Маълумот

Тавсияҳои китоб барои алгоритмҳое, ки дар биологияи эволютсионӣ истифода мешаванд


Оё шумо барои китобе тавсияҳо доред, ки алгоритми мухталиферо, ки дар биологияи эволютсионии эволютсионӣ истифода мешаванд, пешниҳод кунед?

Ман алгоритмҳои эволютсионӣ ё генетикиро дар назар надорам (вагарна ин савол барои Biology.SE мувофиқат намекунад), балки алгоритмҳое, ки ба биологияи эволютсионӣ татбиқ мешаванд. Ман ба расмиёт ва алгоритмҳои оморӣ оид ба барқарорсозии дарахтони филогенетикӣ, тавзеҳ додани пайдарпаии ДНК ё омӯхтани тағироти синонимӣ бо муқоисаи пайдарпаии намудҳои ба ҳам наздик алоқаманд нестам. Ман ба китоби муқаддимавӣ оид ба барномасозӣ таваҷҷӯҳ надорам.

Ман ба моделсозии ҳисоббаробаркунии генетикаи амалии аҳолӣ, интихоби хешутаборӣ, назарияи бозӣ, тавсеаи диапазони аҳолӣ, тақлид ба таҷдиди ҷинсӣ, интихоб барои системаи гуногуни муайянкунии ҷинс, эволютсия барои устуворӣ/таҳаввул, эволютсияи кодон, эволютсияи кодекси генетикӣ, эволютсияи маърифат шавқ дорам , эволютсияи бисёрҳуҷайраӣ,…

Ман комилан намедонам, ки оё як китобе вуҷуд дорад, ки ҳамаи ин мавзӯъҳоро дар бар мегирад. Дар акси ҳол, ман тавсияҳои китоберо, ки алгоритми дар баъзе мавзӯъҳо истифодашавандаро пешниҳод мекунанд, истиқбол хоҳам кард, аммо на ҳамаи ин мавзӯъҳо.

Дар Амазонка каме ҷустуҷӯ карда, ман ба осонӣ тоннаҳо китобро ёфтам, аммо аниқ намедонам, ки оё онҳо ба интизориҳои ман мувофиқанд ё не. Дар зер чанд намуна оварда шудааст

Эволютсия ҳамчун ҳисоб

Моделсозӣ ва экологияи инфиродӣ

Моделҳо ва алгоритми эволютсияи геном

моделсозӣ барои биологҳои саҳроӣ

Ҳисоббарории амалӣ барои биолог

Эволютсия ҳамчун ҳисоб

Ҳисобкунии генетикӣ ва эволютсионӣ

Алгоритмҳои генетикӣ + сохторҳои додаҳо = барномаҳои эволютсия

Алгорити гумшуда

Модели ҳуҷайра: биологияи математикӣ ва назариявӣ, алгоритм, сохтори маълумот, биоинформатика, биологияи ҳисоббарорӣ, ҳаёти сунъӣ, моделсозии компютерӣ

Табиӣ-сунъӣ-моделҳои-ҳисоббарорӣ-биология

Ан-Муқаддима-Генетикӣ-Алгоритмҳо-Ҳуҷҷат


Он чизе ки шумо тавсиф мекунед, одатан ба категорияи биологияи ҳисоббарорӣ ё танҳо биологияи математикӣ дохил мешавад. Мутаассифона, қисми зиёди ин соҳа биоинформатика ё истифодаи усулҳои барномасозии оморӣ ва/ё динамикӣ барои пайдарпайии маълумот мебошад. Шумо инро дар саволи худ истисно мекунед ва ман бо шумо розӣ мешавам, ки ин мавзӯъ аз нуқтаи назари биологи назариявӣ як мавзӯи "дилгиркунанда" аст, зеро он асосан илмҳои компютериро ба таври хеле стандартӣ ҳамчун асбоби биологҳои таҷрибавӣ истифода мебарад.

Тавре ки шумо қайд кардед, инчунин истифодаи моделҳои ҳисоббарорӣ дар ҳуҷҷатҳои назариявӣ ҳамчун роҳи тақлид кардани чизҳо стандартӣ аст. Ман фикр мекунам ин як навъ захираҳоест, ки шумо дархост мекунед. мутаассифона, алгоритмҳои мушаххас дар ин соҳа хеле кам стандартӣ карда мешаванд ё аз нав истифода мешаванд. Одатан, ҳар як коғаз (ё пайдарпаии ҳуҷҷатҳои алоқаманд) моделҳои худро истифода мебаранд.[1] Ҳангоме ки шумо бисёр ҳуҷҷатҳоро мехонед, шумо якчанд мавзӯъҳои умумиро хоҳед ёфт, аммо ин танҳо идеяҳои стандартии биологияи назариявӣ мебошанд, ки ҳамчун моделиронӣ ифода карда шудаанд. Ман шубҳа дорам, ки китобҳои ҳамаҷониба вуҷуд доранд ва ҳатто агар баъзеҳо ин хидматро бинобар набудани алгоритми мушаххас (дубора) барои ман возеҳ намедонанд.[2] Аммо, усулҳои аз ҳама бештар истифодашаванда ё ҳал кардани муодилаҳои дифференсиалӣ (ки аксари онҳо ҳамчун моделсозии математикӣ тасниф карда мешаванд) ё идора кардани моделҳои ба агент ё аҳолӣ асосёфта мебошанд. Захираҳои умумӣ оид ба инҳо мавҷуданд ва дар ин ҷо баъзе муҳокимаҳо барои SE-ҳои дигар мавҷуданд:

  • Моделсозии моделсозии бемориҳо.
  • Сарчашмаҳо барои назарияи эволютсионии бозии алгоритмӣ.
  • Истинод ба каноникӣ дар бораи ҳисоббарории агентӣ.

Дар охир, "моделсозии ҳисоббарорӣ дар биологияи назариявӣ" -ро бо "биологияи алгоритмӣ" омехта накунед. Биологияи алгоритмӣ як соҳаи навест, ки динамикаи экологӣ ва эволютсиониро ҳамчун равандҳои ҳисоббарорӣ мешуморад. Ба ҷои истифодаи асбобҳои математикии аз физика қарзгирифташуда (ба монанди стандартҳои равишҳои динамикӣ ба биологияи математикӣ), он асбоби назарияи информатикаро истифода мебарад (дар хотир доред, ки ин як намуди математикаест, ки бо барномасозии ноутбук хеле кам алоқаманд аст аз шумо). Ман танҳо ду китобро дар ин соҳа медонам:

  • Грегори Чейтин "Исботи Дарвин: Биологияро математикӣ кардан" - Гарчанде ки Чайтин дар гузашта дар илми информатсия фикрҳои назаррас ва аслӣ гузошта буд, ман бар зидди ин китоб сахт маслиҳат медиҳам, зеро он ҳам аз нуқтаи назари биологӣ ва ҳам аз фанни информатика нуқтаи назар дорад.

  • Лесли Валиант "Эҳтимол тақрибан дуруст аст: Алгоритмҳои табиат барои омӯзиш ва шукуфоӣ дар ҷаҳони мураккаб" - дар ин китоб (дар асоси ҳуҷҷатҳои қаблӣ), Valiant эволютсияро ҳамчун як навъи омӯзиши мошинсозӣ бозсозӣ мекунад. Ин аз нуқтаи назари риёзӣ хеле ҷолиб аст, гарчанде ки он метавонад ба саволҳои аз ҷиҳати биологӣ алоқаманд ба таври кофӣ пайваст набошад (инчунин ба баъзе муҳокимаҳо дар Kaznatcheev (2013) ва Kaznatcheev (2019) нигаред) ва қудрати ҳисоббарории интихоби вобаста ба басомадро аз даст медиҳад. (нигаред ба Казнатчеев (2020)). Аммо ман тавсия медиҳам, ки ин китобро хонед.

Эзоҳҳо

  1. Умуман, ман ин гуна моделҳоро эвристика мешуморам ва ба фоиданокии онҳо берун аз дастгоҳҳо/мисолҳои риторикӣ шубҳа дорам.
  2. Ман фикр мекунам, ки баррасии адабиёт як моделсозии ҷолиб барои ҳисоббаробаркунӣ дар зербахшҳои мушаххас хоҳад буд. Дар асл, баъзе ҳамкорон ва ман мехостам, ки ин корро барои майдони хурдтари назарияи эволютсионии бозӣ анҷом диҳем (Ин ҷавоб метавонад ҳамчун нуқтаи ибтидоӣ барои баъзе мулоҳизаҳои алгоритмии EGT хидмат кунад).

Оё шумо ба "Асоси эволютсияи молекулавӣ" -и Дэн Граур ва Ли назар кардаед.

Пешниҳоди дигар дар робита бо генетикаи аҳолӣ ва эвои гуногун. назарияҳо мебуд - Генетикаи эволютсионӣ: Консепсияҳо ва омӯзиши мисолҳо (китоби бисёрмуаллифон. Муҳаррир Фокс ва Вулф)


Хониши тавсияшаванда 2020

Ин дар бораи шумо нест: Дастури мухтасар - “Life дар бораи шумо нест. Ин дар бораи он аст, ки шумо барои дигарон мекунед. Чӣ қадаре ки шумо худро аз худ дур кунед, ҳамон қадар шумо метавонед барои одамони аз ҳама муҳимтар кор кунед. Бо вуҷуди ин, қувваҳои беруна шуморо ба сӯи корҳои худпарастона ҷалб мекунанд. Аз китобҳое, ки "хушбахтӣ" -ро тела медиҳанд, то таблиғоте, ки ба шумо итминон медиҳанд, ки истеъмол боиси саҷда мешавад, ин паёмҳо шуморо водор мекунанд, ки ба дарун таваҷҷӯҳ кунед. Ин ҳама як дом аст (ва бори ғазаб). & # 8221

Ақли мухолиф - Роҷер Мартин дар бораи арзиши тафаккури интегративӣ ва нигоҳ доштани тамоми мушкилот дар зеҳни шумо нақл мекунад. “Қобилияти ба таври созанда дучор шудан ба шиддати ғояҳои мухолиф ва ба ҷои интихоби яке аз ҳисоби дигараш, ҳалли эҷодии шиддатро дар шакли ғояи нав эҷод мекунад, ки унсурҳои ақидаҳои мухолифро дар бар мегирад, аммо аз онҳо болотар аст хар як. […]

Мутафаккирони интегратсионӣ мушкилотро ба қисмҳои мустақил тақсим намекунанд ва дар ҳар як қисм алоҳида кор мекунанд. Онҳо ҳангоми кор дар қисмҳои алоҳидаи он тамоми мушкилотро дар хотир нигоҳ медоранд.”

Яке аз калидҳои тафаккури интегратсионӣ тафаккур аст, ки ғояҳо, услубҳо ва равишҳои ба ҳам мухолиф тарсида намешаванд.

Сарчашмаҳои қудрат-Гари Клейн модели тасмими эътирофшударо шарҳ медиҳад: “ Сирри фармондеҳон дар он буд, ки таҷрибаи онҳо ба онҳо имкон дод, ки вазъиятро, ҳатто як ҳолати муқаррариро намунаи прототип бинанд, бинобарин онҳо курси маъмулиро медонистанд фавран амал кардан. Таҷрибаи онҳо ба онҳо имкон дод, ки аксуламали оқилонаро ҳамчун аввалин вокунише, ки онҳо баррасӣ мекарданд, муайян кунанд, аз ин рӯ онҳо дар бораи дигарон ташвиш накашиданд. Онҳо беақл набуданд. Онҳо моҳир буданд. Мо ҳоло ин стратегияро қабули қарори эътирофшуда меномем.”
Модели эътирофшуда бисёр қабули қарорҳои воқеии ҷаҳонро ва ғараз нисбат ба амалро мефаҳмонад: Шумо вазъиятро эътироф мекунед, тавассути курсҳои амал такрор мекунед (бидуни таҳлили расмӣ) то он даме, ки шумо аввалин варианти коршоямро пахш накунед (ин маънои онро дорад, ки шумо аксар вақт онро надоред барои такрори бисёр вариантҳо), зеро шумо опсияҳоро якбора барои коршоямӣ арзёбӣ мекунед - шумо афзалиятҳо ё нуқсонҳои алтернативаҳоро муқоиса намекунед ва муқоиса намекунед. Пас аз он ки шумо варианти аввалини қобили кор дошта бошед, шумо камбудиҳои онро муайян мекунед ва аз онҳо канорагирӣ мекунед ва онро қавӣ мегардонед. Пас шумо амал мекунед.

Аз майна ба ақл: Истифодаи неврология барои роҳнамоии тағирот дар таълим - Ҷеймс Зулл мефаҳмонад, ки чаро амал калиди омӯзиш аст:
"Арзиши амали беақлона аз тасодуф вобаста аст. Амалҳои мо метавонанд моро ба он чизе барангезанд, ки дар бораи он фикр кунем ва таҳқиқ кунем ва ё ба ҳеҷ ҷое нарасонем. […]

Нобуд сохтани таҷрибаҳои камёфт ва бемаънӣ ва нигоҳ доштани таҷрибаҳои зуд -зуд ё пурмазмун омӯзиши таҷрибавиро ба кор медарорад. Сафар сар шуд! Қадами навбатӣ ин нест кардани тасодуфӣ мебошад. Ба ҷои тасодуфан ба таҷрибаҳои хуби омӯзиш расидан, мо ба интихоб ва нусхабардории амалҳои мушаххас шурӯъ мекунем. Мо ба тақлид кардан оғоз мекунем. […]

Тавре ки ба назар мерасад, амал сабаб, восита ва натиҷаи таълим аст. Даркҳо, фикрҳо, ақидаҳо, хотираҳо ва ниятҳо муҳиманд, аммо онҳо маҳсулоти ниҳоӣ нестанд. Тавре ки мо дар бобҳои оянда мебинем, онҳо танҳо миёнаравони муомилоти ақл ҳастанд.

Арзиши амал на дар он аст, ки нозирон дарк мекунанд, балки дар он чизе, ки хонанда дар бораи амалҳои худ дарк мекунад. Амал озмоиши омӯзиш аст, аммо танҳо омӯзанда метавонад ангеза ё натиҷаи санҷишҳоро донад. ”

Хуб ба бузург — Ман ин дарси кӯтоҳи Ҷим Коллинро дӯст медорам: “Беҳтарин одамони худро ба имкониятҳои калонтарини худ гузоред, на мушкилоти бузургтарини шумо.”

Бузургтарин Блуфф-“ Аксарияти муҳитҳои воқеии ҷаҳонӣ "бадкорон" мебошанд: дар байни амал ва фикру ақида аз сабаби садои беруна номувофиқат вуҷуд дорад. Фаъолиятҳо бо унсурҳои ногаҳонӣ, номуайянӣ, номаълум: ногаҳон, шумо боварӣ надоред, ки он чизе, ки шумо омӯхтаед, дуруст аст ё не, дақиқ иҷро шудааст ё не. Он ҷо аз ҳад зиёд идома дорад. … Аммо, сарфи назар аз ин ҳама, як чиз бешубҳа дуруст аст: дар ҳоле ки амалия кофӣ нест ва барои самаранокии он ҳатто ба рақами ҷодугарӣ наздик нест, шумо низ омӯхта наметавонед, агар амал накунед. Агар шумо ба чизи ҷиддӣ машғул шавед - бозии шоҳмот, навиштани китоб, кайҳоннавард шудан, покер бозӣ кардан - шумо бояд малакаҳои таркибиро омӯзед. Ҳеҷ кас табиатан ин қадар лаёқатманд нест, ки онҳо танҳо бархезанд ва раванд. Ҳатто Моцарт ба баъзе дарсҳо ниёз дошт. ”

Мо одатан ба малакаҳои мета ҳамчун маҳорат фикр мекунем. Масалан, мо пешакӣ фикр мекунем, ки хондан маҳорат аст. Аммо аслан маҳорате нест, ки хондан ном дорад. Хондан мета-маҳоратест, ки ҳангоми якҷоя кардани малакаҳои дигар ба вуҷуд меояд. Шумо бояд донед, ки алифбо, чӣ гуна ҳарф калимаҳоро ташкил медиҳад, калимаҳо чӣ гуна маъно доранд, калимаҳо чӣ гуна маъно доранд ва ғайра. Аз ин рӯ, аксар вақт мо ба мета-маҳорат таваҷҷӯҳ мекунем, на ба малакаҳо.

Одамони хеле муҳим - “Чизҳои ройгон нишонаи возеҳ дар ҷаҳони VIP мебошанд. Даромади ройгон, нӯшокиҳо ва хӯрокҳои шом аз эътирофи арзиши иҷтимоии шахс шаҳодат медиҳанд. "Ман ҳамеша мегуфтам, ки дар ҳаёти шабона он чизест, ки шумо сарф мекунед, балки он чизест, ки ройгон мегиред. Ин қудрати воқеӣ аст "гуфт Малколм, промоутер, ки ман дар Ню Йорк ва Майами пайравӣ мекардам. "Шумо пули зиёд гирифтед ва харҷ мекунед, албатта эҳтиром пайдо мекунед. Аммо агар шумо як дона сарф накунед, ин қудрат аст. "”

Сарпӯши стресс - Муайян кардани стресс ӯ менависад: “Стресс ҳамон чизест, ки вақте чизе ба шумо дар бораи он ғамхорӣ мекунад, ба вуҷуд меояд. Ин таъриф ба қадри кофӣ бузург аст, то ҳам ноумедӣ аз трафик ва ҳам ғам аз талафотро нигоҳ дорад. Он фикрҳо, эҳсосот ва аксуламалҳои ҷисмонии шуморо ҳангоми стресс, инчунин тарзи мубориза бо вазъиятҳое, ки шумо ҳамчун стресс тавсиф мекунед, дар бар мегирад. Ин таъриф инчунин як ҳақиқати муҳимро дар бораи стресс таъкид мекунад: Стресс ва маъно бо ҳам зич алоқаманданд. Шумо дар бораи чизҳое, ки ба шумо аҳамият намедиҳанд, фишор намедиҳед ва наметавонед бидуни сар задани стресс зиндагии пурмазмун эҷод кунед. ”

Ҳангоми эҳсоси стресс шумо бояд чӣ кор кунед: “Қадами аввал ин эътироф кардани стресс ҳангоми таҷриба кардан аст. Танҳо ба худ иҷозат диҳед, ки стрессро пайгирӣ кунед, аз он ҷумла чӣ гуна он ба бадани шумо таъсир мерасонад. Қадами дуюм ин истиқболи стресс бо эътирофи он аст, ки ин вокуниш ба чизест, ки ба шумо ғамхорӣ мекунад. Оё шумо метавонед ба ангезаи мусбати паси стресс пайваст шавед? Дар ин ҷо чӣ даркор аст ва чаро ин барои шумо муҳим аст? Қадами сеюм истифодаи энергияест, ки стресс ба шумо медиҳад, ба ҷои беҳуда сарф кардани он энергия барои идора кардани фишори шумо. Шумо ҳоло чӣ кор карда метавонед, ки ҳадафҳо ва арзишҳои шуморо инъикос мекунад? […] Вақте ки шумо эҳсос мекунед, ки ҷисми шумо ба стресс вокуниш нишон медиҳад, аз худ бипурсед, ки кадом қисми вокуниши стресс ба шумо бештар ниёз дорад. Оё ба шумо лозим аст, ки мубориза баред, гурезед, машғул шавед, пайваст шавед, маъно пайдо кунед ё афзоиш диҳед? Ҳатто агар чунин ҳис кунад, ки вокуниши фишори шумо шуморо ба як самт тела медиҳад, тамаркуз ба он, ки шумо чӣ гуна посух додан мехоҳед, метавонад биологияи худро барои дастгирии шумо тағир диҳад. Агар як тарафи вокуниш ба стресс вуҷуд дошта бошад, ки шумо мехоҳед онро таҳия кунед, фикр кунед, ки он дар ҳама гуна вазъияти стрессии ҳозираи шумо чӣ гуна хоҳад буд. Шахсе, ки дар ин тарафи стресс хуб аст, чӣ фикр мекунад, ҳис мекунад ё мекунад? Оё ягон роҳи интихоб кардани ин вокуниш ба стресс ҳоло вуҷуд дорад?”

Чейс, Шанс ва Эҷодкорӣ: Санъати хушбахтии навоварӣ-“Соҳаи илм ҷавонтар бошад, ҳамон қадар ба унсурҳои субъективии тасодуфии инсон посух диҳад, майдони кӯҳна ва хуб муайяншуда барои давидан дар майдони кушод камтар аст, талаб мекунад саъю кӯшиши бошуурона ва объективӣ. ”

Амал бо қудрат - “Дар театр, маънояш додани спектакли пурқувват ин қабул кардан ва соҳиби ҳақиқати он аст, ки инсон будан чӣ маъно дорад: қавӣ ва заиф, муваффақ ва хато, тавоно ва нотавон якбора. Дарвоқеъ, ин мушкилест, ки ҳунармандони касбӣ ҳар дафъае ки дар характер пайдо мешаванд, рӯ ба рӯ мешаванд. Барои саҳеҳ бозӣ кардани ягон қисм, актёр бояд қаҳрамонро бидуни доварӣ қабул кунад. Ва ин барои боқимондаи мо низ дуруст аст. Бо қабул кардани он, ки ҳар яки мо ҳамаи ин чизҳо ҳастем, бо омӯзиши қадр кардани ҳамаи ин ҳақиқатҳо ва нишон додани ҳамаи ҷонибҳои худ ҳангоми зарурат, ва бо рафъи хатогиҳоямон бо лутф ва эҳтиром, мо тобовартар мешавем ва камтар аз шарм идора намешавем ва худписандӣ ва ниҳоят тавонотар. Аҷибаш ин аст, ки ҳаққоният аз куҷо сарчашма мегирад: на кӯшиши худ будан, балки омӯхтани қабули бештари худ. ”

Занҳои ноаён: Тағйирёбии маълумот дар ҷаҳоне, ки барои мардон тарҳрезӣ шудааст - Перес тафтиш мекунад, ки чӣ гуна ғарази мардон аксар вақт нохост ба таҳқиқот, системаҳо ва алгоритмҳое, ки барои ҷамъоварии маълумот истифода мешаванд, ворид мешавад. Вай нишон медиҳад, ки чӣ тавр ба эҳтиёҷоти занон, баданҳои гуногун ва нақшҳои иҷтимоии онҳо на ба натиҷаҳои манфии занон, балки ба таъсири манфии дараҷаи дуввум, ки ба муҳити зист ва рушди иқтисодӣ таъсир мерасонанд, оварда мерасонад. Бо мисолҳои равшан Перес изҳор мекунад, ки ба мардон ҳамчун универсалӣ муносибат кардан маъно надорад, вақте ки занон 50% аҳолиро ташкил медиҳанд. Ин китоб инчунин ёдраскуниҳои шадид дар бораи он аст, ки чӣ гуна алгоритмҳои мо то он дараҷае хубанд, ки онҳо бояд бо онҳо кор кунанд ва дар сурати пайгирӣ накардани гуногунии маълумоти мо, ки гуногунии воқеии одамонро инъикос мекунанд, мо дар ниҳоят ба ҳама хидмат мерасонем.

Ақлношуданӣ - як китоби истисноӣ дар бораи он ки кӣ зинда мемонад ва кӣ дар офат нест, Аманда Рипли менависад: “ [W] e шарм накарда бо хатар ишқварзӣ мекунад ва дар болои хатҳои хато скилилҳои шаҳриро дар хиёбонҳои тӯфон ва маҳаллаҳо месозад. Асосан аз сабаби он ки дар куҷо зиндагӣ мекунем, офатҳо зуд-зуд ва гаронтар мешаванд. Аммо вақте ки мо биноҳо ва ҳавопаймоҳои таъсирбахш месозем, мо барои сохтани наҷотёфтагони беҳтар ва камтар кор мекунем. Чӣ тавр мо ба ин роҳ расидем? Чӣ қадаре ки ман фаҳмидам, ҳамон қадар бештар фикр мекардам, ки то чӣ андоза рафтори зиндамонии мо ва рафтори нодурусти моро эволютсия шарҳ медиҳад. Охир, мо барои наҷот ёфтан аз даррандаҳо эволютсия шудем, на биноҳое, ки ба осмон чаҳор мил дуртар мераванд. Оё технология танҳо аз механизмҳои зинда мондани мо бартарӣ дорад? Аммо ду намуди эволютсия вуҷуд дорад: навъи генетикӣ ва фарҳангӣ. Ҳарду рафтори моро ташаккул медиҳанд ва намуди фарҳангӣ хеле зудтар шудааст. Ҳоло мо роҳҳои зиёде барои эҷоди "инстинктҳо" дорем: мо метавонем кори беҳтар ё бадтарро омӯзем. Мо метавонем анъанаҳоро дар бораи мубориза бо хатарҳои муосир гузорем, ҳамон тавре ки мо забон мегузаронем. ”

Антифрагил: Чизҳое, ки аз бетартибӣ ба даст меоянд - “Дар ҳақиқат, бадани мо эҳтимолиятҳоро ба таври хеле мураккаб кашф мекунад ва хавфҳоро назар ба зеҳни мо беҳтар арзёбӣ мекунад. Барои гирифтани як мисол, мутахассисони идоракунии хавфҳо дар гузашта маълумотро дар бораи сенарияи бадтарин меноманд ва онро барои арзёбии хатарҳои оянда истифода мебаранд-ин усулро "озмоиши стресс" меноманд. Онҳо бадтарин таназзули таърихӣ, бадтарин ҷанг, бадтарин иқдоми таърихӣ дар фоизҳо ё бадтарин нуқтаи бекориро ҳамчун баҳои дақиқ барои бадтарин натиҷаи оянда қабул мекунанд. Аммо онҳо ҳеҷ гоҳ номувофиқии зеринро пай намебаранд: ин ҳодисаи ба истилоҳ бадтарин ҳолат, вақте ки ин рӯй дод, аз бадтарин ҳолат дар он вақт гузашт.”

Чӣ тавр хунукии худро нигоҳ доштан мумкин аст - Ман инро чанд рӯз пеш пас аз аз даст додани хунукӣ гирифтам. Ин китоб интихоби кӯтоҳи эссеҳои Сенека барои ҳар касе аст, ки худро дар назорат нигоҳ дорад. Сенека онҳоро барои Нерон навишт, ки ӯ мехоҳад таъсир расонад.

Сирри муваффақияти мо - Агар мо дар ин бора фикр карданро бас кунем, ба назар чунин мерасад, ки мо одамон боварӣ дорем, ки муваффақияти мо ҳамчун як навъ аз ҳисоби он аст, ки мо чӣ қадар доноем, то чӣ андоза мо метавонем ихтироъ кунем ва навоварӣ кунем. Аммо агар мо чуқуртар кофта тавонем, қудрати ақлҳои инсониро бо чанд нафаре, ки дар ҷангал зиёда аз якчанд рӯз наҷот дода наметавонистанд, душвор кардан душвор аст. Ҳамин тариқ, ин китоб дар бораи ҷузъҳои эволютсияи аҷиби мо назари дигарро пешниҳод мекунад. Ҳенрих баҳс мекунад, ки ин на оқилони мо буд, ки моро то ба ин дараҷа расонданд, балки ба ҷои он қобилияти бемисли мо барои омӯзиши фарҳангӣ. Вай ба таври муассир нишон медиҳад, ки бидуни қобилияти интиқол додани инноватсия, асбобҳои нав воқеан шуморо ба он қадар дур намерасонанд. Ба хулоса меояд, ки ба одамон назари тамоман дигар, ки як навъи нави ҳайвонот мебошанд.

Чӣ гуна эҳсосот ба вуҷуд меоянд: Ҳаёти махфии майна - “Вақте ки олимон назари классикиро як сӯ гузошта, танҳо ба маълумот нигоҳ мекунанд, шарҳи куллии эҳсосот рӯшан мешавад. Хулоса, мо мефаҳмем, ки эҳсосоти шумо дарун нагардидаанд, балки аз қисмҳои асосӣ сохта шудаанд. Онҳо универсал нестанд, вале аз фарҳанг ба фарҳанг фарқ мекунанд. Онҳо ба кор андохта намешаванд, ки шумо онҳоро эҷод мекунед. Онҳо ҳамчун маҷмӯи хосиятҳои физикии бадани шумо, мағзи чандире пайдо мешаванд, ки худро ба ҳама гуна муҳите, ки дар он инкишоф меёбад ва фарҳанг ва тарбияи шуморо таъмин мекунад, ки ин муҳитро таъмин мекунанд. Эҳсосот воқеӣ ҳастанд, аммо на ба маънои объективӣ, ки молекулаҳо ё нейронҳо воқеӣ мебошанд. Онҳо ба ҳамон маъно воқеият доранд, ки пул воқеӣ аст — яъне, базӯр як иллюзия, балки маҳсули созиши инсонӣ.”.

Роҳи ишқ - Муҳимтарин чизҳои ҳаётро омӯхтан мумкин аст, аммо таълим додан мумкин нест. “Шумо метавонед касеро водор созед, ки ба шумо чизҳои механикӣ ё илмӣ ё математикиро ба мисли алгебра ё англисӣ омӯзад ё давр занад ё компютер кор кунад. Аммо дар чизҳое, ки воқеан муҳиманд, ҳаёт, муҳаббат, воқеият, Худо, ҳеҷ кас наметавонад ба шумо чизе таълим диҳад. Танҳо онҳо метавонанд ба шумо формулаҳо пешниҳод кунанд. Ва ҳамин ки шумо формула доред, шумо воқеиятро аз зеҳни ягон каси дигар филтр мекунед. Агар шумо ин формулаҳоро гиред, шумо зиндонӣ хоҳед шуд. Шумо пажмурда мешавед ва вақте ки ба марг меоед, намедонед, ки худ дидан, омӯхтан чӣ маъно дорад.”

Менталитети Мамба - “Агар шумо дар ҳақиқат мехоҳед дар чизе олӣ бошед, шумо бояд дар ҳақиқат дар бораи он ғамхорӣ кунед. Агар шумо хоҳед, ки дар як минтақаи бузург бузург бошед, шумо бояд ба он ғамхорӣ кунед. Бисёр одамон мегӯянд, ки онҳо мехоҳанд бузург бошанд, аммо онҳо намехоҳанд қурбониҳои заруриро барои ноил шудан ба бузургӣ кунанд. Онҳо нигарониҳои дигар доранд, хоҳ муҳим бошад ва хоҳ не, ва онҳо худро паҳн мекунанд. Ин комилан хуб аст. Охир, бузургӣ барои ҳама нест. ”

Чаҳор Созишнома: Роҳнамои амалӣ барои озодии шахсӣ — “Дар тамоми умри шумо ҳеҷ кас ҳеҷ гоҳ ба шумо нисбат ба худатон суиистифода накардааст. Ва маҳдудияти сӯиистифодаи шумо маҳз ҳамон ҳаддест, ки шумо аз ягон кас таҳаммул хоҳед кард. Агар касе нисбат ба шумо каме бештар аз шумо сӯиистифода кунад, шумо эҳтимол аз он шахс дур мешавед. Аммо агар касе нисбат ба шумо нисбат ба шумо каме камтар сӯиистифода кунад, шумо эҳтимол дар муносибат мемонед ва ба он беохир таҳаммул мекунед. ”

Бари ранг - Ин китоб дар бораи таъсири номутаносибии як издивоҷи қавмӣ ба муносибатҳои байналмилалӣ ва рушди иқтисодии тамоми кишвар нақл мекунад. Вақте ки минтақае, ки ҳоло Ботсвана ном дорад, ҳанӯз ҳам протекторати Бритониё буд, вориси сиёҳи раҳбарии қабилаи калонтарин бо зани сафедпӯсти англис издивоҷ кард. Ин амал як силсила чорабиниҳоро ба вуҷуд овард, ки ба мо дар бораи ҳалқаҳои фикру мулоҳизаҳо ва эффектҳои дараҷаи дуввуми сиёсати байналмилалӣ бисёр чизҳоро меомӯзонад. Издивоҷ инчунин тағйироти бузургро дар минтақа таҳаввулоти мувофиқ ба вуҷуд овард, ки боиси он шуд, ки Ботсвана аз яке аз кишварҳои фақиртарин дар ҷаҳон ба бузургтарин ва устувортарин рушди иқтисодии ҳар як кишвари Африқо гузарад.

Роҳнамо ба зиндагии хуб: Санъати қадимии шодии стойкӣ - Даҳ сол пеш нашр шудааст, ин дастури хурди амалияи стоизм дар ҷаҳони муосир маъмул ва аҳамиятнок боқӣ мемонад, зеро стоицизм дар фазои рушди шахсӣ афзоиш меёбад. Мо аксар вақт мебинем, ки он дар рӯйхати хониши тавсияшуда ҳамчун китоби комил барои хондан дар баробари асарҳои аслии стоицизм аз ҷаҳони қадим пайдо мешавад. Дастури Irvine ’s хондан осон ва гуворо аст. Он ба фалсафа муаррифии дақиқ медиҳад ва сипас ҳар як принсипро тақсим мекунад ва мефаҳмонад, ки чӣ гуна онҳоро дар ҳаёти ҳаррӯзаи мо татбиқ кардан мумкин аст. Агар шумо дар стоицизм нав бошед ё пас аз хондани сарчашмаҳои ибтидоӣ бовар надошта бошед, ин китоб метавонад муфид бошад.

Сирри муваффақияти мо: Чӣ гуна фарҳанг таҳаввулоти инсонро пеш мебарад, навъҳои моро хонагӣ мекунад ва моро оқилтар мекунад (Ҷозеф Ҳенрих) - Ҳенрих, профессори биологияи эволютсионии инсон дар Донишгоҳи Ҳарвард бар ин назар аст, ки одамон ба хотири фарҳанги муштараки мо бар рӯи замин ҳукмронӣ мекунанд. Одамон ҳамчун як намуд муваффақанд, зеро қобилияти мо барои азхуд кардани беҳтарин чизе, ки дигарон аллакай фаҳмидаанд. Ба мо лозим нест, ки ҳама чизро аз сифр омӯзем, мо метавонем ба донише, ки фарҳанги мо ҷамъ кардааст, такя кунем. Тавассути объекти таърих, биология ва илми эволютсионӣ, Ҳенрих нуқтаи назари худро дифоъ мекунад, ки "сирри муваффақияти мо на дар зеҳни модарзоди мо, балки дар мағзи коллективии мо - дар қобилияти гурӯҳҳои одамон дар робита бо ҷомеа ва омӯхтани он аст". дигар дар тӯли наслҳо. ” Ин китоб шуморо водор месозад, ки таърихи инсониятро бо назари дигар бинед ва аҳамияти омӯзиш аз якдигарро тақвият бахшад.

Бозии бозии тӯлонӣ: Чӣ гуна бояд дар ҷаҳони "Ҳоло ҳозир ” Ҷаҳон" муваффақияти дарозмуддат ба даст овард - Бозии тӯлонӣ роҳи камтар тайшударо пайравӣ карда, он чизеро, ки ҳоло хуб аст, ба манфиати он чизҳое, ки ба фикри мо моро танзим мекунад, пайравӣ мекунад. барои эҳсоси олӣ баъдтар. Мо бояд танқиди касонеро, ки бозии кӯтоҳ бозӣ мекунанд, таҳаммул кунем ва ба мо гӯянд, ки мо дилгиркунандаем ё вақти худро беҳуда сарф мекунем. ”


Дастур оид ба тафаккури эволютсионӣ дар илмҳо

Назарияи эволютсияи дарвинӣ худаш дар ҳоли таҳаввул аст ва ин китоб ҷузъиёти аслии дарвинизми муосир ва самтҳои охирини рушди онро пешкаш мекунад. Муаллифон корҳои илмии муосирро, ки ба масъалаҳои назариявӣ ва мушкилоти назариявӣ расидаанд, дар чаҳор бахш, аз мафҳумҳои назарияи эволютсия, равандҳои тағирёбӣ, ирсият, интихоб, мутобиқшавӣ ва функсияи он, намунаҳои характер, намудҳо, наслҳо ва ҳаёт пешниҳод мекунанд.

Дар қисми дуюми ин китоб дарвинизм дар фалсафаи илм ва фоиданокии он дар фаҳмиши экосистема баррасӣ мешавад, дар ҳоле ки бахши сеюм ба татбиқи он дар риштаҳои берун аз улуми биологӣ, аз ҷумла психологияи эволютсионалӣ ва иқтисоди эволютсионӣ, ахлоқи дарвинӣ ва филолингвистика дахл мекунад. Қисми ниҳоӣ зидди дарвинизм, нуқтаи назари креационистӣ ва масъалаҳои омӯзиши эволютсияро дар мактабҳои миёна баррасӣ мекунад.

Хонанда мефаҳмад, ки биологияи имрӯзаи таҷрибавӣ чӣ гуна дар бораи манбаъҳои тағирёбӣ ва аз ин рӯ қудрати интихоби табиӣ перспективаҳои муҳимро мекушояд. Ин асар мисолҳои сершумори густариши принсипи интихоби табииро мавриди баррасӣ қарор дода, имкон медиҳад, ки назарияи ғанӣ, ҷиддии методологие, ки дар густариш ва содироти он сарварӣ мекунад, инчунин дар бораи зарурати чен кардани бартариятҳо ва инчунин ҳудуди он ба таври интиқодӣ андешаронӣ кунем. .

Олимоне, ки ба дарвинизми муосир ва тадқиқоти илмӣ, консепсияҳо, барномаҳои тадқиқотӣ ва баҳсҳои он таваҷҷӯҳ доранд, ин китобро як хониши аъло хоҳанд ёфт ва онҳое, ки дарвинизмро чӣ гуна метавон рушд кард, чӣ гуна метавон онро ба илмҳои гуманитарӣ ва дигар фанҳои берун аз пайдоишаш татбиқ кард, онро махсусан пайдо хоҳанд кард. арзишманд.

Аслан ба забони фаронсавӣ (Les Mondes Darwiniens) истеҳсол шудааст, миқёс ва фоиданокии китоб боиси тавлиди ин матни англисӣ барои дастрасии бештари мардум шудааст.

Ин китоб як марҳалаи таъсирбахши олимони франкофон ба олами илми Дарвинӣ, таърихнигорӣ ва фалсафаи он дар тӯли ду даҳсолаи охир мебошад.

Алекс Розенберг, Р. Тейлор Коул профессори фалсафаи Донишгоҳи Дюк

То кунун ин дастури муфид ва мукаммал танҳо барои франкофонҳо дастрас буд. Ба туфайли ин тарҷумаи нави бебаҳо, ин маҷмӯаи очеркҳои фаҳмо ва аслӣ метавонанд ба шунавандагони умумиҷаҳонии сазовори худ бирасанд.

Тим Левенс, Донишгоҳи Кембриҷ

Томас Химс, Доктори илм, ассистенти кафедраи геномикаи ҳайвонот дар AgroParisTech, Париж (Донишкадаи технологияи Париж оид ба ҳаёт, ғизо ва муҳити зист) мебошад. Таваҷҷӯҳи таълимӣ ва тадқиқотии ӯ дар чорроҳаи илмҳои ҳайвонот, биологияи молекулавӣ ва таърихи ақидаҳои илмӣ қарор дорад. Ӯ якчанд тарҷумаи китобҳоро аз англисӣ (амрикоӣ) ва олмонӣ ба фаронсавӣ ҳамоҳанг кардааст. Вай узви ҳайати таҳририяи Editions Matériologiques мебошад.

Филипп Ҳунман, PhD, директори тадқиқот дар Институти Таърих ва Фалсафаи Илмҳо ва Технологияҳо (CNRS / Université Paris I Сорбонна) мебошад. Вай файласуфи биология аст, ки асосан дар масъалаҳои биологияи эволютсионӣ кор мекунад. Мақолаҳои асосии нашршудаи ӯ дар бораи: гуногунии тавзеҳоти эволютсионӣ, сабаб ва тавзеҳ дар биология, масъалаи фардият дар биология ва экология ва таърифҳои расмии пайдоиш, инчунин мафҳуми организм ва нақши он дар биологияи кунунӣ. Ин мавзӯи охирин ба корҳое дахл дорад, ки вай дар бораи ақидаҳои Кантӣ дар бораи биология дар бораи консепсияҳои пребиологии организмҳо ба таври васеъ анҷом додааст. (Метафизика ва биология. Кант ва Конститутсия барои консепсияи организм, Париж: Киме, 2008). Вай инчунин таҳрир кард Вазифаҳо: интихоб ва механизмҳо (Китобхонаи Synthese, Dordrecht: Springer. 2012), бо Frédéric Bouchard, Аз гурӯҳҳо ба шахсони алоҳида. (Кембридж: MIT Press, 2013) ва бо Денис Уолш, Мушкилот дар биологияи эволютсионӣ, дар соли 2014 дар Донишгоҳи Оксфорд Пресс баромад кунад.

Guillaume Lecointre, Доктори илм, муҳаққиқ, систематист, профессори Осорхонаи Париж (Muséum National d'Histoire naturelle) мебошад, ки дар он шӯъбаи тадқиқотии Систематика ва эволютсияро роҳбарӣ мекунад. Вай инчунин дар такмили омодасозии омӯзгорони фаронсавӣ дар систематика ва илмҳои эволютсионӣ иштирок кардааст. Вай зиёда аз сад мақола ва даҳ китоб (аз ҷумла "Дарахти ҳаёт", бо Эрве Ле Гуядер, Ҳарвард Университет) чоп кардааст.

Бо маълумоти олӣ дар биология (этология), Марк Силберштейн ношири илмй мебошад. Муассиси Нашрияҳои Matériologiques (Париж) дар 2010. Муҳаррир бо Жан-Жак Купиек ва дигарон., Le Hasard au cœur de la cellule (EM, 2011) avec Thomas Heams, Philippe Huneman, Guillaume Lecointre, Les Mondes дарвиниён. L'évolution de l'évolution (нашри аввал: 2009, нашри нав: 2011) бо Жерард Ламберт ва Филипп Ҳунман, Беморӣ, тасниф ва далелҳо: Иншоҳои нав дар фалсафаи тиб (Спрингер, 2014) Марк Силберштейн (ред.), Matériaux filophiques et Scientificifiques pour modern matérialisme муосир (2013).

«Дастур китоби мукаммалтарин ба забони англисӣ дар бораи метафизика ва гносеологияи илмҳои ҳаёт мебошад. ... Дастур воқеан ҳамчун як манбаи гаронбаҳо барои муаллимони тафаккури дарвинист, ки метавонанд ба осонӣ бобҳои гуногунро барои навсозии назари худ оид ба эволютсия ҷудо кунанд.” (Елена Касетта ва Андреа Боргини, Acta Biotheoretica, Vol. 65, 2017)

"Ин ҷилд шарҳи ҳамаҷонибаи роҳҳоеро дар бар мегирад, ки афкори эволютсионалӣ ҳам дар дохили биология (биологияи рушд, биологияи молекулавӣ, биологияи системавӣ ва биологияи синтетикӣ) ва берун аз он ба соҳаҳои нав паҳн шудааст. бобҳо дар бораи гуногунӣ ва мураккабии тафаккури эволютсионӣ тасаввуроти возеҳ ва ҳавасмандкунанда медиҳанд ва барои инъикоси фалсафӣ ва таърихӣ фазои кофӣ мегузоранд. … Ба хонандагон ҳавасмандии андаке барои дарёфти ин китоб дода мешавад, на бобҳои алоҳидаи он дар интернет. ” (Ҷероен Хопстер, Шарҳи семоҳаи биология, Ҷилди 91 (3), сентябр, 2016)


Муқаддима ба алгоритмҳои генетикӣ

Мелани Митчелл, ассистенти кафедраи муҳандисии электрикӣ ва информатика дар Донишгоҳи Мичиган, узви Ҷамъияти Стипендиячиёни Мичиган мебошад. Вай инчунин директори Барномаи ҳисобкунии мутобиқ дар Институти Санта Фе мебошад.

Алгоритмҳои генетикӣ дар илм ва муҳандисӣ ҳамчун алгоритмҳои мутобиқшавӣ барои ҳалли масъалаҳои амалӣ ва ҳамчун моделҳои ҳисоббарории системаҳои эволютсионии табиӣ истифода мешаванд. Ин муқаддимаи мухтасар ва дастрас баъзе аз тадқиқоти ҷолибтарин дар ин соҳаро тавсиф мекунад ва инчунин ба хонандагон имкон медиҳад, ки алгоритмҳои генетикиро мустақилона амалӣ ва таҷриба кунанд. Он ба маҷмӯи хурди мавзӯъҳои муҳим ва ҷолиб, махсусан дар омӯзиши мошинсозӣ, моделсозии илмӣ ва ҳаёти сунъӣ - тамаркуз мекунад ва доираи васеи тадқиқот, аз ҷумла кори Митчелл ва ҳамкасбони ӯро баррасӣ мекунад.

Тавсифи барномаҳо ва лоиҳаҳои моделсозӣ берун аз ҳудуди қатъии илми информатика мегузаранд, то назарияи системаҳои динамикӣ, назарияи бозиҳо, биологияи молекулавӣ, экология, биологияи эволютсионӣ ва генетикаи популятсияро дар бар гиранд, ки табиати ҷолиби "ҳадафи умумӣ" -и алгоритмҳои генетикиро ҳамчун усулҳои ҷустуҷӯ нишон медиҳанд ки дар тамоми соҳаҳо истифода бурдан мумкин аст.

Муқаддима ба алгоритмҳои генетикӣ барои донишҷӯён ва муҳаққиқон дар ҳама фанҳои илмӣ дастрас аст. Он бисёр машқҳои фикрӣ ва компютериро дар бар мегирад, ки фаҳмиши хонандаро дар бораи матн такмил ва тақвият мебахшад. Боби аввал алгоритмҳои генетикӣ ва истилоҳоти онҳоро муаррифӣ мекунад ва ду барномаи иғвоангезро ба таври муфассал шарҳ медиҳад. Бобҳои дуюм ва сеюм ба истифодаи алгоритмҳои генетикӣ дар омӯзиши мошинҳо (барномаҳои компютерӣ, таҳлил ва пешгӯии маълумот, шабакаҳои нейрон) ва дар моделҳои илмӣ (таъсири мутақобила байни омӯзиш, эволютсия ва фарҳанги экосистемаҳои интихоби ҷинсӣ, фаъолияти эволютсиониро) баррасӣ мекунанд. Якчанд равишҳо ба назарияи алгоритмҳои генетикӣ дар боби чорум амиқ баррасӣ шудаанд. The fifth chapter takes up implementation, and the last chapter poses some currently unanswered questions and surveys prospects for the future of evolutionary computation.


"Рангинкамони эволютсия is an expansively creative challenge to the modern orthodoxies of sexual selection. Roughgarden's intellectual generosity may jump-start the careers of a new generation of diversity-affirming Darwinian scientists."—Patricia Adair Gowaty, author of Feminism and Evolutionary Biology

"An entrancing tale of sexual ambiguity in animals and people, but also that rarest of literary beasts—a science book written from the heart."—Steve Jones, author of Darwin's Ghost

"A thoughtful and scholarly, yet deeply personal, perspective from a brilliant theoretical biologist. This articulate and provocative disquisition is must reading for anyone fascinated by one of the most important contemporary social challenges."—Simon Levin, author of Fragile Dominion

"This book challenges not only the assumptions about male-female differences in behavior and homosexual-heterosexual differences, but also the very meanings of ‘maleness’ and ‘femaleness’ in physical and biological terms. Roughgarden builds a strong case for biological diversity related to what humans call sex, gender, and sexuality."—Bonnie Spanier, author of Im/partial Science: Gender Ideology in Molecular Biology

"Joan Roughgarden asks, and indeed tries to answer, all the big questions about sexual diversity among humans and animals. She takes her readers on a wonderful journey through ecology and evolution and is a brilliant and talented narrator. Рангинкамони эволютсия will fundamentally change many ongoing conversations on sexuality and science."—Judith Halberstam, author of Female Masculinity

"Every now and then science focuses on a subject that matters. Gender and gender differences matter to us social primates. And we will judge, condemn, restrict or incarcerate people based on our notions of biologically normal variability in gender and sexuality. Thus, it is immensely important when a book comes along, written clearly and authoritatively by an eminent scientist, that demonstrates how wrong most people’s ideas are about this subject. This is such a book."—Robert Sapolsky, author of A Primate’s Memoir


Book recommendations for algorithms used in evolutionary biology - Biology

Genetic algorithms have been used in science and engineering as adaptive algorithms for solving practical problems and as computational models of natural evolutionary systems. This brief, accessible introduction describes some of the most interesting research in the field and also enables readers to implement and experiment with genetic algorithms on their own. It focuses in depth on a small set of important and interesting topics—particularly in machine learning, scientific modeling, and artificial life—and reviews a broad span of research, including the work of Mitchell and her colleagues.

The descriptions of applications and modeling projects stretch beyond the strict boundaries of computer science to include dynamical systems theory, game theory, molecular biology, ecology, evolutionary biology, and population genetics, underscoring the exciting "general purpose" nature of genetic algorithms as search methods that can be employed across disciplines.

An Introduction to Genetic Algorithms is accessible to students and researchers in any scientific discipline. It includes many thought and computer exercises that build on and reinforce the reader's understanding of the text.

The first chapter introduces genetic algorithms and their terminology and describes two provocative applications in detail. The second and third chapters look at the use of genetic algorithms in machine learning (computer programs, data analysis and prediction, neural networks) and in scientific models (interactions among learning, evolution, and culture sexual selection ecosystems evolutionary activity). Several approaches to the theory of genetic algorithms are discussed in depth in the fourth chapter. The fifth chapter takes up implementation, and the last chapter poses some currently unanswered questions and surveys prospects for the future of evolutionary computation.


Premedical Competencies

Learning objective 1 for the evolution competency in the AAMC-HHMI report requires students to be capable of explaining “how genomic variability and mutation contribute to the success of populations.” This is a valuable objective, but its implementation requires sophistication to avoid confusion. The wording could lead some to think that mutations exist to speed evolution or that the evolutionary explanation for maintained genetic variation is well understood, when it is actually an issue of intensive study in evolutionary biology, as illustrated by articles by Valle and Eyre-Walker (51) and Houle (52) in this colloquium. Variation is only the raw material selection does the work, and drift brings added complications. Also, although the success of populations is important, one of the great achievements of 20th-century evolutionary biology is recognition that selection generally acts to maximize benefits to individuals and their genes, not species or populations (53, 54). The other learning objective, “explain how evolutionary mechanisms contribute to change in gene frequencies in populations and to reproductive isolation,” encompasses a breadth of important material. Neither of these learning objectives focuses explicitly on issues of bodily adaptation and maladaptation that are crucial for medicine.

More detailed learning objectives for evolutionary biology would make them more similar to those for other basic sciences. For instance, among the six learning objectives for E3 (physics), students are expected to “demonstrate knowledge of the principles of thermodynamics and fluid motion,” and “demonstrate knowledge of principles of quantum mechanics, such as atomic and molecular energy levels, spin, and ionizing radiation.” With these in mind, we offer several comparably specific learning objectives for evolutionary biology. We recognize that our opinions are no substitute for a representative body of experts convened to address these issues nonetheless, they may be useful.


Design by Evolution

Evolution is Nature’s design process. The natural world is full of wonderful examples of its successes, from engineering design feats such as powered flight, to the design of complex optical systems such as the mammalian eye, to the merely stunningly beautiful designs of orchids or birds of paradise. With increasing computational power, we are now able to simulate this process with greater fidelity, combining complex simulations with high-performance evolutionary algorithms to tackle problems that used to be impractical.

This book showcases the state of the art in evolutionary algorithms for design. The chapters are organized by experts in the following fields: evolutionary design and "intelligent design" in biology, art, computational embryogeny, and engineering. The book will be of interest to researchers, practitioners and graduate students in natural computing, engineering design, biology and the creative arts.

"This book is a compilation of different works on evolution. … the book addresses the hot issue of intelligent design (ID) versus evolution. … The book presents interesting work in the area of evolutionary algorithms and their origins and applications. … I recommend this book to everyone who is interested in evolutionary applications and algorithms. Readers will obtain an understanding of most of the applications of evolution, and will find new and interesting approaches to a number of research problems." (Jens Lichtenberg, ACM Computing Reviews, January, 2009)


Integer Linear Programming in Computational and Systems Biology

Ин китоб аз ҷониби нашрияҳои зерин иқтибос оварда шудааст. Ин рӯйхат дар асоси маълумоти пешниҳоднамудаи CrossRef таҳия шудааст.
  • Ношир: Донишгоҳи Кембриҷ Пресс
  • Online publication date: May 2019
  • Print publication year: 2019
  • Online ISBN: 9781108377737
  • DOI: https://doi.org/10.1017/9781108377737
  • Subjects: Genomics, Bioinformatics and Systems Biology, Life Sciences, Computer Science, Computational Biology and Bioinformatics

Китобдор ё мудири худро ба почтаи электронӣ фиристед, то илова кардани ин китобро ба коллексияи созмони худ ва#x27s тавсия диҳад.

Тавсифи китоб

Integer linear programming (ILP) is a versatile modeling and optimization technique that is increasingly used in non-traditional ways in biology, with the potential to transform biological computation. However, few biologists know about it. This how-to and why-do text introduces ILP through the lens of computational and systems biology. It uses in-depth examples from genomics, phylogenetics, RNA, protein folding, network analysis, cancer, ecology, co-evolution, DNA sequencing, sequence analysis, pedigree and sibling inference, haplotyping, and more, to establish the power of ILP. This book aims to teach the logic of modeling and solving problems with ILP, and to teach the practical 'work flow' involved in using ILP in biology. Written for a wide audience, with no biological or computational prerequisites, this book is appropriate for entry-level and advanced courses aimed at biological and computational students, and as a source for specialists. Numerous exercises and accompanying software (in Python and Perl) demonstrate the concepts.

Баррасиҳо

'In his classic accessible teaching style, Gusfield teaches us why integer linear programming (ILP) is the most useful mathematical idea you've probably never heard of. Read this book to learn how what you don't know can hurt you, and why ILP should be your new favorite method.'

Trey Ideker - University of California, San Diego

'Once again, Dan Gusfield has written an accessible book that shows that algorithmic rigor need not be sacrificed when solving real-world problems. He explains integer linear programming in the context of real-world biology. In doing so, the reader has an enriched understanding of both algorithmic details and the challenges in modern biology.'


Bioinformatics and Molecular Evolution

In the current era of complete genome sequencing, Bioinformatics and Molecular Evolution provides an up-to-date and comprehensive introduction to bioinformatics in the context of evolutionary biology.

  • provides a thorough examination of sequence analysis, biological databases, pattern recognition, and applications to genomics, microarrays, and proteomics
  • emphasizes the theoretical and statistical methods used in bioinformatics programs in a way that is accessible to biological science students
  • places bioinformatics in the context of evolutionary biology, including population genetics, molecular evolution, molecular phylogenetics, and their applications
  • features end-of-chapter problems and self-tests to help students synthesize the materials and apply their understanding
  • is accompanied by a dedicated website - www.blackwellpublishing.com/higgs - containing downloadable sequences, links to web resources, answers to self-test questions, and all artwork in downloadable format (artwork also available to instructors on CD-ROM).

This important textbook will equip readers with a thorough understanding of the quantitative methods used in the analysis of molecular evolution, and will be essential reading for advanced undergraduates, graduates, and researchers in molecular biology, genetics, genomics, computational biology, and bioinformatics courses.

Баррасиҳо

"Much of bioinformatics is based on, yet too often ignores, the underlying principles of molecular evolution. This well-written book provides a description of modern bioinformatics methods while providing the biology and evolutionary theory necessary to understand how, why, and when these methods work. This is essential reading for those interested in being either a bioinformatics developer or an informed user." Richard Goldstein, National Institute for Medical Research

"I like the text's balance it is rigorous without being too formal, and has an accessible and broad coverage of topics from both a computer science and a biology perspective." Mohammad Zaki, Rensselaer Polytechnic Institute

"This book nicely integrates molecular evolution and bioinformatics, two disciplines that go hand in hand, as rightfully claimed by the authors. Many bioinformatics applications are based on principles of molecular evolution, and to study molecular evolution is unthinkable nowadays without having access to the necessary tools and implementations. This is an excellent book for both undergraduate and graduate students, as well as for anyone who wants to solve problems in molecular evolution and needs to know the practicalities." Yves Van de Peer, Ghent University, Belgium

"This book is actually fun! Fun, very educative, well organised, practical and easy to use. I wish this book had been published long ago." The British Toxicology Society Newsletter, November 2005

". an excellent and current introduction to classical bioinformatics and an ideal core text for a Master's course in the subject." Comparative and Functional Genomics, November 2005

Муаллиф Bios

Teresa Attwood is Professor of Bioinformatics at Manchester University, Visiting Fellow at the European Bioinformatics Institute, and author of the PRINTS protein fingerprint database. She has a PhD in biophysics from the University of Leeds, and now teaches national and international courses in bioinformatics. Her current research interests include protein sequence analysis, data visualization, and biomedical text mining.