 ° C нигоҳ дошта мешавад. Барои бастани сигнали RA, ҷанинҳо дар 10uM DEAB аз 4 hpf тар карда шуданд. Маводи мухаддир ҳеҷ гоҳ шуста нашудааст ва ҷанинҳо барои ISH дар 12hpf, 14hpf 16hpf, 19hpf ва 24hpf ҷамъоварӣ карда шуданд. Ба ҳамин монанд, барои бастани сигнализатсияи FGF, ҷанинҳо дар 50uM SU5402 аз 7hpf то 12hpf тар карда шуда буданд. Пас аз он, ҷанинҳо дар оби аквариум [12] бодиққат шуста шуданд ва ба онҳо имкон доданд, ки то ҷамъоварии 12hpf, 14hpf, 16hpf, 19hpf ва 24hpf ҳангоми ҷамъоварӣ ва собит кардан барои ISH иҷозат диҳанд.

Тарҳрезӣ ва тазриқи РНК-ҳои якзинагӣ барои таҳрири геномии миёнаравии CRISPR/Cas9

газ 6 (аллелҳо um296, um297, um298 ва um299) ва gbx1 (аллелҳои um300 ва um301) мутантҳо бо истифода аз системаи таҳрири геномии CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat)/Cas9 тавлид карда шуданд. Сомонаҳои мақсаднок барои газ 6 (5’-ATGAGGGAGCTGGTGTGGAGC-3 ′) ва gbx1 (5’-CCAGATAGT- TTCTACCCCCC-3 ′) бо ёрии абзори вебии CHOPCHOP барои таҳрири геном муайян карда шуданд [57]. Олигоҳое, ки дорои пайдарпаии промоутерҳои T7, пайдарпаии ҳадаф ва минтақаи иловагии доимӣ мебошанд, мувофиқи усулҳои қаблан тавсифшуда сохта ва пошида шудаанд [55, 58]. Ин қолабҳо дар vitro бо истифода аз полимеразаи T7 RNA (Promega) барои тавлиди РНК-ҳои яккарата (sgRNAs) барои микроинъексия сабт карда шуданд. Рамзгузории плазмидии хатӣ cas9 инчунин дар vitro бо истифода аз SP6 mMessage mMachine Kit (Ambion) транскрипсия карда шуд. 200 нг ҳар як sgRNA ва cas9 mRNA якҷоя карда шуданд ва 2-4 нг аз ин омехта ба ҷанинҳои марҳилаи аввали ҳуҷайра ворид карда шуданд.

Генотипсозии хатҳои зебрафишӣ

Мутантҳои зебравӣ Валентино б337 [22], hnf1ba салом 2169 [35], hoxb1b um197 ва hoxb1a um191 [24] тавре ки қаблан тавсиф шуда буд, генотип карда шуданд. Дар greb1l соати 17608 , egfl6 соати 21615 , сол4 со14110 ва 2 саҳ33469 хатҳо тавассути TILLING муайян карда шуданд [59] ва аллелҳои мутант аз ZIRC фармоиш дода шуданд. Аллелҳои мутантӣ тавассути пайдарпайии маҳсулоти ПТР, ки аз ДНК-и геномӣ бо истифода аз праймерҳо тақвият дода шудаанд, генотип карда шуданд.

5’-TGTGAAAATTTCCTTGCTGTGT-3 ′ ва 5’-CTGAAGGGCAGAATACGG-3 ′ барои greb1l са17608 , 5'-ATCACAGATCCTGGGACAGC-3' ва 5'-AAAAGCATTGGATGCA- GCTC-3' барои 6 соати 21615 , 5’-GGGCATGAGGAGAGAGATATGGA-3 ′ ва 5’-TCTTTCAG- CCCACTGTCACTC-3 ′ барои 4 со14110 , ва 5’-CTTTGTTGGCGACCATTGA-3 ′ ва 5’-AAAGCGACAAAACAGATTCG-3 ′ барои 2 саҳ33469 . gbx1 мутантҳо (аллелҳои um300 ва um301) аз ҷониби Hpy188III маҳдудкунандаи маҳсулоти PCR, ки аз ДНК-и геномӣ бо ёрии праймерҳои 5’-TGTCTCATTCGTCATTACCGTC-3 ′ ва 5’-AAGTTTCCGTGAAATTGAGGAG-3 ′ тавлид шудаанд, генотип карда шудаанд. газ 6 мутантҳо (аллелҳои um296, um297, um298 ва um299) аз ҷониби XcmI маҳдудкунии маҳсулоти PCR, ки аз ДНК-и геномӣ бо истифода аз примерҳои 5’-GCGAACACTTAGAGCAAGAA-3 'ва 5'-CATCG- CTAATGCTTCATCCA-3 маҳдуд карда шудаанд, генотип карда шудаанд.

Генотипсозии ҷанинҳо пас аз ISH ва иммуностагинг

hoxb1a, hnf1ba ва Валентино Мутантҳои гомозиготӣ ҳамчун калонсолон қобили ҳаёт нестанд. Дар натиҷа, ҳама ҷанинҳое, ки дар ин тадқиқот санҷида шудаанд, аз салибҳои волидони гетерозиготавӣ ҷамъ оварда шудаанд. Пас аз ISH ва иммуностинг, ҷанинҳо дар маҳлули 1xPBS бодиққат шуста шуданд ва ба таври инфиродӣ генотип карда шуданд. Маълумоти генотипсозии намояндагӣ барои hoxb1a мутантҳо дар файли иловагии 1 нишон дода шудаанд: Расми S1. Ҷанинҳое, ки r5 надоранд krox20 рангуборкунӣ намояндагӣ мекунад Валентино ва хнф1ба мутантҳои гомозигота. Мутантҳое, ки аз ZIRC фармоиш дода шудаанд, мувофиқи дар боло тавсифшуда генотип карда шуданд.

Тазриқи mRNA

Ҳама mRNAs барои микроинъекция дар vitro бо истифода аз Sp6 mMessage mMachine Kit (Ambion) синтез карда шуданд. 100 ng/ul ҳар як GFP [51] ва hoxb1a [28] mRNA муттаҳид карда шуд ва 1-2 нг ин омехта ба ҷанинҳои марҳилаи аввали 1 ҳуҷайра ворид карда шуд.

Олиг2 хати хабарнигорон газ 6 заминаи мутант

Хатти трансгеникӣ Tg (олиг2: EGFP) vu12 ба убур карда шуд газ 6 заминаи мутантӣ ва баъдан а газ 6 хати мутанти гомозиготавӣ тавлид шудааст, ки онро интиқол медиҳад olig2: eGFP трансген. Ин хат барои омода кардани китобхонаи RNA-seq ва инчунин омӯзиши ҳолати ҳуҷайраҳои пешгузаштаи олигодендроситҳои Olig2+ дар заминаи мутант истифода шудааст.

Омодасозии китобхонаи RNA-seq

газ 6 ҷанинҳои мутанти интиқолдиҳанда olig2: EGFP трансген ба 48hpf боло бурда шуд. Бо истифода аз сигнали GFP ҳамчун дастур, майнаи пушти сар аз гомозигот ҷудо карда шуд газ 6 мутантҳои трансгенӣ. Майнаҳои ҳиндуҳо низ аз онҳо ҷудо карда шуданд Tg (olig2: EGFP) vu12 ҷанин ҳамчун намунаҳои назоратӣ. Ҳавзҳои бофтаҳои ҷудошуда ҷудо карда шуданд ва РНК умумӣ бо истифода аз RNeasy Mini Kit (Qiagen) истихроҷ карда шуданд. Ба ҳамин монанд, WT ва hoxb1b um197 мутантҳо дар 18hpf ҷамъоварӣ карда шуданд ва РНК -и умумӣ аз ҳавзҳои ҷудошуда, деолкед ва ҷанинҳои пурра истихроҷ карда шуданд. Барои ҳар як озмоиши RNA-seq, се китобхона аз 3μg RNA барои ҳар як WT ва намунаи мутант бо истифода аз TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit (Illumina) синтез карда шуданд. Ҳама китобхонаҳо барои сифат дар биоанализатор пеш аз пайдарпаӣ таҳлил карда шуданд (Agilent 2100 BioAnalyzer).

Коркард ва таҳлили маълумоти RNA-seq

Файлҳои Fastq тавре ки қаблан тавсиф шуда буданд, таҳлил карда шуданд [55] бо истифода аз интерфейси вебии Мактаби тиббии Донишгоҳи Массачусетс Dolphin [60]. Генҳои ба таври дифференсиалӣ ифодаёфта (DE) ҳамчун генҳое муайян карда шуданд, ки дар баёния дар байни намунаҳои WT ва мутант бештар аз 2 маротиба тағирот доранд. Маълумоти RNA-seq дар GEO таҳти рақами ҳамроҳшавии GSE113437 дастрас аст.

ПТР -и миқдорӣ

РНК-и умумӣ аз тамоми ҷанин гирифта шуд (WT ва hoxb1b −/− дар 18hpf), ё аз бофтаи пардаи мағзи сар (газ 6 −/− ва WT дар 48hpf) бо истифода аз RNeasy Mini Kit (Qiagen). Тақрибан 100 нг РНК барои тағир додани транскрипсияи cDNA бо истифода аз маҷмӯаи транскрипсияи баръакси cDNA баръакси cDNA (Биосистемаҳои амалӣ) истифода шудааст. Реаксияи qPCR бо истифода аз SYBR Green qPCR Master Mix (BioTool) дар системаи амалии биосистемаҳои 7300 PCR гузаронида шуд.


Мавод ва усул

Нормализатсияи арзишҳои ифода барои ҳама генҳо

Мо формулаи зеринро [89] барои стандартизатсияи арзишҳои ифодаи ҳамаи генҳо истифода бурдем: (2)

Дар куҷо gij арзиши ифодаи генро ифода мекунад i дар намуна j ва маъно дорад(gi) ва std(gi), мутаносибан, инҳирофи миёна ва стандартии вектори ифодаи генро ифода мекунад i дар тамоми намунаҳо.

Ҳисоб кардани холҳои терапевтӣ

Дар асоси профили ифодаи ген дар зери таъсири маводи мухаддир ва ҷамъоварии роҳҳои хоси HCC, мо аз санҷиши Колмогоров-Смирнов илҳом гирифта [24,45] ва равиши зеринро таҳия кардем :. Барои DEG-ҳои саратон (Генҳои ба таври дифференсиалӣ ифодашуда) ва DEG-ҳои доруи CMap, мо аввал онҳоро мувофиқи log2 (тағйироти қабати) онҳо бо тартиби камшавӣ гурӯҳбандӣ кардем, бо рутбаҳои ками рақамҳо ба генҳои аз ҳама танзимшаванда ва рутбаҳои баланди рақамӣ ба генҳои аз ҳама танзимшаванда. Сониян, DEG-ҳои саратон ба ду маҷмӯъ тақсим карда шуданд: маҷмӯи генҳои танзимшаванда ва генҳои танзимшавандаи поён. Барои маҷмӯи генҳои танзимшавандаи саратон, масалан, мо буриши ин генҳо ва ҳама DEGs маводи мухаддирро гирифтем, яъне, м генҳои умумӣ. Сеюм, барои инхо м генҳо, мо онҳоро мувофиқи арзишҳои ифодаи дифференсиалии онҳо дар зери таъсири маводи мухаддир аз калон то хурд аз нав гурӯҳбандӣ карда, онҳоро ҳамчун Г.боло. Ба ҳамин монанд, маҷмӯи генҳои танзимшавандаи саратон аз нав танзим карда мешаванд Г.поён гирифтан мумкин аст. Ниҳоят, дар асоси м генҳо дар Г.боло ё Г.поён, мо таносуби байни доруҳо ва бемориҳоро ҳисоб кардем.

Барои роҳи HCC i ва профили ифодаи маводи мухаддир j, мо барои маҷмӯи генҳои боло ё поён танзимшаванда дар роҳ баҳои терапевтиро алоҳида ҳисоб кардем. i: ё. Барои роҳи HCC i, ба он ниёз дорад- (Г.боло) ё генҳои танзимшаванда (Г.поён) ҳамчун воридот. Формулаҳои ҳисоббарорӣ чунинанд [24]: (3) (4) (5) ки дар он Н. шумораи умумии генҳоро дар профили ифодаи маводи мухаддир нишон медиҳад j м шумораи генҳои танзимшавандаро ифода мекунад Г.боло, ё шумораи генҳои танзимшаванда Г.поён саҳ мавқеи маҷмӯи вурудро ифода мекунад (саҳ = 1…м) В(саҳ) мавкеи аст саҳгени вуруд дар рӯйхати генҳои профили ифодаи маводи мухаддир j ва CS холҳои пайвастшавӣ ё маҷмӯи генҳои боло ё поён танзимшударо ифода мекунад.

Гирифтани маҷмӯи генҳои танзимшаванда Г.боло ҳамчун намуна, мо интизорем, ки генҳо дар Г.боло ки дар паси рӯйхати доруҳои DEG бошад, то ин дору дорои потенсиали табобати саратон бошад. Яъне, барои як ген бо хурд саҳ арзиш дар Г.боло, мо онро интизорем В(саҳ) калон бошад. Дар айни замон, арзиши б бузургтар аз а, ва CS мегирад -б. Гирифтани арзиши максималӣ кафолат медиҳад, ки В(саҳ) то ҳадди имкон дар поёни рӯйхати DEG маводи мухаддир ҷойгир аст ва саҳ дар болои он ҷойгир аст Г.боло. Ба хамин тарик, генхои дигар пас аз саҳ мавқеъ дар Г.боло пас аз он таксим карда мешавад В(саҳ) мавқеъ дар рӯйхати доруҳои DEG, кафолат медиҳад, ки аксари генҳои танзимшавандаи беморӣ дар поёни рӯйхати доруҳои DEG тақсим карда мешаванд. Аз ин рӯ, мо ҳама ё аксари генҳоро дар ҳар як роҳ баррасӣ кардем. Барои генҳо дар Г.поён, мо интизорем, ки ин генҳо дар болои рӯйхати маводи мухаддир DEG бошанд, то ин дору дорои потенсиали табобати саратон бошад. Яъне, барои як ген бо миқдори калон саҳ арзиш дар Г.поён, мо онро интизорем В(саҳ) хурд будан. Дар айни замон, арзиши а бузургтар аз б, ва CS мегирад а. Ба ҳамин монанд, гирифтани арзиши ҳадди аксар кафолат медиҳад, ки генҳо пеш аз саҳ мавқеъ дар Г.поён ҳама пеш аз В(саҳ) мавқеъ дар рӯйхати маводи мухаддир DEG. Ҳамин тариқ, ҳама ё аксарияти генҳои танзимшавандаи саратон дар қисми болоии рӯйхати доруҳои DEG тақсим карда мешаванд. Яъне, дору дорои потенсиали табобати саратон аст.

Натиҷаи табобатӣ (TS) байни маводи мухаддир бо к Ҳолатҳо дар CMap ва HCC бо 12 роҳи функсионалӣ ба таври зерин ҳисоб карда мешаванд [45]: (6) дар он ҷое, ки дору дорои к мавридҳо дар CMap ва HCC дорои 12 роҳи функсионалӣ ва CS i,j нишондиҳандаи хати пайвастшавӣ байни роҳи HCC мебошад i ва мисол j, ки ба таври зерин тавсиф карда мешавад: (7) ки дар он холҳои пайвастшавиро барои маҷмӯи генҳои танзимшаванда ва генҳои танзимшавандаи роҳ нишон медиҳанд i, мутаносибан ва таърифҳои онҳо дар формулаҳои (2) то (4) оварда шудаанд. Яъне, 12 роҳи марбут ба HCC вуҷуд дорад ва як дору дорад к ҳолатҳо. Мо таносуби KS -ро дар байни ҳар як 12 роҳ ва ҳар яки он ҳисоб мекунем к мисолҳо ва мо метавонем (12 ×к) арзишҳои KS. Мо онҳоро ҷамъ мекунем ва дар ниҳоят маблағ ба тақсим мешавад к пайдо кардани арзиши миёнаи KS ҳамчун таносуби байни дору ва HCC.

Химияҳо

Секуринин аз Пекин Solarbio Science and Technology (Пекин, Чин) гирифта шудааст. Изокарбоксазид ва ажмалин аз Санта Круз биотехнология (Санта Круз, Даллас, Техас, ИМА) гирифта шудаанд. Тозагии ин кимиёвӣ мувофиқи дастурҳо ≥98% буд.

Ҳуҷайраҳо ва фарҳанги ҳуҷайраҳо

Хатҳои ҳуҷайраҳои HCC -и инсон, HepG2, Hep3B ва Huh7 аз Procell Life Science and Technology Co., Ltd (Вуҳан, Чин) гирифта шудаанд ва ҳуҷайраҳои L02 аз Институти биохимия ва биологияи ҳуҷайраҳои Шанхай, Академияи илмҳои Чин (Шанхай) , Хитой). Ҳуҷайраҳо дар Миёнаи Тағирёфтаи Уқоби Дулбеко (DMEM M & ampC Gene Technology Co., Ltd., Пекин, Чин) парвариш карда шуда, бо хуноба 10% (v/v) ҳомила (Gibco Life Technologies, Waltham, MA, USA), 100 U илова карда шудаанд. /мл пенициллин ва 100 У/мл стрептомицин. Ҳарду ҳуҷайра дар як намнокшудаи 5% (v/v) CO инкубатсия карда шуданд2 дар 37 ° C инкубатор.

Таҳлили қобилияти ҳуҷайраҳо

Барои зинда будани ҳуҷайраҳо, ҳуҷайраҳо ба зарринҳои 96-чуқурӣ бо зичии 2,5 × 10 3 ячейка дар як чоҳ кошта шуданд. Сипас, ҳуҷайраҳо бо консентратсияҳои гуногуни доруҳо табобат карда мешаванд. Чор маҷмӯи ҳуҷайраҳо бо ҳалкунандаҳои гуногун ҳамчун назорат коркард карда шуданд. Пас аз парвариши ҳуҷайраҳо дар тӯли 72 соат, мо ба ҳар як чоҳ 10 мкл CCK-8 (CCK-8 Proliferation Cell and Cytotoxicity Assay Assay Bioworld Technology, Нанҷинг, Чин) илова кардем ва пас аз инкубатсия барои 4 соат дар 37°C. Зиндагии ҳуҷайра тавассути муайян кардани абсорбенс дар 450 нм бо истифода аз спектрофотометр (Bio-Rad, Hercules, CA, ИМА) арзёбӣ карда шуд. Таҷриба се маротиба такрор карда шуд.

Таҳлили ситометрии ҷараён барои апоптоз

Ҳуҷайраҳо бо доруҳои гуногун дар 15 μM дар давоми 72 соат табобат карда шуданд. Ҳуҷайраҳо тавассути центрифуга ҷамъоварӣ карда шуданд, ду маротиба бо шӯри фосфати сарди буферӣ (PBS) шуста шуданд ва сипас тавассути цитометрияи ҷараёни BD FACSCanto II (BD Biosciences, Franklin Lakes, NJ, ИМА) тибқи протоколи Annexin V-FITC/PI Apoptosis таҳлил карда шуданд. Маҷмӯаи Detection (Технологияи Bioworld). Мо барои таҳлили ин маълумот FlowJo Software (версияи 10 FlowJo LLC, Ashland, OR, ИМА) истифода бурдем.

Таҳлили блоки ғарбӣ

Пеш аз истихроҷи сафеда, ҳуҷайраҳо бо 1 × PBS шуста шуданд, то васоити фарҳангиро тоза кунанд. Ҳуҷайраҳо бо буферии лизиси BC-200 (20 мМ HEPES буферӣ, pH 7.9, ки дорои 200 мм KCl, 1 mM EDTA, 10 mM β-меркаптоэтанол, 0.2 мм PMSF, 0.1% NP-40 ва 10% глицерол) ҷамъоварӣ ва лизис карда шуданд. . Намунаҳои сафедаҳо бо электрофорези 10% натрий додесил сульфат -полиакриламид гел ҷудо карда шуда, ба мембранаи фторид поливинилиден (Милиппор, Бедфорд, МА, ИМА) интиқол дода шуданд. Пас аз басташавӣ бо шири 5% ғайриравған дар ҳарорати хонагӣ барои 1 соат, мембранаҳо бо антителоҳои аввалия дар як шабонарӯз дар 4 ° C санҷида шуданд. Сипас, пас аз чор маротиба 1 × TBS бо шустани Tween-20, мо мембранаҳоро бо антителои дуввуми мувофиқ дар ҳарорати хонагӣ дар давоми 1 соат инкубатсия кардем. Антиденоҳои ибтидоӣ, ки дар ин тадқиқот истифода мешуданд, P53 ва CDKN1A (Санта Круз, Даллас, TX, ИМА), Каспаз3 ва бофташуда-Capase3 (Абкам, Кембриҷ, Британияи Кабир), GAPDH (Proteintech, Вуҳан, Чин) ва антителоҳои дуввум бузро дар бар мегиранд антитело бар зидди харгӯш ва антителаи зидди муш. Антиденаҳои дуюмдараҷа аз Ҷексон ImmunoResearch Inc. (West Grove, PA, ИМА) гирифта шудаанд. Антиденоҳои боқимонда бо истифода аз маҷмӯи мукаммалшудаи химилюминесценс визуалӣ карда шуданд (Ванлейбио, Далян, Чин)

Истихроҷи РНК, транскрипсияи баръакс ва ПТР дар вақти воқеӣ

RNAiso Plus (Такара, Шига, Ҷопон) барои истихроҷи умумии РНК истифода шуда, консентратсия ва сифати РНК -ро бо истифода аз NanoDrop 2000 спектрофотометр (Thermo Fischer Scientific, Waltham, MA, USA) арзёбӣ кард. ДНК -и иловагӣ бо истифода аз RevertAid First Strand cDNA Synthesis Kit (Thermo Fisher Scientific) мувофиқи протокол тавлид карда шуд. Силсилаи ибтидоӣ барои муайян кардани генҳо дар ҷадвали S1 оварда шудааст.

Мо бо истифода аз THUNDERBIRD SYBR qPCR Mix (Toyobo, Осака, Ҷопон) дар вақти воқеӣ дар CFX96 Touch System (Bio-Rad) PCR анҷом додем. Ифодаи генҳо бо усули 2 -ΔΔCt бо GAPDH ҳамчун гени истинод ҳисоб карда шуд.

Таҳлили оморӣ

Ҳама маълумот бо истифода аз нармафзори Graph Pad Prism (Сан Диего, Калифорния, ИМА) таҳлил карда шуданд. П-қимати ≤0,05 ҳамчун санҷиши аз ҷиҳати омор муҳим истифода шудааст.


Видеоро тамошо кунед: DUALTRON ULTRA 2 72v Обзор 2021 Электросамокат MINIMOTORS 72v dualtron 2021 Дуалтрон 2021 (Ноябр 2022).