Маълумот

Файли .broadpeak -ро бо 9 сутун чӣ гуна бояд эзоҳ дод?


Ман ин файли олиро дорам, ки ман аз матритсаи ENCODE chip-seq гирифтаам. Он.баландфайл чунин ба назар мерасад:

chr22 16096195 16096367. 517. 8.245591 1.4 -1 chr22 16191942 16192481. 374 . 4.452878 1.7 -1 chr22 16192350 16192560. 480. 7.273034 1.3 -1 chr22 16848326 16848437. 687 . 12.776952 3.4 -1 chr22 16849900 16851299. 374 . 4.444921 12.8 -1 chr22 16851301 16851828. 394. 4,968297 3,2 -1 чр22 16852259 16852459. 514. 8.182164 2.4 -1 chr22 16853163 16855156. 328 . 3.229621 7.6 -1 chr22 16856415 16857273. 374. 4.450283 5.9 -1 chr22 16857361 16857946. 375. 4.475713 2.4 -1 chr22 16857760 16857903. 637. 11.443585 4.2 -1 чр22 16858449 16858683. 645 . 11.655504 11.1 -1 chr22 16860284 16860823. 382. 4.655282 2.4 -1 chr22 16861104 16862410. 370. 4.343772 10.8 -1 chr22 16928019 16928525. 385. 4,743283 2,2 -1 чр22 16928388 16928554. 602 . 10.515230 4.4 -1 chr22 17066663 17067190. 487 . 7.452445 12.6 -1 chr22 17076317 17076417. 699 . 13.091462 2.8 -1 чр22 17079512 17087549. 1000 . 29.157293 13.6 -1 chr22 17105156 17105287. 582. 9,993482 1,6 -1 чр22 17162805 17163461. 763 . 14.801068 100.0 -1 чр22 17198501 17199415. 615. 10,861807 15,1 -1 чр22 17228872 17229131. 713. 13,478983 15,7 -1 чр22 17229147 17229434. 621 . 11.023589 13.2 -1

Ман мехоҳам тавзеҳот кунам ва барои генҳои наздиктарин ids дошта бошам. Ман нав ҳастам, ман кӯшиш мекунам, ки баъзе асбобҳоро санҷам, аммо чизе ба назар намерасад. Ман peakanalyzer-ро бисёр истифода мекардам, аммо он пайваста мегӯяд, ки дар ин файл сутунҳо мавҷуд нестанд, он бояд файли сутуни 12 бошад, аммо ман намедонам, ки ин корро чӣ тавр иҷро кунам. Агар ман сутунҳои бештар илова кунам, ин эзоҳро тағир медиҳад.


Ин аст он чизе ки сутунҳои формати broadPeak доранд (аз UCSC):

  1. хром - Номи хромосома (ё контиг, тахта ва ғайра).
  2. chromStart - Мавқеи ибтидоии хусусият дар хромосома ё тахта. Аввалин пойгоҳи хромосома рақами 0 аст.
  3. chromEnd - Мавқеи ниҳоии хусусият дар хромосома ё скафольд. Пойгоҳи chromEnd ба намоиши хусусият дохил карда нашудааст. Масалан, 100 асоси аввалини хромосома ҳамчун chromStart = 0, chromEnd = 100 муайян карда мешаванд ва асосҳои рақами 0-99ро фаро мегиранд. Агар ҳангоми пешниҳоди маълумот ба DCC ҳамаи холҳо '0' бошанд, DCC
    холҳои таъиншуда 1-1000 дар асоси арзиши сигнал. Идеалӣ, арзиши миёнаи сигнал дар як паҳншавии пойгоҳ байни 100-1000 аст.
  4. ном - Номе, ки ба минтақа дода шудааст (беҳтараш беназир). Истифода '.' агар ягон ном таъин нашуда бошад.
  5. Ҳисоб - Нишон медиҳад, ки қулла то чӣ андоза дар браузер нишон дода мешавад (0-1000).
  6. ришта - +/- барои ишора кардани ришта ё самт (агар лозим бошад). Истифода '.' агар ягон ориентация таъин карда нашавад.
  7. signalValue - Андозагирии ғанисозии умумӣ (одатан, миёна) барои минтақа.
  8. pValue - Андозагирии аҳамияти оморӣ (-log10). Агар ягон pValue таъин нашуда бошад -1 -ро истифода баред.
  9. qValue - Андозагирии аҳамияти оморӣ бо истифода аз суръати кашфи бардурӯғ (-log10). Агар ягон qValue таъин нашуда бошад, -1 -ро истифода баред.

Ва формати BED чунин ба назар мерасад (аз UCSC):

  1. хром - Номи хромосома (масалан, chr3, chrY, chr2_random) ё тахтача (масалан, тахта10671)
  2. chromStart - Мавқеи ибтидоии хусусият дар хромосома ё скафод. Асоси якум дар хромосома 0 рақамгузорӣ карда мешавад.
  3. chromEnd - Мавқеи хотимавии хусусият дар хромосома ё тахта. Пойгоҳи chromEnd ба намоиши хусусият дохил карда нашудааст. Масалан, аввалин 100 пойгоҳи хромосома ҳамчун chromStart = 0, chromEnd = 100 муайян карда мешаванд ва дар асоси пойгоҳҳои рақамии 0-99 ҷойгиранд.
  4. ном - Номи хати BED -ро муайян мекунад. Ин нишона дар тарафи чапи хати BED дар равзанаи Browser Genome нишон дода мешавад, вақте ки трек ба ҳолати пурраи намоиш кушода аст ё бевосита дар тарафи чапи ашё дар ҳолати баста.
  5. Ҳисоб - Ҳисоб аз 0 то 1000. Агар аттрибути хати useScore барои ин маҷмӯи маълумоти эзоҳ ба 1 муқаррар карда шавад, арзиши хол сатҳи хокистариро, ки дар он ин хусусият намоиш дода мешавад, муайян мекунад (рақамҳои баландтар = хокистарии тиратар).
  6. ришта - Сатрро муайян мекунад - ё '+' ё '-'.
  7. ғафс оғоз - Мавқеи ибтидоӣ, ки дар он хусусият ғафс кашида мешавад (масалан, кодони оғоз дар намоиши генҳо). Вақте ки ягон қисми ғафс нест, thickStart ва thickEnd одатан ба мавқеи chromStart гузошта мешавад.
  8. ғафс - Мавқеи хотимавӣ, ки дар он хусусият ғафс кашида шудааст (масалан, кодони таваққуф дар намоиши генҳо).
  9. itemRgb - Арзиши RGB шакли R,G,B (масалан, 255,0,0). Агар аттрибутии сатри itemRgb ба "Фаъол" муқаррар карда шуда бошад, ин арзиши RBG ранги намоиши маълумоти дар ин хати BED мавҷудбударо муайян мекунад. ШАРҲ: Тавсия дода мешавад, ки бо ин хусусият нақшаи оддии рангҳо (ҳашт ранг ё камтар) истифода бурда шавад, то захираҳои рангии браузери Genome ва браузери интернетии шумо пешгирӣ карда нашаванд.
  10. blockCount - Шумораи блокҳо (эксонҳо) дар хати BED.
  11. андозаи андоза - Рӯйхати андозаи блок бо вергул ҷудо карда шудааст. Шумораи ҷузъҳои ин рӯйхат бояд ба blockCount мувофиқат кунад.
  12. blockStarts - Рӯйхати бо вергул ҷудошудаи блок оғоз мешавад. Ҳама мавқеъҳои blockStart бояд нисбат ба chromStart ҳисоб карда шаванд. Шумораи ҷузъҳои ин рӯйхат бояд ба blockCount мувофиқат кунад.

Ҳамин тавр, шаш сутуни аввал асосан якхелаанд. Сутуни 7 ва 8-уми файли нави BED шумо бояд мутаносибан бо сутунҳои 3 ва 4 якхела бошад. Азбаски сутунҳои 4-12 барои файли BED ихтиёрӣ мебошанд, ба шумо лозим нест, ки боқимондаи сутунҳоро пур кунед. Дар ҳар сурат, blockCount барои парвандаи шумо сифр хоҳад буд. Арзиши RGB низ лозим нест. Аммо, агар ҳама гуна нармафзоре, ки шумо истифода мебаред, файли 12 сутунро талаб кунад, онҳоро танзим кунед:

  • itemRGB (сутуни 9) = 0,0,0 (сиёҳ)
  • blockCount (сутуни 10) = 0

Шумо метавонед фосиларо дар боқимондаи ду сутун истифода баред.

Барои ин шумо метавонед ба осонӣ аз ҳама гуна забони скрипт истифода баред. Ман намехоҳам фаҳмонам, ки чӣ тавр ин корро кардан лозим аст, зеро ин дар ин ҷо аз мавзӯъ берун аст.


Чӣ гуна генҳои наздиктаринро бидуни истифодаи Peakanalyzer пайдо кардан мумкин аст?

  • Файли шарҳи GENCODE-ро зеркашӣ кунед ва онро кушоед.
  • Файли broadPeak -ро хонед ва ҷойҳои қуллаҳоро нигоҳ доред.
  • Муайян кунед, ки сатҳи ҳадди ақали наздикӣ чист (масалан, 2кб/сония ба поён)
  • Танҳо он сатрҳои GTF -ро таҳлил кунед, ки сутуни сеюм = "ген"
  • Барои оғоз кардан тирезаи поёнобро хориҷ кунед ва тирезаи болообро барои қатъ кардани мавқеи ген илова кунед. Сутунҳои 4 ва 5 мутаносибан.
  • Маълумоти ген дар сутуни 9 нигоҳ дошта мешавад.
  • Агар мавқеъи қуллаи захирашуда дар доираи мавқеъҳои тағирёфтаи оғоз/ист афтад, сутуни 9-ро чоп кунед.

Боз, ин бояд ба таври барномавӣ анҷом дода шавад. Ин хеле душвор нест. Фаҳмонед, ки чӣ тавр ин корро кардан дар ин форум аз мавзӯъ аст. Ман алгоритмеро шарҳ додам, ки шумо метавонед онро бо забони скрипти дӯстдоштаи худ амалӣ кунед.


Дастури корбари ChIPpeakAnno

Маҷмӯа барои осон кардани таҳлили поёноб барои таҷрибаҳои ChIP-seq мебошад. Он функсияҳоро барои дарёфти наздиктарин ген, экзон, miRNA ё хусусиятҳои фармоишӣ, аз қабили унсурҳои аз ҳама ҳифзшуда ва дигар сайтҳои ҳатмии омили транскрипсияи аз ҷониби корбарон таъминшуда, дарёфт кардани пайдарпайҳо дар атрофи қулла, гирифтани истилоҳот ё роҳҳои ғанишудаи Gene Ontology (GO) дар бар мегирад. Аз 2.0.5 сар карда, вазифаҳои нав барои дарёфти қуллаҳои таблиғгарони дуҷониба бо омори ҷамъбастӣ (peaksNearBDP), ҷамъбасти пайдоиши мотивҳо дар қуллаҳо (summarizePatternInPeaks) ва илова кардани дигар IDҳо ба қуллаҳои тавсифшуда ё бойкардашуда (addGeneIDs) . Аз 3.4 сар карда, санҷиши ивазкунӣ илова карда шуд, ки оё дар байни ду маҷмӯи қуллаҳо мувофиқати назаррас вуҷуд дорад ё не. Илова бар ин, намунаҳои ҳатмии омилҳои транскрипсияи сершумор (TFs) ё тақсимоти аломатҳои эпигенетикии сершумор дар атрофи хусусиятҳои геномӣ метавонанд бо истифода аз харитаи гармии паҳлӯ ва зичӣ ба осонӣ визуалӣ ва муқоиса карда шаванд.

Версияи бастаҳо: ChIPpeakAnno 3.6.5


Мундариҷа

Иммунопреципитацияи хроматин (ChIP) ва пас аз пайдарпайии ДНК (ChIP-seq) ва ChIP ва пас аз таҳлили массиви геномӣ (ChIP-чип) ба технологияҳои баландсифат барои муайян кардани маконҳои ҳатмии сафедаҳои ДНК-и ҳатмӣ аз ҷиҳати геном табдил ёфтанд. Як қатор алгоритмҳо барои осон кардани муайян кардани ҷойҳои ҳатмии сафедаҳои ДНК-ҳои мавриди таваҷҷӯҳ нашр шудаанд. Сомонаҳои ҳатмии муайяншуда ҳамчун рӯйхати қуллаҳо одатан ба файлҳои BED ё bigwig табдил дода мешаванд, то ба браузери геномаи UCSC бор карда шаванд, то муфаттишон барои дидани наздикии хусусиятҳои гуногуни геномӣ, ба монанди генҳо, эксонҳо ё унсурҳои ҳифзшуда бор кунанд. Аммо, пахш кардани браузери геном як кори душворест, вақте ки шумораи қуллаҳо зиёд мешавад ё қуллаҳо дар саросари геном паҳн мешаванд.

Дар ин ҷо мо инкишоф ёфтем ChiPpeakAnno, бастаи Bioconductor 1, барои осон кардани шарҳи маҷмӯи қуллаҳои аз таҷрибаҳои ChIP-seq ё ChIP-chip муайяншуда. Мо функсияҳоро барои пайдо кардани наздиктарин ген, эксон, miRNA ё дигар хусусиятҳои фармоишии аз ҷониби корбарон пешниҳодшуда, ба мисли унсурҳои аз ҳама ҳифзшуда ва дигар сайтҳои ҳатмии омилҳои транскрипсия, ки аз GRanges истифода мебаранд, амалӣ кардем. Азбаски тавзеҳи геном зуд -зуд нав карда мешавад, мо онро истифода бурдем biomaRt баста барои дарёфти маълумотҳои эзоҳ дар парвоз. Истифодабарандагон инчунин чандирӣ доранд, ки маълумоти аннотацияи худро ё тавзеҳотро аз онҳо гузоранд Хусусиятҳои геномӣ ҳамчун GRranges. Мо низ фишор овардем BSgenome ва biomaRt барои дарёфти пайдарпайҳо дар атрофи қуллаи муайяншуда барои тасдиқи қулла ё кашфи мотив 2. Барои фаҳмидани он, ки оё қуллаҳои муайяншуда дар атрофи генҳо бо истилоҳҳои муайяни GO ғанӣ шудаанд, мо озмоиши ғанисозии Ген Онтологияро (GO) дар ChIPpeakAnno бастаи фишанги санҷиши гипергеометрӣ дар омор баста ва бо шарҳи GO аз GO.db Функсияҳои танзими баста ва сершумор аз санҷиши бисёр бастаи 3-8. Таҳлили роҳ бо истифода аз реактом ё KEGG низ дастгирӣ карда мешавад. Аз 3.4 сар карда, мо инчунин функсияҳои санҷиши ивазкуниро иҷро мекунем, то муайян кунем, ки оё байни ду маҷмӯи қуллаҳо такрори назаррас вуҷуд дорад. Илова бар ин, намунаҳои ҳатмии омилҳои сершумори транскрипсия (TFs) ё тақсимоти аломатҳои сершумори эпигенетикӣ дар атрофи хусусиятҳои геномиро метавон бо истифода аз харитаи гармӣ ва қитъаи зичии паҳлӯӣ ба осонӣ муқоиса кард.


1.4 Қуллаҳоро шарҳ диҳед

Тавре ки аз тақсимоти рақамҳои ҷамъшудаи қуллаҳо дар атрофи TSS ва тақсимоти қуллаҳо дар минтақаҳои гуногуни хромосомаҳо нишон дода шудааст, аксарияти қуллаҳо дар атрофи TSS ҷойгиранд. Аз ин рӯ, истифодаи annotatePeakInBatch ё annoPeaks барои шарҳ додани қуллаҳо ба минтақаҳои промоутер генҳои Hg19 оқилона аст. Тарғиботчиёнро бо bindingRegion муайян кардан мумкин аст. Барои мисоли зерин, минтақаи промоутер ҳамчун болооб 2000 ва поён 500 аз TSS муайян карда мешавад (bindingRegion = c (-2000, 500)).

Тақсимоти қуллаҳои умумиро дар атрофи хусусиятҳо метавон бо истифода аз ҷадвали пирогӣ тасаввур кард.


Шарҳи дурусти мунтазир барои байт []

Ман як барномае дорам, ки бо истифода аз тавзеҳҳои мунтазир 3.1 ва JPA. Он дорои якчанд объект бо атрибутҳои байт[] (ҳаҷмаш 1к - 200к). Он тавзеҳи JPA @Lob -ро истифода мебарад ва мунтазир 3.1 метавонад онҳоро дар ҳама пойгоҳи додаҳои асосӣ хуб хонад - ба назар чунин менамояд, ки хусусиятҳои фурӯшандаи JDBC Blob пинҳон карда мешаванд (тавре ки бояд кард).

Мо маҷбур шудем, ки ба 3.5 навсозӣ кунем, вақте ки мо фаҳмидем, ки танаффусҳои хоби 3.5 (ва ислоҳ нахоҳад кард) ин комбинатсияи эзоҳро дар postgresql (бе ягон роҳи ҳал). Ман то ҳол ислоҳи возеҳе наёфтаам, аммо ман пайхас кардам, ки агар ман танҳо @Lob -ро нест кунам, он байти postgresql -ро истифода мебарад (ки кор мекунад, аммо танҳо дар postgres).

Ман роҳе дорам, ки як синфи ягонаи эзоҳро (бо амволи blob) дошта бошам, ки дар саросари пойгоҳи додаҳои асосӣ сайёр бошад.

  • Роҳи сайёр барои тавзеҳи хосияти байт[] кадом аст?
  • Оё ин дар баъзе версияи охирини интизорӣ собит шудааст?

Навсозӣ: Пас аз хондани ин блог ман ниҳоят фаҳмидам, ки роҳи аслии ҳалли масъалаи JIRA чист: Эҳтимол шумо бояд @Lob-ро тарк кунед ва амволро чунин шарҳ диҳед:

Аммо, ин кор намекунад барои ман - Ман то ҳол ба ҷои байт OID мегирам, аммо ин барои муаллифи шумораи JIRA кор мекард, ки ба назар чунин менамояд.

Пас аз ҷавоби А.Гарсия, ман ин комбинаеро санҷидам, ки воқеан дар postgresql кор мекунад, аммо на дар oracle.

Он чизе ки ман воқеан бояд анҷом диҳам, ин аст, ки @org.hibernate.annotations. Навиштани комбинатсияи (@Lob + байт [] харита карда мешавад) ба (дар postgresql).

Ин аст порча аз 3.5.5. Финал аз MaterializedBlobType (sql type Blob). Мувофиқи блоги Стив, postgresql аз шумо мехоҳад, ки Streams -ро барои байт истифода баред (аз ман напурсед, ки чаро) ва навъи одати Blob postgresql барои oids. Дар хотир доред, ки истифодаи setBytes () дар JDBC низ барои байт аст (аз таҷрибаи гузашта). Ҳамин тавр, ин мефаҳмонад, ки чаро ҷараёнҳои истифода ҳеҷ таъсире надоранд, ки ҳардуи онҳо 'байт' мепиндоранд.

Навсозӣ Саволи мантиқии навбатӣ ин аст: "чаро таърифҳои ҷадвалро дастӣ ба байт иваз накунед" ва (@Lob + байт[]) нигоҳ доред? Ин мекунад кор, ТО шумо кӯшиш мекунед, ки байти нулро захира кунед []. Кадом ронандаи postgreSQL ифодаи навъи OID аст ва навъи сутун байт аст - ин ба он сабаб аст, ки мунтазир (дуруст) JDBC.setNull () -ро ба ҷои JDBC.setBytes (null), ки ронандаи PG интизор аст, даъват мекунад.

Системаи навъи дар ҳолати интизорӣ қарордошта дар айни замон "кор дар ҷараён аст" (мувофиқи шарҳи 3.5.5 бекоркунӣ). Дарвоқеъ, бисёре аз рамзи 3.5.5 бекор карда шудаанд, фаҳмидан душвор аст, ки ҳангоми зергурӯҳбандии PostgreSQLDialect ба чӣ назар кардан лозим аст).

AFAKT, Types.BLOB/'oid' дар postgresql бояд бо як намуди фармоишӣ, ки дастрасии OID -ро аз услуби JDBC истифода мебарад (яъне объекти PostgresqlBlobType ва NOT MaterializedBlobType) бояд харитасозӣ карда шавад. Ман ҳеҷ гоҳ воқеан Blobs -ро бо postgresql бомуваффақият истифода накардаам, аммо ман медонам, ки байт танҳо ҳамчун як кор мекунад / ман интизор будам.

Ман дар айни замон ба BatchUpdateException нигоҳ мекунам - эҳтимол дорад, ки ронанда бастабандиро дастгирӣ намекунад.

Иқтибосҳои олӣ аз соли 2004: "Барои ҷамъбасти сару садоҳои ман, ман мегӯям, ки онҳо бояд интизор шаванд, ки ронандаи JDBC пеш аз тағир додани Hibernate LOB-ро дуруст иҷро кунад."


Файли .broadpeak -ро бо 9 сутун чӣ гуна бояд эзоҳ дод? - Биология

Ҳарду трекҳои кат ва bigBed someSetting -ро дар якҷоягӣ бо намоёнӣ барои иҷрои чизе истифода мебаранд.

Формати маълумотро эълон мекунад ва барои муайян кардани усулҳо ва имконоти намоиш истифода мешавад.

На ҳама намудҳои трекҳо дар марказҳо дастгирӣ карда мешаванд. Навъҳои махсус дастгирӣшаванда дар болои саҳифаи Таърихи пойгоҳи Hub Track номида мешаванд. Дар бисёр ҳолатҳо танзимоти намуд параметрҳои иловагиро барои мушаххас кардани формати маълумот дар бар мегирад. Баъзе намудҳои суруд талаботҳои иловагии танзимро доранд, ки дар зер баррасӣ мешаванд.

Формати маълумотро эълон мекунад ва барои муайян кардани усулҳо ва имконоти намоиш истифода мешавад.

Тавсифи муфассали ҳар як навъро дар зер пайдо кардан мумкин аст. Дар бисёр ҳолатҳо танзимоти намуд параметрҳои иловагиро барои мушаххас кардани формати маълумот дар бар мегирад. Баъзе намудҳои суруд талаботҳои иловагии танзимро доранд, ки дар зер баррасӣ мешаванд.

"Тамғаи кӯтоҳ" -и трекро муайян мекунад, ки дар як қатор ҷойҳои браузер барои муайян кардани суруд истифода мешавад. Масалан, нишони кӯтоҳ дар паҳлӯи суруд дар тасвири браузер нишон дода мешавад. Ин нишона бояд мухтасар бошад ва бо 17 аломати чопшаванда маҳдуд бошад.

"Тамғаи дароз" -и трекро муайян мекунад, ки он инчунин дар ҷойҳои сершумори браузер барои муайян кардани суруд истифода мешавад. Масалан, тамғаи дароз дар болои маълумоти трек дар тасвири браузер нишон дода мешавад. Ин нишона бояд ба қадри кофӣ тавсифӣ бошад, то ба корбарон имкон диҳад, ки сурудро дар дохили браузер ба таври беназир муайян кунанд. Он бо 76 аломати чопшаванда маҳдуд аст.

Meta теги метамаълумотро барои ин суруд муайян мекунад. Ин тег калиди ҷадвали метамаълумотест, ки дар metaDb ё metaTab дар файли genomes.txt нишон дода шудааст. Мета тег метавонад ҳар як сатри ҳарфӣ -рақамӣ бошад. Ҳар як барчаспҳои мета бояд дар як стандаи trackDb ВА дар файли аз ҷадвал ҷудошудаи metaTab, ё файли tagStorm, ки аз ҷониби metaDb дар файли genomes.txt хаб нишон дода шудааст, пайдо шавад.

Намоиш (яъне "ҳолати намоиш") муайян мекунад, ки барои намоиши суруд дар тасвири браузер аз кадоме аз 5 режим (аз ҷумла 'пинҳон кардан) бояд истифода шавад. Ин танзимот қариб ҳамеша аз ҷониби ҳар як корбар ба таври динамикӣ танзимшаванда аст. Конфигуратсияи дақиқи намоиш барои ҳар як режим аз намуди суруд вобаста аст ва баъзе намудҳо барои баъзе намудҳои суруд дастгирӣ карда намешаванд. Лутфан қайд кунед, ки танзимоти намоён дар зердастҳои таркибӣ мустақиман аз волидайн мерос гирифта мешаванд. Аз ин рӯ, ҳама гуна хатҳои намоёнӣ, ки дар сатҳи зертрои як таркиб илова карда мешаванд, нодида гирифта мешаванд. Боварӣ ҳосил кунед, ки бо ин танзим озмоиш кунед, то боварӣ ҳосил кунед, ки он барои намуди суруд ва сохтори суруд мувофиқи интизорӣ кор мекунад.

  • пинҳон кардан: DEFAULT. Агар корбар танзимоти намоишро тағир надиҳад, трек дар тасвири браузер намоиш дода намешавад.
  • зич: Дар суруд ҳамчун як хати ягона ё лента нишон дода мешавад. Дар бисёр ҳолатҳо ашёи сершумор ҷамъбаст ё бар болои якдигар кашида мешаванд ва тамғакоғазҳои дароз нишон дода намешаванд.
  • squish : Ҳар як ашё ба таври инфиродӣ кашида мешавад, аммо дар баландии нисфи ва бидуни нишона. (Барои ҳама намудҳо дастгирӣ намешавад.)
  • баста: Ҷузъҳо ба таври инфиродӣ дар баландии пурра намоиш дода мешаванд, аммо дар фазои амудии хеле зичтар нисбат ба ҳолати пурра. (Барои ҳама намудҳо дастгирӣ намешавад.)
  • пур: Ҳар як ҷузъ дар сатри алоҳида дар тасвири браузер нишон дода мешавад. Сигналҳои графикӣ метавонанд дар баландиҳои гуногун намоиш дода шаванд.

Файлеро муайян мекунад, ки дорои тавсифи пурраи суруд дар формати HTML бошад. Роҳи ин номи файл нисбат ба роҳи файли trackDb аст. Суффикси ".html" дар назар дошта шудааст.

Барои мувофиқат кардан бо тавсифи сурудҳои Genome Browser, ин тавсиф бояд дорои якчанд фаслҳои дар зер дидашуда бошад. Ин аст истинод ба як намунаи шаблон, ки шумо метавонед истифода баред.

Якчанд ҷумлаҳое, ки мундариҷаи трекро тавсиф мекунанд ва он чиро нишон додан мехоҳад. Тавсиф метавонад параграфҳои иловагиро дар бар гирад, ки тафсилоти бештарро дар бар гирад ва метавонад истинодҳоро ба манбаъҳои беруна дар бар гирад.

Конвенсияҳо ва конфигуратсияро намоиш диҳед

Тавсифи он чизе, ки экран нишон медиҳад. Ин тавсифи конвенсияҳо барои ранг ва ҳама гуна глифҳои махсуси дар трек истифодашударо дар бар мегирад. Он метавонад тавзеҳ додани холҳо ё арзишҳои пурраи сигналро тавсиф кунад. Ин бахш инчунин метавонад барои тавсифи тарзи танзими намоиш бо истифода аз контролҳои конфигуратсия истифода шавад.

Тавсифи тарзи тавлиди додаҳо, ки метавонад ба намунаҳои физикӣ чӣ гуна муносибат карда шуд, инчунин тавзеҳоти алгоритмҳои коркарди додаҳоро дар бар гирад.

Номҳо ва муассисаҳои онҳое, ки таҷрибаҳо анҷом додаанд ва/ё маълумотро омода кардаанд ва инчунин манбаъҳои маблағгузорӣ. Ин бахш бояд суроғаи почтаи электрониро барои саволҳо дар бораи маълумот дар бар гирад.

Иқтибосҳо ба ҳама асарҳои нашршуда, ки ба ин маълумот истинод мекунанд ё аз онҳо вобастаанд, инчунин ба ҳама гуна манбаъҳое, ки ба он асар асос ёфтааст ё фаҳмидан мумкин аст.

Одатан, ҳарчанд танзимоти камтар истифодашаванда

Танзимоти зерин барои бисёр ё ҳама намудҳои суруд дастрасанд, аммо камтар истифода мешаванд. Аксари онҳо ихтиёрӣ мебошанд, аммо баъзеҳо метавонанд барои намудҳои мушаххаси суруд ё дар ҳолатҳои мушаххас талаб карда шаванд.

Ҷойгоҳи як файли маълумоти дурдаст, ки дорои маълумоти пайванди занҷир аст.

Ҷойгоҳи файли маълумоти дурдаст, ки қисми зиёди маълумоти трекро дар бар мегирад.Ин танзимот барои ҳамаи трекҳои маълумот дар маркази трек лозим аст.

Танзим ё URL-и пурра (аз ҷумла http: ё протоколи дигар) аст ё он ба директорияе, ки дар он файли trackDb дорои ин танзимот ҷойгир аст, аст. Файл бояд дар яке аз форматҳои файли додаҳои дурдасти дастгирӣшаванда бошад: bam/cram, bigBarChart, bigBed, bigChain, bigLolly, bigInteract, bigMaf, bigPsl, bigGenePred, bigNarrowPeak, bigWig ё vcfTabix. Дар хотир доред, ки намудҳои bam/cram ва vcfTabix/vcfPhasedTrio файли индекси алоҳидаеро талаб мекунанд, ки бояд ҳамон ном бо файли додаҳо ва суффикси стандартӣ дошта бошад (".bai" ва ".tbi" мутаносибан), агар bigDataIndex истифода нашавад. Ҳама рӯйдодҳои сатри $D дар URL бо номи пойгоҳи додаи геномӣ иваз карда мешаванд. Ин имкон медиҳад, ки вуруди trackDb барои якчанд маҷлисҳо истифода шавад. Ивазкунии $ D барои марказҳои суруд амалӣ карда намешавад.

Ҷойгиршавии файли маълумоти дурдасти дорои индекс. Ин танзимотро вақте истифода бурдан мумкин аст, ки индексро дар паҳлӯи файли додаҳои калон ҷойгир кардан ғайриимкон аст, масалан. аз сабаби маҳдуд будани иҷозатҳои дастрасӣ ё бинобар маҳдудиятҳои номи файл.

Танзим ё URL-и пурра (аз ҷумла http: ё протоколи дигар) аст ё он ба директорияе, ки дар он файли trackDb дорои ин танзимот ҷойгир аст, аст. Файл бояд дар яке аз форматҳои файли индекси дастгиришаванда бошад: bai (index BAM) ё tbi (index tabix).

мегӯяд Ҷим, аммо чаро не. Аллакай истифода шудааст. ->

Назорати конфигуратсияро дар дохили қуттии саҳифаи конфигуратсия ҷойгир кардан мумкин аст. Ин танзим танҳо ороишӣ аст, аммо метавонад саҳифаи серодамро муттаҳидтар созад. Ҳоло на ҳама намудҳои трек ин хусусиятро дастгирӣ мекунанд, аммо намудҳои маъмултарин, аз ҷумла парик, bigWig, кат ва bigBed. САФАР: хомӯш.

Аксари трекҳоро дар ҳама панҷ намуди намоишҳо намоиш додан мумкин аст. Бо вуҷуди ин, дар баъзе намудҳои трек, аз қабили гардишҳо, шеваҳои squish ва pack нисбат ба режимҳои зиччи ва пурра бартарии воқеӣ надоранд. Бо нобаёнӣ, ин трекҳо танзимоти вибиликии сквиш ва бастаро пешниҳод намекунанд. Бо вуҷуди ин, шумо метавонед сурудҳои худро тавассути интихоби canPack ин интихоби намоёнро пешниҳод кунед. Эзоҳ: зертрекҳои композитҳо ҳамеша ҳамаи панҷ интихобро пешниҳод мекунанд.

Бисёр намудҳои суруд имкон медиҳанд, ки ранги маълумоте, ки дар тасвир нишон дода шудааст, бо ин танзим муайян карда шавад. Танзим арзишҳои сурх, сабз ва кабудро қабул мекунад, ки ҳар кадом дар ҳудуди 0-255 ва бо вергул ҷудо карда шудаанд. Гарчанде ки ин танзим ба таври васеъ дастгирӣ карда мешавад, баъзе намудҳои суруд дар баъзе намудҳои намоиш онро нодида мегиранд, масалан, сурудҳои EST дар ҳолати зич.

Ин мисол ранги сурхро муқаррар мекунад.

Бисёр намудҳои суруд имкон медиҳанд, ки диапазони рангҳо аз ранг то altColor фарқ кунанд. Масалан, роҳҳои CpG Island барои танзими ҷазираҳои заиф танзимоти altColor -ро истифода мебаранд, дар ҳоле ки қавитаринҳо бо ранг нишон дода мешаванд. Агар altColor муайян нашуда бошад, система ба ҷои он рангеро, ки дар теги ранг нишон дода шудааст ва сафед истифода мебарад.

Ин мисол ранги алтернативиро ба кабуд муқаррар мекунад.

Баъзе маҷмӯи маълумотҳо барои ҳама хромосомаҳои геном маълумот надоранд. Вақте ки ин дуруст аст, ин танзимотро ҳамчун рӯйхати бо вергул ҷудошудаи хромосомаҳое, ки фаро гирифта шудаанд, истифода баред. Система паёмеро нишон медиҳад, ки ҳангоми азназаргузаронии хромосомаҳои ба ин рӯйхат дохилнашуда, ягон маълумот мавҷуд нест.

Аксари дисплейҳои суруд, ки аз ҷониби корбар танзим карда мешаванд, инчунин метавонанд мустақиман дар дохили тасвири браузер тавассути опсияи клики рост, ки муколамаи конфигуратсия пайдо мешавад, танзим карда шаванд. Гарчанде ки ин вазифа дар аксари намудҳои трек кор мекунад, баъзе муколамаҳои конфигуратсия хеле мураккабанд ё назорати аз ҳад зиёди JavaScript дарунсохт доранд, ки тавассути поп-ап боэътимод танзим карда мешаванд. Барои хомӯш кардани қобилияти танзим кардани суруд тавассути клики рост, ин танзимотро ба "хомӯш" тағир диҳед. Корбар то ҳол қодир аст, ки сурудро дар саҳифаи конфигуратсияи суруд танзим кунад. САФАР: фаъол.

Агар ин танзим "фурӯзон" бошад, ранги тамғакоғазҳои чап дар дисплейи роҳ назар ба худи дисплейи роҳ ранги каме ториктар хоҳад дошт. Ин метавонад дар он ҷо муфид бошад, ки ранги трек (ки шояд барои риоя кардани конвенсияҳои беруна интихоб шуда бошад) барои тамғакоғазҳои хондашаванда хеле сабук бошад.

Бо гузашти вақт, бисёр сурудҳо аз навсозиҳои гуногун мегузаранд. Дар баъзе ҳолатҳо, версияҳои кӯҳна бояд нигоҳ дошта шаванд, аммо ҳатто агар ин тавр набошанд ҳам, эълом кардани версияи ҷории суруд муфид буда метавонад. Ин параметрро барои намоиши изҳороти версия дар саҳифаи конфигуратсияи суруд ва ҷузъиёти ҷузъиёти як суруд истифода баред. Сатр HTML маҳдудро дастгирӣ мекунад. Барои роҳҳои ватанӣ, на марказҳои пайгирӣ, ин танзим инчунин метавонад номи мутлақи файли мутлақ барои хондани сатри версияҳо бошад.

Бо нобаёнӣ, ашёҳое, ки дар тасвири браузер нишон дода шудаанд, метавонанд ба саҳифаи тафсилот дода шаванд, ки дар бораи он маълумот диҳанд. Истинод ба ҷои он метавонад ба URL дар ин ҷо эълоншуда гузарад. URL ҳамчун хати printf формат карда шудааст, аз ҷумла майдонҳои зерин бо ин тартиб:

  • %s - номи ашё
  • %s - номи хромосома
  • %d - мавқеи ибтидоии хромосома (нисбат ба сифр)
  • %d - мавқеи охири хромосома (нисбат ба як)
  • %s - номи суруд
  • %s - номи пойгоҳи додаҳо

На ҳамаи майдонҳо ҳузур доранд, аммо онҳое, ки ҳузур доранд, бояд бо ин тартиб бошанд ва агар майдони баъдӣ мавҷуд бошад, ҳама майдонҳои қаблӣ бояд истифода шаванд. URL метавонад URL-и пурраи берунӣ ё маҳаллии вебсайт бошад.

"Ароба" ҷадвали пинҳон аст, ки дорои интихоби доимие мебошад, ки корбарон дар браузери Genome кардаанд. Барои он ки directUrl-и шумо ба ин танзимоти ароба дастрасӣ дошта бошад, бо ин танзим ID браузери корбарро дохил кунед.

Дар ин мисол URL -и муайянкардаи directUrl дорои ID браузери корбар замима карда мешавад, то танзимоти ароба дастрас шавад.

Ин танзим имкон медиҳад, ки як саҳифаи html -и беруна ба саҳифаи тафсилоти пешфарз ҳамчун iframe ворид карда шавад. Тағирёбандаҳои муқаррарии ивазшавандаро дар дохили ин URL истифода бурдан мумкин аст:

  • $ - ID, вобаста ба майдонҳои навъи треки додашуда бо номи ашё ё дигар id сатри иваз карда мешавад.
  • $T - номи ҷадвали пойгоҳи додаҳо
  • $ S - номи хромомосома (номи тахтачаҳо дар калисоҳо)
  • $ [ - мавқеи чаптарин дар равзанаи тамошои ҷорӣ (нисбат ба сифр)
  • $] - мавқеи росттарин дар равзанаи тамошои ҷорӣ (нисбати як)
  • $ < - оғози ҷойгиршавии ашёи кликшуда (нисбат ба сифр)
  • $> - ҷойгиршавии охири ашёи кликшуда (нисбати як)
  • $ s - номи хромосома бе chr префикс (ё бе тахтача_ ё Исфара_ префикс дар калисоҳо)
  • $D - номи пойгоҳи додаҳо (масалан, "hg19")
  • $ P - қисми номи ашё пеш аз аввал: дар ном
  • $ p - қисми номи ашё пас аз аввал: дар ном то сутуни навбатӣ
  • $taxId - NCBI Taxon ID-и организми ҷорӣ (аз hgCentral.dbDb)
  • $ n - Номи илмии организмҳои ҷорӣ (аз hgCentral.dbDb)

URL метавонад URL -и пурраи беруна бошад ё дар вебсайт маҳаллӣ бошад.

Дар HTML, андозаи фреймҳоро ба осонӣ тағир додан мумкин нест, аз ин рӯ андозаи статикии пешфарз 1024 пиксел аст. Инро метавон бо iframeOptions тағир дод

Вақте ки iframeUrl истифода мешавад, ин изҳорот сатреро муайян мекунад, ки аслан ба теги HTML <iframe> ворид карда мешавад. Он метавонад дорои имконоти барои форматкунии iframe, ба монанди паҳн, баландӣ, ҳаракат ва ғайра бошад.

Агар изҳорот мавҷуд набошад, пешфарз васеъ = '100%' баландӣ = '1024' аст.

Эзоҳ: тағир додани андозаи динамикии iframeҳо ночиз нест, зеро онҳо бояд бо JavaScript дар саросари доменҳо тағир дода шаванд. Мо тавсия медиҳем, ки андозаи статикиро нигоҳ дорем ва сутунҳои ҳаракатро истифода барем.

Ин мисол андозаи 800x800 пикселро ислоҳ мекунад ва сутунҳои ҳаракатро фаъол мекунад.

Бо нобаёнӣ, ашёҳое, ки дар тасвири браузер нишон дода шудаанд, метавонанд ба саҳифаи тафсилот дода шаванд, ки дар бораи он маълумот диҳанд. Истинод ба ҷои он метавонад ба URL дар ин ҷо эълоншуда гузарад. URL ҳамчун хати printf формат карда шудааст, аз ҷумла майдонҳои зерин бо ин тартиб:

  • %s - номи ашё
  • %s - номи хромосома
  • %d - мавқеи оғози хромосома (нисбат ба сифр)
  • %d - мавқеи охири хромосома (нисбат ба як)
  • %s - номи суруд
  • %s - номи пойгоҳи додаҳо

На ҳамаи майдонҳо ҳузур доранд, аммо онҳое, ки ҳузур доранд, бояд бо ин тартиб бошанд ва агар майдони баъдӣ мавҷуд бошад, ҳама майдонҳои қаблӣ бояд истифода шаванд. URL метавонад URL-и пурраи берунӣ ё маҳаллии вебсайт бошад.

Номи маҷлиси дигар дар масири ҷуфт барои ин суруд.

Намудҳои дигар (ба истиснои истинод) дар ҳамоҳангсозӣ твиттер дар ҳамон файли HAL мебошанд.

Намудҳои трекҳое, ки ҳамбастагии дугонаро нишон медиҳанд, аксар вақт бояд намудҳои дигар/маҷмӯаеро, ки ба ҳамоҳангсозӣ дохил мешаванд, эълон кунанд. Намудҳое, ки ин танзимотро истифода мебаранд, кат, занҷир, netAlign, psl ва морро дар бар мегиранд.

Ин мисол ассамблеяи дуюмро дар ҳамоҳангӣ ба маҷмӯи муш mm10 муқаррар мекунад.

Версияи аслии васлкунӣ, ки барои он маҷмӯи маълумотҳо тавлид шудааст. Маҷмӯи додаҳое, ки тавассути харитасозӣ ба як маҷлиси геномӣ тавлид шудаанд, метавонанд барои харита кардани маҷлиси навтарин кофӣ муфид бошанд. Идеалӣ маҷмӯи маълумотҳо барои харита ба координатаҳои калисоҳои нав дубора барқарор карда мешаванд, аммо баъзан ин амалӣ ё мувофиқ нест. Аз ин рӯ, маҷмӯаи додаҳо метавонад координатҳои геномии худро ба маҷлиси навтарин "бардошта" бошад. Дар баъзе ҳолатҳо, ин боиси муаррифии паст, аммо ба ҳар ҳол муфид мегардад. Чунин маҷмӯаҳои додаҳо бояд маҷмӯаи аслии худро бо ин танзимот муайян кунанд.

Баъзе роҳҳоро дар менюи Браузер бо истифода аз нишона ё тамғаи матн ва истинод ба тавсифи маънои парчамҳо ба таври визуалӣ қайд кардан мумкин аст. Нишона дар паҳлӯи тамғаи кӯтоҳи трек дар қисмати гурӯҳҳои трек дар зери тасвири браузер ва дар саҳифаҳои тавсиф ва конфигуратсияи трек нишон дода мешавад. Нишонаҳои сершуморро дар як суруд бо роҳи ҷудо кардани ҳар як вуруд бо нуқтаи вергул илова кардан мумкин аст ''. Ин танзимот аз се қисм иборат аст:

  • нишона - метавонад URL (http, https, ftp) ба файли тасвирӣ ё номи тасвир дар феҳристи тасвирҳои браузер дар дарахти сарчашмаи браузер бошад.
  • матн - Нишони як калима. Парванда сарфи назар карда мешавад, барчасп бо ҳарфи калон ҳарф карда мешавад.
  • ранг - номи ранги HTML барои ранг кардани нишони матн
  • html - Роҳи нисбӣ ё пурраи html ба ҳуҷҷати тавсифӣ, ки маънои нишонаро мефаҳмонад. Ин саҳифа вақте нишон дода мешавад, ки корбар нишонаро клик мекунад.
  • Маслиҳат - Маслиҳате, ки "сатри иқтибосшуда" дорад, вақте ки нишоннамои муши корбар болои нишона мегузарад, дида мешавад.

Афзалият барои муайян кардани тартиби суруд дар гурӯҳи пайгирӣ ё маркази маълумот ва инчунин тартиби пешфарзии он дар тасвири браузер истифода мешавад. Тартиби дохили тасвир метавонад аз ҷониби корбар ба таври динамикӣ тағир дода шавад ва ҳамеша аз он вобаста аст, ки кадом трекҳои дигар дар айни замон дида мешаванд. Одатан, афзалият танҳо барои роҳҳое муқаррар карда мешавад, ки бо нобаёнӣ барои пешбурди онҳо аз дигар сурудҳо фаъоланд. Роҳҳои афзалиятнок дар дохили гурӯҳ ё маркази маълумот бо тартиби афзоиш афзоиш меёбанд ва пас аз он трекҳои беғаразона аз рӯи алифбо бо нишони кӯтоҳ ҷудо карда мешаванд. Роҳҳои як афзалият дар дохили гурӯҳ ё марказ бо нишони кӯтоҳ мураттаб карда мешаванд. Афзалият рақами нуқтаи шинокунанда аст. Пешфарз: 0.

Ин версияи браузерро нишон медиҳад, ки дар он суруд намоиш дода мешавад. Он метавонад ҳама гуна маҷмӯи се арзишро дар бар гирад:

  • alpha - дар браузери alpha намоиш дода мешавад (aka genome -test, hgwdev)
  • бета - дар браузери бета (ака hgwbeta) нишон дода мешавад
  • оммавӣ - дар браузери ҷамъиятӣ нашр шудааст (aka genome.ucsc.edu)

Стандарт: alpha, beta, public (ҳар се браузер).

Танзими суруди аксари трекҳо бо номи ҷадвал якхела аст. Бо вуҷуди ин, дар баъзе мавридҳо матлуб аст, ки ба як ҷадвал дар зиёда аз як трек муроҷиат кунед. Мисоли ин ин нишон додани ҷадвал ҳамчун як роҳи ягонаи сигнал ва ҳамчун як қисми треки қабати омезишӣ, тавре ки баъдтар дар ин ҳуҷҷат тавсиф шудааст. Барои маълумоте, ки дар ҷадвалҳои MariaDB мавҷуд аст, ин танзим бояд истифода шавад, агар танзимоти суруд номи ҷадвал набошад.

Браузери ҷадвал одатан ба пурсиш ва зеркашии баъзе ё ҳама маълумоти хом барои суруд имкон медиҳад. Арзиши хомӯшӣ дастрасии браузери Ҷадвалро ба маҷмӯи маълумот бо маҳдудиятҳо масалан (масалан, онҳое, ки махфият ё маҳдудиятҳои иҷозатномадиҳӣ доранд) масдуд мекунанд. Арзиши noGenome ба дархостҳо дар минтақаҳои мушаххаси геномӣ имкон медиҳад, аммо на дар саросари геном. Бо номгузории ҷадвалҳои иловагӣ дар ин танзимот, дастрасӣ ба он ҷадвалҳоро низ рад кардан мумкин аст.

Ҷадвали ин суруд, инчунин ҷадвалҳои decipherRaw ва маълумToDecipher аз дастрасии Browser Table баста шудаанд.

Дар ҷадвали трек, инчунин omimAv ва omimAvRepl дархостҳои умуми геномӣ хомӯш карда шудаанд. Дархостҳо дар минтақаҳои геномӣ иҷозат дода мешаванд.

Ҳангоми баррасии як ҷузъи иттилооти инфиродӣ, бисёр трекҳо ба истиноди беруна имкон медиҳанд. Истифодаи ин танзим барои истинод ба URLи беруна дар саҳифаи тафсилот. URL метавонад аломатҳои ҷонишинро дар бар гирад, ки бо арзишҳои маълумоти трек ё дигар тағирёбандаҳои браузер иваз карда мешаванд:

  • $ - ID, вобаста ба майдонҳои намуди треки додашуда, бо номи ашё ё идентификатори дигари сатр иваз карда мешавад.
  • $ T - номи ҷадвали пойгоҳи додаҳо
  • $S - номи хромомосома (номи скаффол дар ассотсиатсияҳои скаффолд)
  • $[ - мавқеи чапи чапи равзанаи намоиши ҷорӣ (нисбат ба сифр)
  • $] - мавқеи рости равзанаи намоиши ҷорӣ (нисбат ба як)
  • $ < - ҷойгиршавии объекти кликшуда (нисбат ба сифр)
  • $> - ҷойгиршавии охири ашёи кликшуда (нисбати як)
  • $s - номи хромосома бе chr префикс (ё бе стакан_ ё Исфара_ префикс дар калисоҳо)
  • $D - номи пойгоҳи додаҳо (масалан, "hg19")
  • $ P - қисми номи ашё пеш аз аввал: дар ном
  • $p - қисми номи ҷузъ пас аз аввал: дар ном, то ду нуқтаи оянда
  • $taxId - NCBI Taxon ID-и организми ҷорӣ (аз hgCentral.dbDb)
  • $ n - Номи илмии организмҳои ҷорӣ (аз hgCentral.dbDb)

Дархости пешфарзӣ, ки корбар барои ин url мебинад, "истиноди берун:" аст. urlLabel-ро барои пешниҳоди фаврии иттилоотӣ истифода баред.

Барои роҳҳои маҳаллӣ (ғайри ҳаб), танзимоти иловагиро барои ёфтани ID аз ҷадвали дигар бар асоси номи ашё ё id аз ҷадвали суруд истифода бурдан мумкин аст. Қимати ёфтшуда аломати " $ "-ро дар URL иваз мекунад . Дар хотир доред, ки формати ин танзимоти trackDb формати муқаррарии забони C аст, то ин ки адад аломати "%s"-ро дар изҳороти sql иваз кунад.

Ҳангоми баррасии як ҷузъи иттилооти инфиродӣ, бисёр трекҳо ба истиноди беруна имкон медиҳанд. Истифодаи ин танзим барои истинод ба URLи беруна дар саҳифаи тафсилот. URL метавонад аломатҳои ҷонишинро дар бар гирад, ки бо арзишҳои маълумоти трек ё дигар тағирёбандаҳои браузер иваз карда мешаванд:

  • $ - ID, вобаста ба майдонҳои навъи треки додашуда бо номи ашё ё дигар id сатри иваз карда мешавад.
  • $T - номи ҷадвали пойгоҳи додаҳо
  • $S - номи хромомосома (номи скаффол дар ассотсиатсияҳои скаффолд)
  • $ [ - мавқеи чаптарин дар равзанаи тамошои ҷорӣ (нисбат ба сифр)
  • $] - мавқеи рости равзанаи намоиши ҷорӣ (нисбат ба як)
  • $ < - оғози ҷойгиршавии ашёи кликшуда (нисбат ба сифр)
  • $> - ҷойгиршавии охири ашёи кликшуда (нисбати як)
  • $s - номи хромосома бе chr префикс (ё бе стакан_ ё Искафа_ префикс дар ассотсиатсияҳо)
  • $ D - номи махзани маълумот (масалан "hg19")
  • $ P - қисми номи ашё пеш аз аввал: дар ном
  • $ p - қисми номи ашё пас аз аввал: дар ном, то ду нуқтаи оянда
  • $ taxId - ID -и NCBI Taxon -и организмҳои ҷорӣ (аз hgCentral.dbDb)
  • $n - Номи илмии организми ҳозира (аз hgCentral.dbDb)

Саволи пешфарз, ки корбар барои ин URL мебинад, "пайванди берунӣ:" аст. urlLabel-ро барои пешниҳоди фаврии иттилоотӣ истифода баред.

Ин ба теги url монанд аст, аммо ба URL-ҳо дар майдонҳое, ки майдони "ном" нестанд, иҷозат медиҳад. Ин изҳоротро истифода баред, агар ба шумо дар саҳифаи тафсилот пайвандҳои сершумор лозим шавад ё агар истиноди шумо ба майдони ном асос наёбад.

Идентификаторҳои ин истинодҳоро ба майдонҳои васеъшудаи bigBed гузоред, тавре ки дар мисоли 3 ҳуҷҷатҳои bigBed шарҳ дода шудааст. Номи майдонҳо аз файли .as шумо номҳои майдонест, ки дар ин изҳорот истинод карда шудаанд. URL -ҳои ин изҳорот ҳамон аломатҳои ваҳширо ҳамчун изҳороти url дастгирӣ мекунанд. Боварӣ ҳосил кунед, ки URL-ҳоро ба нохунакҳои дукарата дохил кунед. Нишони пешфарз барои муайянкунанда тавсифи майдон дар файли .as мебошад (ҳама матн пас аз аломати #).

Агар майдон дорои аломати "|" бошад. аломат, қисми пеш аз аломат барои иваз кардани $ wildcard ва қисми пас аз он ҳамчун тамға истифода мешавад. Ин ба он монанд аст, ки чӣ гуна аломати Wikpedia истинодҳоро рамзгузорӣ мекунад. Дар мисоли зер, арзиши майдони pmid "115330|Doe, J. et al" метавонад истинод бо URL https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/115330 ва тамғаи " эҷод кунад. До, Ҷ. Ва дигарон ".

Агар ин танзим "фаъол" бошад, саҳифаи тафсилоти ашё майдонҳоеро нишон намедиҳад, ки қиматҳои холӣ дошта бошанд. Ин метавонад вақте муфид бошад, ки шумо майдонҳои зиёди иловагӣ дошта бошед, аммо танҳо баъзеи онҳо арзиш доранд.

Ин танзимотро барои пахш кардани майдонҳои иловагӣ дар саҳифаи тафсилоти ашё истифода бурдан мумкин аст. Ин метавонад муфид бошад, агар шумо намехоҳед майдонҳоро нишон диҳед, ки танҳо барои mouseOvers ё тамғакоғазҳо истифода мешаванд.

Ин танзим саҳифаи тафсилоти ашёро тағир медиҳад ва ҷадвалеро, ки барои нишон додани майдонҳои иловагӣ пеш аз ҳама майдонҳои муайян истифода мешавад, тақсим мекунад. Барои ба таври визуалӣ ҷудо кардани майдонҳои иловагӣ ба категорияҳои мантиқӣ муфид буда метавонад.

Барои файлҳои bigBed бо зиёда аз 8 майдон, ин мушро бар матне илова мекунад, ки аз майдони "ном" -и файли bigBed фарқ мекунанд. Агар майдон холӣ бошад, пас тугмаи муш ба майдони ном бармегардад.

Барои иҷрои ин кор, файли bigBed бо ҳадди ақал 8 сутун созед ва матни мушро ба майдони васеъшудаи bigBed гузоред, ки дар мисоли 3 ҳуҷҷатҳои bigBed шарҳ дода шудааст. Номи майдон аз файли .as шумо номи майдон барои ин изҳорот аст.

Барои файлҳои bigBed, ин танзим мушро бар матн аз як намуна бар асоси арзишҳои майдонҳои файл эҷод мекунад. Намуна бо номи майдонҳои файли .as, ки пеш аз аломати доллар ($) сохта шудааст ва метавонад дар байни номҳои майдон матни худсарона дошта бошад.

Ин танзим боиси пайдошавии истинод дар конфигуратсияи суруд ва ҷузъиёти саҳифаҳои ҷузъҳо барои оғоз кардани намуди минтақаҳои фармоишии минтақаҳои сершумор мегардад, ки дар он минтақаҳо бо файли ҳамчун далели танзим муқарраршуда муайян карда мешаванд. Он барои трекҳо бо эзоҳҳои кам дар геном муфид аст. Файл бояд формати BED бошад ва дорои шумораи маҳдуди (масалан аз 2 то 10) минтақаҳои мавриди таваҷҷӯҳи суруд бошад. Он метавонад формати BED 3 бошад (хром, оғоз, интиҳо), аммо метавонад шумораи зиёди майдонҳои иловагӣ дошта бошад. Вақте ки истинод пахш карда мешавад, як треки фармоишии шарикӣ низ сохта мешавад, то минтақаҳои намоишшударо равшан ва унвон диҳанд. Агар майдони ном (майдони 4) дар файли BED мавҷуд бошад, номи ҳар як минтақа дар суруди фармоишӣ намоиш дода мешавад.

  • Нусхаи махсус (спирали NHGRI) пеш аз тамғаи суруд дар менюи сурудҳои брокер нишон дода мешавад
  • Логотипи ENCODE дар саҳифаи конфигуратсияи суруд нишон дода мешавад
  • Истинодҳои браузери 'Боргириҳо' ва 'Пешнамоиш', ки дар қисми рости болоии саҳифаи конфигуратсияи суруд нишон дода шудаанд
  • Тавсифи суруд дорои ёддошт дар бораи маълумот дар браузери пешнамоиш мебошад
  • Истиноди 'зеркашиҳо' ва 'метамаълумот' пас аз 'Намоиши ҷадвал:' дар саҳифаи тафсилоти суруд пайдо мешаванд

Бистари / bigBed: адад ё минтақа роҳҳои

Баъзе намудҳои маъмултарини суруд инҳоянд, ки минтақаҳо ё ашёҳои андозаҳои гуногунро дар маҷлиси геномӣ таъкид мекунанд. Вариантҳои зиёде дар суруди "элементҳо" мавҷуданд, ки аксари онҳо бо формати кат ё bigBed муайян карда шудаанд. Ин ду формат воқеан як кластери бисёр форматҳо мебошанд, ки ҳама аз се майдони умумӣ оғоз мешаванд (охири оғози хромосома) ва дорои ихтиёрӣ бисёр майдонҳои бештар мебошанд. Барои таърифҳои формати бистари пурра ё bigBed лутфан ба FAQ нигаред.

BigChain: Ҳамоҳангсозии ҷуфт дар саросари геном

Формати bigChain як ҳамоҳангии ҷуфтро тавсиф мекунад, ки ба холигии ҳарду пайдарпай имкон медиҳад, ба мисли файлҳои занҷир, аммо файлҳои bigChain ҳамчун BigBeds фишурда ва индексатсия карда мешаванд.Файлҳои bigChain бо ёрии барномаи bedToBigBed бо файли махсуси AutoSQL, ки майдонҳои bigChain -ро муайян мекунанд, сохта мешаванд. Файлҳои BigChain дар натиҷа дар формати дуӣ индексатсия карда мешаванд. Бартарии асосии файлҳои bigChain дар он аст, ки танҳо қисмҳои файлҳое, ки барои намоиш додани як минтақаи мушаххас лозиманд, ба UCSC интиқол дода мешаванд. Ҳамин тавр, барои маҷмӯи додаҳои калон, bigChain нисбат ба файлҳои муқаррарии Chain хеле тезтар аст. Файли bigChain дар сервери дастраси шумо боқӣ мемонад (http, https ё ftp), на дар сервери UCSC. Танҳо қисме, ки барои мавқеи хромосомӣ, ки шумо ҳоло мебинед, лозим аст, ба таври маҳаллӣ ҳамчун "файли пароканда" кэш карда мешавад. Барои таърифҳои пурраи формати bigChain, лутфан ба саҳифаи кӯмаки bigChain нигаред.

BigPsl: Ҳамоҳангсозии ҷуфтӣ

Формати bigPsl ҳамоҳангиро байни ду пайдарпай нигоҳ медорад, ба монанди файлҳои PSL, аммо онҳо ҳамчун bigBeds фишурда ва индексатсия карда мешаванд. Файлҳои bigPsl бо ёрии барномаи bedToBigBed бо файли махсуси AutoSQL сохта мешаванд, ки майдонҳои bigPsl -ро муайян мекунанд. Файлҳои дар натиҷаи bigPsl дар формати дуӣ индексатсияшуда мебошанд. Афзалияти асосии файлҳои bigPsl дар он аст, ки танҳо қисмҳои файлҳое, ки барои намоиши як минтақа лозиманд, ба UCSC интиқол дода мешаванд. Ҳамин тариқ, барои маҷмӯи маълумотҳои калон, bigPsl нисбат ба файлҳои муқаррарии PSL хеле зудтар аст. Файли bigPsl дар сервери дастраси веби шумо (http, https, ё ftp) боқӣ мемонад, на дар сервери UCSC. Танҳо қисме, ки барои мавқеъи хромосомӣ, ки шумо ҳоло дида истодаед, лозим аст, ба таври маҳаллӣ ҳамчун "файли камёфт" кэш карда мешавад. Барои таърифҳои пурраи формати bigPsl лутфан ба саҳифаи кӯмаки bigPsl нигаред.

BigGenePred: Эзоҳҳои ген

Формати bigGenePred ҷузъҳои эзоҳро, ки маҷмӯаи алоқаманди экзонҳо мебошанд, нигоҳ медорад, ба мисли файлҳои BED, ки ҳамчун bigBeds индексатсия мекунанд, аммо bigGenePred дорои маълумоти иловагӣ дар бораи чаҳорчӯбаҳои рамзгузорӣ ва дигар маълумоти мушаххаси ген дар ҳашт майдони иловагӣ мебошад. Файлҳои bigGenePred бо истифода аз барномаи bedToBigBed бо файли махсуси AutoSQL, ки майдонҳои bigGenePredро муайян мекунад, сохта мешаванд. Файлҳои BigBed дар формати дуӣ индексатсияшуда мебошанд. Афзалияти асосии файлҳои bigBed дар он аст, ки танҳо қисмҳои файлҳое, ки барои намоиши як минтақа лозиманд, ба UCSC интиқол дода мешаванд. Ҳамин тавр, барои маҷмӯи маълумотҳои калон, bigBed нисбат ба файлҳои муқаррарии BED хеле зудтар аст. Файли bigBed дар сервери дастраси веби шумо (http, https, ё ftp) боқӣ мемонад, на дар сервери UCSC. Танҳо қисме, ки барои мавқеъи хромосомӣ, ки шумо ҳоло дида истодаед, лозим аст, ба таври маҳаллӣ ҳамчун "файли камёфт" кэш карда мешавад. Барои таърифҳои пурраи формати bigGenePred, лутфан ба саҳифаи кӯмаки bigGenePred нигаред.

BigNarrowPeak: Қуллаҳо

Формати bigNarrowPeak қуллаҳоро дар як диапазон бо қуллаи марказии ягонаи ҷуфти ҷуфт нигоҳ медорад. Файлҳои bigNarrowPeak ба формати bigBed асос ёфтаанд. Шаш майдони аввал ҳамон кат аст. Чаҳор нафари дигар се хол ва ҷуброн кардани қуллаи марказиро дар бар мегиранд. Файлҳои bigNarrowPeak бо истифода аз барномаи bedToBigBed бо файли махсуси AutoSQL, ки майдонҳои bigNarrowPeakро муайян мекунад, сохта мешаванд. Файлҳои BigBed дар формати дуӣ индексатсияшуда мебошанд. Бартарии асосии файлҳои bigBed дар он аст, ки танҳо қисмҳои файлҳое, ки барои намоиши як минтақаи мушаххас лозиманд, ба UCSC интиқол дода мешаванд. Ҳамин тавр, барои маҷмӯи додаҳои калон, bigBed нисбат ба файлҳои муқаррарии BED хеле тезтар аст. Файли bigBed дар сервери дастраси веби шумо (http, https, ё ftp) боқӣ мемонад, на дар сервери UCSC. Танҳо қисме, ки барои мавқеъи хромосомӣ, ки шумо ҳоло дида истодаед, лозим аст, ба таври маҳаллӣ ҳамчун "файли камёфт" кэш карда мешавад. Барои таърифҳои формати bigNarrowPeak, лутфан ба саҳифаи кӯмаки bigNarrowPeak нигаред.

BigMaf: Ҳамоҳангсозии чандкарата

Формати bigMaf ҳамоҳангсозии сершуморро дар формате, ки бо файлҳои MAF мувофиқ аст, нигоҳ медорад, ки он гоҳ онҳоро фишурда ва ҳамчун bigBeds индексатсия мекунанд. Файлҳои bigMaf бо истифода аз барномаи bedToBigBed бо файли махсуси AutoSQL, ки майдонҳои bigMaf-ро муайян мекунад, сохта мешаванд. Файлҳои bigMaf дар формати дуӣ индексатсияшуда мебошанд. Бартарии асосии файлҳои bigMaf дар он аст, ки танҳо қисмҳои файлҳое, ки барои намоиши як минтақаи мушаххас лозиманд, ба UCSC интиқол дода мешаванд. Ҳамин тариқ, барои маҷмӯи маълумотҳои калон, bigMaf нисбат ба файлҳои муқаррарии MAF хеле зудтар аст. Файли bigMaf дар сервери дастраси веби шумо (http, https, ё ftp) боқӣ мемонад, на дар сервери UCSC. Танҳо қисме, ки барои мавқеъи хромосомӣ, ки шумо ҳоло дида истодаед, лозим аст, ба таври маҳаллӣ ҳамчун "файли камёфт" кэш карда мешавад. Барои таърифҳои пурраи формати bigMaf, лутфан ба саҳифаи кӯмаки bigMaf нигаред.

BigBed: Роҳҳои ашё ё минтақа

Баъзе намудҳои маъмултарини суруд инҳоянд, ки минтақаҳо ё ашёҳои андозаҳои гуногунро дар маҷлиси геномӣ таъкид мекунанд. Дар суруди "элементҳо" вариантҳои зиёде мавҷуданд, ки аксари онҳо метавонанд бо формати bigBed муаррифӣ шаванд. Ин формат воқеан як кластери форматҳои сершумор аст, ки ҳамааш аз се майдони умумӣ (охири хромосомаи оғоз) ва ихтиёрӣ соҳаҳои зиёди дигар доранд. Барои таърифҳои пурраи формати bigBed, лутфан ба саҳифаи кӯмаки bigBed нигаред.

HalSnake -- Мутобиқсозии сершумор дар файли HAL

HAL файлест, ки аз ҷониби Cactus Progressive Alignment Suite тавлид шудааст, ба саҳифаи github Cactus нигаред.

Агар танзимоти bigDataUrl дохил карда шавад, маълумот дар маҳалли муайянкардаи ин URL нишон дода мешавад. Дар акси ҳол, ҷадвали пойгоҳи додаҳо бо як сутуни fileName метавонад макони файли маҳаллӣ ё URL -ро муайян кунад. Агар ҷадвали пойгоҳи додаҳо сутуни seqName -ро дар бар гирад, барои ҳар як пайдарпаии монтаж файли VCF ё URLи дигарро муайян кардан мумкин аст.

Мисолро дар поён ёфтан мумкин аст.

Ҳам кат ва ҳам bigBed шумораи майдонҳои кати стандартиро дар маълумот эълон мекунанд. Майдонҳои иловагӣ метавонанд аз ин майдонҳои стандартӣ пайравӣ кунанд. Агар ин тавр бошад, намуд бояд бо '+' (плюс) ба охир расад. Ҳатто агар майдонҳои иловагии ғайристандартӣ вуҷуд надошта бошанд ҳам, параметри иловагӣ ' . ' (нуқта) лозим аст, агар ин трек танзимшаванда бошад.

Намунаҳоро дар поён овардан мумкин аст.

Навъи bigBed шумораи майдонҳои стандартии "кат" -ро дар маълумот эълон мекунад. Пас аз ин майдонҳои стандартӣ метавонанд майдонҳои иловагӣ бошанд. Агар ин тавр бошад, намуд бояд бо '+' (плюс) ба охир расад. Ҳатто агар майдонҳои иловагии ғайри стандартӣ набошанд ҳам, параметр '. ' (нуқта) бояд муайян карда шавад, агар ин трек танзимшаванда бошад.

Ҳар яке аз онҳо як варианти махсуси формати кат аст. Таърифҳои махсуси онҳоро дар ҷои дигар ҷустуҷӯ кардан лозим аст. Аммо, ин роҳҳои ашё бисёр имконоти конфигуратсияи якхеларо барои роҳҳои кат дастрас мекунанд.

Мисолро дар поён ёфтан мумкин аст.

Ин танзимот барои трекҳои навъи файли додаҳои дурдаст (масалан, bigWig) аст ва пурра дар қисми "Танзимоти умумии trackDb" -и ин ҳуҷҷат тавсиф шудааст.

Барои ранг кардани ашё аз рӯи риштае, ки ба онҳо мувофиқат мекунанд, аз танзимоти colorByStrand истифода баред. Ранги аввал барои ҳамоҳангсозии плюс ва ранги дуюм барои қатори минус истифода мешавад. Ин танзимот бо спектр номувофиқ аст ва ҳамаи ҷузъҳои як ришта, новобаста аз холҳои ашё, ранги якхела доранд.

Плюс ҳамоҳангсозии хатҳо сурх ва ҳамоҳангсозии минусҳо кабуд хоҳанд буд. Ин параметр бо спектр номувофиқ аст ва аз ин рӯ, ҳама ашёҳои як сатр новобаста аз холҳои ашё як ранг хоҳанд дошт.

Баъзан хусусиятҳое, ки треки кат дар як геном таъкид мекунад, инчунин дар трекҳои геномҳои дигар нишон дода мешаванд. Агар ашёи ҳамон ном дар пайраҳаҳои бистари ду ё зиёда геном мавҷуд бошад, байни онҳо тавассути пайвандҳо дар саҳифаи тафсилоти ашё пул метавон осон сохт. Барои таъсиси ин иттиҳодия, ин хусусият бояд дар ҳар як геном якхела бошад ва ном бояд дар дохили бистари ҳар як геном ягона бошад. Қисмҳои ин танзимот як пойгоҳи геномӣ, ҷадвал ва сутуни ихтиёрӣ бо нишони истинод мебошанд. Агар параметри сутун партофта шавад, он ном ҳисобида мешавад. Агар ҷадвал партофта шавад, он бо ҷадвали ҷорӣ якхела ҳисобида мешавад. Пайвандҳоро ба геномҳои сершумор бо ин танзим метавон муқаррар кард, зеро ҳар як ҷуфт бо ' = ' пайваст карда мешавад ва бо фосила ҷудо карда мешавад. Боварӣ ҳосил кунед, ки '_' -ро ҳамчун ивазкунандаи ҷойҳо дар тамғакоғазҳо истифода баред.

Дар ин мисол барои треки промоутери дуҷонибаи hg18 ENCODE, ҳар як геном дорои ҳамон ном аст ва номҳо дар ҳар як суруд беназиранд. Аммо, дар ҳар як геном промоутери дуҷониба ёфт намешавад, бинобар ин танҳо истинодҳо ба геномҳо, ки дар он ном воқеан пайдо шудааст, нишон дода мешаванд.

TODO: Огоҳӣ оид ба хатогӣ: ин ба таври танг рамзгузорӣ шудааст ва метавонад баъзе мушкилот дошта бошад, вақте ки номҳои ҷадвал ё сутун аз пешфарз фарқ мекунанд. Агар ягон ҷадвали номбаршуда пайдо нашавад, ин хусусият метавонад васеъ карда шавад, то танҳо истинод ба хити болоии liftOver таъмин карда шавад.

Трекҳои bigBed-ро дар ҳолати зич нависед, сюжети зичро дар асоси фарогирии ҳадди аксар дар ҳар як пиксел иҷро кунед. MaxVal ба ҳисобе мувофиқат мекунад, ки дар он қитъа то ҳадди торикӣ мерасад. Агар maxVal 0 бошад, пас он аз худи маълумот ҳисоб карда мешавад.

Одатан, тамғакоғазҳо (майдони номи BED) дар паҳлӯи хусусиятҳо кашида мешаванд. Ин изҳорот кӯшиш мекунад, ки тамғаи хусусиятро дар болои блокҳои экзон кашад. Таъсир аз андозаи хусусияти экран вобаста аст ва он дар навбати худ аз сатҳи масштаб вобаста аст. Агар барои 4 аломат фазои кофӣ набошад, ягон тамға кашида намешавад. Агар фазои бештар мавҷуд бошад, нишона бо ранги контраст ба блокҳои экзон монанд кашида мешавад. Агар онҳо барои матн хеле кӯтоҳ бошанд, он ба фазои дастрас ва суффикси "." Замима карда мешавад. Аҳамият диҳед, ки хусусиятҳо набояд минтақаҳои хеле дароз (UTR) дошта бошанд, зеро хондани матн дар ин қисмҳо душвор буда метавонад.
Барои хондан нигоҳ доштани матн, тирчаҳое, ки риштаро нишон медиҳанд, дар болои интронҳо нишон дода мешаванд, аммо дар блокҳо пахш карда мешаванд, аз ин рӯ изҳорот бояд барои трекҳое истифода шавад, ки ришта аҳамияти аввалиндараҷа надорад, дар майдони риштаи BED муайян нашудааст ё бо экзонакҳо ғайрифаъол карда шудааст.

Дар роҳҳое, ки эксонҳо ё блокҳоро дар дохили хусусиятҳо нишон медиҳанд, тирҳои эксон ба корбар имкон медиҳанд, ки ба экзони навбатӣ гузарад ё берун аз тасвир блок кунад. Тирҳои Exon маъмулан дар ин намуди трекҳо ба истиснои трекҳо дар гурӯҳи Танзимот нишон дода мешаванд. Бо истифода аз ин танзим тирҳоро ба таври возеҳ нишон додан ё пинҳон кардан мумкин аст.

Муши муш, ки рақамҳои эксон ва интронро нишон медиҳад, метавонад бо истифода аз ин танзим ба таври возеҳ нишон дода шавад ё пинҳон карда шавад. Пешфарз барои намудҳои трек genePred ва bigGenePred "фаъол" аст.

Матнро бо имконоти "exonText" ва "intronText" танзим кардан мумкин аст. Он мутаносибан ба "эксон" ва "интрон" муқаррар карда мешавад.

Як қатор филтрҳои рақамӣ барои роҳҳои кат дастрас мебошанд. Ба онҳо қулай аз ҷониби майдоне номбар карда мешавад, ки дар он филтр карда мешавад. Филтри маъмултарини рақамӣ ба холҳои стандартии майдони бистар асос ёфтааст ва аз ин рӯ бо ғуруби scoreFilter назорат карда мешавад. Намунаҳои дигар ин pValueFilter, qValueFilter ва signalFilter мебошанд, ки филтрҳо дар майдонҳои катҳои ғайри стандартӣ мебошанд, ки дар форматҳои broadPeak ва darPeak муайян шудаанд. Ин танзимоти филтри ададӣ бояд арзиши пешфарзро дар бар гиранд. Агар майдони рақамӣ нуқтаи шинокунанда бошад, пешфарз бояд ҳадди аққал як касри даҳиро дар бар гирад.

Бо нобаёнӣ, диапазони арзишҳо барои филтри рақамӣ аз 0 то 1000 аст. Бо вуҷуди ин, шумо метавонед бо гузоштани & ltcolumn & gtFilterLimits ҳудуди боло ва поёнии филтрро возеҳ танзим кунед.

Филтрҳои рақамӣ ашёеро, ки аз танзимот поёнтаранд, истисно мекунанд. Яъне, як scoreFilter аз 800 ҳамаи ҷузъҳои дорои холҳои аз 800 хориҷшударо хориҷ мекунад. Шумо инчунин метавонед арзишҳоро дар доираи диапазон бо дохил кардани танзимоти & ltcolumn & gtFilterByRange филтр кунед. Масалан, диапазони scoreFilter аз 800-900 танҳо ашёҳоеро дар бар мегирад, ки холҳои аз 800 ва аз 900 камтар доранд.

Эзоҳ: Филтрҳои сершумори соҳаҳои гуногун иҷозат дода мешаванд.

Дар ин мисол, холи стандартии майдони бистарӣ, ки бутун аст, барои филтр кардани ашё дар суруд истифода мешавад. Бо нобаёнӣ, ашёе, ки холҳои камтар аз 100 доранд, хориҷ карда мешаванд. Инчунин бо нобаёнӣ ҳудуди scoreFilter 0-1000 аст.

Майдони кати ғайристандартии pValue, ки нуқтаи шинокунанда аст, аз рӯи диапазон филтр карда мешавад. Диапазони додаҳои пешбинишуда аз 0.0 то 15.0 аст ва бо нобаёнӣ танҳо ашёҳои дорои pValues ​​дар доираи аз 3.0 то 15.0 нишон дода мешаванд.

Навъи трекҳои bigBed метавонанд аз рӯи холҳои стандартии майдони кат филтр карда шаванд. Ин филтри рақамӣ аз ҷониби танзимоти scoreFilter дархост карда мешавад, ки он бояд арзиши пешфарзро дар бар гирад.

Бо нобаёнӣ, диапазони арзишҳо барои филтри холҳо аз 0 то 1000 аст. Бо вуҷуди ин, шумо метавонед бо гузоштани scoreFilterLimits маҳдудияти боло ва поёнии филтрро возеҳ танзим кунед.

Филтри холҳо ашёеро, ки аз танзимот поёнтаранд, истисно мекунад. Яъне, нишондиҳандаи Filter аз 800 ҳама ашёро бо холҳои аз 800 камтар хориҷ мекунад.

Аз лаҳзаи ҷорӣ шудани filterFilter филтри тавонотар. & LtfieldName & gt мавҷуданд, ки сутуни холҳоро бо синтаксиси гуногун филтр кардан мумкин аст. Ҳамин тавр scoreFilter 400 ва scoreFilterLimits 0: 1000 метавонад бо filter.score 400 ва filterByRange.score 0: 1000 иваз карда шавад. Бартарии гузариш ба филтр. & Муносибати ltfieldName & gt дар он аст, ки филтрҳоро инчунин ба bigBed & ltfieldNames & gt ба монанди filterText.disease ё filterValues.cellType илова кардан мумкин аст, ки дар он ҷо катҳои бо сутуни беморӣ ё cellType муайяншударо филтр кардан мумкин аст. Барои маълумоти бештар ва мисолҳо ба filter.<fieldName> нигаред.

Майдони кати стандартии хол, ки адади бутун аст, барои филтр кардани ашё дар трек истифода мешавад. Бо нобаёнӣ, ашёҳое, ки холҳои аз 300 камтар доранд, хориҷ карда мешаванд. Филтрро на камтар аз 200 ё зиёда аз 1000 муқаррар кардан мумкин нест.

НЕ БАРОИ ХАБХО. Ҳанӯз аз ҷониби bigBeds дастгирӣ намешавад

Усули дигари филтркунии ашё ба арзишҳои дискретӣ такя мекунад. Як ё якчанд майдонҳо ба монанди ном ё хол метавонанд шумораи маҳдуди арзишҳои дискретиро дар бар гиранд, ки онҳоро филтр кардан мумкин аст. Ин арзишҳои ҷудогона дар рӯйхати афтанда нишон дода мешаванд, ки аз он корбар метавонад як ё якчанд имконотро интихоб кунад. Дар ҳоле ки шумораи ниҳоии интихобҳо дар рӯйхат маҳдуд нест, намоиши имконоти аз ҳад зиёд метавонад барои корбар печида шавад.

  • Азбаски филтрҳо барои соҳаҳои гуногун бо фосила ҷудо карда мешаванд, ҳама ҷойҳои холии унвонҳо ва тамғакоғазҳо бояд бо аломати '_' (зерхат) иваз карда шаванд.
  • Ҳар як ҷуфти майдон/опсия бо '=' (аломати баробар) ҳамроҳ карда мешавад.
  • Қисми майдон метавонад унвон дошта бошад, ки аз номи майдон бо ': (сутуни)' ҷудо карда шавад.
  • Филтри ягонаи майдон дорои имконоти сершуморе мебошад, ки бо вергул ҷудо карда шудаанд.
  • Агар опсияҳо индекси ба 1 асосёфта бошанд (1,2,3.), Пас рӯйхати опсияҳоро бо ' +' (аломати плюс) гузоштан мумкин аст ва худи опсияҳо танҳо тамғакоғазҳо мебошанд.
  • Дар акси ҳол, ҳар як вариант арзиш ва тамғаи ихтиёрӣ хоҳад буд, ки бо '| ' (бараки амудӣ). Дар хотир доред, ки агар як вариант тамға дошта бошад, пас ҳамаи имконоти он филтр бояд тамға дошта бошанд.
  • Ниҳоят, имконот метавонад дорои услуби CSS бошад қавс ва ба охир замима карда мешаванд.

Аз сабаби ин мураккабӣ, лутфан фаромӯш накунед, ки хати идомаи ' '-ро истифода баред, то мутолиа кунед, ки танзимот қобили хондан аст:

Эҳтимол аст, ки ин танзим дар як лаҳза аз нав муайян карда шавад, зеро он хеле мураккаб аст. Аммо, ин формати ҷорӣ то пурра иваз карда мешавад.

  1. Аз истифодаи аломатҳои ҷудокунанда ,|:=<> дар унвонҳо ва нишонаҳо худдорӣ намоед. (Ин аломатҳоро тавассути рамзҳои HTML дохил кардан мумкин аст.) Фосилаҳоро бо истифода аз аломати ' _ ' дохил кардан мумкин аст.
  2. Нишондиҳандаҳои опсия метавонанд ранг дошта бошанд ё дигар хусусиятҳои услуби CSS дошта бошанд. Услуби дар қавсҳои ҷингила ҷойгиршударо илова кунед ва холӣ надоред. Масалан: Pull_Over . Агар як вариант услуби CSS дошта бошад, пас ҳама имконоти он филтр бояд таърифи услубро дар бар гиранд.
  3. Опсияи filterBy дар код бо истифода аз SQL, ки дар он банди амалӣ карда мешавад. Масалан, филтр кардани майдони ном барои "Фред" ва "Этил" ба SQL оварда мерасонад, ки дар он банди "дар куҷо ном дар ('Фред', 'Этил')" оварда мешавад. Дар трекҳои навъи genePred, ин дониш барои муайян кардани филтрҳо дар майдонҳо дар ҷадвали алоҳида истифода мешавад! Ин бо муайян кардани майдон ҳамчун . .

Беҳтарин роҳи фаҳмидани ин танзим бо мисол аст. Ин як мисоли амалӣ дар hg19 "Open Chrom Synth" аст.

Ин танзим ду филтрро насб мекунад, яке дар майдони "ранг" ва дуввумӣ барои "ocCode". Ба филтри ранг унвони "Сатҳи тасдиқ" дода мешавад. Варианти дуюм дорои арзиши "255" ва нишони "Хроматини кушод (OC 2-3)" мебошад. Дар хотир доред, ки он дар рӯйхат бо сабаби кабуд пайдо мешавад таърифи услуб. Инчунин аҳамият диҳед, ки ҳамаи имконоти ин майдони ранг дорои услуби муайяншуда мебошанд, гарчанде ки варианти аввал сиёҳ аст ва бо нобаёнӣ чунин хоҳад буд. Дар ин мисол, ягона фазои холӣ дар қисмати арзиши танзим фавран аз таърифи дуюми филтр мегузарад. Филтри дуввум, "ocCode", бо номи "OC Code" номумкин аст. Ин филтри индекси ададӣ аст (тавре ки '+' эълон кардааст). Арзиши варианти дуввум 2 аст ва танҳо нишона ҳамчун "Ду: Dnase (ҳама)" муайян карда мешавад. Аҳамият диҳед, ки ду нуқтаи нишона коди HTML аст.

Танзимоти filterBy хеле пурқувват аст. Мо тавсия медиҳем, ки шумо бо танзимот озмоиш кунед, то муайян кунед, ки кадом парванда барои шумо беҳтар аст.

  • filterByDate
  • filterByNumber (ҳоло *Филтр)
  • filterByWild
  • filterByWildList (ба мисли ҷустуҷӯи суруд)

Ин назорати генералии филтр бояд аз рӯи "банди" кор кунад ва дар ҳама сурудҳои ба ашё асосёфта, аз ҷумла bigBeds иҷозат дода шавад! Аҳамият диҳед, ки bigBeds аллакай scoreFilter -ро дастгирӣ мекунад ва ҳамеша мушкилие дорад, ки дур карда мешавад, филтрро дастгирӣ намекунад. UI Browser бояд ҳангоми филтр кардани роҳҳо нишон диҳад, то гум шудани филтр возеҳ бошад!

филтр. & ltfieldName & gt барои маълумоти рақамӣ истифода мешавад. Он барои интиқол додани арзиши пешфарз талаб мекунад. Арзиши 0 (ё арзиши пасттарин дар маҷмӯа) метавонад барои фаъол кардани филтри рақамӣ истифода шавад, аммо ҳеҷ чиз бо нобаёнӣ филтр карда намешавад.

Бо нобаёнӣ, диапазони арзишҳо барои филтр. & LtfieldName & gt аз 0 то 1000 аст. Бо вуҷуди ин, шумо метавонед ба таври возеҳ ҳудуди боло ва поёнии филтрро бо filterLimits муқаррар кунед. & LtfieldName & gt.

Филтрҳои рақамӣ ҷузъҳоеро, ки аз танзимот поёнтаранд, истисно мекунанд. Яъне, филтр.<fieldName> аз 800 ҳамаи ҷузъҳоеро, ки холашон аз 800 камтар аст, истисно мекунад. Шумо инчунин метавонед арзишҳоро дар доираи диапазон тавассути дохил кардани танзимоти filterByRange.<fieldName> филтр кунед. Масалан, филтр. & LtfieldName & gt 800: 900 танҳо ашёи дорои холҳои аз 800 боло ва аз 900 болотарро дар бар мегирад. Тавсия дода мешавад, ки filterByRange. & LtfieldName & gt дар якҷоягӣ бо filterLimits истифода шавад. & LtfieldName & gt барои муқаррар кардани ҳудуди маҳдудият.

Нишонаи филтр тавсифи майдоне хоҳад буд, ки онро файли autoSql (.as) муайян кардааст. Ин барчаспро метавон бо filterLabel. & LtfieldName & gt танзим кард. Барои маълумоти бештар дар бораи эҷоди файлҳои беназири .as барои маълумоти bigBed ба саҳифаи кӯмаки bigBed ва мисоли 3 нигаред.

  • filter.<fieldName>-ро бо сутунҳои гуногун чанд маротиба истифода бурдан мумкин аст
  • Ҳарду ададҳо ва даҳӣ (шино) дастгирӣ мешаванд
  • Ҳама гуна арзишҳои сутун/майдоне, ки бо аломатҳои ғайри рақамӣ оғоз мешаванд, ҳамчун сифр баррасӣ карда мешаванд
  • Арзишҳои ном, ки бо рақам ва пас аз аломатҳои ғайри ададӣ оғоз мешаванд, ҳамчун рақами аломатҳои ғайри ададӣ (ва ҳама рақамҳое, ки ба онҳо пайравӣ мекунанд) сарфи назар карда мешаванд (ба намунаи зер нигаред)
  • Агар сутун/fieldName дорои арзишҳои манфӣ бошад, боварӣ ҳосил кунед, ки арзиши пешфарзро дар пасттарин арзиши манфӣ ё поёнтар нишон диҳед, то аз филтркунии ашё бо нобаёнӣ пешгирӣ кунед (агар ин рафтори пешбинишуда набошад)
  • Барои он ки филтрҳо кор кунанд, трек бояд bigBed N+ ё bigBed N бошад. "+" (барои трекҳои bigBed+) ё "." (барои трекҳои васеънашудаи bigBed) лозим аст
  • Бо нобаёнӣ, ҳама роҳҳои бистарӣ, ки ҳадди ақал bed5 мебошанд, филтри холҳо хоҳанд дошт. Даргиронидани ягон филтр*. & LtfieldName & gt танзимоти филтр ин филтери пешфарзро ғайрифаъол мекунад

Дар ин мисол, филтр барои холи майдон фаъол карда мешавад. Мо арзиши пешфарзии 0-ро мегузарем, ки одатан арзиши бехатари пешфарз барои гузаштан аст, зеро аксари арзишҳои хол танҳо рақамҳои мусбӣ доранд. Аммо, дар хотир доред, ки ҳама арзишҳои манфӣ дар ин мисол бо нобаёнӣ филтр карда мешаванд.

Дар ин мисоли дуввум, мо имкон медиҳем, ки дар ҳамон як холи майдон филтр кунем, аммо мо рақами 300 -ро мегузорем. Ин маънои онро дорад, ки ҳангоми бор кардани маълумот ашёи дорои холҳои камтар аз 300 бо нобаёнӣ хориҷ карда мешаванд. Пас аз он ин арзиш метавонад дар саҳифаи тавсифи трек тағир дода шавад.

Дар ин мисол, мо филтри рақамиро дар сигнали саҳроӣ фаъол мекунем. filterByRange. & ltfieldName & gt низ фаъол аст, ки барои филтр кардани арзишҳои фосилавӣ имкон медиҳад, ин ба мо имкон медиҳад, ки як қатор арзишҳоро ба филтр гузорем. & ltfieldName & gt. Дар ин ҳолат, бо нобаёнӣ танҳо арзишҳои байни 300 ва 400 намоиш дода мешаванд. Ниҳоят, маҳдудиятҳои филтр барои қабули арзишҳои аз 200 то 500 бар хилофи пешфарз аз 0 то 1000 тағир дода мешаванд.

Намунаи арзишҳо дар майдон/сутуни confidenceScore:

Ин мисол filter.<fieldName>-ро ба арзишҳои майдони confienceScore, ки дорои баъзе арзишҳои ғайрирақамӣ мебошанд, татбиқ мекунад. Агар ашёи дорои чор арзиш дар боло бо ҳадди ақали 6 филтр карда шуда бошанд:

5 - ашё хориҷ карда мешавад, зеро он аз арзиши филтр камтар аст
6 (Номуайян) - адад бояд нишон дода шавад, зеро он ҳамчун "6" тафсир карда мешавад
Номаълум - ашё хориҷ карда мешавад, зеро он ҳамчун 0 маънидод карда мешавад
7.0 - ҷузъ ҳамчун даҳҳо дастгирӣ карда мешавад

filterText. & ltfieldName & gt барои фаъол кардани ҷустуҷӯи матн дар соҳаи Номи муқарраршуда истифода мешавад. Он бояд сатри ҷустуҷӯии пешфарзро гузарад. Ситорача/чархат (*) метавонад барои фаъол кардани ҷустуҷӯи матн истифода шавад, аммо арзиши пешфарзро намегузорад. Агар калима ё сатр гузаронида шавад, ҷузъҳои мувофиқи сатр аз рӯи нобаёнӣ филтр карда мешаванд. Барои тафсилот ба мисолҳои зер нигаред.

filterText. & ltfieldName & gt ду намуди ҷустуҷӯро таъмин мекунад, аломати ваҳшӣ ва regexp. Бо нобаёнӣ, параметри рамзи фаъол фаъол аст. Ин маънои онро дорад, ки истилоҳи ҷустуҷӯ бо аломати ваҳшӣ (*) дар ҳарду ҷониб ба ҳар шумораи аломатҳои иловагӣ пеш ва/ё баъд аз истилоҳи ҷустуҷӯ мувофиқат мекунад. Варианти regexp имкон медиҳад, ки бо қоидаҳои ифодаи муқаррарӣ ҷустуҷӯ кунед. Танзимоти ихтиёрии filterType. & LtfieldName & gt мумкин аст барои тағир додани пешфарз аз корти векселӣ ба regexp илова карда шаванд.

Нишонаи филтр тавсифи майдоне хоҳад буд, ки онро файли autoSql (.as) муайян кардааст. Ин барчаспро метавон бо filterLabel. & LtfieldName & gt танзим кард. Барои маълумоти бештар дар бораи эҷоди файлҳои беназири .as барои маълумоти bigBed ба саҳифаи кӯмаки bigBed ва мисоли 3 нигаред.

  • filterText. & ltfieldName & gt ба ҳама майдонҳо ҳамчун сатр муносибат мекунад. Яъне, онро дар майдонҳои комилан рақамӣ фаъол кардан мумкин аст, ба монанди chromStart, агар касе филтр кардани арзишҳои ададиро ҷустуҷӯ кунад ҳамчун матн
  • Барои кор кардани филтрҳо, суруд бояд навъи bigBed N + ё навъи bigBed N бошад. "+" (барои трекҳои bigBed+) ё "." (барои трекҳои васеънашудаи bigBed) лозим аст
  • Бо нобаёнӣ, ҳама роҳҳои бистарӣ, ки ҳадди ақал bed5 мебошанд, филтри холҳо хоҳанд дошт. Даргиронидани ягон филтр*. & LtfieldName & gt танзимоти филтр ин филтери пешфарзро ғайрифаъол мекунад

Дар ин мисол, мо филтри пешфарзро дар майдони geneName истифода мебарем, то танҳо ҷузъҳои дорои BRCA дар genName намоён шаванд. Бо нобаёнӣ, ин ҷустуҷӯи аломати ваҳшӣ аз *BRCA* мебошад, ки ба ҷустуҷӯи regexp .*BRCA.* баробар аст. Истилоҳи филтрро дар саҳифаи танзимоти суруд озодона тағир додан мумкин аст, ки ба корбарон имкон медиҳад арзишҳои дигарро дар соҳаи geneName филтр кунанд.

Ин мисол имкон медиҳад, ки филтркунӣ дар ҳамон майдони дар боло зикршуда, geneName , аммо он параметри ҷустуҷӯии пешфарзро эълон намекунад. Ин тавассути гузаронидани танҳо ситорача/аломати (*) анҷом дода мешавад. Ин маънои онро дорад, ки қуттии ҷустуҷӯ мавҷуд хоҳад буд, аммо ҳеҷ як ҷузъи генетикӣ аз маълумот филтр карда намешавад, агар корбар қиматро нишон надиҳад.

Ин мисол бори дигар филтрро дар ҳамон майдон имкон медиҳад, аммо он regexp -ро ҳамчун намуди филтр эълон мекунад ва ифодаи муқаррариро мегузаронад, ки бо нобаёнӣ татбиқ карда мешавад. Дар ин ҳолат, мо ба ҳама ашёҳои geneName, ки версияи 1 мебошанд, нигаронида шудаем.

filterValues. & ltfieldName & gt барои фаъол кардани филтр аз рӯи арзишҳои муайяншуда дар майдон истифода мешавад. Онро дар майдонҳое истифода бурдан мумкин аст, ки дорои як арзиши матнӣ ё рӯйхати арзишҳои бо вергул ҷудошудаи матн, ба мисли "classA, classB" бошанд. Одатан ин номҳои категорияҳо мебошанд. Интихоб ҳадди аққал як арзишро барои филтр кардан талаб мекунад.

Ҳар як арзиши имконпазири инфиродӣ, ки ҳамеша метавонад дар саҳро рух диҳад, бояд дар рӯйхати вергул ҷудо карда шавад. Пас шумо метавонед ин арзишҳоро ҳамчун категория интихоб кунед ва танҳо намоиши ашёеро, ки ба як, ҳама ё ҳадди ақал яке аз арзишҳои интихобшуда тааллуқ доранд, интихоб кунед. Бо нобаёнӣ, корбар метавонад аз ин рӯйхат арзишҳои сершумор интихоб кунад ва филтр имкон медиҳад, ки ҳама гуна хусусиятҳоро бо ҳадди аққал яке аз ин арзишҳо ( multipleListOr ) интиқол диҳад.

Барои интихоби рафтори интихоби пешфарз, параметри иловагии filterType. & LtfieldName & gt метавонад истифода шавад. Агар ин параметр гузаронида нашавад, бо нобаёнӣ интихоб ба & quotone ё мувофиқати бештар & quot муқаррар карда мешавад, ки ҳамонанди доштани filterType.fieldName multipleListOr аст. Агар корбар бояд танҳо як арзиши ягонаеро интихоб кунад, ба ҷои singleList гузаронидан мумкин аст. Варианти дигар, multipListAnd, маънои онро дорад, ки корбар метавонад категорияҳои сершуморро интихоб кунад, аммо филтр имкон медиҳад танҳо хусусиятҳое гузаранд, ки ҳамаи ин категорияҳо мавҷуд бошанд.

multipleListOr ва multipleListAnd ва ҳарду то ҳол ба корбар имкон медиҳанд, ки намуди комбинатсияро дар интерфейси корбар бо тугмаи радио дастӣ иваз кунад. Агар шумо multipleListOnlyOr ё multipleListOnlyAnd-ро муайян кунед, пас тугмаи радио пахш карда мешавад ва корбар дигар байни интихобҳоро интихоб карда наметавонад. Инро дар ҳолатҳое истифода бурдан мумкин аст, ки аз рӯи табиати соҳа пешниҳоди Ҷустуҷӯи Ё Ё ВА чандон маъно надорад.

Шумо инчунин метавонед бо истифода аз параметри filterValuesDefault.<fieldName> кадом арзишҳоро бо нобаёнӣ интихоб кунед. Он метавонад рӯйхати бо вергул ҷудошуда мисли filterValues ​​гирад.<fieldName> ва ҳама ҷузъҳои дохилшуда ба таври худкор интихоб карда мешаванд. На ин ки арзишҳо бояд дар ҳарду танзимот мавҷуд бошанд.

Тамғакоғазҳое, ки дар менюи ба корбар нишон дода шудаанд, метавонанд танзим карда шаванд, то ном/тамғаи дигареро аз номе, ки дар майдони bigBed мавҷуд аст, намоиш диҳанд. Ин метавонад муфид бошад, вақте ки арзишҳои маълумот дар шакли кӯтоҳ навишта мешаванд, аммо шумо мехоҳед номи интерфейси тавсифиро дарозтар кунед. Формати ин ивазкунӣ чунин аст:

Мисол агар арзиш дар майдони bigBed AML бошад, танзимот ба монанди лейкемияи шадид миелоид | AML дар интерфейси корбар лейкемияи шадиди миелоидро нишон медиҳад, аммо боиси ҷустуҷӯи арзиши AML дар майдони bigBed мешавад. Ин метавонад андозаи файли bigBed -ро хеле кам кунад. Барои маълумоти бештар ба мисоли зер нигаред.

  • Дар айни замон, ҳама арзишҳо бояд алоҳида баён карда шаванд
  • Номҳои арзиш бояд комилан мувофиқ бошанд
  • Бо нобаёнӣ, ҳама роҳҳои бистарӣ, ки ҳадди ақал bed5 мебошанд, филтри холҳо хоҳанд дошт. Даргиронидани ягон филтр*. & LtfieldName & gt танзимоти филтр ин филтери пешфарзро ғайрифаъол мекунад
  • Барои кор кардани филтрҳо, суруд бояд навъи bigBed N + ё навъи bigBed N бошад. "+" (барои трекҳои bigBed+) ё "." (барои трекҳои васеънашудаи bigBed) лозим аст
  • Дар байни ашёҳои эъломшуда пас аз вергул набояд ягон фосилаи сафед мавҷуд бошад, e.x. "ItemOne,itemTwo,itemThree"
  • Нишони пешфарзро бо параметри filterLabel.<fieldName> танзим кардан мумкин аст
  • Ҳангоми истифодаи арзишҳои филтр дар майдоне, ки вергулҳоро дар бар мегирад, вергули иловагӣ метавонад барои гурезонидани он истифода шавад. E.x. "Майдони Як, Майдони Ду,, Майдони Ду, Майдони Се"

Дар ин мисоли оддӣ, мо filterValues.<fieldName>-ро ба майдони OddEven татбиқ мекунем, ки он "Even" ё "Odd"-ро таъин мекунад. Пас аз он мо метавонем маълумотро бо истифода аз майдони OddEven бо менюи афтанда дар саҳифаи назорати трекҳо ба танҳо ҷуфтҳо ё коэффисиентҳо филтр кунем. Азбаски намуди филтр вуҷуд надорад, корбар инчунин метавонад ҳамзамон ҳам ҷуфт ва ҳам коэффисиентҳоро нишон диҳад.

Дар ин мисоли минбаъда, мо параметри filterType.fieldName singleList-ро мегузарем, ки ин маънои онро дорад, ки танҳо як ҷузъро дар майдони OddEven интихоб кардан мумкин аст, дар ин ҳолат "Odd" ё "Even". Ин пешфарзро, ки ба интихоби сершумор имкон медиҳад, нест мекунад.

Дар ин мисоли сеюм, мо инчунин параметри filterValuesDefault.fieldName илова кардем. Акнун филтри пешфарз ҳангоми бор кардани марказ арзиши тоқро пешакӣ интихоб мекунад.

Дар ин мисол филтр ба арзишҳои сершумор дар майдони annotationType татбиқ карда мешавад. Пас аз он мо метавонем аз ин арзишҳо дар майдони annotationType бо менюи афтанда дар саҳифаи танзимоти трек нишон дода, интихоб кунем ва танҳо ҷузъҳоеро, ки ба интихоби мо мувофиқат мекунанд, намоиш диҳем. Интихоби интихоб ба мо имкон медиҳад, ки ба як, ҳама ё ҳама комбинатсияи арзишҳои додашуда мувофиқат кунем.

Дар ин пайравӣ ба саволи қаблӣ, мо номи ҷузъҳоеро, ки дар менюи афтанда пайдо мешаванд, тағир додем, то тавсифи бештар аз арзишҳои формати файли зич дошта бошанд. Ин маънои онро дорад, ки агар мо мехостем танҳо ашёҳои дорои annotationType DNA-BR-ро бубинем, мо аз менюи интерфейс минтақаи ҳатмии ДНК-ро интихоб мекардем.

Вақте ки корбар як ҷузъи сурудро дар тасвири браузер пахш мекунад, саҳифаи ҷузъиёти ашё нишон дода мешавад. Ин танзим тамғаи алтернативиро барои филтр дар он саҳифа муайян мекунад. Бе ин танзим, тамға тавсифи майдоне хоҳад буд, ки онро файли autoSql (.as) муайян кардааст. Баъзе аз параметрҳое, ки бо ин тағир дода шудаанд, инҳоянд:

Дар ин мисол, мо як майдони & quotstrand & quot BED бо тавсифи пешфарз & quot+ ё - барои strand & quot дорем. Мо филтрро фаъол кардем ва барчаспро танҳо ба "Strand (Orientation)" содда кардем.

Дар форматҳои бистарӣ, ки ҳадди аққал 9 майдони стандартии катро дастгирӣ мекунанд, ин танзимро барои фаъол кардани рангкунии ашё бо истифода аз арзиши майдони нӯҳум, itemRgb истифода бурдан мумкин аст. Арзиши майдони ашё бояд як сегонаи R, G, B бошад. Вақте ки ба ҷадвал бор карда мешавад, ин майдон ҳамчун бутуни дорои арзишҳои RGB дар битҳои мушаххаси адад пайдо мешавад. Барои мушоҳидаи ин майдон, навъи bigBed 9-ро нависед, ё барои сутунҳои иловагии ғайристандартӣ bigBed 9+ -ро дар сатри trackDb барои файли bigBed нависед.

Дар хотир доред, ки намоиши ранг аз опсияи maxItems таъсир мерасонад. Вақте ки трек то дараҷае калон карда мешавад, ки шумораи ашё барои намоиш аз maxItems зиёд аст, трек маҷбур мешавад, ки ба ҳолати зич ворид карда шавад ва ҷузъҳо аз хулосаи bigBed бо ранги пешфарз ба ҷои истифодаи сутуни itemRgb кашида мешаванд.

Шумораи максималии ҷузъҳо барои намоиши алоҳида дар ҳолати пурра. Вақте ки ҳадди аксар зиёд мешавад, ашёҳои зиёдатӣ дар хати охирин болои якдигар кашида мешаванд. Дар ҳолати бастабандӣ ин ба шумораи сатрҳо дахл дорад, на шумораи ҷузъҳо. Бо нобаёнӣ: 250. Барои трекҳои навъи bigBed, ин танзим ҳеҷ гоҳ аз 100,000 зиёд буда наметавонад.

Ҳангоме ки дар тасвири Браузер шумораи зиёди ашёҳои катии инфиродӣ метавонанд нишон дода шаванд (масалан, ҳангоми дидани минтақаи калони хромосома рух дода метавонад), maxWindowCoverage трекро ба қитъаи фарогирии зичӣ мегузарад, вақте ки равзана зиёда аз миқдори муайяни пойгоҳҳоро дар бар мегирад.

Тасвирҳои браузер, ки зиёда аз 10,000,000 пойгоҳҳоро нишон медиҳанд, боиси он мегардад, ки маълумоти суруд ҳамчун графикаи фарогирии зичӣ нишон дода шаванд.

Ҳангоме ки дар тасвири браузер аз ҳад зиёди ашёҳои катии инфиродӣ нишон дода мешаванд (масалан, ҳангоми дидани минтақаи калони хромосома рух медиҳад), maxWindowToDraw интихоби намоиши паёмеро ба кор мебарад, ки аз корбарон хоҳиш мекунад, ки ба минтақаи хурдтар наздик шаванд.

Вобаста аз намоии кунунии треки кат ва кадом роҳҳои дигар ҳамзамон намоиш дода мешаванд, Браузер метавонад дар баъзе ҳолатҳо ба таври худкор намоишро ба маҷмӯъ ё ҳолати зич кам кунад. Танзими maxWindowToDraw ба шумо имкон медиҳад, ки корбаронро маҷбур созед, ки калонтар кунед, зеро паёми барҳамхӯрда намоиши маълумотро маҳкам мекунад. Баръакси танзимоти maxItems, ки намоиши фазои амудиро назорат мекунад ва ҳангоми зиёд шудани шумораи ашёҳо экранро ба зич маҷбур мекунад, танзимоти maxWindowToDraw шумораи пойгоҳҳоро дар тиреза пеш аз пӯшонидани суруд бо паёми шарҳдиҳанда водор мекунад талабот ба масштабкунӣ. Ҳатто бидуни ин танзим, амалиётҳои браузер мавҷуданд, ки дар ниҳоят намоиши ашёи зиёдеро тавассути маҷбур кардани хулосаи визуалӣ дар ҳолати зич дар ҳолати зич пешгирӣ мекунанд.

Тасвирҳои браузере, ки беш аз 10 000 000 пойгоҳро нишон медиҳанд, ба он оварда мерасонад, ки маълумоти трек бо ёддошт дар саросари диапазони геномӣ пӯшида мешавад, ки паёмро ба .

Вақте ки суруди кат дорои холҳои стандартии саҳроӣ мебошад ва вақте ки ин хол барои пешниҳоди ашё бо миқёси хокистарӣ ё ранг истифода мешавад (ниг. спектр), ин танзим сояҳои сабуктарини истифодашавандаро муайян мекунад. Ин имкон намедиҳад, ки холҳои пасттарин дар ранги хеле равшан нишон дода шаванд, то ба осонӣ дидан накунад. Арзишро дар ҳудуди 1 - 9, сабуктарин ба ториктарин муқаррар кунед.

Ин холҳои пасттаринро каме камтар аз хокистарии миёна мегузорад, дар ҳоле ки холҳои баландтарин сиёҳ ба назар мерасанд.

Бо нобаёнӣ, кат бо 5 ё зиёда майдони кати стандартӣ, ки дорои ' . ' ё ' + ' дар танзимоти намуд аз рӯи хол филтр карда мешавад, яъне онҳо танзимоти тахминии " scoreFilter 0 " доранд. Барои хомӯш кардани ин пешфарзии услуби кӯҳна, танзимоти " noScoreFilter " -ро дохил кунед.

Агар треки шумо бистари 5 ё калонтар бошад, пас майдони холҳои стандартӣ мавҷуд аст. Ин хол, ки аз 0 то 1000 фарқ мекунад, метавонад барои назорати соябонии ашёҳои кат дар тасвири Браузер истифода шавад. Барои фаъол кардани ин хусусият, спектрро фаъол кунед. Натиҷаҳои поёнӣ бо нобаёнӣ бо ранги хокистарӣ соя карда мешаванд, дар ҳоле ки холҳои баландтар ба сӯи сиёҳ тамоюл хоҳанд кард. Инро метавон бо чанд роҳ тағир дод:

    ранг метавонад барои иваз кардани миқёси хокистарӣ бо миқёси ранг истифода шавад
  • altColor бо ранг метавонад ашёро аз ранг то altColor -> фарқ кунад
  • minGrayLevel метавонад барои муқаррар кардани сатҳи сояи сабуктарин истифода шавад
  • scoreMin ва scoreMax метавонад барои муайян кардани ҳудуди поёнӣ ва болоии диапазон, ки сояҳои баҳодорро қабул мекунад, истифода шавад.

Шарҳ: Навъи файл бояд бошад навъи bigBed x ки дар он x ҳадди ақал bigBed аст 5. Агар танҳо bigBed нависед истифода шавад, танзим кор намекунад, зеро тахмин карда мешавад, ки он bigBed 3 бошад.

Дар ин мисол, тавсифи суруд бо ранги кабуд нишон дода мешавад, аммо суруд миқёси хокистарӣ боқӣ мемонад. Ададҳое, ки холҳои камтар аз 700 доранд, бо ранги хеле хокистарӣ нишон дода мешаванд, онҳое, ки холҳои аз 700 то 900 доранд, дар сояҳои ториктари хокистарӣ ва ашёҳое, ки холҳои аз 900 зиёдтар ё баробар ба боло доранд, бо ранги сиёҳ намоиш дода мешаванд.

Рӯйхати номҳои майдонеро, ки дар онҳо индекс сохта шудааст, муайян мекунад. Вақте ки корбар сатрро ба қуттии ҷустуҷӯи мавқеъи браузер ворид мекунад, ин индекс барои пайдо кардани он ном ҷустуҷӯ карда мешавад ва агар сатр дар индекс бошад, корбар ё ба он мавқеъ дар браузер ҳаракат мекунад ё агар мавҷуд бошад зиёда аз як мувофиқати ин сатр ҳастанд, рӯйхати мавқеъҳои интихобшуда дода мешавад. Барои гирифтани дастур оид ба сохтани индекс барои файли bigBed, ин ҷо нигаред. Танзимоти searchIndex маълумоти BED-и вурудиро талаб мекунад, ки ба ҳарфи калон ҷудо карда шаванд ( sort -k1,1 -k2,2n ), ки дар он версияҳои навтари абзори bedToBigBed (дар ин ҷо дастрас) барои ворид кардани вуруди нодуруст такмил дода шудаанд.

URL -ро ба файли TRIX муайян мекунад, ки матни ройгонро ба маҷмӯи нишондиҳандаҳо, ки гумон мекунанд дар файли bigBed алоқаманд дошта бошанд, муайян мекунад. Барои гирифтани дастур оид ба сохтани файли TRIX ба ИН ҶО нигаред.

Дар трекҳои бистарӣ, ки 8 ё зиёда майдони кати стандартӣ доранд, қисмҳои ашё дар трекҳо ба монанди моделҳои ген метавонанд барои фарқ кардани минтақаҳои экзон аз интронҳо ғафстар кашида шаванд. Вақте ки маълумот дар миқёсҳои гуногун намоиш дода мешавад, ҷузъҳо ва қисмҳои ғафси ҷузъҳо бояд мутаносибан миқёс дошта бошанд. Аммо, шояд дидани мавҷудияти минтақаҳои ғафс назар ба кӯшиши нигоҳ доштани таносуб муҳимтар бошад. Бо гузоштани thickDrawItem, минтақаҳои намоиши ғафси ашё ҳамеша дар ҳадди ақал 3 пиксел, ҳатто вақте ки хеле дур карда шудаанд, кашида мешаванд.

Фаъолсозии ин танзимот назорати навъи филтри катро таъмин мекунад, ки ба шумо имкон медиҳад, ки ашёи бистарро аз рӯи ном бо мувофиқати аломати ваҳшӣ филтр кунед.

TODO: ин бояд аз нав навишта шавад, то дар ҳама гуна манбаи маълумот дар асоси ашё иҷозат дода шавад ва дигар имконоти филтрро низ истисно накунад. (Яъне инро ба filterByWild ё filterByWildList табдил диҳед)

Роҳи бистар аз рӯи номҳои ашёи филтр карда мешавад.

Барои тавсифи истифодаи ин танзимот ба саҳифаи формати сурудҳои CRAM нигаред.

Вақте ки корбар дар тасвири браузер як ҷузъи пайгирии бистарро клик мекунад, саҳифаи ҷузъиёти ашё нишон дода мешавад. Ин танзим тамғаи алтернативии номи ашёро дар он саҳифа муайян мекунад. Бе ин танзим, нишона "Item:" хоҳад буд.

Вақте ки корбар як ҷузъи сурудро дар тасвири браузер пахш мекунад, саҳифаи ҷузъиёти ашё нишон дода мешавад. Ин танзим нишони алтернативиро барои хол дар он саҳифа муайян мекунад. Бе ин танзим, тамға "Баҳо:" хоҳад буд.

Ҳудуди болоии диапазони додаҳо дар трек бо ин танзим муайян карда мешавад.

Имкон медиҳад, ки ҳамаи ҷузъҳои трекро, ки берун аз ҳарду тарафи равзанаи тамошои ҷорӣ ҷойгиранд, ба як ҷузъи кат дар экран ҷойгир шаванд. Мавҷудияти ин танзим ба экран имкон медиҳад, ки ин хосияти тамошои харобшударо пешниҳод кунад, дар ҳоле ки фурӯзон ё хомӯш ишора мекунад, ки бо нобаёнӣ кадом намуди намоиш бояд нишон дода шавад.

Дисплейро корбар метавонад дар саҳифаи конфигуратсияи треки муқаррарӣ ё тавассути интихоби менюи рости муш пахш кунад. Агар трек bigBed 9 (+) бошад, он гоҳ ҷузъи муттаҳидшуда ба ҳисоби миёнаи ҳамаи ҷузъҳои якҷояшуда соя карда мешавад.

Ин танзим маънои майдони бистарро ба "тавсифи идентификатор" тағир медиҳад. Агар он фаъол бошад, браузер калимаи аввали номи ашёи BED-ро нишон намедиҳад, балки ин калимаи аввалро барои пайвастшавӣ ба саҳифаи тафсилоти ашё истифода мебарад. Ин имкон медиҳад, ки ҳарду идентификатор ба монанди ID ген ва тавсифи барои инсон хондааш ба майдони номи ашёи BED гузошта шаванд, ки бо фосила ҷудо карда шудаанд.

Майдони номи BED аз "9005 PITX2" дар браузери геномӣ "PITX2" нишон дода мешавад, аммо вақте ки корбар онро клик мекунад, URL танҳо аз калимаи аввал сохта мешавад, бо нобаёнӣ cgi-bin/hgc?i=9005& (.). URL -ро бо directUrl тағир додан мумкин аст, ки дар он %s бо идентификатор иваз карда мешавад.

Файлҳои bigBed аксар вақт бо истифода аз UCSC сохта мешаванд bedToBigBed барнома. Бо нобаёнӣ, ин барнома интизор аст танҳо як калима барои номҳои унсурҳои BED. Барои ба барнома бигӯед, ки калимаҳои сершумореро, ки бо фосила ҷудо карда шудаанд, қабул кунад (барои ин танзимоти трек лозим аст), шумо бояд -таб хосият барои bedToBigBed. Ин ба барнома мегӯяд, ки аломатҳои ҷадвал ба ҷои фосила барои ҷудо кардани майдонҳои файли BED истифода мешаванд. Лутфан таваҷҷӯҳ намоед, ки ин хосият танҳо дар сурате кор хоҳад кард, ки аломатҳои ҷадвал ҳамчун ҷудокунандаи майдон дар тамоми файли BED -и шумо истифода шаванд. Маълумоти бештар дар бораи эҷоди файлҳои bigBed дар ин ҷо дастрас аст.

Муайян мекунад, ки пайдарпаии ашёро (агар бошад) пайдо кардан мумкин аст, то пайдарпаии ашё ё фарқият аз пайдарпаии геномӣ ҳангоми дидани як минтақаи ба қадри кофӣ хурд кашида шавад.

  • Агар extFile муайян карда шуда бошад, ду параметрҳои иловагӣ талаб карда мешаванд, номи ҷадвали сег ва пас аз он ҷадвали extFile барои ҷустуҷӯи пайдарпаӣ. Ин ҷадвалҳо аз ҷониби hgLoadSeq бор карда мешаванд.
  • Агар hgPcrResult муайян карда шуда бошад, пас натиҷаи PCR истифода мешавад.
  • Агар lfExtra нишон дода шуда бошад, пас пайдарпаии ашё дар сутуни охирини ҷадвал ё файли дурдаст мавҷуд аст.
  • Агар nameIsSequence муайян шуда бошад, пас сутуни 4-ум (ном ё пайдарпаӣ) пайдарпайро дар бар мегирад. (нигаред ба hg/lib/encode/tagAlign.as)
  • Агар seq1Seq2 муайян шуда бошад, пас сутунҳои 7 ва 8-ум ( seq1 ва seq2 ) ҷуфтҳои чап ва рости пайдарпайро дар бар мегиранд. (нигаред hg/lib/encode/pairedTagAlign.as)
  • Агар ss муайян шуда бошад, пас пайдарпаии blat аз ҷониби корбар пешниҳодшуда ҷустуҷӯ карда мешавад.

Муайян мекунад, ки дар куҷо координатҳои пайдарпайии рамзгузорӣ (CDS)-ро пайдо кардан мумкин аст (агар вуҷуд дошта бошад), то кодонҳо ҳангоми дидани минтақаи ба қадри кофӣ хурд кашида шаванд. Агар ҷадвал нишон дода шуда бошад, параметри иловагии номи ҷадвал дар формати cdsSpec талаб карда мешавад.

Ҳолати расмии пешфарзро муайян мекунад. Параметрҳои itemBases, itemCodons, diffBases ва diffCodons танҳо дар сурате татбиқ карда мешаванд, ки суруд пайдарпайӣ дошта бошад, мувофиқи танзимоти baseColorUseSequence. GenomicCodons, itemCodons ва diffCodons танҳо дар сурате татбиқ карда мешаванд, ки агар трек дорои маълумоти CDS бошад, тавре ки танзимоти baseColorUseCds муайян кардааст.

НЕ БАРОИ ХАБХО. Ҳанӯз аз ҷониби bigBeds дастгирӣ намешавад

Ранги муқобилро интихоб кунед (ин одатан сафед аст) ё сабуктар Сояи ранг. Ин бояд ҳамон ранге бошад, ки барои матни асосӣ интихоб мешавад, агар корбар ба сатҳи асосӣ наздик карда шавад.

Тафовутҳои асосиро барои ҳама сатҳҳои масштаб нишон диҳед.

НЕ БАРОИ ХАБХО. Ҳанӯз аз ҷониби bigBeds дастгирӣ намешавад

Нишон додани эзоҳҳоро, ки фарқияти пойгоҳ ё кодонро таъкид мекунанд, танҳо дар сурате ки сатҳи кунунии масштаб аз basePerPixel (шино) зиёд набошад. showDiffBasesAllScales низ бояд танзим карда шавад, то ин муфид бошад.

НЕ БАРОИ ХАБХО. Ҳанӯз аз ҷониби bigBeds дастгирӣ намешавад

Нишон додани CDS барои роҳҳои PSL дар ҳама сатҳҳои масштаб.

НЕ БАРОИ ХАБХО. Ҳанӯз аз ҷониби bigBeds дастгирӣ намешавад

Ин параметрро (шино) барои муайян кардани ҳадди масофаи барои намоиши CDS барои роҳҳои psl истифодашударо истифода баред. Дар якҷоягӣ бо ин танзим, showCdsAllScales бояд фаъол карда шавад ва showDiffBasesMaxZoom бояд ба арзиши на бештар аз showCdsMaxZoom муқаррар карда шавад, то ин конфигуратсияи намоиш муфид бошад.

TODO: Мисолҳоро шарҳ диҳед, тавзеҳи вариантро васеъ кунед

Дар роҳҳое, ки эксонҳо ё блокҳоро дар дохили ашё нишон медиҳанд, тирҳои эксон ба корбар имкон медиҳанд, ки ба экзон/блоки навбатии берун аз тасвир гузарад. Ин параметрро барои намоиши тирҳои эксон ҳатто ҳангоми дар ҳолати зич будани суруд истифода баред.

НЕ БАРОИ ХАБХО. Ҷадвали иловагӣ бояд дар пойгоҳи додаҳои маҳаллӣ бошад.

Ин параметрро барои муайян кардани ҷадвале истифода баред, ки бо номи ашё индексатсия карда мешавад, ки дорои порчаи ихтиёрии HTML мебошад, ки дар саҳифаи тафсилоти ин ашё нишон дода мешавад. Сутунҳои дар ҷадвал пешбинишуда "name" ва "html" мебошанд.

Ададҳоро бо тасвирҳо пайваст кардан мумкин аст ва тасвирҳоро бо ин ду танзим намоён кардан мумкин аст. ItemImagepath роҳи URL-ро ба директория бо файлҳои тасвирӣ, ки дар формат ном доранд, муайян мекунад . . Ном аз ҷадвал ё файли маълумоти дурдаст гирифта мешавад. Ин тасвир дар саҳифаи ҷузъиёт нишон дода мешавад. Агар itemBigImagePath низ таъмин карда шуда бошад, пас пайванд ба тасвири калонтар дода мешавад. Агар роҳи пешниҳодшуда барои браузер маҳаллӣ бошад, пас роҳ бояд нисбӣ бошад.

Вақте ки корбар ашёеро бо номи фред клик мекунад, он гоҳ саҳифаи тафсилоти ҷузъ тасвирҳоро тасвирҳо/myTrackImages/fred.png нишон медиҳад ва инчунин истинод ба тасвири калонтарро дар http://bigImages.com/myTrackImages/fred.jpg пешниҳод мекунад. .

Бо нишон додани пайраҳаи ҳамоҳангсозии сершумор, саҳифаи тафсилоти ашё фарқияти ин ашёро дар як қатор намудҳо нишон медиҳад.

Барои роҳҳое, ки ҷузъҳои сершумори блокро ба монанди моделҳои ген пешниҳод мекунанд, одатан тирҳои экзони навбатӣ/қаблӣ дар браузер намоиш дода мешаванд. Функсияҳои ин тирҳои ночиз бо "маслиҳатҳои асбобҳо", ки ба "Exon Next" ва "Exon Exon" муқаррар карда шудаанд, тавсиф карда шудаанд. Агар блокҳо эксонҳоро ифода накунанд, шумо метавонед бо ин ду танзим матни нӯги асбобҳоро ба маълумоти мувофиқ танзим кунед.

Ҳангоми дидани ашёи инфиродӣ дар саҳифаи ҷузъиёти ашё, ин танзимро барои нишон додани рӯйхати баъзе ашёҳои баҳои баландтарин дар як минтақаи геном истифода баред. Минтақа координатаҳои равзанаи браузерро фаро мегирад. Ҳоло ин танзимот танзим карда намешавад.

Соддатарин формати кат, ки чизе ҷуз хромосома ва координатаҳои оғоз ва қатъ барои ҳар як банди кат нест. Ҳеҷ чиз барои танзим вуҷуд надорад.

Танзимоти навъи кат ва катҳои калон тақрибан якхелаанд. Дар ин ҷо, ҳарду танзимоти навъи трекро бо аввалин 6 майдони кати стандартӣ муайян мекунанд (то ришта ) ва бо майдонҳои иловагӣ пас аз ин 6 муайяншуда (бо аломати '+'). Танзимоти colorByStrand ҷузъҳои иловагиро ба ранги сурх, дар ҳоле ки ҷузъҳои минуси кабуд кабуд мебошанд.

Роҳи BigBed бо 8 майдони аввалини катҳои стандартӣ (тавассути thickEnd), ва майдонҳои иловагӣ нест. Дар '. 'ба Браузер мегӯяд, ки корбар метавонад ин сурудро танзим кунад. Филтрҳои холҳо ба таври возеҳ ба 700 бо нобаёнӣ эълон карда мешаванд ва диапазони муайяншудаи 100 - 1000 нишон медиҳад, ки дар зер арзиши 100 вуҷуд надорад. Ин мисол инчунин матни тавсифро кабуд ранг медиҳад ва спектр ё дараҷаи зулмотро дар асоси диапазони хол нишон медиҳад . Ҷузъҳои дорои хол ё 700 ё камтар ҳамчун сабуктарин ва ашёе, ки 900 ё бештар аз он доранд, ториктарин мебошанд. Ниҳоят, minGrayLevel кафолат медиҳад, ки сояи сабуктарин барои корбар намоён аст. Бешубҳа, арзиши '4' пас аз озмоиш бо намоиши браузер интихоб карда шуд.

Ин суруд аслан маҷмӯаи маҷмӯаи формати 6+3 мебошад, аммо он бо хусусиятҳои махсус барои ENCODE муайян карда шудааст. PValueFilter ба соҳае бо номи pValue дахл дорад, ки яке аз 3 майдони иловагӣ пас аз стандарти 6 мебошад.

Танзимоти навъи кат ва катҳои калон тақрибан якхелаанд. Дар ин ҷо, ҳарду танзимоти навъи сурудро бо 6 майдони аввалаи стандартӣ (то ришта) ва бо майдонҳои иловагии пас аз он 6 муайяншуда муайян мекунанд. Аҳамият диҳед, ки ҷузъҳои ришта сурх ранг карда шудаанд, дар ҳоле ки ҷузъҳои минуси кабуд кабуд мебошанд.

Роҳи bigBed бо аввалин 8 майдони кати стандартӣ (тавассути thickEnd) ва майдонҳои иловагӣ нест. Дар '. ' талаб карда мешавад, ки ба Браузер бигӯяд, ки корбар метавонад ин трекро танзим кунад. Филтрҳои холҳо ба таври возеҳ ба 700 ҳамчун пешфарз эълон карда шудаанд ва як диапазони иҷозатдодашудаи хол нишон медиҳад, ки арзишҳои поёнтар аз 100 арзиш надоранд. Ин мисол инчунин матни тавсифро ба кабуд мегузорад ва спектр ё дараҷаи торикиро дар асоси диапазони холҳо пешкаш мекунад. Ададҳои дорои холҳои 700 ё камтар сабуктарин ва ашёи дорои холи 900 ё бештар ториктарин мебошанд. Ниҳоят, сояи сабуктарин бо танзимоти minGrayLevel он қадар сабук нест. Бешубҳа, 4 пас аз озмоиш интихоб карда шуд, то бубинад, ки он дар браузер чӣ гуна аст.

Wig, bigWig ва bedGraph: Роҳҳои графикии сигнал

Маҷмӯи дигари намудҳои маъмултарини сурудҳо онест, ки сигнали зичиро дар баробари геном график мекунад. Граф метавонад як қитъаи зичии пайваста тағйирёфта бошад ё оне, ки сигнали зичиро танҳо дар баъзе минтақаҳо нишон медиҳад. Қадимтарин ва соддатарини онҳо формати парик аст. Ин намуд ҳамчун bedGraph такмил дода шуда, сипас ҳамчун bigWig хеле такмил дода шудааст. Гарчанде ки дар байни форматҳо фарқият вуҷуд дорад, ҳама назорати асосии конфигуратсияи графикро дастгирӣ мекунанд. Барои тавсифи муфассали ҳар як намуд ва чӣ гуна омода кардани онҳо барои намоиш дар Browser Genome лутфан ба FAQ нигаред.

BigWig: Роҳҳои графикии сигнал

Маҷмӯи дигари намудҳои маъмултарини мусиқӣ инҳоянд, ки сигнали зичиро дар баробари геном график мекунанд. Графика метавонад як қитъаи зичии пайваста тағйирёбанда бошад ё як сигнали зичро танҳо дар минтақаҳои муайян нишон диҳад. Барои марказҳои маълумот маъмултарин навъи треки сигнал bigWig аст. Барои тавсифи муфассали формати файли маълумоти дурдасти bigWig ва чӣ гуна омода кардани он барои намоиш дар Browser Genome лутфан нигаред: http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/bigWig.html.

Ҷадвалҳои MariaDB намуди wig ва файлҳои иттилоотии дурдасти навъи bigWig бояд диапазони сигнали пешбинишударо барои маълумот эълон кунанд.

Намунаҳоро дар поён овардан мумкин аст.

Файлҳои додаҳои дурдасти навъи bigWig бояд диапазони сигнали интизории маълумотро эълон кунанд.

Намунаҳоро дар поён овардан мумкин аст.

Роҳи навъи bedGraph дорои формати якхелаи файли кат аст, аммо ба пойгоҳи додаи MariaDB дар шакле бор карда мешавад, ки онро график кардан мумкин аст. Бо нобаёнӣ арзиши графикӣ майдони панҷуми кати стандартӣ мебошад, аммо шумо метавонед майдони дигареро барои истифода таъин кунед. Одатан танҳо 3 майдони аввалини кати стандартӣ дохил карда мешаванд ( chrom , start , stop ) ва майдони чорум арзиши сигналро дар бар мегирад. Треки bedGraph якчанд такмилдиҳии муҳимро нисбат ба треки парик пешниҳод мекунад. Дар трекҳои парик, арзиши сигнал ба як байт бурида мешавад, ки барои график муассир аст, аммо дар нигоҳдории маълумот ноком мешавад. Инчунин навъи парик дар ибтидо барои тирезаҳои андозаи собит тарҳрезӣ шуда буд, гарчанде ки вариантҳо илова карда шуданд. Навъи bedGraph барои равзанаи тағирёбанда ва муайян кардани арзишҳо ҳатто то сатҳи асосӣ имкон медиҳад. Барои возеҳ будан, роҳҳои bigWig мисли bedGraphs ҳамаҷонибаанд. Танҳо формати парик аз ин маҳдудиятҳо зарар мебинад.

Аз тарафи дигар, зичии нигоҳдории парик, махсусан варианти қадами собит, нисбат ба bedGraph хеле зичтар аст. Дар ҳолатҳое, ки маълумот танҳо барои намоиш пешбинӣ шудааст, 256 сатҳе, ки парик дастгирӣ мекунад, беш аз кофӣ аст. Барои қарорҳои сатҳи якхела ё ҳатто 10-пойгоҳ, bedGraph умуман амалӣ нест. Ҳамчунин дар хотир доред, ки парикҳое, ки ба bigWigs табдил дода мешаванд, ба дақиқии камшавии парикҳое, ки бевосита ба пойгоҳи додаҳо бор карда мешаванд, азоб намекашанд. BigWig дар асоси парикҳои собитшуда беҳтарин роҳи муаррифии графҳои зич дар болои геном мебошад.

Дар хотир доред, ки ҳудуди поёнӣ ва болоии сигнали bedGraph дар намуд эълон нашудааст, балки бо 2 танзимоти алоҳида, minLimit ва maxLimit эълон карда мешавад.

TODO: minLimit/maxLimitро бекор кунед.

Намунаҳоро дар поён овардан мумкин аст.

Вақте ки autoScale дар "сигнал" ба "фаъол" ё "гурӯҳ" таъин карда мешавад, ба таври илова муқаррар кардани alwaysZero ба "on" кафолат медиҳад, ки арзиши y = 0 ҳамеша намоиш дода мешавад. Стандарт: хомӯш.

Ин танзим барои ҳам намудҳои графикии трекҳо (wig, bigWig, bedGraph) ва ҳам трекҳои ҳарорати гармии Hi-C (hic) дастрас аст. Он барои ҳар як каме фарқ мекунад.

Барои роҳҳои графикӣ, графикаи маълумоте, ки дар тасвири браузер нишон дода шудааст, одатан дар меҳвари y дар координатаҳои мутлақ миқёс карда мешавад. Аммо, шумо метавонед маълумотро дар ду намуди autoScale намоиш диҳед, ки ё баҳои баланд дар равзанаи тамошои ҷорӣ дар болои график баланд мешавад ё ҳамаи трекҳо дар таркиб мувофиқи нуқтаи баландтарин дар равзанаи тамошои ҳама гуна роҳҳои намоён дар таркиби якхела. Мисли аксари танзимоти графикӣ, ин аз ҷониби корбар танзим карда мешавад. Танзими он ба "on" дар trackDb пешфарзии сурудро ба таври худкор ба намуди маълумот медиҳад. Танзими он ба "гурӯҳ" дар trackDb роҳро ба миқёси худкори гурӯҳ пешфарз мекунад. Нобаёнӣ "хомӯш" аст, ки сурудро барои танзими амудии тамошои амудӣ таъин мекунад.

ЭЗОҲ: Агар ин сигнали ғалоғула ба таври иштибоҳӣ аҳамиятнок бошад, ин имконот метавонанд гумроҳкунанда бошанд, зеро дар равзанаи намоиш сигнали баланд вуҷуд надорад. Опсияи "гурӯҳ" танҳо ба роҳҳои таркибии bigWig дахл дорад.

Барои роҳҳои Hi-C, холҳои баландтари ҳамкорӣ бо рангҳои шадидтар муаррифӣ карда мешаванд. Вақте ки ин танзим ба "хомӯш" муқаррар карда мешавад, холе, ки дар он ранг ба шиддатнокии ҳадди аксар мерасад, арзиши собитест, ки онро бо танзимоти saturationScore trackDb интихоб кардан мумкин аст. Вақте ки ин танзим ба "фурӯзон" муқаррар карда мешавад, холи ҳадди ниҳоии шиддат вобаста ба арзишҳо дар равзанаи тамошои ҷорӣ динамикӣ тағйир меёбад. Арзиши пешфарз барои ин танзим "фаъол" аст. Опсияи "гурӯҳ" барои autoScale барои трекҳои Hi-C дастрас нест.

Сигнал метавонад ҳамчун "нуқтаҳо", ки дар арзиши сигнал нишон дода мешавад, ё "бар"-и фосилаи пешфарзро пур кардан мумкин аст.

Ҳаҷми фазои тамошои амудӣ барои треки сигнали шумо бояд эълон карда шавад, гарчанде ки он аз ҷониби корбар танзим карда мешавад. Одатан он на бештар аз 100 пиксел ва на камтар аз 8 муқаррар карда мешавад, бо нобаёнӣ 16 ё 32 пиксел.

Браузер трекро ҳамчун 16 пиксел баланд нишон медиҳад, аммо корбар метавонад онро то 100 пиксел васеъ кунад.

Вақте ки маълумоти сигнал дар тасвири браузер пахш карда мешавад, тафсилоти сигнал дар равзанаи намоиши ҷорӣ нишон дода мешавад. Барои bigWigs, ки ба маълумоти дурдаст истинод мекунанд, агар тирезаи ҷорӣ калон бошад, дархост метавонад як амали хеле гарон бошад. Барои пешгирӣ кардани бори аз ҳад зиёди браузер, андозаи равзанаи дархост бояд маҳдуд бошад. Арзиши ин танзим андозаи максималии тиреза дар пойгоҳҳоест, ки барои додани рақамҳои муфассали сигнал бояд пурсида шаванд.

Арзишҳоро дар ҳаракат рад кунед, яъне маънои арзишҳои мусбат манфӣ мешавад ва баръакс. Ин барои ҷунбишҳое, ки транскрипсия ё дигар фаъолиятҳоро дар риштаи Крик муаррифӣ мекунанд, муфид аст. Огоҳ бошед, ки чархҳои дорои арзишҳои манфӣ дар altColor кашида мешаванд, на ранг ҳамчун арзишҳои мусбат.

НЕ БАРОИ ХАБХО. Танҳо барои роҳҳои парик.

Фосилаи нуқтаи маълумотро танҳо як фосилаи аввал дар ҷадвал ё рӯйхати фосила дар ҷадвали пурборшаванда таъин мекунад, ки шумо метавонед ин амалҳоро бо амалҳои зерин пайдо кунед: "фосила аз & lttable & gt group by span". Одатан spanList танҳо як аст, тавре ки мисол нишон медиҳад. Кам метавонад бештар вуҷуд дошта бошад:
"spanList 1,1000". Саъю кӯшишҳои махсус бояд ба ҷадвал барои мақсадҳои махсус бор карда шаванд.

Аксар вақт иттилооти сигнал ночиз аст, зеро барои як қатор асосҳо арзиши ягона дода мешавад. Графика метавонад маълумоти калонро ҳамвор созад ва дисплейро инъикоскунандаи биологияи воқеии он нишон диҳад. Арзиши ададии ин танзим муайян мекунад, ки барои ҳамвор кардан чӣ қадар маълумоти гирду атрофро истифода бурдан мумкин аст: шумораи калонтар, ҳамон қадар камтар кунҷҳо хоҳанд буд. Танзимот аз ҷониби корбар танзим карда мешавад. Стандарт: хомӯш.

Сигнали сурудро дар миқёси журнал бо ин танзимоти барои корбар танзимшаванда муаррифӣ кардан мумкин аст. Пешфарз: ҲЕҶ.

Маълумоти аз ҳама шавқовар дар треки графикӣ метавонад дар доираи танг мавҷуд бошад. Одатан, қиматҳои баланди берунӣ метавонанд графикро каҷ кунанд ва арзишҳои хеле паст метавонанд маълумоти ҷолибро нишон диҳанд. Барои муқаррар кардани диапазони тамошои пешфарз viewLimits -ро истифода баред. Ҳамчунин viewLimitsMax -ро ҳамчун ҳудуди берунии пешниҳодшуда истифода баред.

Ҳар як нуқтаи маълумоти аз 20 ё болотар аз он ҳамчун қуллаи график нишон дода мешавад. Нуқтаҳои маълумоте, ки аз 5 поёнтар нишон дода намешаванд. Гарчанде ки диапазони пурраи маълумот ба 100 мерасад, ин танзимотҳо нишон медиҳанд, ки холҳои 20 ё бештар аз ҳама муҳим ҳисобида мешаванд.

НЕ БАРОИ ХАБХО. Танҳо барои роҳҳои парик.

Минтақаҳои сигнали графикӣ метавонанд бо ранг равшан карда шаванд. Мизи хоб ва танзимоти рангро барои соя кардани минтақаҳои треки парик истифода баред.

Ҷадвали навъи кат "myBed" барои равшан кардани минтақаҳои сигнали графикӣ дар асоси холҳои ин ҷадвал истифода мешавад. Ҷадвал метавонад худ як роҳи намоён бошад ё танҳо бо мақсади равшан кардани треки сигнал вуҷуд дошта бошад.

Вобаста аз он, ки дар як тасвири браузер чӣ қадар як минтақаи геномӣ нишон дода мешавад, шояд ҷамъбасти сигнали воқеӣ лозим ояд. Ин танзимоти аз ҷониби корбар танзимшаванда назорат мекунад, ки чӣ гуна Браузер сигналро аз (масалан) 100 ё 100 ҳазор пойгоҳ то як пиксел коҳиш медиҳад. Бо нобаёнӣ, як пиксел маънои миёнаи маълумотро ифода мекунад, гарчанде ки ҳадди аксар ё ҳадди ақалро алтернатива нишон додан мумкин аст. Варианти иттилоотии бештар одатан маънои+мӯйҳост. Ин танзим миёна, ҳадди аксар ва як инҳирофи стандартиро аз миёна нишон медиҳад, ки бо сояафканӣ фарқ мекунад. Миёна ҳамчун сояҳои ториктарин, як stdDev болотар маънои каме сабуктар ва максимум ҳамчун сояи сабуктарин нишон дода мешавад. Ин сояҳои нозук метавонад ба зудӣ нишон диҳад, ки оё маълумоти конденсатсионӣ маълумоти муҳимро пинҳон мекунад, ки онро танҳо тавассути васеъкунӣ ба таври кофӣ арзёбӣ кардан мумкин аст.

Ҳангоми масофа кардан, ин суруд сигнали миёнаро нишон медиҳад, аммо соябандии холҳои баландтарро дар бар мегирад. Истифодабаранда метавонад ин танзимотро тағйир диҳад.

Дар баъзе координатаҳои собит y кашидани хат аз рӯи графики сигнали трек муфид буда метавонад. Инро бо гузоштани yLineOnOff ба "on" ва муайян кардани ҳамоҳангсозии y бо yLineMark иҷро кунед. Ин ду танзимот аз ҷониби корбар танзим карда мешаванд. Пешфарзҳо: хомӯш ва 0,0.

Аксар вақт бо ин танзимоти танзимшаванда gridDefault омехта мешавад, ки он дар тамоми треки шумо хатро дар y = 0 мекашад. Ин танзимот метавонад муфид бошад, агар набудани маълумот ба сигнали 0 баробар бошад.

Сигнал бо хати пешфарзии сифр дар сифр диаграмма карда мешавад, ки нишон медиҳад, ки ҳама холигии маълумот бояд ҳамчун сигнали сифрӣ тафсир карда шавад. Инчунин як хати баландии сигнали 2.5 мавҷуд хоҳад буд, ки метавонад барои таъкид кардани кадом қуллаҳои сигнал ба ин баландии муҳим интиқол дода шавад.

Ин трек аз ҷадвали MariaDB ва файлҳои дуӣ "wib" иборат аст, ки дар ҷадвал истинод карда мешаванд. Функсияи тирезаи пешфарз сигнали ҳадди аксар дар ҳар як равзана (дар зери ҳар як пиксел) нишон дода шудааст. Давраи пойгоҳҳое, ки ҳар як сатр дар ҷадвал фаро гирифта шудаанд, якхелаанд ва онҳоро аз сатри аввали ҷадвал ҷамъ кардан мумкин аст. Ҷунбиш дорои рангҳое мебошад, ки аз ҷониби мизи кат, myBed дода шудааст.

Ин сигнали формати bigWig дар файли маълумот нигоҳ дошта мешавад (ки он метавонад дурдаст бошад). Дар ин трек функсияи равзанаи иттилоотии бештари миёна+мӯй ба таври нобаёнӣ истифода мешавад ва сигнал дар намоиши тасвири браузер 32 пиксел баланд хоҳад буд. Дар хотир доред, ки гарчанде ки арзиши сигнал метавонад аз сифр камтар бошад, он қисми сигнал нишон дода намешавад. Браузер сатрро дар y = 0 ва сатри дигарро дар y = 15 нишон медиҳад, ки метавонад арзиши ин сигнал бошад. Роҳ бо ранги арғувон хоҳад буд.

Ин треки сигналии услуби bedGraph аз ҷадвали ададҳои MariaDB иборат аст, ки ҳар як хол дар сутуни чорум муайян карда шудааст. Ҳангоме ки треки чархзананда одатан аз тирезаҳои фосилавии собити сигнал иборат аст (масалан, 200 бит), ҷадвали bedGraph метавонад сигналро дар андозаҳои гуногуни тирезаҳо бо ё бе холигоҳ муайян кунад.

Ин сигнали формати bigWig дар файли маълумот нигоҳ дошта мешавад (ки он метавонад дурдаст бошад). Дар ин суруд функсияи бештар иттилоотии windows+whiskers бо нобаёнӣ истифода мешавад ва сигнал дар намоиши тасвири Browser 32 пиксел баланд хоҳад буд. Аҳамият диҳед, ки гарчанде ки арзиши сигнал метавонад аз сифр камтар бошад, он қисми сигнал нишон дода намешавад. Браузер як сатри y=0 ва дигареро дар y=15 намоиш медиҳад, ки метавонад барои ин сигнал арзиши ҳадди ақал бошад. Трек арғувон ранг карда мешавад.

GenePred: Моделҳои ген ва пешгӯиҳо

НЕ БАРОИ ХАБХО. (Ҳеҷ яке аз танзимоти ин бахш ба марказҳо татбиқ намешавад.)

genePred як варианти роҳҳои ба ашё асосёфта мебошад, ки махсусан барои намоиши моделҳои ген пешбинӣ шудаанд. Моделҳои генро дар катҳои навъи 12 ё bigBed 12 муаррифӣ кардан мумкин аст, аммо формати ҷадвали genePred барои тафсилоти бештар имкон медиҳад, ба монанди фарқи байни транскрипт, минтақаи рамзгузорӣ ва рамзгузорӣ ва экзонҳои ғайри рамзгузорӣ. Лутфан ба саволҳои FAQ барои маълумот дар бораи чӣ гуна омода кардани ҷадвалҳои genePred барои дохил кардан ба Browser Genome муроҷиат кунед.

Ин навъи трек, ки дар асоси ҷадвалҳои MariaDB, барои моделҳои генҳо ва пешгӯиҳо мебошад.

  • pepTable - Ҷадвали пайдарпайии сафедаҳо
  • mrnaTable - Ҷадвали намояндагии ихтиёрии mRNA

Дар хотир доред, ки имконоти гумшуда метавонанд бо ' пур карда шаванд. 'нуқта. Танзимоти иловагии дар зер тавсифшуда имкон медиҳанд, ки моделҳои генҳо ба синфҳо гурӯҳбандӣ карда шуда, рангҳо ва филтркунии моделҳо аз рӯи синфҳо имконпазир гарданд.

Намунаҳоро дар поён овардан мумкин аст.

Генҳоро бо мақсади ранг кардан ва филтр кардан ба синфҳо гурӯҳбандӣ кардан мумкин аст. Ҳилла ин аст, ки чӣ гуна ҳар як генро бо синфи худ пайваст кардан мумкин аст. GeneClasses -ро барои сохтани рӯйхати ҳамаи номҳои синфи генҳо, ки бо фазои сафед ҷудо карда шудаанд, истифода баред.

Барои синфи номбаршуда ранги RGB эълон кунед.

Ҷадвали MariaDB эълон кунед, ки дарсҳоро бо моделҳои генҳои номбаршуда пайваст кунад.

Ихтиёрӣ сутуни itemClassTbl эълон кунед, ки номҳои genePred -ро нигоҳ медорад.Пешфарз: ном.

Ихтиёрӣ сутуни itemClassTbl эълон кунед, ки синфро нигоҳ медорад. Стандарт: синф.

Дар ин суруди навъи genePred, моделҳои генҳои РНК ба 3 синф тақсим мешаванд, ки ранги сурх, сабз ё кабуд доранд. Ассотсиатсияи моделҳои генҳои номбаршуда дар ҷадвали genePred бо се синф дар ҷадвали "rnaType" муайян карда шудааст. Он ҷадвал намуди РНК -ро дар сутуни "rnaType" ва номи генро дар сутуни "rnaName" нигоҳ медорад.

Филтр кардани моделҳои генҳо аз рӯи сутуни ҷадвал ё ҳатто сутуни itemClassTbl тавассути ин танзимот имконпазир аст. Тавсифи пурраи ин танзимот мумкин аст дар бистари ёфт / танзимоти суруд дар асоси адад bigBed. Ин аст мисол барои истинод ба синф, ки дар ҷадвали муайянкардаи itemClassTbl ёфт шудааст. На ҳама намудҳои трек ҷадвалҳои истинодшудаи берунаро бо истифода аз filterBy ҳамчун навъи genePred дастгирӣ мекунанд. Аммо агар шумо рамзи CGI-ро, ки интихоби ҷадвалро иҷро мекунад, фаҳмед, пас filterBy метавонад ба интихоби SQL-и истифодашуда васеъшавии пурқувватро таъмин кунад.

Вақте ки моделҳои ген аз ҷадвали genePred барои намоиш дар браузер интихоб карда мешаванд, синфи онҳо низ аз ҷадвали "rnaTypes" интихоб карда мешавад. Истифодаи танзимоти filterBy қуттии рӯйхати афтанда барои корбарро аз 3 интихоб ё "ҳама" эҷод мекунад. Вақте ки корбар бо tRNA ва snRNA филтр мекунад (интихоби сабз ва кабуд), изҳороти SQL, ки аз ҷониби Браузер истифода мешавад, бо банди "where rnaTypes.rnaType in ('tRNA', 'snRNA')" маҳдуд карда мешавад.

Бо нобаёнӣ, тарҷумаи пешгӯишудаи протеин барои як модели ген тавлид мешавад, вақте ки корбар онро дар саҳифаи тафсилот дидан мекунад. Ин хусусият метавонад бо гузоштани худкортарҷума ба сифр баста шавад.

Роҳи genPred пайдарпаии сафедаҳои худкор тавлидшударо нишон намедиҳад, шояд аз он сабаб, ки ин трек барои генҳои РНК аст.

Ҳангоми кашидани моделҳои ген, дидани "тирҳои экзон" муфид буда метавонад, вақте ки транскрипт берун аз равзанаи ҷорӣ паҳн мешавад. Ин танзим, ки бо нобаёнӣ ба сифр аст, кафолат медиҳад, ки ин тирҳо кашида намешаванд, агар холигии интронии миёнаравӣ аз шумораи муқарраршудаи пойгоҳҳо камтар бошад.

Тирҳои экзонро накашед, вақте ки фосилаи байни экзонҳо 12 асос ё камтар аст.

Дар hgTables, ҳангоми интихоби майдонҳои баромад, ин ҷадвалҳои ба all.joiner алоқамандро ба таври нобаёнӣ намоиш диҳед.

Бо истифода аз ин танзим, шумо метавонед номҳои алтернативиро ба моделҳои гене, ки дар genePred мавҷуданд, пайванд кунед. Инро браузери ҷадвал барои сохтани истинод ба ҷадвалҳои дигар истифода мебарад.

ID дар сутуни номи ҷадвали маълумиGenes бо тахаллуси дар ҷадвали kgAlias ​​мавҷудбуда алоқаманд аст.

Дар версияҳои пайдарпайи моделҳои ген, метавонад харитаи генҳои кӯҳнаро ба моделҳои нави онҳо муфид бошад. Инро метавон бо пешниҳоди ҷадвали MariaDB анҷом дод, ки тағиротро харита мекунад ва сипас бо истифода аз ин танзим барои кафолат додани саҳифаи тафсилоти ген ҳама гуна тағиротро нишон медиҳад.

Версияи кӯҳнаи UCSC Genes ба тағиротҳое ишора мекунад, ки дар версияи навтар дида мешаванд.

Пайгирии модели ген бо синфҳои муайяншуда ва интихоби филтрҳо аз рӯи синфҳои рангоранг. Варианти рангкунии сатҳи асосиро қайд кунед.

Ин пайгирии пешгӯии генҳо дорои mRNA-ҳои намояндагии дар ҷадвали "mrna" мавҷудбуда алоқаманд аст. Дар саҳифаи тафсилот инчунин URL -и "AceView Gene Summary" мавҷуд аст.

Bam / cram: Ҳамоҳангсозии пайдарпаии фишурдашуда / Роҳҳои Харита

Формати bam/cram як формати фишурдашудаи маълумот барои ҳамоҳангсозии пайдарпай аст. Он барои дастрасии дурдасти тегҳои пайдарпайии баландсуръат беҳтарин аст ва формати аслии баромад барои баъзе ҳамоҳангсози пайдарпайии баландсуръат (HTS) мебошад. Формати маълумоти bam ҷуфтҳои файли додаҳо бо индекс дар файли алоҳида мебошад. Файлҳои CRAM версияҳои фишурдашудаи файлҳои BAM мебошанд, ки пайдарпаии истинод дохил карда нашудааст. Файлҳои CRAM бояд дар trackDb ҳамчун "bam type" номбар карда шаванд. Инҳо аксар вақт маҷмӯи маълумотҳои дурдаст мебошанд, ки дар сервери UCSC ҷойгир нестанд. Лутфан ба саҳифаи формати суруди BAM ё саҳифаи формати суруди CRAM ва вебсайти SAMtools муроҷиат кунед, то маълумот дар бораи чӣ гуна эҷод ва ҷойгир кардани ин файлҳои дурдасти додаҳо барои дохил кардан ба Browser Genome.

Танзимоти конфигуратсияро барои як намуди bam эълон мекунад. Агар танзимоти bigDataUrl дохил карда шуда бошад, он маълумот дар макони муайянкардаи он URL нишон дода мешавад. Дар акси ҳол, ҷадвали пойгоҳи додаҳо бо як сутуни fileName метавонад макони файли маҳаллӣ ё URL -ро муайян кунад. Агар ҷадвали пойгоҳи додаҳо сутуни seqName -ро дар бар гирад, барои ҳар як пайдарпаии монтаж файли BAM ё URLи дигарро муайян кардан мумкин аст.

Мисолро дар поён ёфтан мумкин аст.

Роҳҳои сершумори ранг кардани трекҳои бам барои равшан кардани ҷанбаҳои муайяни маълумот мавҷуданд. Ҳамаи инҳо аз ҷониби корбар танзим карда мешаванд.

  • strand: (Default) Ҳангоме ки бо ришта ранг карда мешавад, пойгоҳҳои номувофиқ бо ранги сурх равшан карда мешаванд, ҳамоҳангсозӣ дар қатори баръакс сурхи торик ва ҳамоҳангҳо дар қатори пеш кабуди торик мебошанд.
  • хокистарӣ: Ҳангоме ки дар хокистарранг ранг карда мешавад, ашё мувофиқи усули муайянкардаи bamGrayMode соя карда мешаванд: сифати ҳамоҳангӣ, сифатҳои асосӣ ё ақсои ҷуфтнашуда.
  • барчасб: Рангҳо дар "барчаспҳои аз ҷониби корбар муайяншуда" муайян карда мешаванд. SAM/BAM метавонад барчаспҳои аз ҷониби корбар муайяншударо дар бар гирад, ки номашон бо X, Y ё Z оғоз мешавад ва як ҳарф ё рақами дигарро дар бар мегирад. Теги корбаре, ки дар ин ҷо номбар шудааст, шиддатнокии сурх, сабз ва кабуд (RGB) -ро ҳамчун сатри сифрӣ қатъшуда (навъи барчаспаи Z), ки дорои сегонаҳои рақамҳои аз 0 то 255 бо вергул ҷудо шудаанд, муайян мекунад. Масалан, агар сабти SAM/BAM барчасби YC: Z: 255,0,0 -ро дар бар гирад, пас ашё бо ранги сурхи YC: Z: 0,0,255 ранг карда мешавад. Бо нобаёнӣ, тег "YC" аст, агар бо истифода аз танзимоти bamColorTag тағир дода шавад.
  • хомӯш: Ранги иловагӣ нест.

Вақте ки bamColorMode ба "хокистарӣ" таъин шудааст, шумо метавонед яке аз инҳоро таъкид кунед:

  • aliQual: (Стандарт) "Сифатҳои ҳамоҳангсозии" ашёҳо дар миқёси 0 (сабуктарин) то 99 (ториктарин) соя карда мешаванд. AliQualRange -ро барои муайян кардани диапазони пешфарз истифода баред.
  • baseQual: "Сифатҳои асосӣ" дар миқёси 0 (сабуктарин) то 40 (ториктарин) соя карда мешаванд. Барои муайян кардани диапазони пешфарз baseQualRange -ро истифода баред.
  • ҷуфт карда нашудааст: Ҳангоме ки "ақсои ҷудошуда" интихоб карда мешавад, ашёе, ки дар пайдарпаӣ ҷуфт карда шуда, аммо ҳамсараш харита нашудааст, хокистарӣ ранг карда мешавад, дар ҳоле ки синглтонҳо ва ашёҳои дуруст ҷуфтшуда сиёҳ ранг карда шудаанд.

Барои муҳокимаи ин арзишҳо ба тафсилоти формати SAM муроҷиат кунед.

Шумо инчунин метавонед маълумоти RGB -ро, ки бо барчасбҳои инфиродӣ дар дохили худи файли bam алоқаманд аст, истифода баред. Барои фаҳмидани он ки чӣ гуна арзишҳои RGB дохил карда шудаанд, ба ҳуҷҷатҳои SAM муроҷиат кунед. Вақте ки bamColorMode ба "тег" муқаррар карда мешавад, теги стандартии "YC" ҳамчун пешфарз истифода мешавад. Бо ин танзим пешфарзро бекор кардан мумкин аст.

Вариантҳои рангкунии бам ҳама аз ҷониби корбар дар дохили браузер танзим карда мешаванд. Агар маҷмӯи маълумотҳои bam -и шумо ягон барчаспҳои ранга надошта бошад, ин танзим бояд ворид карда шавад, то браузер имконоти рангкунии барчаспҳоро бо арзиши дарунсохти RGB пешниҳод накунад.

Бамро барои истифодаи схемаи рангкунии пешфарз дар асоси ҳамоҳангсозии рахҳо танзим мекунад. Ҳамзамон, треки бам имкони ранг кардани барчаспҳоро аз рӯи арзишҳои RGB пешниҳод намекунад, шояд аз он сабаб, ки ин бам арзиши RGB надорад.

Ин танзимот барчаспҳоро аз рӯи холҳои сифат таъкид мекунанд. Агар хол дар 80 ё болотар бошад, тег сиёҳ соя карда мешавад, агар он аз 20 камтар бошад, тег хокистарии хеле сабук соя карда мешавад.

Файли bam дорои арзишҳои RGB дар майдони YC мебошад, ки барои ранг кардани барчаспҳо истифода мешаванд.

Ба ашё ягон ранги махсус татбиқ карда намешавад.

Ҳар як теги bam -ро дар саҳифаи тафсилот бо пахш кардани он дар тасвири браузер нишон додан мумкин аст. Тафсилот бо нобаёнӣ холҳои сифатро дар бар мегирад. Агар ин холҳо барои ин бам мувофиқ набошанд, онҳо метавонанд аз саҳифаи тафсилот бо ин танзим хориҷ карда шаванд.

Тафовутҳои воридкунӣ ва нест кардани байни пайдарпаии барчаспҳо ва геноми истинодро бо истифодаи ин танзимот метавон таъкид кард. Ин интихобҳо метавонанд аз ҷониби корбар муқаррар карда шаванд.

  • indelDoubleInsert: Барои равшан кардани холигии ҳамоҳангсозӣ дар ҳарду ҳадаф (истинод) ва дархост (тег) бо сатрҳои дугона (=) истифода баред.
  • indelQueryInsert : Барои таъкид кардани замима дар пайдарпаии дархост танҳо бо кашидани хати амудии норанҷӣ ( | ) ё арғувонӣ ( | ) истифода баред. Хатҳои норанҷӣ минтақаҳои номувофиқро дар мобайни пайдарпай нишон медиҳанд ва арғувон минтақаҳоро дар охири пайдарпайии дархост таъкид мекунанд.
  • indelPolyA: Барои кашидани хати сабзи амудӣ (|) барои возеҳ сохтани як думи аз афташ эътибордошта истифода баред (|).

Вақте ки тасвири браузер ба дараҷае наздик карда мешавад, ки барчаспҳои инфиродӣ намоён мешаванд, барчаспҳоро дар файли bam филтр кардан мумкин аст, то танҳо онҳоеро нишон диҳанд, ки холҳои ҳадди ақали ҳамоҳангсозиро нишон диҳанд. Ин як танзимоти корбар аст. Пешфарз: 0.

Баъзе технологияҳои пайдарпайии баландсуръат тегҳои "охири ҷуфтшуда" -ро ба вуҷуд меоранд, ки ду сабти инфиродӣ бо номи онҳо пайваст мешаванд. Агар ин ҳолат бо маҷмӯи додаҳои шумо бошад, ин танзимотро дохил кунед.

Ҷустуҷӯ барои пайвастан ба ҷуфтҳои тегҳо аз рӯи ном бо масофаи максималӣ маҳдуд мешавад (пешфарз: 20,000 асос). Барои зиёд кардани эҳтимолияте, ки ҳарду хондан дар як ҷуфт пайдо мешавад, ҳатто вақте ки танҳо як хондан дар минтақаи дидашаванда мавҷуд аст, диапазони калонтарро истифода баред. Барои суръат бахшидани тасвир диапазони хурдтарро истифода баред.

Маълумот маҷмӯи барчаспҳои охири ҷуфтшударо дар бар мегирад. Миқдори максималии ҷустуҷӯ барои пайвастшавӣ ба ҷуфтҳои барчасп аз рӯи ном ба 5000 маҳдуд аст.

Вақте ки тасвири браузер ба сатҳе, ки тегҳои инфиродӣ дидан мумкин аст, калон карда мешавад, номи дархост барои ҳар як тег ба таври нобаёнӣ нишон дода мешавад. Барои пинҳон кардани ин ном, ин танзимро истифода баред.

Танзимоти doWiggle имкон медиҳад, ки маълумоти BAM ҳамчун графики сатр нишон дода шавад, ки баландии он ба шумораи хонишҳои ба ҳар як мавқеи геномӣ хариташуда мутаносиб аст. Тавассути ҳисобкунии динамикии ашё дар равзанаи ҷорӣ, ин хусусият як хати шабеҳи графикро мекашад, ки онро бо як қатор имконоти конфигуратсия дар асоси график, аз қабили кашидани хатҳои нишондиҳанда, қитъаҳои ҳамворкунӣ, танзими баландии график ва диапазони амудӣ, ва аз сутунҳо ба нуқтаҳо гузаштан. Лутфан таваҷҷӯҳ намоед, ки ин хусусият беҳтарин дар ҳолати & quotDisplay & quot quot пурра нишон дода шудааст ва миқёси пешфарз & quotDatain Data & quot & quotquoteo-миқёс барои дидани маълумот. & Quot

Маълумоти bam дар файли "barneysSon.bam", ки дар як макони дастрас ба интернет мавҷуд аст, нигоҳ дошта мешавад. Илова ба файли маълумот, файли индекси алоқаманд бояд дар ҳамон макон ҷойгир бошад. Файли индекс бояд ҳамон номеро бо файли додаҳо дошта бошад, ки ".bai" замима карда шавад (масалан barneysSon.bam.bai).

Psl: Ҳамоҳангсозии пайдарпайӣ

НЕ БАРОИ ХАБХО. (Ҳеҷ як танзимот дар ин бахш барои марказҳо дастрас нест, гарчанде ки эҳтимол аст, ки дастгирии марказ дар оянда илова карда шавад.)

PSL формати ҳамоҳангсозӣ мебошад, ки дар он маълумот одатан аз файлҳои аз ҷониби BLAT ё psLayout тавлидшуда гирифта мешавад. Барои гирифтани маълумоти иловагӣ дар бораи ин формат, лутфан ба ҳуҷҷатҳои FAQ ва BLAT муроҷиат кунед.

Роҳҳои навъи psl тавсифи зергурӯҳро талаб мекунанд: est, mrna, protein or xeno. Пешфарз, ки ҳамчун "." Муаррифӣ шудааст, mRNA -и муқаррарии инсон аст. Ҳангоме ки зергурӯҳи xeno интихоб карда мешавад, барои муайян кардани маҷмӯи намудҳои дигар параметрҳои иловагии иловагӣ таъин кардан мумкин аст. Агар мавҷуд бошад, ҳамоҳангиро бо хромосома бо ранг рамзгузорӣ кардан мумкин аст ва хромосома ва мавқеъ (дар килобазаҳо) дар нишони ҳамоҳангсозӣ нишон дода шудаанд.

Намунаҳоро дар поён овардан мумкин аст.

Ба маҷлис ва ҷадвале, ки дорои geneId ва мавқеи бо идентификатсия пайвастшаванда мебошад, blastRef -ро дохил кунед. Ин маълумот дар номи ашё нишон дода мешавад.

Барои роҳҳои psl аз xeno зергурӯҳҳо, мувофиқатҳоро бо нишон додани ҷойгиршавии онҳо дар намудҳои дигар ранг кардан мумкин аст. Ин танзимот бо нобаёнӣ фурӯзон аст, вақте ки намудҳои дигар дар танзимоти навъи psl нишон дода шудаанд. Ин танзимотро барои хомӯш кардани ранги хромосома ба таври нобаёнӣ истифода баред ва ба корбар интихоби фаъол кардани онро пешниҳод кунед.

Танзимоти пешакиро барои номгузорӣ кардани як маҷлис ва ҷадвале, ки дорои маълумотҳои пайдарпаии сафедаҳо барои ҳамоҳангсозии номбаршуда мебошад, истифода баред.

  • ҳама: Нишон додани нишонаҳои нуклеотид дар ҳама асосҳо.
  • гуногун: Танҳо фарқиятҳои асосиро қайд кунед.
  • нест: Ба корбар иҷозат диҳед, ки кадоме аз ду имконоти дигарро афзалтар интихоб кунад.

  • transMapInfo: Барои номгузории ҷадвал дар маҷлиси ҷорӣ, ки ҳамоҳангиро бо ассамблея ва хусусияти манбаъ мепайвандад, истифода баред.
  • transMapSrc: Барои номгузории ҷадвал дар маҷлиси намудҳои манбаъ, ки тафсилоти ҷойгиршавии манбаи хусусиятро дар бар мегирад, истифода баред.
  • transMapGene: Барои номгузорӣ кардани ҷадвали ҳамоҳангсозии номҳои генҳо дар намудҳои мувофиқ истифода баред. Дар хотир доред, ки ҷадвалҳое, ки барои намудҳои гуногун маъмуланд, бояд дар пойгоҳи додаҳои hgFixed гузошта шаванд.
  • transMapTypeDesc: Барои насб кардани нишона барои намуди харитаи харитасозӣ, ки ҳамоҳангсозиро дар бар мегирад, истифода баред.

Аҳамият диҳед, ки чанде аз ҷадвалҳои номбаршуда дар hgFixed мебошанд, ки он пойгоҳи додаҳоест, ки ҷадвалҳоро дар бар мегирад, ки онҳоро намудҳои гуногун ва маҷлисҳо мубодила мекунанд. Инчунин аҳамият диҳед, ки ҳамон ҷадвале, ки дар transMapGene номгузорӣ шудааст, дар ин мисол барои baseColorUseCds низ истифода мешавад.

Барои ҳамоҳангсозии тасвири ретротранспозитсия, ин танзимотро барои номгузории ҷадвал бо тафсилоти макони манбаъ истифода баред.

Дар ин мисоли генҳои ретропозитӣ, mRNA-и баркамол ба геном мувофиқ карда шудааст. Аҳамият диҳед, ки ҷадвали ucscRetroInfo мавҷуд аст, ки ҷойгиршавии генҳои интиқолнашударо тавсиф мекунад. Инчунин ба истифодаи танзимоти baseColor барои ранг кардани пайдарпаии рамзгузорӣ (CDS) аҳамият диҳед.

Дар ин мисоли пайдарпайии пайдарпайии сафедаҳо, ранги пайдарпайии мувофиқ сабз аст, дар ҳоле ки инделҳо (дар ин ҳолат интронҳо) бо зард таъкид шудаанд.

Ин намунаи барчаспҳои пайдарпай дорои ҳамоҳангсозии ранга хоҳад буд, ки бо шарофати "спектри фаъол" баҳо дода мешавад. Гарчанде ки роҳҳои psl ҳамчун қисми формат сутуни холҳо надоранд, хол дар асоси мувофиқатҳо ва номутобиқатӣ дар ҳамоҳангсозӣ тавлид карда мешавад. Соябандӣ боз ҳам нозуктар аст, зеро вазни ба замимаҳо додашуда вобаста аз мувофиқат ба як намуд ё намудҳои гуногун фарқ мекунад.

Ин суруди psl барои намудҳои хориҷӣ ё ҳамоҳангсозии "xeno" аст, дар ин ҳолат пайдарпаии як намуди моҳии ба инсон мутобиқшуда хонда мешавад.

Занҷир ва netAlign: ҳамоҳангсозии намудҳои ҷуфтшуда

НЕ БАРОИ ХАБХО. Ҳеҷ яке аз танзимоти ин бахш вуҷуд надорад.

Гарчанде ки форматҳои " chain " ва " netAlign " гуногунанд, онҳо аксар вақт барои нишон додани ду намуди гуногуни як маълумот ҷуфт карда мешаванд.

Роҳҳои занҷир ҳамоҳангсозии як намуди "дархост" -ро ба маҷмӯи геномҳои "ҳадаф" нишон медиҳанд. Масалан, панТро2-ро бо геноми hg19-и инсон мутобиқ кардан мумкин аст. Формати занҷир имкон медиҳад, ки холигоҳҳо дар ҳарду пайдарпай дар як вақт дошта бошанд. Вақте ки занҷирҳо дар браузер дида мешаванд, онҳо қуттиҳои мустаҳкамро барои ҳамоҳангсозӣ нишон медиҳанд, ки бо хатҳои ягона ё дугона ҷудо карда шудаанд. Сатрҳои ягона вақте пайдо мешаванд, ки воридшавӣ дар ҳадаф ё ҳазф дар намуди дархосткунанда рух медиҳад. Хатҳои дугона холигоҳҳоро дар ҳарду намуд нишон медиҳанд, ки метавонанд аз як қатор сабабҳо ба вуҷуд оянд (масалан, инверсия дар як намуд). Барои маълумоти бештар дар бораи формати "занҷир" лутфан ба http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/chain.html муроҷиат кунед.

Треки netAlign беҳтарин занҷирро барои ҳар як минтақа дар геноми мавриди ҳадаф муаррифӣ мекунад. Роҳи шабака занҷирҳои калонтарин ва баландтаринро нишон медиҳад, ки дар як минтақа ҷойгиранд. Вақте ки ин занҷирҳо холӣ доранд, онҳо метавонанд бо занҷирҳои иловагӣ пур карда шаванд, ки дар сатҳи поёнтар нишон дода шудаанд ва холигоҳҳо дар ин занҷирҳо метавонанд дар навбати худ дар сатҳи боз ҳам поёнтар пур карда шаванд. Ин сатҳҳо дар визуализатсияи таҷдиди геномҳо, ба монанди инверсияҳо ва унсурҳои ретропозитӣ кӯмак мекунанд. Барои гирифтани маълумоти бештар дар бораи формати netAlign, лутфан ба http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/net.html муроҷиат кунед.

Роҳҳои занҷираи намудҳо пайдарпаии пайдарпайиро аз як намуди дигар ба геномаи истинод нишон медиҳанд. Ин намуд талаб мекунад, ки пойгоҳи додаҳои васлкунии намудҳои дигар ҳам дар танзимоти намуд ва ҳам дар танзимоти "otherDb" номгузорӣ карда шавад.

Мисолро дар поён ёфтан мумкин аст.

Трекҳои навъи netAlign беҳтарин занҷирҳои ҳамоҳангсозии пайдарпайро аз намуди дигар ба геноми истинод нишон медиҳанд. Дар сатҳҳо, агар имконпазир бошад, холигоҳҳо пур карда мешаванд. Ин навъи махзани маҷмӯаи намудҳои дигарро талаб мекунад, ки ҳам дар танзимоти намуд ва ҳам дар танзимоти " otherDb " номгузорӣ шавад.

Мисолро дар поён ёфтан мумкин аст.

Бо нобаёнӣ занҷирҳо аз рӯи хромосомаи намудҳои дархостҳо ранг карда мешаванд. Инро бо ин танзим тағир додан мумкин аст. Се вариант инҳоянд:

  • Хромосома - пешфарз
  • Натиҷаи муқарраршуда - занҷирҳо аз рӯи хол ранг карда мешаванд
  • Сиёҳ - ҳеҷ гуна ранг ба амал намеояд

Ин танзим ба занҷир таъсир мерасонад, аммо ба роҳҳои навъи netAlign таъсир намекунад.

Танзими chainLinearGap бояд параметри " -linearGap "-ро инъикос кунад, ки дар axtChain барои тавлиди трек истифода мешавад. Он матритсаи холигии холҳои истифодашударо ифода мекунад ва инҳоянд:

Ин танзим барои роҳҳои ҳам занҷир ва ҳам намуди netAlign аст.

Танзимоти chainMinScore бояд параметри "-minScore" -ро, ки дар axtChain барои тавлиди суруд истифода мешавад, инъикос кунад. Он ҳадди холро барои занҷирҳо барои дохил шудан ба маҷмӯа ифода мекунад. Бо нобаёнӣ 1000. Ин танзим барои ҳам занҷирҳо ва ҳам роҳҳои навъи netAlign аст.

Занҷири додашуда ё суруди netAlign метавонад сутуни пуркардашудаи normScore дошта бошад ё надошта бошад. Агар сутун вуҷуд дошта бошад, он гоҳ арзиши онро дар саҳифаи ҷузъиёти браузер бо танзим кардани chainNormScoreAvailable ба ҳа нишон додан мумкин аст. Рангкунии ашё дар асоси холе, ки аз ҷониби танзимоти chainColor Normalized Score интихоб шудааст, инчунин талаб мекунад, ки ин параметр ҳа бошад.

Усули баҳодиҳӣ ва интихоби занҷирҳо ва тавлиди netAligns ба матритсаи хароҷот барои ивазкунии пойгоҳ такя мекунад. Матритсае, ки дар тавлиди ҳама гуна ҳамоҳангсозии ҷуфтшуда истифода мешавад, вобаста ба чизҳои монанди масофаи эволютсионӣ ва намудҳои ҷалбшаванда метавонад фарқ кунад. Матритсаи истифодашударо метавон бо истифода аз се элемент ба тавсифи HTML динамикӣ дохил кард:

  1. Тавсифи HTML бояд дар он аломати $matrix дошта бошад.
  2. Матритсаи истифодашаванда бояд бо ин танзимоти trackDb муайян карда шавад. Формати ин параметр андозаи чашмаки матритса мебошад, ки барои ҳамоҳангсозии ДНК 16 аст. Ин андоза бо фосила аз массиви бо вергул ҷудо кардашудаи ҳамаи арзишҳо ҷудо карда мешавад, зеро чашмакҳои матритса аз чап ба рост ва аз боло ба поён пур карда мешаванд .
  3. Танзимоти matrixHeader бояд барои муайян кардани тартиби гузаришҳои асосӣ дар матритса истифода шавад. Одатан он &ldquoA,C,G,T &ldquo аст.

Дар ин ҷо аломати $matrix, ки дар файли chainNet.html ёфт шудааст, бо матритсаи зерин иваз карда мешавад:

А$ CГ.Т.
А91-114-31-123
$ C-114100-125-31
Т.-31-125100-114
Г.-123-31-11491

Ҳам занҷир ва ҳам роҳҳои netAlign дар боло барои ҳамоҳангсозии намудҳои дархост/маҷмӯаи rheMac2 нисбат ба намуди мавриди ҳадаф муайяншуда, ки аз ҷониби пойгоҳи додаҳои ин trackDb ба он тааллуқ дорад (масалан, human/hg19) мебошанд. Азбаски треки netAlign ба маълумоти занҷири занҷир асос ёфтааст, он ба танзим дар намуди худ ишора мекунад. Ҳарду трек як матритса, chainMinScore ва танзимоти холигии хатиро истифода мебаранд. Усулҳои гурӯҳбандии ин ду трек дар як маҷмӯае, ки танзимоти мубодиларо баъдтар дар ин ҳуҷҷат тавсиф мекунанд.

WigMaf: Ҳамоҳангсозии сершумор

НЕ (ҳоло) барои HUBS. Ҳеҷ яке аз танзимоти ин бахш вуҷуд надорад.

Бо трекҳои навъи "wigMaf" ҳамсӯҳбатҳои чандкаратаро метавон намоиш дод. Трекҳои ин намуди воқеан метавонанд аз якчанд ҷадвалҳо ва файлҳои маълумот иборат бошанд. Танзимоти намуд як ҷадвали формати MAF -ро номбар мекунад (бо файли алоқаманд бо "maf" дар /gbdb). Танзимоти ихтиёрии "wiggle" як ё якчанд ҷадвалҳои формати парикро (бо файлҳои алоқаманд бо "wib"), ки дорои сигналҳои ҳифз мебошанд, номгузорӣ мекунад. Лутфан ба FAQ муроҷиат кунед, то дар бораи чӣ гуна омода кардани маҷмӯаи маълумотҳои формати ҳамоҳангсозӣ маълумот гиред.

Роҳи навъи wigMaf аз ҳамоҳангсозии формати MAF иборат аст (бо hgLoadMaf бор карда шудааст). Роҳ метавонад ихтиёрӣ як ё якчанд сигналҳои муҳофизатиро дар бар гирад. Сигналҳо бояд дар доираи ҳамон маълумоте бошанд, ки бо арзишҳои ҳадди ақал ва максимум дар танзимоти намуд муайян шудаанд.

Намунаҳоро дар поён овардан мумкин аст.

Роҳи wigMaf ё bigMaf метавонад тарҷумаи кодони генонро нишон диҳад. Чаҳорчӯбаи хониш метавонад дар байни намудҳо фарқ кунад. Бо пешниҳоди иттилооти фоторамкахо дар ҷадвали алоҳида, корбар метавонад ҳангоми дидани маълумот кадом кадрро истифода барад.Барои bigMaf арзиш бояд bigBed бошад, барои wigMaf он бояд миз бошад.

  • Хати ягона ' - ': Дар навъҳои мувофиқ асос надорад. Эҳтимол аз сабаби воридкунии хоси хоси байни блокҳои ҳамоҳангшуда дар геноми инсон ё несткунии хоси хоси байни блокҳои ҳамоҳангшуда дар намудҳои ҳамоҳанг.
  • Хати дукарата ' = ': Навъҳои ҳамворкунӣ дар минтақаи холигӣ ​​як ё якчанд пояҳои номувофиқ доранд. Эҳтимол аз сабаби дурии аз ҳад зиёди эволютсионӣ байни намудҳо ё инделҳои мустақил дар минтақа байни блокҳои ҳамоҳангшудаи ҳарду намуд.
  • Ранги зарду саманд: Навъҳои ҳамоҳангшуда дар минтақаи холигӣ ​​N доранд. Номуайянии муносибати байни ДНК -и ҳарду намудро инъикос мекунад, бинобар набудани пайдарҳамӣ дар қисмҳои дахлдори намудҳои ҳамоҳанг.

Ин назорат мекунад, ки агар номҳои намудҳо дар масири чандкарата бояд дар намоиши ҷуфт ҷуфт карда шаванд. Барои пешгирӣ кардани маҷбур кардани ҳарфи аввал ба ҳарфҳои хурд " noChange " -ро танзим кунед.

Намоиши wigMaf дар тасвири браузер маҷмӯи ҳамбастаи ҳамбастагии ҷуфт ба геноми ҳадаф мебошад. Бо истифода аз ин танзим, шумо метавонед баландии ҳар як сигнали ҷуфтро дар тасвир тағир диҳед.

Ин танзим, ки бо "фреймҳо" истифода мешавад, намудҳои пешфарзро барои чаҳорчӯбаи хондани кодон эълон мекунад.

Барои назорат кардан, ки кадоме аз ҳамоҳангҳои ҷуфткардашудаи пешфарз намоиш ё пинҳон карда мешаванд, истифода баред typesDefaultOff барои номбар кардани ҳамоҳангсозии намудҳо, ки намоиш дода намешаванд. Ҳар як намуд тавре ки дар файли MAF номида мешавад Organism номида мешавад, ба истиснои нуқтаҳо ва/ё ҷойҳо бо зерхатҳо иваз карда мешаванд (масалан, C. elegans -& gt c_elegans).

UseOrder -ро барои эълони тартиби ҳамоҳангҳои часпонидашуда истифода баред. Агар дар пайраҳаи шумо намудҳои зиёде вуҷуд дошта бошанд, шояд ба ҷои он танзимоти намудиGrupҳоро истифода бурдан маъно дорад.

Шумо метавонед рӯйхати "кладҳо" -ро барои гурӯҳбандии намудҳо дохил кунед. Ин хосият алтернативаи намудҳоиOrder аст, ки ҳангоми мавҷудияти намудҳо истифода мешавад. Ҳар як гурӯҳи намудҳо дар рӯйхат бояд танзимоти худро дошта бошад (sGroup_<group>), пас аз он рӯйхати намудҳо, ки барои намудҳоиOrder нишон дода шудааст, дошта бошад.

Яке аз ин ду алтернатива барои намоиши намудҳо интихоб кунед.

Хеле кам истифода мешавад, ин танзим метавонад намудҳои Тартиб ва намудҳои Гурӯҳҳоро иваз кунад. TypesUseFile -ро ба роҳи нисбат ба apache cgi-bin таъин кунед. Файл бояд номи як намудро ҳамчун калимаи аввали ҳар як сатр дошта бошад.

Ин танзим дорои ҷадвалест, ки дорои ҷадвали ҷамъбастии MAF ё url мебошад, ки ба bigBed -и дорои ин маълумот ишора мекунад. Намоиши ҷамъбастӣ вақте истифода мешавад, ки дисплейи браузер ба як миллион ё бештар пойгоҳҳои асосӣ наздик карда шавад. Ҷадвали ҷамъбастӣ аз файли бисёрҷонибаи MAF бо истифода аз хидмати hgLoadMafSummary сохта мешавад. Барои bigMaf, арзиши bigBed ҳисоб карда мешавад.

Дарахти филогенетикӣ метавонад барои нишон додани муносибатҳои намудҳо дар ҳамбастагии сершумор истифода шавад, бояд ҳамчун файли тасвир дохил карда шавад. Ин роҳ нисбат ба феҳристи тасвирҳои htdocs аст (одатан /тасвирҳо).

Ихтиёрӣ бо истифода аз ин танзимот ба дисплейи MAF зиёда аз як сигнали ҳифзшавиро дохил кардан мумкин аст. Вақте, ки шумо wiggles муҳофизатиро дохил мекунед, шумо инчунин метавонед танзимоти стандартиро барои назорати роҳҳои сигнали сигнал дохил кунед. Танзимот аз се қисм, сипас (ихтиёрӣ) маҷмӯи иловагии се иборат аст, ки ҳамаашон бо фазои сафед ҷудо карда шудаанд. Ҷадвали аввал пешфарз аст. LeftLabel барои префикси нишони "Омӯз" дар минтақаи чапи тасвири браузер истифода мешавад. UiLabel дар саҳифаи конфигуратсияи суруд нишон дода мешавад. Агар танҳо як ҷадвал номбар карда шуда бошад ва ягон нишона мавҷуд набошад, нишони пешфарзии "Conservation" намоиш дода мешавад. Тамғакоғазҳо ҷой дошта наметавонанд, аммо хатҳои зер (_) ба ҷойҳои намоиш тарҷума карда мешаванд.

Эзоҳ: мустақиман ҷуфт кардани сигналҳои ҳифз дар дохили треки wigMaf роҳи кӯҳнаи иҷрои корҳост. Ба корбарон додани назорати он чизе, ки онҳо дидан мехоҳанд, тавассути дохил кардани треки wigMaf ва трекҳои алоҳидаи навъи сигнал ҳамчун зергурӯҳҳо дар дохили треки таркибӣ осонтар аст. Ба тавсифи таркиби суруд дар зер нигаред.

Ин ҳамоҳангсозии бисёрҷонибаи 8-роҳ барои анҷумани инсонии hg17 бо дарназардошти ҷадвали ҷамъбастӣ, тасвири дарахтон ва як ҷадвали чархзании дорои холҳои ҳифзи 8 намуд муайян карда шудааст. Аҳамият диҳед, ки ҳамоҳангсозии ҷуфт барои се намуди охир бо нобаёнӣ хомӯш карда шудааст ва ҳар як масири ҷуфт баландии 10 пиксел хоҳад дошт. Бо нобаёнӣ якчанд намудҳо намоиш дода мешаванд, irows низ пешфарзро "хомӯш" мекунад, ки ин боиси тозатар мегардад. Азбаски ҷунбиши ҳифз вуҷуд дорад, барои ин сигнал танзимоти иловагӣ мавҷуданд.

Барои ин треки wigMaf ҳеҷ гуна ҳаракат муайян карда нашудааст. Дар ин мисоли воқеие, ки аз браузери hg19 Genome гирифта шудааст, якчанд сигналҳои муҳофизатӣ, ки дар якҷоягӣ бо ин ҳамоҳангии сершумор намоиш дода мешаванд, роҳҳои алоҳидаи навъи сигнал мебошанд, ки ҳамчун як қисми треки таркибии "Муҳофизат" муайян карда шудаанд (ба муҳокимаи композитҳо дар зер нигаред). Аҳамият диҳед, ки 46 намуд дар ин ҳамоҳангӣ бо истифода аз танзимоти "typesGroups" ба кладҳо тақсим карда шудаанд. Ҳар як клад танзимоти "sGroup"-и худро дорад, ки тартиботро дар дохили он эълон кунад (на ҳама намудҳо нишон дода шудаанд).

ExpRatio: Маълумоти ифодаи микроаррей

НЕ БАРОИ ХАБХО. Ҳеҷ яке аз танзимоти ин бахш вуҷуд надорад.

Гарчанде ки бисёре аз таҷрибаҳои микрорайон бо пайдарпаии пайдарҳамии баландсуръат (масалан, ChIP-seq) иваз карда шуда бошанд ҳам, якчанд пайроҳаҳои микроэлемент вуҷуд доранд. Ғайр аз он, дар бисёр мавридҳо таҷрибаҳои микроарравӣ метавонанд интихоби иқтисодӣ ё амалӣ бошанд. Маҷмӯи маълумот барои роҳҳои дарунсохти микроэлементҳо дар браузери Genome дар бистари 12+3 (кат 15) нигоҳ дошта мешавад, ки се майдони иловагиро дар бар мегирад: expCount, expIds ва expScores. Барои дуруст нишон додани дар браузери Genome, трекҳои микроаррей танзими якчанд атрибутҳоро дар файли trackDb, ки бо маҷлиси геномҳои трек алоқаманданд, талаб мекунанд. Ҳар як маҷмӯи микроэлементҳо бояд файли конфигуратсияи microarrayGroups.ra дошта бошад, ки дорои маълумоти иловагӣ дар бораи ҳар як массив бошад. Лутфан ба бахши треки микроаррейи genomewiki UCSC муроҷиат кунед, то маълумот дар бораи чӣ гуна омода кардани трекҳои микроаррей. Аз ҷумла, ин ҳуҷҷат формати файли groupings.ra -ро тавсиф мекунад, ки бояд бо як суруд expRatio алоқаманд бошад.

Эзоҳ: Форматҳои маълумоти expRatio барои навъи factorSource дубора истифода мешаванд.

Маълумоти микросхема дар браузер бо роҳҳои навъи expRatio намоиш дода мешавад. Навъи танзимоти иловагӣ талаб мекунад: expScale, expStep ва гурӯҳбандӣ.

Мисолро дар поён ёфтан мумкин аст.

Агар маълумоти микроаррей дорои модели ген ё блокҳои дохили ҷузъҳо бошад, пас маълумотро бо гузоштани expDrawExons ба фаъол ҳамчун экзонҳо ва интронҳо дидан мумкин аст. Танзимот аз ҷониби корбар танзим карда мешавад.

Миқдори қадам ба миқёси ифодаи намоён. Рақами мудавваре, ки ба expScale наздик ба 8 тақсим мешавад, беҳтарин аст.

Ин танзим номи ҷадвалро дар пойгоҳи умумии hgFixed, ки дорои номҳои таҷрибаҳо ва ғайра мебошад, муайян мекунад.

TODO: Намедонам, ки ин дар коди C аз куҷо хонда мешавад.

Маҷмӯи маҷмӯи microarray бояд ба маҷмӯи муайяни конфигуратсияҳо барои бор кардан аз файли microArrayGroups.ra муроҷиат кунад. Лутфан ба дастурҳои муфассал оид ба ҷойгиршавии ин файл ва формати он ба бахши пайгирии микроорреи genomewiki UCSC муроҷиат кунед. Танзимоти "гурӯҳбандӣ" -ро истифода баред, то ба як банди калидии "ном" дар ин файл ишора кунед.

Ин маҷмӯаи маълумотҳои хурд ба гурӯҳҳое ишора мекунад, ки дар мисоли "gnfHumanAtlas2Groups" -и makeDb/hgCgiData/Human/microarrayGroups.ra муайян шудаанд.

SnpNNN: зерсинфи махсуси BED 6 барои вариантҳои dbSNP

НЕ БАРОИ ХАБХО. Ҳеҷ яке аз танзимоти ин бахш вуҷуд надорад.

Ин варианти махсуси кат 6, ки бо номи ҷадвал муайян карда шудааст, барои зербахши UCSC dbSNP, пойгоҳи додаҳои NCBI оид ба вариантҳои кӯтоҳмуддати генетикӣ мебошад.

Маҷмӯи dbSNP -и UCSC -ро метавон ҳамчун "кат 6 + 19" тавсиф кард ва бо як раванди мураккаб оғоз шуда, аз зеркашии якчанд файлҳои партови пойгоҳи додаҳо ва файлҳои fasta аз dbSNP оғоз шуда, бо эҷоди snp хотима меёбад.NNN ва якчанд ҷадвалҳои маълумоти ёрирасон. Ин намуд ҳамчун навъи суруди фармоишӣ дастгирӣ намешавад.

Агар занҷирҳо/тӯрҳо барои муайян кардани аллели маҷмӯаи истинодҳои шимпанҷ дар маконе, ки ба SNP-и инсон гомологӣ доранд, истифода шуда бошанд, ин муайян мекунад, ки кадом маҷмӯаи геномҳои шимпанҷ истифода шудааст, масалан. panTro2.

Агар занҷирҳо/тӯрҳои шимпанза ва резус макаку барои муайян кардани аллели истихроҷи шимпанза ё макаку дар маконе, ки ба SNP -и инсон яксон аст, истифода мешуданд, ин ҷадвали пойгоҳи додаҳоро, ки аллелҳои хариташударо дар бар мегирад, муайян мекунад.

Агар занҷирҳо/тӯрҳои шимпанз, орангутан ва резус макаку барои муайян кардани аллели истихроҷи шимпанза/орангутан/макака дар маконе, ки ба SNP -и инсон яксон аст, истифода мешуданд, ин ҷадвали пойгоҳи додаҳоро, ки аллелҳои хариташударо дар бар мегирад, муайян мекунад.

Эҳтимол, бекор карда мешавад. Ин тамғаи матниро барои нишон додани пешгӯиҳои & lttable & gt оид ба таъсири SNP ба генаи протеин-код муайян мекунад.

Эҳтимолан хориҷ карда шаванд. Ин як ё якчанд ҷадвалро муайян мекунад, ки дорои пешгӯиҳои таъсири SNP ба генҳои рамзгузори сафеда мебошанд.

Саҳифаи тафсилоти SNP метавонад таъсири пешбинишудаи функсионалии генро аз ҳама гуна треки genePred нишон диҳад. Азбаски аксар вақт трекҳо ва моделҳои зиёди ген мавҷуданд, пешгӯӣ аз модели генҳои истифодашуда вобаста хоҳад буд. Истифодабаранда имконият дорад, ки аз дастрасҳои дастрас интихоб кунад, аммо ин танзим як треки пешфарз ё пайроҳаҳоро барои пешгӯиҳо муқаррар мекунад.

dbSNP ба ҳар як вариант вазни 1, 2 ё 3 медиҳад, вобаста аз он ки чанд пайдарпаии паҳлӯҳои паҳлӯи як вариант ба геном доранд. Агар ин ба 1 муқаррар карда шуда бошад, танҳо бо нобаёнӣ танҳо вариантҳои беназири харита намоиш дода мешаванд. Агар 2 бошад, танҳо вариантҳо ва вариантҳои ба таври беназир хариташуда бо шумораи ками харитасозии такрорӣ намоиш дода мешаванд. Агар 3 бошад, ҳамаи вариантҳо новобаста аз вазн нишон дода мешаванд. Эзоҳ: баъзе ҷадвалҳо ба монанди snpНННУмумӣ ва snpNNNПарчамбаршуда танҳо вариантҳои беназири харитаро дар бар мегирад, аз ин рӯ ин танзим ба ин ҷадвалҳо таъсир намерасонад.

Саҳифаи тафсилоти SNP ID-и SNP-ро дар ҷадвалҳои пайгирии HapMap ҷустуҷӯ мекунад, ки номҳо ва мундариҷаи гуногун доранд, вобаста аз он ки онҳо аз маълумоти HapMap марҳилаи II ё HapMap III фаза бор карда шудаанд. (Ин танзимро трекҳои HapMap SNPs низ истифода мебаранд.)

Агар занҷирҳо/тӯрҳои макака барои муайян кардани аллели истинод ба макела дар маконе, ки ба SNP -и инсон яксон аст, истифода мешуд, ин нишон медиҳад, ки кадом маҷмӯи геномаи макако истифода шудааст, масалан. rheMac2.

Агар занҷирҳо/шабакаҳои орангутан барои муайян кардани аллели истинодҳои орангутан дар маконе, ки ба SNP -и инсон яксон аст, истифода мешуданд, ин нишон медиҳад, ки кадом маҷмӯи геномҳои орангутан истифода шудааст, масалан. ponAbe2.

Ин ҷадвали ёрирасонеро нишон медиҳад, ки дорои тавзеҳоти хосиятҳои ғайриоддии вариантҳо мебошад. Ин танзимот танҳо ба версияҳои пеш аз сохтани dbSNP 132, ки аз сохти 132 оғоз мешавад, дахл дорад, истисноҳо ба snp асосӣ дохил карда шудаанд.ННН ҷадвал ва мизи ёрирасон дигар лозим нест.

Ин ҷадвали ёрирасонеро муайян мекунад, ки калимаҳои истисноиро ба тавсифи як ҷумла муттаҳид мекунад.

Ин ҷадвали ёрирасонро муайян мекунад, ки идентификаторҳои вариантҳоро барои офсетҳои файл, ки дар онҳо пайдарпайии паҳлӯ нигоҳ дошта мешаванд, харита мекунад.

Ин файли ёрирасонро муайян мекунад, ки пайдарпайии паҳлӯи ҳар як намояндаи варианти пешниҳодшудаи SNP-ро дар бар мегирад.

Ин трек вариантҳоро аз dbSNP build 135 бо басомади хурди аллели (MAF) на камтар аз 1% намоиш медиҳад. Ҷуброни файли пайдарпаии паҳлӯӣ аз ҷадвали snp135Seq меояд, тавсифи хосиятҳои ғайриоддӣ аз ҷадвали snp135ExceptionDesc гирифта мешавад ва таъсири вариантҳо ба генҳои рамзгузории протеин нисбат ба ҷадвали маъруф нишон дода мешавад Gen (track UCSC Genes) бо нобаёнӣ. Агар минтақаи дидашаванда зиёда аз 10,000,000 ҷуфти асосӣ бошад, маълумот бор карда намешавад ва кашида намешавад.

VcfTabix: Формати зангҳои тағирёбанда аз рӯи tabix

Format Call Variant (VCF) формати матнии ба сатр нигаронидашудаи чандир ва васеъшаванда мебошад, ки аз ҷониби Лоиҳаи 1000 Genomes барои баровардани вариантҳои ягонаи нуклеотидҳо, инделҳо, вариантҳои рақами нусхабардорӣ ва вариантҳои сохтории аз ҷониби лоиҳа кашфшуда таҳия шудааст. Формат баъдан аз ҷониби дигар лоиҳаҳои калон қабул карда шуд. Вақте ки файли VCF бо истифода аз tabix фишурда ва индексатсия карда мешавад ва сипас ба веб дастрас карда мешавад, браузер танҳо қисмҳои файлро барои намоиш додани ҷузъҳо дар минтақаи дидашуда мегирад. Ба ибораи дигар, ин формати файли додаҳои дурдаст, мисли форматҳои BAM, bigBed ва bigWig мебошад. Лутфан ба саҳифаи формати суруди VCF ва tabix муроҷиат кунед, то тавсифи пурраи тарзи омода кардан ва намоиш додани маълумоти VCF.

Агар танзимоти bigDataUrl дохил карда шавад, маълумот дар маҳалли муайянкардаи ин URL нишон дода мешавад. Дар акси ҳол, ҷадвали пойгоҳи додаҳо бо як сутуни fileName метавонад макони файли маҳаллӣ ё URL -ро муайян кунад. Агар ҷадвали пойгоҳи додаҳо сутуни seqName -ро дар бар гирад, барои ҳар як пайдарпаии монтаж файли VCF ё URLи дигарро муайян кардан мумкин аст.

Мисолро дар поён ёфтан мумкин аст.

Агар файли VCF сутунҳои генотипро барои ҳадди аққал ду нафар дар бар гирад, пас намоиши навъбандии гаплотип бо нобаёнӣ фаъол аст. Ин хосиятро барои хомӯш кардани он истифода бурдан мумкин аст, агар хоҳиш дошта бошед, масалан, агар генотипҳо марҳила ба марҳила гузаронида нашуда бошанд ва қисми зиёди генотипҳо гетерозигот бошанд. Маълумоти бештарро дар бораи дисплейи ҷудокунии гаплотипҳо дар ин ҷо пайдо кардан мумкин аст.

  • centerWeighted: Барои организмҳои диплоид, ин ду гаплотипро аз ҳар як намуна ҷудо мекунад ва ҳама гаплотипҳоро аз рӯи шабоҳатӣ, ки аз рӯи наздикӣ ба варианти марказӣ вазн карда шудааст, ба таври динамикӣ кластер мекунад. Дарахти кластерӣ дар майдони нишони чап кашида мешавад. Ин барои генотипҳои марҳилавӣ беҳтар кор мекунад.
  • fileOrder: Генотипҳо бо тартиби дар файли VCF пайдо шуданашон нишон дода мешаванд.
  • дарахти файл url : Генотипҳо бо тартиби пайдоишашон нишон дода мешаванд url , файли дарахти форматкардаи Нюик, ки идентификаторҳои гиреҳи баргҳо ба ID и сутуни генотип дар файли VCF шабеҳанд. Дарахт дар майдони нишони чап кашида мешавад.
  • altOnly : аллели истинод сафед (ноаён), аллели алтернативӣ сиёҳ аст. Ин гаплотипҳоро бо аллелҳои алтернативӣ таъкид мекунад. (пешфарз)
  • функсия: Агар танзимоти geneTrack низ пешбинӣ шуда бошад, пас аллели истинод сафед аст (ноаён) ва аллели алтернативӣ сурх аст, агар вариант пайдарпаии сафедаи генро тағир диҳад, агар вариант дар дохили як ген афтад, аммо пайдарпаии сафедаро тағир надиҳад, кабуд, агар вариант ба UTR-и як гени рамзбандии протеин ё ба як гени рамзгузоришаванда афтад ва сиёҳ агар интроникӣ ё интергенӣ бошад.
  • refAlt: аллели истинод кабуд аст, аллели алтернативӣ сурх аст.
  • асос: A сурх, C кабуд, G сабз ва T гулафшон аст.

Ин барои истифода бо функсияи hapClusterColorBy аст, он роҳи генро барои истифода ҳангоми муайян кардани таъсири функсионалии ҳар як вариант муайян мекунад.

Фарз мекунем, ки hapClusterEnabled дуруст аст, ин шакли кластерҳои баргҳоро дар тарафи рости дарахт назорат мекунад (яъне хатҳое, ки барои нишон додани гурӯҳҳои гаплотипҳои якхелаи маҳаллӣ): секунҷа барои шакли & lt (пешфарз), росткунҷа барои [шакл.

Рӯйхати майдонҳо аз файли асоси bigBed, ки метавонад ҳамчун нишона истифода шавад. Арзиши махсусро ҳеҷ кас муайян карда наметавонад, агар ягон тамға лозим набошад.

Рӯйхати майдонҳо аз файли асоси bigBed, ки бояд ҳамчун нишона аз рӯи нобаёнӣ истифода шаванд. Танҳо дар сурате татбиқ карда мешавад, ки labelFields таъин карда шавад. Агар defaultLabelFields таъин нашуда бошад, майдони аввал дар labelFields ҳамчун пешфарз истифода мешавад. Агар ягон нишона пешфарз набошад, арзиши махсусро ҳеҷ кас муайян кардан мумкин нест.

Як ё якчанд аломат барои истифода ҳамчун ҷудокунандаи майдон байни тамғакоғазҳои сершумор. Хати слэш (/) ба таври нобаёнӣ, ин сатр метавонад дар атрофи он нохунакҳои дукарата дошта бошад, агар дар он фосилаҳои сафед дошта бошанд.

Паҳнои максималии (дар асосҳо) тирезае, ки дар он halSnake SNP -ро дар байни истинод ва намудҳои дигар нишон медиҳад.

Фарз мекунем, ки hapClusterEnabled дуруст аст, ин баландӣ бо пикселҳои дисплейи ҷудокунии гаплотипҳоро муайян мекунад.

Агар true бошад, вариантҳое, ки сутуни QUAL дорои арзиши камтар аз танзимоти minQual мебошанд, намоиш дода намешаванд.

Фарз мекунем, ки applyMinQual дуруст аст, ин арзиши ҳадди ақали QUAL барои намоиши вариант лозим аст.

Ҳадди ақали басомади аллели хурд барои намоиши вариант зарур аст. Бо нобаёнӣ ин 0.0 аст (яъне намоиши ҳамаи вариантҳо).

Опсияҳои ФИЛТРРО, ки бо нобаёнӣ барои роҳҳои VCF дастрасанд, фаъол/хомӯш кунед

Имконоти филтркунии QUAL -ро, ки бо нобаёнӣ барои трекҳои VCF дастрасанд, фаъол/хомӯш мекунад

Опсияҳои филтри Frequency Minor Allele -ро, ки бо нобаёнӣ барои роҳҳои VCF дастрасанд, фаъол/хомӯш мекунад

Маълумот барои ин треки VCF дар файли дурдасти "myVcf.gz" нигоҳ дошта мешавад. Ин файл бо файли индекси аз ҷониби tabix тавлидшуда бо номи "myVcf.gz.tbi", ки дар ҳамон макони дурдаст пайдо шудааст, ҷуфт карда шудааст.

VcfPhasedTrio: VCF+tabix бо метамаълумоти иловагӣ

Пас аз омода кардани файли VCF тавре ки дар бахши VCF қайд шудааст, агар маълумоти шумо дорои маълумот дар бораи трио бошад, шумо метавонед намуди треки vcfPhasedTrio-ро барои ба даст овардани намоиши гаплотип истифода баред. Барои маълумоти бештар дар бораи ин намоиш, лутфан ба ҳуҷҷатҳои VCF Trio барои шарҳи пурраи намуди суруд vcfPhasedTrio нигаред.

ID сутуни VCF генотипи намунаи & quotchildchild & quot; пас аз ихтиёр аломати & quot; & quot; тахаллус барои намоиш. Ин намуна, агар волидон низ муайян карда шаванд, гаплотипи марказӣ мешавад.

Рӯйхати вергул ҷудошуда (бе ягон фосила) рӯйхати сутуни генотипи VCF аз "parents", пас аз ихтиёрӣ бо аломати "|" ва тахаллус барои намоиш. Ин параметр оптималӣ аст ва як ё ҳарду волидонро дастгирӣ мекунад.

Ба ҷои ID аз VCF, намоиш тахаллусҳоро ҳамчун тамғаҳои пешфарз барои ҳар як хати haplotype истифода барад.

Маълумот барои ин треки VCF дар файли дурдасти "myVcf.gz" нигоҳ дошта мешавад. Он файл бо файли индекси бо табик тавлидшуда бо номи "myVcf.gz.tbi" дар ҳамон макони дурдаст ҷуфт карда мешавад. "NA123456" ID яке аз сутунҳои Генотип дар VCF аст ва гаплотипҳои волидайн нисбат ба монандии онҳо ба ин намуна нишон дода мешаванд.

PgSnp: Формати шахсии геноми SNP

НЕ БАРОИ ХАБХО. (Ҳеҷ яке аз танзимоти ин бахш ба марказҳо татбиқ намешавад.)

Ин формат барои намоиши SNP аз геномҳои шахсӣ истифода мешавад. Он барои пайгирии вариантҳои геномӣ ва вариантҳои популятсия истифода мешавад. Лутфан ба FAQ муроҷиат кунед, то дар бораи чӣ гуна омода кардани маҷмӯи маълумотҳои геномии SNP маълумот гиред.

Роҳҳои навъи Genome SNP аслан дар формати "кат 4 + 3" мебошанд. Сутуни чорум, ном бо як ё якчанд вариантҳо (аз ҷумла дохилкунӣ ва несткунӣ), ки бо ' /' аломат ҷудо карда шудааст, пур карда мешавад. Сутуни панҷум шумораи вариантҳои дар сутуни ном мавҷудбударо дар бар мегирад, дар ҳоле ки сутунҳои шашум ва ҳафтум мутаносибан басомадҳо ва холҳоро бо вергул ҷудо мекунанд. Файлҳои дар ин формат метавонанд ба MariaDB бо hgLoadBed бо истифода аз схемаи "pgSnp.sql" бор карда шаванд.

Тасвири браузер вариантҳоро ҳамчун қуттиҳои ҷамъшуда нишон медиҳад, ки басомади ҳар як вариантро нишон медиҳанд, агар ин маълумот дар ҷадвал бошад. Саҳифаи тафсилот барои ҳар як ҷузъи вариант ҳама тағироти аминокислотаро ҳисоб мекунад, агар вариант дар минтақаи рамзгузорӣ бошад.

Барои сурудҳои фармоишӣ дастгирӣ намешавад

Ҷадвали ёрирасон бо эҳтимолияти зарари вариантӣ ба сафедаҳо аз polyPhen.

Барои сурудҳои фармоишӣ дастгирӣ намешавад

Ҷадвали ёрирасон бо эҳтимолияти зарари вариантӣ ба сафедаҳо аз SIFT.

SNP -ҳои геномии шахсӣ пайгирии полиморфизмҳои як нуклеотидро аз геноми истинод пайгирӣ мекунанд.

AltGraphX: Роҳҳои алтернативии пайвасткунии генҳо

Моделҳои генӣ бо пайванди алтернативӣ метавонанд дар Браузер бо ин намуди трек намоиш дода шаванд. Он ғайр аз танзимоти маъмулӣ ҳеҷ гуна танзимоти trackDb -ро дастгирӣ намекунад.

Моделҳои алтернативии буридани генҳо, ки барои нишон додани фарогирии геном истифода мешаванд.

Роҳи алтернативии пайвасткунии Институти биологияи Швейтсария як истиноди беруниро тавассути танзимоти URL таъмин мекунад. Аммо истилоҳи воқеии "тромер" дар арзиш бо натиҷаҳои дархост ба ҷадвали sibTxGraph пур карда мешавад. Бо танзимоти кофии норавшан, Браузер корҳои нозукро анҷом медиҳад.

BedDetail: Матни дароз бистари суруд

Ин тамдиди формати BED аст. Тафсилоти BED аз 4 то 12 сутуни формати BED ва инчунин 2 майдони иловагиро истифода мебарад, ки барои такмил додани саҳифаҳои тафсилоти трек истифода мешаванд. Аввалин майдони иловагӣ ID мебошад, ки онро метавон ба ҷои майдони ном барои эҷоди истинодҳо аз саҳифаҳои тафсилот истифода бурд. Майдони дуввуми иловагӣ тавсифи ашё мебошад, ки метавонад тавсифи дароз бошад ва метавонад аз html, аз ҷумла ҷадвалҳо ва рӯйхатҳо иборат бошад.

Формати навъи бистари васеъ, ки дорои тавсифи матнӣ дар ҷадвал барои ҳар як ашё ҷойгир карда шудааст. Формат метавонад аз 4 то 12 сутуни катии стандартӣ ва ду сутуни иловагӣ фарқ кунад. Шумораи сутунҳо (аз ҷумла 2 сутуни мушаххаси bedDetail) бояд дар танзимоти намуд истилоҳи "bedDetail" -ро риоя кунанд.

Мисолро дар поён ёфтан мумкин аст.

Ин bedDetail дорои тафсилот барои ҳар як ҷузъи барои намоиши HTML форматшуда мебошад. Илова бар ин, ҳар як адад дорои "id" аст, ки аз "ном" фарқ мекунад ва он id дар URL-и истиноди беруна, ки дар саҳифаи тафсилоти ашё нишон дода шудааст, истифода мешавад.

ClonePos: Роҳҳои фарогирии геном

Ин як суруд формати махсусест, ки танҳо барои нишон додани фарогирӣ дар геномҳои инсон истифода мешавад. Он ғайр аз танзимоти маъмулӣ ҳеҷ гуна танзимоти trackDb -ро дастгирӣ намекунад.

Роҳи махсусе, ки барои нишон додани фарогирии геном истифода мешавад.

Роҳи фарогирии геноми инсон дар асоси умқи фарогирии пайдарпайии клоншуда дар байни сиёҳ ва хокистарии равшан фарқ мекунад.

CtgPos: Харитаи ҷисмонӣ роҳҳоро пайгирӣ мекунад

Ин як суруд формати махсусест, ки барои "контигҳои харитаи физикӣ" дар геноми инсон истифода мешавад. Он ғайр аз танзимоти маъмулӣ ҳеҷ гуна танзимоти trackDb -ро дастгирӣ намекунад.

Роҳи махсус барои нишон додани ҷойгиршавии контигҳо дар харитаи физикӣ истифода мешавад.

Роҳи GCR Map Contigs одатан URL -ро ба NCBI тавлид мекунад, аммо дар ин ҳолат URL ба таври возеҳ баста шудааст.

DownloadsOnly: Тарзи махсусгардонидашуда, ки танҳо файлҳои зеркашишавандаро дар бар мегирад

Роҳҳои ENCODE ҳама дорои феҳристи махсус ва дастгирии CGI барои зеркашии файлҳо мебошанд. Ин метавонад барои ташкили дастрасӣ ба шумораи хеле зиёди файлҳои зеркашии марбут ба як суруд ENCODE хеле муфид бошад. Якчанд маҷмӯи додаҳо мавҷуданд, ки барои визуализатсия дар Браузери мо ба осонӣ қарз намедиҳанд, аммо ба ҳар ҳол ҷузъи зарурии маълумоти ENCODE дар маҷмӯъ мебошанд. Аз ин рӯ, навъи downloadsOnly барои таъмини дастрасии осон ба ин маҷмӯи файлҳои зеркашишаванда таҳия шудааст.

Роҳи махсусе, ки дастрасиро ба як қатор файлҳои зеркашишаванда таъмин мекунад ва айни замон танҳо ENCODE аст. Треки навъи DownloadsOnly дар браузер намоиш дода намешавад.

Мисолро дар поён ёфтан мумкин аст.

Танзимоти fileSortOrder барои сурудҳои навъи боргирӣ лозим аст. Тавсифи пурраи онро дар қисматҳои таркибии ин ҳуҷҷат пайдо кардан мумкин аст. Он талаб мекунад, ки ҳар як файл ҳамчун объекти metaDb муайян карда шавад ва ҳар яке аз ин объектҳо ба "таркибӣ" ишора кунанд, ки номи ин суруд ва номи директория дар он файлҳо ҷойгир карда шавад. " fileSortOrder " сутун ва тартиби пешфарзро муайян мекунад. Истифодабаранда метавонад рӯйхати файлҳоро ҷудо ва филтр кунад.

Браузер визуализатсияи ин сурудро таъмин намекунад, балки дастрасӣ ба зеркашии ҳар гуна файлҳои ба як гурӯҳ ташкилшударо таъмин мекунад. Саҳифаи зеркашиҳо он файлҳоро дар ҷадвал бо якчанд сутунҳои муаррифӣ ва эҳтимолан филтршаванда муаррифӣ мекунад. Аксари презентатсия ва созмон ба танзимоти дар metaDb барои ин трек муқарраршуда такя мекунанд. Аммо, танзими fileSortOrder аз шаш сутуни мушаххас дархост кардааст, ки бо тартиби дилхоҳ пешниҳод карда шаванд.

EncodeFiveC: Панҷ пайроҳаи мутақобилаи хроматин

Ин як формати махсуси форматест, ки барои нишон додани далелҳои мутақобилаи хроматин/хроматин дар масофаи дур истифода мешуд. Аслан як треки навъи "кат", ки маконҳоро дар геном нишон медиҳад. Саҳифаи тафсилоти ҳар як макон рӯйхати ҷойҳои дигарро дар дохили геном, ки метавонанд таъсири муштараки функсионалӣ дошта бошанд, пешкаш мекунад.

Роҳи махсусе, ки барои нишон додани ҷойҳое истифода мешуд, ки хроматин метавонад бо дигар ҷойҳои хроматин робита дошта бошад.

Ҳар як маконе, ки дар ҷадвали асосии суруд пайдо шудааст, бояд минтақаҳои алоқаманд дошта бошад, ки дар ҷадвали мутақобила бо ин танзим номгузорӣ шудаанд. Формати ҷадвали мутақобила аслан "кат 7 + 1" аст.

Ҷадвали муомила дар саҳифаи тафсилоти ҳар як ашё оварда шудааст ва бо унвони "___ ҳамкории беҳтарин" номгузорӣ шудааст

Ин суруди муштараки панҷ C ҳамчун ашёи ранга намоиш дода мешавад. Минтақаҳои хроматини алоқаманд аз ҷадвали дуюм кашида мешаванд. Навъи ассотсиатсияҳо сайтҳои оғози транскрипт мебошанд.

FactorSource: Роҳҳои ашёи омехта

Манбаи омил як треки гурӯҳӣ нест, балки сурудест, ки аз як гурӯҳи манбаъҳо сохта шудааст, ки онҳо метавонанд роҳҳои браузер бошанд. Ин як навъи махсусгардонидашудаи суруди "элемент" дар формати " bed 15 " мебошад, ки ҳамон формате барои навъи expRatio истифода мешавад. Ҳадафи он нишон додани омилҳои транскрипт, ки дар хатҳои сершумори ячейкаҳо ошкор карда шудааст, гарчанде ки он метавонад барои ҳама гуна ашёе, ки дар ҷойҳои такрорӣ ҷамъ омадаанд ва ба яке аз якчанд категорияҳо тааллуқ доранд, мутобиқ карда шавад. Аммо, ин навъи махсус барои омезиши далелҳои ҳатмии омили транскрипсия (TF) аз хатҳои сершумори ҳуҷайра ба як трек тарҳрезӣ шудааст. Ҳамчун роҳи навъи кат, он аз ашё ё минтақаҳое иборат аст, ки далели ҳатмии ТФ мавҷуд аст. Дар тарафи чапи ҳар як ҷузъ номи омил нишон дода мешавад, дар ҳоле ки дар тарафи рост рӯйхати рамзбандии намудҳои чашмакҳо, ки дар он далелҳо пайдо шудаанд, нишон дода мешаванд. Баръакси аксари роҳҳои ба ашё асосёфта, барои тавсифи хатҳои ячейка ҷадвали дуюм лозим аст. Барномаи hgBedsToBedExp-ро барои сохтани ҷадвалҳо аз маҷмӯаи катҳои соддатар истифода баред, яке барои ҳар як омили транскрипсия/таъсири ҳуҷайра.

Формати мизи 15 -катӣ бо ашёҳои такрорӣ. Ин як намуди махсуси суруд аст, ки барои нигоҳ доштани далелҳои ҳатмии омили транскрипсия дар якчанд хатҳои ҳуҷайра пешбинӣ шудааст. Формат ҳамонест, ки барои ифодаи микроарра истифода мешавад.

Мисолро дар поён ёфтан мумкин аст.

Роҳҳои навъи factorSource ба ҷадвали дуюмдараҷа ниёз доранд, ки тавсифи манбаъҳоро дар бар мегирад. Дар ин ҷо ихтисороти хати ячейкаҳо эълон карда мешаванд ва бо хатҳои воқеии ячейка алоқаманданд.

Ҳангоми дидани тафсилоти ҷузъи пайгирии factorSource (одатан сайти ҳатмии TF), маълумоти иловагӣ дар бораи далели хати ячейкаҳо нишон дода мешавад. Ин танзим ҷадвалеро номбар мекунад, ки дар он маълумоти иловагӣ нигоҳ дошта мешавад. Он дар якҷоягӣ бо танзимоти inputTableFieldDisplay истифода мешавад.

Агар бо треки шумо inputTrackTable муайян карда шуда бошад, майдонҳое, ки бояд намоиш дода шаванд, бояд бо ин танзимоти алоқаманд эълон карда шаванд.

Ин танзим филтри корбарро аз унсурҳои factorSource аз рӯи номи омил таъмин мекунад. Истифодаи соддатарин ин дохил кардани рӯйхати аломатҳои вергул аз ҳамаи номҳои омилҳо дар тарҷума ҳамчун далели танзим мебошад. Тавсифи пурраи ин танзимот мумкин аст дар бистари ёфт / танзимоти суруд дар асоси адад bigBed.

Мизи кат 6, ки минтақаҳои мотивро барои равшан кардани ҷузъҳои factorSource нигоҳ медорад.

Агар номҳои мотив барои номҳои ҷузъи factorSource дар мотив аз якдигар фарқ накунанд ё ягона набошанд, ин ҷадвал метавонад барои аз нав ҷамъ кардани номҳо истифода шавад. Ин ҷадвал дорои формати оддии 2 сутун аст: char (255) омил, char (255) мотив.

Ҳангоми дидани тафсилоти ҷузъи треки factorSource, ки дорои мотиви ҳатмӣ дар motifTable , пайдарпаии мотиви консенсусӣ ва тасвири логотипи пайдарпай намоиш дода мешавад. Ин танзим ҷадвалро дар бар мегирад, ки матритсаҳои вазни мавқеъро дар бар мегиранд, ки ин маълумотро таъмин мекунанд.

Намоиши мотивҳои таъкидшуда дар треки factorSource метавонад бо истифода аз ин танзимот маҳдуд карда шавад. Дар минтақаҳои калони геномӣ мотивҳо дар намоиш хуб фарқ намекунанд ва иҷрои онҳо тавассути пахш кардани хусусият беҳтар карда мешавад.

Агар як trackSource track дорои мотив бошад, ин танзим назорат мекунад, ки оё мотивҳо бо нобаёнӣ кашида мешаванд. Он инчунин аз ҷониби корбар танзим карда мешавад.

Ин трек далелҳои ҳатмии омили транскрипсияро (TF) нишон медиҳад, ки дар хатҳои сершумори ҳуҷайра мавҷуданд. Ҳар як ашё як TF -и мушаххасро дар якҷоягӣ бо хатҳои ячейка нишон медиҳад, ки далели ҳатмӣ дар ин маконро нишон медиҳанд. Ҷадвали сарчашмаи дуввум таърифҳои ҳар як ихтисораи хати ячейкаҳоро дар бар мегирад. Ҷадвали сеюм бо inputTrackTable эълон карда мешавад ва тафсилотро барои ҳар як хати чашмак, ки бояд дар браузер дида шавад, дар бар мегирад. Ҳангоми тафсилоти ҷузъиёт, барои ҳар як ячейкаи бо макони мушаххаси ҳатмии TF алоқаманд 3 майдон (cellType, табобат ва лаборатория) дида мешавад.

Rmsk: Роҳҳои ниқобро такрор кунед

Ин як формати махсуси форматиест, ки танҳо барои сурудҳои такрори ниқоб истифода мешавад. Барои пуррагӣ он дар ин ҷо ба таври мухтасар тавсиф карда мешавад. Ин трекҳо бо истифода аз барномаи RepeatMasker Arian Smit сохта шудаанд, ки пайдарпаии ДНК-ро барои такрорҳои байниҳамдигарӣ ва пайдарпаии ДНК-и пасти мураккаб намоиш медиҳад.

Роҳҳои маскери такрорӣ дорои маълумоти беҳамто форматшуда барои функсияи махсуси никобкунии такрорӣ мебошанд.

Мисолро дар поён ёфтан мумкин аст.

Роҳи такрории маскер дорои ҷузъҳои такрории инфиродӣ бо ченаки дақиқ будани унсури такрорӣ дар тӯли такрор сояафкан мешавад. Ин суруд бо намоиши камтар аз 10 миллион қарори асосӣ маҳдуд аст.

Мор: Роҳҳои ҳамоҳангсозии истинод ба худ - ТАҶРИБА

Ин як роҳи махсуси форматиест, ки ҷараёни моркунии ҳамоҳангсозии дуҷониба ва такроршударо нишон медиҳад. Ин формат метавонад дар тасвири ҷобаҷогузории навъи инверсия кӯмак кунад, ки ба қатори плюс, сипас минуси қатра ва боз ба қатори плюс мувофиқат кунанд. Он инчунин метавонад барои нишон додани ҳамоҳангсозии такрорӣ истифода шавад, масалан вақте ки такрорӣ дар муқоиса бо геноми истинод ба амал омадааст.

Роҳи махсусе, ки барои нишон додани роҳи ҳамоҳангсозии мор, ки азнавсозии хромосомӣ, такрорӣ ва инверсияро ифода мекунад, истифода мешавад. Азбаски ин намуд қариб ҳамеша харитасозии байни ду намуд ё ду ассамблеяи як намуд аст, намуд инчунин бояд он намуд/маҷлисро бо номи пойгоҳи додаҳо эълон кунад.

Ба монанди занҷирҳо ва netAligns, ки маъмулан харитасозии байни ду маҷлисро нишон медиҳанд, танзимоти "otherDb" низ барои эълом кардани он, ки кадом геном ва маҷмӯи дигар маълумот дар ин суруд муаррифӣ мешавад, лозим аст.

Ин пайраҳаи мор тағироти хромосомаҳоро, ки дар геноми мм9 муш ба амал омадаанд, нишон медиҳад, вақте ки он бо геномаи инсон ҳамоҳанг карда мешавад.

BigInteract: Ҳамкории мутақобила

Формати bigInteract алоқаи байни ҷуфтҳои минтақаҳои геномро нигоҳ медорад. Файлҳои BigInteract бо ёрии барномаи bedToBigBed бо файли махсуси AutoSQL, ки майдонҳоро муайян мекунанд, сохта мешаванд. Файлҳои натиҷавӣ дар формати индексатсияшудаи дуӣ мебошанд, ки дастрасии муассири дурдастро дастгирӣ мекунанд, бинобар ин файл метавонад дар сервери дастраси веби шумо ҷойгир карда шавад ва дар UCSC намоиш дода шавад. Барои таърифҳои пурраи формати bigInteract, лутфан ба саҳифаи кӯмаки bigInteract нигаред.

Ин танзимот вақте истифода мешавад, ки ҳамкорӣ дорои самт (самти таъсир). Танзими офсет сарчашма (offsetSource) ё ҳадаф (offsetTarget) дар зер навъи охири дигарро, ки дар тасвир амудӣ ҷойгир шудааст, нишон медиҳад. Вақте ки минтақаи ҳадаф аз минтақаи манбаъ (самти баръакс) дар геном пеш меравад, ҳамкорӣ бо хатҳои кандашуда сурат мегирад.

Танзимоти кластерӣ ҳама амалҳои муштаракро бо як манбаъ (clusterSource) ё ҳадаф (clusterTarget) ҷамъоварӣ мекунад ва ҳар як гурӯҳро ҳамчун намоиши як блоки пайвастшуда дар браузер нишон медиҳад. Ин намуди алтернативии файли мутақобиларо таъмин мекунад.

Ин танзимот намоиши қубурии пурраи намоёнро тағир медиҳад, то қуллаи қубурҳо 'боло' бошад (теппаҳо ба ҷои водиҳо).

Ин танзимот боиси пайдо шудани истинод дар саҳифаи тафсилот мегардад, ки ҳангоми пахши муомила пайдо мешавад. Ин истинод манзараи браузери "бисёрминтақавӣ"-и Genome-ро дар бораи нуқтаҳои ниҳоии мутақобила (ё кластери мутақобила) тавлид мекунад. Барои муайян кардани замимаи ғайримуқаррарӣ дар кунҷҳои ҳар як минтақа padding-ро истифода баред. Арзиши пешфарз 200 ҷуфти асосӣ аст.

BigLolly: Диаграммаҳои Lollipop

Графикаи лолипоп одатан барои намоиши маълумоте, ки дар як пойгоҳи ягона мавҷуд аст, истифода мешавад, ки аз як то се арзиши додашуда ба онҳо дода шудааст ва онҳоро бо баландии лолипоп, ранг ва андозаи доира дар болои лолипоп нишон додан мумкин аст. Барои мисолҳо ба саҳифаи кӯмаки bigLolly муроҷиат кунед.

Hic: матритсаҳои тамос Hi-C

Навъи хик барои намоиши маълумоти мутақобилаи хроматин-хроматин тавассути харитаҳои гармӣ пешбинӣ шудааст. Ҳоло ин навъи суруд як формати файлро дастгирӣ мекунад: формати файли .hic, ки аз ҷониби Aiden Lab дар Коллеҷи тиббии Бэйлор сохта шудааст. Ин формати бинарии индексатсияшуда мебошад, ки дастрасии дурдастро дастгирӣ мекунад, бинобар ин файл метавонад дар ҳама гуна сервери дастраси интернет ҷойгир карда шуда, дар UCSC намоиш дода шавад. Барои маълумоти бештар дар бораи формати файли .hic ва абзори шарбат, ки ин файлҳоро тавлид мекунад, ба ҳуҷҷатҳо дар github нигаред.

Ин танзим ҳолати намоиши пешфарзро барои сурудҳои hic назорат мекунад. Дар ҳолати камон, таъсири байни ду минтақа ҳамчун камон байни марказҳои ин ду минтақа кашида мешавад. Дар реҷаи мураббаъ амалҳои мутақобила бо квадрат дар харитаи гармӣ ифода карда мешаванд. Минтақаҳои мутақобила барои ҳама гуна мураббаъро тавассути проексия кардани паҳлӯҳои мураббаъ ба меҳвари диагоналии харитаи гармӣ ва дидани он, ки ин нуқтаҳо дар равзанаи хромосомаи дидашаванда ба куҷо меафтанд, муайян кардан мумкин аст. Дар ҳолати секунҷа, таъсири мутақобила ҳамчун алмос кашида мешавад. Минтақаҳои мутақобила барои ҳар як алмосро тавассути тарҳрезии паҳлӯҳои алмос дар меҳвари уфуқии харитаи гармӣ ва дидани он нуқтаҳо дар равзанаи хромосома муайян кардан мумкин аст.

Ин танзимот назорат мекунад, ки кадом усул барои ба эътидол овардани холҳои хом аз файли .hic пешфарз аст. Холҳо барои ҳамаи ин усулҳо ҳангоми эҷоди файли .hic ҳисоб карда мешаванд. Барои маълумоти бештар дар бораи ин усулҳо, ба ҳуҷҷатҳои шарбати дар боло алоқаманд нигаред.

Ин танзим андозаи пешфарзро назорат мекунад, ки натиҷаҳои тамос Hi-C ба гурӯҳбандӣ шудаанд. Рӯйхати қарорҳои дастрас аз файл вобаста аст, аммо арзишҳои умумӣ рақамҳои монанди 5000 ва 10000 -ро дар бар мегиранд. Илова ба арзиши ададӣ, сатри Авто низ метавонад таъмин карда шавад (агар ин танзим муқаррар нашуда бошад, Авто низ пешфарз аст). Дар ҳолати худкор, браузер ба таври динамикӣ қарореро интихоб мекунад, ки вобаста ба андозаи равзанаи хромосомаи ҳозира дидашаванда миқдори хуби тафсилотро таъмин мекунад.

Танзими saturationScore як қисми он аст, ки сояҳои ранги харитаи гармиро нишон медиҳанд. Рангҳо дар харитаи гармӣ бо холҳои ҳар як амалиёт алоқаманданд - холи баландтари мутақобила ба шиддатнокии баландтари рангҳо мувофиқат мекунад. Бо вуҷуди ин, дар як лаҳза, то ҳадди ниҳоии ранг ба даст меояд ва холҳои баландтари ҳамкорӣ ранги дигарро тағир намедиҳанд. Ин танзимот муайян мекунад, ки холҳои пешфарз барои нуқтае, ки дар он то ҳадди ниҳоии ранг мерасад, чӣ гуна аст.

BigBarChart: Диаграммаҳои тағирёбандаҳо дар минтақаҳои геномӣ нишон дода мешаванд

Формати bigBarChart арзишҳои маҷмӯи тағирёбандаҳоро барои ҳар як минтақаи геномӣ дар файл нигоҳ медорад. Файлҳои BigBarChart бо ёрии барномаи bedToBigBed бо файли махсуси AutoSQL, ки майдонҳоро муайян мекунанд, сохта мешаванд. Файлҳои натиҷавӣ дар формати индексатсияшудаи дуӣ мебошанд, ки дастрасии муассири дурдастро дастгирӣ мекунанд, бинобар ин файл метавонад дар сервери дастраси веби шумо ҷойгир карда шавад ва дар UCSC намоиш дода шавад. Барои таърифҳои пурраи формати bigBarChart, лутфан ба саҳифаи кӯмаки bigBarChart нигаред.

Нишонаи воҳид ба арзишҳо дар экран, диаграммаҳо ва қитъаҳои суруд замима карда мешавад.

Ин танзимот барои рӯйхати интихоби категория нишон медиҳад.

Намоиши треки BarChart яке аз се андоза (хурд, миёна ё калон) -ро барои намоиши barCharts вобаста ба андозаи минтақаи геномӣ дар равзанаи ҷорӣ интихоб мекунад. Барои маълумоти зич, кам кардани андозаи barChart, ҳатто дар минтақаҳои нисбатан хурди геномӣ муфид аст. Ин танзим андозаи barChart -и калонтаринро бо арзиши интихобшуда маҳдуд мекунад. Ҳангоми таъин нашудан, арзиши пешфарз & quotlarge & quot мебошад.

Ин танзимот роҳи интихоби ҳадди ҷуфти асосиро таъмин мекунад, ки андозаи диаграммаи диаграммаро муайян мекунанд (диаграммаҳои хурд, миёна ё калон). Андозаи равзанаи пешфарзии ҷуфт 50000 ва 500000 пойгоҳҳо мебошад, ки барои як диаграмма барои як ген дар геномҳои сутунмӯҳрагон пешбинӣ шудааст. Ин танзимро барои тағир додани чандирии диаграммаҳо дар асоси андозаи равзанаи ҷуфти ҳангоми зичии тавзеҳ додани пайдарпаӣ истифода бурдан мумкин аст.

калон андозаи тиреза < largeMax
миёна андозаи тиреза > = largeMax ва < smallMin
хурдандозаи тиреза & GT = smallMin

Дар ин мисол, ҳангоми намоиши barCharts дар 30,000 геномҳои вирусии виртуалӣ истифода мешавад, диаграммаҳои калон дар тирезаҳои то 499, миёна дар тирезаҳои аз 500 то 7999 андоза пайдо мешаванд ва вақте ки дар равзанаи браузер 8000 ё зиёда пойгоҳҳо нишон дода мешаванд.

Ин танзимот барои маълумоти саҳифаи тафсилот дар бораи арзишҳои barChart пешниҳодшуда нишона медиҳад. Инҳо одатан арзишҳои ҷамъбастӣ мебошанд, ки аз бисёр намунаҳо гирифта шудаанд (аксар вақт арзиши миёна).

Ин танзим рӯйхати нишонаҳо барои тағирёбандаҳои категориявӣ (сутунҳо) мебошад. Барои ин намуди суруд лозим аст.

Ин танзим рӯйхати рангҳост, ки барои ҳар як категория (бар) яктоӣ аст. Рангҳо ҳамчун арзишҳои RGB (255,255,255 ё #FFFFFF) ё бо ном (16 номҳои ранги HTML, ки дар HTML 4.01 муайян шудаанд) муайян карда мешаванд. Рангҳои HTML номбаршуда инҳоянд:

Файли матритсаи маълумотро муайян мекунад, ки арзишҳои маълумотро барои ҳама намунаҳо таъмин мекунад. Якҷоя бо barChartSampleUrl барои тавлиди қуттии қуттии саҳифаи тафсилот истифода мешавад.

Файли аз ҷадвал ҷудошударо муайян мекунад, ки категорияҳоро барои намунаҳо дар файли barChartMatrixUrl таъмин мекунад. Барои тавлиди қитъаи қуттии саҳифаи тафсилот истифода мешавад.

Файли аз ҷадвал ҷудошударо муайян мекунад, ки барои категорияҳо (сутунҳо) тамғакоғазҳо ва ихтиёрӣ рангҳоро таъмин мекунад. Ин танзим метавонад танзимоти barChartBars ва barChartColors -ро иваз кунад ва махсусан барои роҳҳои дорои шумораи зиёди категорияҳо муфид аст.

Гурӯҳҳои асосии пешакӣ таъиншуда

Ҳама сурудҳо ба яке аз якчанд гурӯҳҳо тааллуқ доранд. Трекҳои Hub ба гурӯҳе тааллуқ доранд, ки маркази онҳоро фаро мегирад. Роҳҳои дигар ба яке аз гурӯҳҳои пешакӣ муайяншуда тааллуқ доранд. Барои hg19 гурӯҳҳои зерин муайян карда мешаванд:

  • харита - "Харитасозӣ ва пайдарпайӣ"
  • phenDis - "Ассотсиатсияҳои фенотип ва бемориҳо"
  • генҳо - "Генҳо ва пешгӯии генҳо"
  • rna - "mRNA ва EST"
  • ифода - "Ифода"
  • танзим - "Низомнома"
  • compGeno - "Геномикаи муқоисавӣ"
  • neandertal - "Ассамблея ва таҳлили Неандерталӣ"
  • varRep - "Вариантҳо ва такрорҳо"

Агар ягон гурӯҳ барои треки дарунсохт таъин нашуда бошад, он гоҳ суруд дар қисмати Эксперименталии Поён хотима меёбад.

Танзимоти Supertrack

Аввалин контейнери иерархикӣ супертрек номида мешавад, ки онро метавон ҳамчун ҷузвдоне ҳисоб кард, ки дигар трекҳоро нигоҳ медорад, ки ба таври нобаёнӣ баста мешаванд, агар намоиши танзимот илова карда нашавад. Дар айни замон браузер танҳо як сатҳи папкаҳои супертрекро дастгирӣ мекунад. Умуман зертрекҳои супертрек намудҳои гуногун доранд. Агар ҳамаи кӯдакон якхела бошанд, беҳтар аст, ки гурӯҳбандии compositeTrack дар зер тавсифшударо истифода баранд. Агар ҳамаи кӯдакон парик ё трекҳои bigWig бошанд, шояд истифодаи гурӯҳбандии қабати сигнали "контейнер multiWig" ҷолиб бошад. Роҳҳои қабати сигналӣ маълумоти сигналро аз якчанд зерсабзаҳо ҳамчун шаффофияти ранга нишон медиҳанд, ки имкон медиҳад, ки маълумоти якчанд трек дар намуди конденсатсионӣ якҷоя дида шаванд.Барои маълумоти бештар ба бахши multiWig нигаред.

Supertracks метавонад дорои роҳҳои таркибӣ ва multiWigs контейнер бошад, аммо на баръакс. Бо супертрекҳо, трекҳои таркибӣ ва контейнерҳои multiWigs, кӯдакон танзимотро аз волидони худ мерос мегиранд, аммо метавонанд танзимоти волидайнашонро дар сатрҳои худ бекор кунанд.

Барои эълон кардани супертрек, танҳо ин танзимотро ба таърифи суруд илова кунед, ки чанд танзимоти стандартиро дарбар мегирад. Барои насб кардани супертрек барои намоиш ҳамчун пешфарз калимаи show, superTrack on show -ро ба охири изҳорот илова кунед. Барои надоштани супертрек бо нобаёнӣ танҳо superTrack -ро истифода баред. Ин метавонад ба ман кӯмак кунад, ки странти декларатсияшудаи супертрекро ҳамчун калиди рӯшноӣ, ки бо нобаёнӣ хомӯш аст ва онро бо илова кардани намоиш баргардондан мумкин аст.

Ҳама сурудҳое, ки узвият ба супертрекро талаб мекунанд, бояд бо эълони танзимҳо ба монанди волидайни superTrack1 ва инчунин доштани хати зичии алоҳидаи намоёнӣ, дар сатрҳои поёнӣ биниши худро муқаррар кунанд. Агар ягон танзимоти намоён барои трек муайян нашуда бошад, танзимоти пешфарзии пинҳон таъин карда мешавад. Ин метавонад боиси нофаҳмиҳо гардад, агар касе иштибоҳан кӯшиш кунад, ки намоёнро танҳо дар сатри супертеки боло муқаррар кунад, иҷозат дода намешавад ва онҳоро барои ҳар як кӯдак хориҷ кунад.

Хатти волидайнро бо тарзи истифода шудани он дар композитҳо омехта накунед. Масалан, дар супертрекҳо ба намунаи ПАЙДО нашавед superTrack волидайн1 [хомӯш/фаъол] , ки дар он [хомӯш/фаъол] танҳо бо трекҳои таркибӣ кор хоҳад кард. Ҳангоми кӯшиши ислоҳ кардани танзимоти намоён, хондани ёддошт дар бораи мерос, ки дар зер оварда шудааст, муфид хоҳад буд.

Узвият дар треки супертрек, таркибӣ ё ҷамъӣ аз ҷониби кӯдак эълон карда мешавад, на худи супертрек бо сатр ба монанди волидайн superTrack1.

Хатти волидайнро бо тарзи истифода дар композитсияҳо омехта накунед. Масалан, дар супертрекҳо ба намунаи compositeTrack1 волидайн пайравӣ накунед [хомӯш/фаъол], ки он танҳо бо трекҳои таркибӣ кор мекунад.

Ҳама гуна шумораи кӯдакон метавонанд ба як супертрек тааллуқ дошта бошанд, аммо даҳ адад барои баррасии қобили истифода аст. Аз ҷиҳати услубӣ, странҳои кӯдакон дар дохили trackDB одатан мустақиман дар зери мисраи волидон дохил карда мешаванд. Аммо, ин камтар дар мавриди супертрекҳо рух медиҳад, зеро кӯдакон аксар вақт дар дигар ҷойҳо дар файли trackDb пароканда мешаванд ё кӯдакони супертрек худашон композитҳое мебошанд, ки сарҳади иловагиро дар бар мегиранд, ки иҷрои изофаи супертрекро ғайриимкон месозад.

Ҳама трекҳое, ки узвият ба супертрек даъво доранд, бояд намоиши худро дар сатрҳои поёнӣ тавассути эълон кардани танзимоти алоҳида ба мисли зичии намоён муқаррар кунанд. Ҳангоми кӯшиши ислоҳ кардани танзимоти намоён, хондани ёддошт дар бораи мерос дар зер муфид бошад.

Суруд бо номи & quot; Папкаи ман & quot; ҳамчун супертрек эълон карда шудааст ва дорои ду фарзанд аст, ки узвиятро бо хатҳои волидайн талаб мекунанд. Аҳамият диҳед, ки аввалин суруд, track myFirstTrack, бо нобаёнӣ бо зичии намоён намоён аст (зеро худи супертрек, myFolder дорои танзимоти шабеҳи сабук барои тағир додани ҳама мундариҷаи супертрек аст). Роҳи дуюм, track mySecondTrack, бо пинҳон кардани аёният намоиш дода намешавад ва барои намоиш пахш кардани қуттӣ дар саҳифаи Танзимоти трекро талаб мекунад.

Эзоҳ: хати волидайнро бо тарзи истифода шудани он дар композитҳо омехта накунед. Масалан, дар супертрекҳо ба намунаи ПАЙДО нашавед superTrack волидайн1 [хомӯш/фаъол] , ки танҳо бо роҳҳои таркибӣ кор хоҳад кард. Барои гирифтани мисолҳои бештар ба Дастури Оғози зуд оид ба ташкили трекҳо ба гурӯҳҳо нигаред.

Роҳҳои таркибӣ

Роҳҳои таркибӣ сатҳи дигари иерархия мебошанд ва барои гурӯҳбандии роҳҳои ба ҳам монанд ("зертрекҳо" номида мешаванд) пешбинӣ шудаанд, то ки онҳо ҳама танзимоти конфигуратсияи якхеларо мубодила кунанд. Дар шакли соддатаринаш композит ҳама намудҳои якхеларо (ба монанди bigBed) нигоҳ медорад. Дар аввал, ҳама суруд дар дохили маҷмӯъ яксон танзим карда мешаванд. Одатан, танҳо баъзе зертрекҳо бо нобаёнӣ намоёнанд ва онҳо ҳамон ҳолати намоиш (масалан, зич) ва танзимоти ихтиёрӣ (масалан, viewLimits) доранд. Дар ҳоле, ки танзимоти пешфарз тамоми таркиби трекҳои алоқамандро фаро мегиранд, дар аксари мавридҳо зердастҳои инфиродӣ метавонанд аз ҷониби корбар новобаста аз танзимоти таркибӣ танзим карда шаванд. Аммо, вақте ки танзимоти зерсохторҳои инфиродӣ сохта мешаванд, онҳоро метавон бо интихоби наве, ки дар сатҳи таркиб анҷом дода мешавад, бекор кард. Шояд хондани "Эзоҳ дар бораи мерос", ки дар зер оварда шудааст, муфид бошад.

Дар айни замон танҳо намудҳои зерини трекро метавон ба таркиб ташкил кард: трекҳои ба ашё асосёфта (бед, bigBeg, broadPeaks ва ғайра), трекҳои сигналӣ (wig, bigWig ва ғайра), дигар трекҳои бар асоси файли дурдаст (бамҳо, vcf ва ғайра), занҷирҳо/торҳо, genePred, psl ва трекҳои навъи wigMaf.

Роҳҳои таркибӣ

Роҳҳои таркибӣ сатҳи дигари иерархия мебошанд ва барои гурӯҳбандӣ кардани трекҳои хеле шабеҳ (бо номи "субтрекҳо") пешбинӣ шудаанд, то ҳамаи онҳо як танзимоти конфигуратсияро мубодила кунанд. Дар шакли соддатаринаш композит ҳама намудҳои якхеларо (ба монанди bigBed) нигоҳ медорад. Дар аввал, ҳама суруд дар дохили маҷмӯъ яксон танзим карда мешаванд. Одатан, танҳо баъзе зертрекҳо бо нобаёнӣ намоёнанд ва онҳо ҳамон ҳолати намоиш (масалан, зич) ва танзимоти ихтиёрӣ (масалан, viewLimits) доранд. Гарчанде ки танзимоти пешфарз тамоми таркиби роҳҳои марбутаро дар бар мегиранд, дар аксари ҳолатҳо зертрекҳои инфиродӣ аз ҷониби корбар новобаста аз танзимоти таркибӣ танзим карда мешаванд. Аммо, вақте ки танзимоти инфраструктураи инфиродӣ анҷом дода мешаванд, онҳо метавонанд бо интихоби наве, ки дар сатҳи таркибӣ дода шудаанд, бекор карда шаванд. Барои хондани "Эзоҳ дар бораи мерос", ки дар поён оварда шудааст, муфид хоҳад буд.

Барои эълом кардани таркиб, танҳо ин танзимотро ба таърифи суруд ва чанд танзимоти стандартӣ илова кунед. Станцияҳои субтрек ҳамеша ҳамеша фавран пас аз декларатсияи таркиби суруд пайравӣ карда мешаванд ва аз он дохил карда мешаванд.

Дар хотир доред, ки азбаски фарзандони таркибҳо танзимоти волидайни худро мерос мегиранд, танзимоти зиёди trackDb дар сатҳи таркибӣ нисбат ба сатҳи супертрек пайдо мешаванд.

Узвият дар таркиб тавассути ин танзим на худи таркиб, аз ҷониби зертрек эълон карда мешавад. Ҳар як шумораи зертрекҳо метавонад ба як таркиб тааллуқ дошта бошад, аммо иҷрои намоиш аз якчанд садҳо ба таври назаррас паст мешавад. Танзимоти волидайнро ба "фаъол" таъин кунед, то нишон диҳад, ки оё зердаст бояд бо нобаёнӣ намоён бошад (санҷидашуда, интихобшуда). Танзимоти намоён дар зертрекҳои таркибӣ мустақиман аз волидон мерос гирифтаанд. Аз ин рӯ, ҳама гуна хатҳои намоёнӣ, ки дар сатҳи зертрексияи кӯдакии таркиб илова карда мешаванд, нодида гирифта мешаванд.

Вақте ки як суруди оддии таркибӣ рӯйхати кӯтоҳи зердастҳоро пешниҳод мекунад, он метавонад барои корбар қулай бошад, ки роҳи осони интихоб ё бекор кардани ҳамаи онҳоро дошта бошад. Ин танзимро барои намоиши "Ҳама" (ҷуфти тугмаҳои плюс ва минус) барои роҳати корбар дохил кунед. Агар рӯйхат зиёда аз 10 зердастҳо дошта бошад, усулҳои дигар метавонанд барои ташкил ва интихоби зердастҳо муфидтар бошанд (дар зер тавсиф карда мешаванд).

Бо нобаёнӣ, вақте ки зертрекҳо дар ҳолати зичии браузер якҷоя нишон дода мешаванд, танҳо нишони ягонаи маркази таркибӣ нишон дода мешавад. Агар centerLabelsDense ба "фурӯзон" таъин шуда бошад, браузер барои ҳар як зертрек тамғаи марказиро нишон медиҳад.

Вақте ки шумо дар треки таркибӣ зертрекҳои зиёде доред, он метавонад дар саҳифаи Танзими суруд, инчунин бо номи саҳифаи конфигуратсияи hgTrackUi маъруф бошад, барои аз нав танзим кардани зертрекҳо муфид бошад. Як роҳи аз нав танзим кардани бисёр зердастҳо ин истифода бурдани танзимоти sortOrder аст, ки дар зер тавсиф шудааст ё ба корбар имкон медиҳад, ки зердастҳоро ба тартиби нав дар саҳифаи Танзимоти трек кашола карда партофт. Танзимоти зербахшҳои dragAndDrop кашолакуниро ба воситаи ангуштзанӣ ба аломати тафтишотӣ дар паҳлӯи зертрек дар саҳифаи конфигуратсия имкон медиҳад. Ҳамин тариқ, трекҳоро ба тартиби ниҳоии дилхоҳ табдил додан мумкин аст, ки баъдан ҳангоми дидани трекҳо дида мешавад. Бо вуҷуди ин, тартиби пайраҳаҳоро дар тасвири браузери hgTracks тавассути кашолакунӣ ва партофтани маълумоти пайкари намоишшуда низ метавон аз нав танзим кард. Бо вуҷуди ин, аз нав тартиб додани зергурӯҳҳо дар тасвири браузер дар hgTracks дар саҳифаи конфигуратсияи hgTrackUi инъикос нахоҳанд шуд. Эзоҳ: Агар 'container multiWig' муайян карда шуда бошад, ин танзимот дуруст кор намекунад.

Ҳангоме ки шумо дар треки таркибӣ зердастҳои зиёде доред, метавонад муфид бошад, ки намоишро танҳо бо онҳое, ки дар равзанаи намоиши ҷорӣ маълумот доранд, маҳдуд кунед. Ин танзимоти суруд дар саҳифаи конфигуратсияи трек қуттии қайдро ба вуҷуд меорад, ки ба корбар имкон медиҳад, ки ин хусусиятро фаъол ё ғайрифаъол кунад. агар дар он нишон дода шуда бошад, хусусият бо нобаёнӣ фаъол аст (қуттии қайд қайд карда мешавад).

Барои композитҳои калон, хусусан онҳое, ки ҳар як зертрек кам буда метавонад, тавассути эҷоди файли индекси чорроҳаҳои ашё дар ҳама зертрекҳо (& quotmultiBed & quot) такмилоти назаррас ба даст овардан мумкин аст. Ин файл ва файли манбаъҳои ҳамроҳ, танзимоти ихтиёрӣ барои хусусияти hideEmptySubtracks мебошанд. Дастурҳо барои сохтани ин файлҳо дар саҳифаи кӯмаки MultiBed (TBD) мавҷуданд.

ЭЗОҲ: Ин танзимот барои истифодаи хусусияти hideEmptySubtracks бо композитҳои бисёрназар талаб карда мешаванд.

Ин танзим дар якҷоягӣ бо танзимоти hideEmptySubtracksMultiBedUrl, ки дар боло тавсиф шудааст, истифода мешавад.

Ин танзим дар якҷоягӣ бо танзимоти hideEmptySubtracks барои танзими нишони пеш аз қуттии интихоб дар саҳифаи конфигуратсияи суруд истифода мешавад. Матни пешфарз ин аст & quot; Пойгоҳҳои зерро холӣ кунед & quot. Матни фармоишӣ барои фарқ кардани роҳҳои зарардида дар композитҳои сершумор муфид аст (масалан, & quot; Подшоҳии холии қуллаҳоро пинҳон кунед & quot).

Композитсия бо ду зертраст нишон дода шудааст. Ҳама зертрекҳо навъи bigWig мебошанд ва ҳама намуди пешфарз дорандМаҳдудиятҳои 0 - 0.2. Аҳамият диҳед, ки зергурӯҳи аввал бо нобаёнӣ тафтиш карда мешавад, аммо дуюмаш нест (танзимоти волидайн). Бо вуҷуди ин, браузер ду тугма (танзимоти allButtonPair) -ро нишон медиҳад, ки ба корбар имкон медиҳад, ки ҳамаи зертрекҳоро интихоб кунад ё ҳамаи онҳоро интихобшударо интихоб кунад ва танҳо он чизҳои мавриди таваҷҷӯҳро тафтиш кунад.

Зергурӯҳҳо

Дар як треки таркибӣ ду услуби гуногуни гурӯҳбандиро истифода бурдан мумкин аст, то ба корбар имкон диҳад, ки роҳҳоро барои намоиш дар браузер интихоб кунад. Ин бахш конфигуратсияи "зергурӯҳҳо" "назари" -ро дар қисмати минбаъда баррасӣ мекунад.

Зергурӯҳро барои интихоби маҷмӯаҳои зертрекҳо барои намоиш дар асоси хусусиятҳои муайяни маълумот истифода бурдан мумкин аст. Масалан, агар "ҳуҷайра" ва "антидено" ҳамчун зергурӯҳҳо дар як треки таркибӣ муайян карда шаванд, корбар метавонад субтрекҳоро дар асоси намудҳои мушаххаси ячейкаҳо ва антителоҳо барои намоиш дар Браузер интихоб кунад. Барои таркиб то 9 намуди зергурӯҳҳоро муайян кардан мумкин аст. Бо вуҷуди ин, барои кам кардани мураккабӣ, тавсия дода мешавад, ки танҳо ду зергурӯҳ барои треки таркибии додашуда муайян карда шаванд. Инҳо дар матритсаи оддии X/Y пешниҳод карда мешаванд, ки барои корбар фаҳмидан ва паймоиш кардан осон аст. Зергурӯҳҳои бештарро дар андозаҳои иловагии "abc" муайян кардан мумкин аст, ки ба корбар ҳамчун муколамаҳои мултимедиявии афтанда муаррифӣ карда мешаванд, аммо истифодаи онҳоро пешгирӣ ё кам кардан лозим аст.

То 9 зергурӯҳ метавонад дар як сатр як нафар эълон карда шавад. Ҳар як эъломияи зергурӯҳҳо бояд тег, унвон ва як ё якчанд ҷуфтҳои узвият дар унвонҳоро дар бар гирад, ки бо аломати '=' баробаранд.

  • барчасп: Дар код барои интихоб ва ҷудо кардани зердастҳо дар асоси узвияташон истифода мешавад. Номи барчаспҳо бояд ҳарфӣ -рақамӣ бошад, бо ҳарф сар шавад, давра надошта бошад ва тавре тартиб дода шавад, ки тартиби дилхоҳи зербандҳои узв натиҷа диҳад.
  • унвон: Нишонаи зергурӯҳ, тавре ки дар матритсаи интихоб, ки ба корбар нишон дода мешавад, пайдо мешавад, масалан, "Антидено". Фазоҳо дар доираи унвонҳо бояд бо '_' иваз карда шаванд. Миқдори маҳдуди HTML дар унвонҳо, ба монанди ворид кардани ҳарфҳои юнонӣ бо истифодаи коди HTML, иҷозат дода мешавад. Ҳама гуна истифодаи HTML бояд санҷида шавад, то он дуруст намоиш дода шавад.

Азбаски танзимоти зергурӯҳҳо аксар вақт тӯлонӣ ҳастанд, тавсия дода мешавад, ки аломати идомаи сатри ' ' барои вайрон кардани танзимот дар сатрҳои сершумор барои хондан осонтар истифода шавад.

Худи зергурӯҳҳо узвияти худро дар гурӯҳ бо танзимоти зергурӯҳҳо эълон мекунанд. Ҳар як зертрек бояд узвияти худро дар ҳама зергурӯҳҳои таркибии худ эълом кунад. Аҳамият диҳед, ки узвият аз ҷониби ҷуфтҳои барчаспҳо эълон карда мешавад: теги гурӯҳ (масалан gTag1) бо теги аъзои ин гурӯҳ (масалан mTag1b) ҳамчун gTag1 = mTag1b (ячейка = K562) ҷуфт карда мешавад.

Барои муайян кардани намуди UI барои интихоби зертрекҳо дар асоси гурӯҳҳо, дар сатҳи таркибӣ танзимоти иловагӣ лозим аст. Барои як ё ду андоза қуттиҳои қайдкуниро ченакҳои X ва Y эълон кунед. Андозаҳои иловагӣ (бо номи "abc") метавонанд бо ин танзим ҳамчун dimA, dimB ва ғайра эълон карда шаванд.

Аҳамият диҳед, ки тартиби зергурӯҳҳо дар андоза бо тартибе, ки онҳо дар танзимоти зергурӯҳ # пайдо мешаванд, новобаста аз он ки рӯйхати зергурӯҳҳо аз рӯи тегҳо мураттаб карда шудаанд, ҳамон аст. Лутфан қайд кунед, ки агар марказ матритсаи X,Y-ро истифода набарад, dimX бояд андозаи аввалини муайяншуда бошад, на dimA. Инчунин, танзимоти allButtonPair дар намоиши матритса пешгирӣ мекунад.

Барои андозаҳои "abc", пешфарз сатрҳои қуттиҳои қайд нишон дода мешаванд. Бо вуҷуди ин, ин UI метавонад печида бошад, махсусан бо матритсаи як ё ду андоза дар якҷоягӣ. Ба ҷои ин, тавсия дода мешавад, ки шумо ченакҳои "abc" -ро ҳамчун бисёр интихобҳои афтанда ташкил кунед, ки одатан бо сабаби шабоҳати онҳо ба filterBy бо танзимоти дар боло баррасӣшуда ҳамчун қуттиҳои "филтр" номида мешаванд. Қуттиҳои филтрро бо танзимоти filterComposite эълон кунед. Композитҳои филтр метавонанд бо матритсаи X/Y ё бидуни кор кунанд, аммо бо андозаҳои "abc" маҳдуданд.

Бо нобаёнӣ, қуттии филтр барои интихоби зертрекҳо чанд интихоб аст, яъне зиёда аз як интихоб иҷозат дода мешавад. Инро бо интихоби ягона бо илова кардани опсияи "= one" ба таърифи қуттии филтр маҳдуд кардан мумкин аст. Вақте ки танҳо 2 интихоб вуҷуд дорад, ин метавонад маъно дошта бошад. Интихоби "ҳама" ҳамеша дастрас аст, дар ҳоле ки интихоби ҳеҷ чиз ҳолати беэътибор аст. Лутфан таваҷҷӯҳ намоед, ки агар марказ матритсаи X, Y -ро истифода набарад, пас dimX бояд ченаки аввал бошад, на dimA.

Як мушкилии дигар дар раванди интихоб муайян кардани он аст, ки кадом имконоти зергурӯҳҳо бо нобаёнӣ интихоб шудаанд. Дар мавриди матритсаи X/Y, инро аз рӯи кадом зертрекҳо дар айни замон тафтиш карда шуданаш муайян кардан мумкин аст. Аммо, андозаҳои "abc" бояд ҳолати интихобшудаи онҳо бо истифода аз танзимоти андоза<?>checked ошкоро эълон карда шаванд.

НЕ БАРОИ ХАБХО. Айни замон танҳо аз ҷониби ENCODE истифода мешавад

Дар ENCODE, зергурӯҳҳо аксар вақт ба истилоҳҳои метадатае, ки дар ҷадвали metaDb эълон шудаанд ва дар "луғати идорашаванда" муайян шудаанд, ки ҳамчун файли ra нигоҳ дошта мешаванд, асос ёфтаанд. Дар ин ҳолат, тамғакоғазҳои ин истилоҳот, тавре ки онҳо дар саҳифаи конфигуратсияи суруд нишон дода шудаанд, метавонанд бо таърифҳои луғати назоратшаванда пайванд карда шаванд. Ин истинодҳо метавонанд хеле муфид бошанд, зеро таърифи истилоҳ метавонад ҳуҷҷатҳои протокол ва далелҳои тасдиқкуниро дар бар гирад. Барои таъсиси истинодҳо, барчаспҳои ҳар як зергурӯҳ бояд ба истилоҳи воқеии metaDb пайваст карда шаванд.

TODO: Дар айни замон файли дар ин танзимот эълоншуда истифода намешавад, зеро файли cv.ra ҳамеша дар макони стандартии он пайдо мешавад.

Ҳангоми эълон кардани зергурӯҳҳо, одатан аз рӯи он зергурӯҳҳо ҷудо кардани рӯйхати зергурӯҳҳо муфид аст. Бо дохил кардани танзимоти sortOrder, маҷмӯаҳои тӯлонии зертрекҳо аз ҷониби корбар осонтар ташкил ва паймоиш карда мешаванд. Агар дар таркиб танҳо якчанд зертрек мавҷуд бошад, навъбандӣ метавонад арзиши кам дошта бошад ва dragAndDrop метавонад варианти беҳтар бошад. Дар айни замон танҳо зергурӯҳҳоро дар sortOrder муайян кардан мумкин аст, аммо интизор меравад, ки он инчунин тамғаҳои кӯтоҳ ва дарозро дар бар мегирад. Ҷойгиркунӣ дар арзишҳои барчасп, ки дар танзимоти зергурӯҳ# ва зергурӯҳҳо муайян шудаанд, сурат мегирад. Бо ҷобаҷогузорӣ дар барчаспҳо, фармонҳои ғайрифанӣ-рақамиро муайян кардан мумкин аст.

НЕ БАРОИ ХАБХО. Айни замон танҳо аз ҷониби ENCODE истифода мешавад

Баъзе маҷмӯаҳои трекҳои мураккаб дорои феҳристҳои файлҳои зеркашишаванда ва CGI -и махсус барои дастрасӣ ба ин файлҳо мебошанд. Барои дидани интерфейси CGI барои феҳристи зеркашӣ, таркиб ба ҳар як файли дар metaDb муайяншуда ниёз дорад. Сатти trackDb барои таркиб инчунин бояд танзимоти fileSortOrder муайян карда шавад. Танзим ҳамчун маҷмӯи ҷуфтҳои тағирёбанда=арзиш муайян карда мешавад, ки тартиби пешфарзро дар тағирёбандаҳои metaDb муайян мекунад. Қисми "var" -и ҳар як ҷуфт истилоҳест, ки дар metaDb барои ҳама объектҳои файл дар директория муайян карда шудааст. "Var" инчунин метавонад "fileType" ё "fileSize" бошад, ки дар metaDb муайян нашудаанд. "Val" унвонест, ки корбар онро ҳамчун сарлавҳаи сутуни ҷадвали ҷудошавандаи файлҳо мебинад. Ин қимат метавонад дорои "_" барои ҷойҳо ва рамзҳои HTML маҳдуд ва аломатҳои махсус бошад. Мисли ҳамеша, шумо ба озмоиш ташвиқ карда мешавед. Аломати идомаи '' бояд барои ҷудо кардани ин танзимоти дароз ба сатрҳои хондашаванда истифода шавад.

Ин мисолҳо як таркибро бо як зертрек ва ду зергурӯҳ нишон медиҳанд. Танзимоти андозагирӣ ченакҳои X ва Y -ро эълон мекунад, ки дар саҳифаи конфигуратсияи таркиб матритсаи 2D -ро нишон медиҳад. Аҳамият диҳед, ки сарлавҳаи зергурӯҳи cellLine дорои холии холӣ бо пур аз '_' мебошад. Сатри дуюми ячейка, "CD14+", дар унвони худ рамзгузории HTML барои ' + '-ро дар бар мегирад. Ду зергурӯҳ дар тартиби ҷудокунии пешфарзҳои зергурӯҳҳо иштирок мекунанд, аммо ҳар кадоми онҳо фармоишҳои ҷудокунии ғайристандартӣ доранд. Дар зергурӯҳи cellLine, GM12878 аввал бо сар кардани тег бо "A" навъ мекунад. Антиденоҳо дар унвонҳои худ рақамҳо доранд, аммо барчаспҳо рақамро бо "0" васеъ мекунанд, то фосила ҷой дода шавад. Ин навъҳои H3K4me3-ро пеш аз H3K36me3 таъмин мекунад.

Дар ин мисоли дуюми таркиб, як зергурӯҳ ва се зергурӯҳ нишон дода шудаанд. Тавре ки дар мисоли қаблӣ, танзимоти андозаҳо ченакҳои X ва Y -ро эълон мекунанд, ки дар натиҷа матритсаи 2D -и оптикҳои "Антидено" ва "Хати ҳуҷайра" имконпазир мегардад. Зергурӯҳи сеюми "Табобат" ҳамчун андозагирии "А" эълон карда мешавад, ки корбар метавонад тавассути қуттии филтри бисёр-интихоби афтанда зердастҳоро барои ин андоза интихоб кунад. Ҳар се зергурӯҳ дар тартиби пешфарзии зертрекҳо иштирок мекунанд ва зергурӯҳи табобат бо нобаёнӣ бо тартиби баръакс мураттаб карда мешавад. Табобати "Ҳеҷ" пеш аз ҳама дигарон (бо тартиби баръакс) бо оғози барчасп бо "Z" ҷудо карда мешавад. Дар хотир доред, ки барои ин андозагирии "A", табобати "Ҳеҷ" бо нобаёнӣ интихоб карда мешавад. Бо эълони танзимоти мувофиқ, истифодаи зергурӯҳҳо барои ташкили таркиб метавонад хеле тавоно бошад.

Ин мисол нишон медиҳад, ки зергурӯҳҳо, андозаҳо ва (дар ҳолати ENCODE) луғат ва метамаълумоти назоратшаванда бояд барои пурра кор кардани таркиб бо ҳам пайванд карда шаванд. Ғайр аз он, истилоҳҳои воқеии "тегҳо" -и барномавӣ ва унвонҳои намоёни корбар ҳама маҳдудиятҳо ва нақшҳои гуногун доранд, ки барои таъсиси ин ҳамбастагӣ мебозанд. Барчаспҳои зергурӯҳҳо барои ташкили зертрекҳо истифода мешаванд, дар ҳоле ки ченакҳои ҳарфӣ саҳифаи конфигуратсияро барои осонтар интихоб кардани зергурӯҳҳои зертрекҳо ташкил мекунанд. Барои сурудҳои ENCODE, зергурӯҳҳо метавонанд ҳамчун "истилоҳҳо" -и метамаълумот (аз барчаспҳо фарқ кунанд) муаррифӣ карда шаванд, ки аксар вақт бо луғати назоратшаванда бодиққат муайян карда мешаванд. Дар мисоли боло, теғи "ab" барои ташкили зергурӯҳҳо истифода мешавад, аммо инчунин ба андозаи X пайваст карда шудааст. Ин кафолат медиҳад, ки антителоҳо ҳамчун андозаи уфуқӣ дар матритсаи 2D дар саҳифаи конфигуратсия пайдо мешаванд ва интихоби антитело зертрекҳои алоқамандро интихоб мекунад. Албатта корбар антителоро на ҳамчун "ab", балки "антидено" мебинад.Минбаъд истилоҳе, ки дар луғати назоратшаванда муайян карда шудааст, "антитело" аст, бинобар ин барои ҳамаи ҷадвалҳо ва файлҳои марбут ба ин треки таркибӣ, объектҳои metaDb -и онҳо бояд дорои як "антидено" вар дошта бошанд ва антителои додашуда (масалан H3K4me3) пайдо шаванд дар луғати назоратшаванда бо ҳуҷҷати тасдиқкунанда. Ҳама муносибатҳо метавонанд печида бошанд, аммо танзимоти trackDb, агар дуруст анҷом дода шавад, метавонад ҳамаи ин унсурҳоро дар як бастаи хуби ҳамбастагӣ пайваст кунад.

Ин мисолҳо як таркибро бо як зертрек ва ду зергурӯҳ нишон медиҳанд. Танзимоти андозагирӣ ченакҳои X ва Y -ро эълон мекунад, ки дар саҳифаи конфигуратсияи таркиб матритсаи 2D -ро нишон медиҳад. Аҳамият диҳед, ки сарлавҳаи зергурӯҳи cellLine дорои холии холӣ бо пур аз '_' мебошад. Сатри дуюми ячейка, "CD14+", дар унвони худ рамзгузории HTML барои ' + '-ро дар бар мегирад. Ду зергурӯҳ дар тартиби ҷудокунии пешфарзҳои зергурӯҳҳо иштирок мекунанд, аммо ҳар кадоми онҳо фармоишҳои ҷудокунии ғайристандартӣ доранд. Дар зергурӯҳи cellLine, GM12878 аввал бо сар кардани тег бо "A" навъ мекунад. Антиденоҳо дар унвонҳои худ рақамҳо доранд, аммо барчаспҳо рақамро бо "0" васеъ мекунанд, то фосила ҷой дода шавад. Ин навъҳои H3K4me3-ро пеш аз H3K36me3 таъмин мекунад.

Дар ин мисоли дуюми таркиб, як зергурӯҳ ва се зергурӯҳ нишон дода шудаанд. Тавре ки дар мисоли қаблӣ, танзимоти андозаҳо ченакҳои X ва Y -ро эълон мекунанд, ки дар натиҷа матритсаи 2D -и оптикҳои "Антидено" ва "Хати ҳуҷайра" имконпазир мегардад. Зергурӯҳи сеюми "Табобат" ҳамчун андозагирии "А" эълон карда мешавад, ки корбар метавонад тавассути қуттии филтри бисёр-интихоби афтанда зердастҳоро барои ин андоза интихоб кунад. Ҳар се зергурӯҳ дар тартиби пешфарзии зертрекҳо иштирок мекунанд ва зергурӯҳи табобат бо нобаёнӣ бо тартиби баръакс мураттаб карда мешавад. Табобати "Ҳеҷ" пеш аз ҳама дигарон (бо тартиби баръакс) бо оғози барчасп бо "Z" ҷудо карда мешавад. Дар хотир доред, ки барои ин андозагирии "A", табобати "Ҳеҷ" бо нобаёнӣ интихоб карда мешавад. Бо эълони танзимоти мувофиқ, истифодаи зергурӯҳҳо барои ташкили таркиб метавонад хеле тавоно бошад.

Намоишҳо

Илова ба зергурӯҳҳо, як таркиби ягона метавонад ба якчанд "намоишҳо" тақсим карда шавад. Ёдовар мешавем, ки таркиб бояд аз зерҳисобиҳои як навъ иборат бошад. Бо вуҷуди ин, намудҳои гуногуни зердастҳоро метавон дар як суруди таркибӣ муттаҳид кард, агар онҳо дар "намоишҳои" алоҳида бошанд. Гарчанде ки намудҳо аз бисёр ҷиҳат ба зергурӯҳҳо монанданд, онҳо метавонанд танзимоти худро дошта бошанд. Ин зарур аст, зеро назари дохили таркиб метавонад барои намудҳои мухталифе бошад, ки танзимоти фарқкунандаи худро доранд, масалан bigBeds ва bigWigs.

Ташкилоти "намуди" (ё "бисёрзинагӣ") маъмулан вақте истифода мешавад, ки ҳамон як маълумоти асосӣ дар форматҳо ва ҷузъҳои гуногун нигоҳ дошта шавад. Масалан, маҷмӯаи назарҳо метавонад ҳамоҳангсозии пайдарпаии хондани кӯтоҳ (навъи bam), сигналҳоеро дар бар гирад, ки ҷамъи мутолиашуда (навъи bigWig) ва қуллаҳо (навъи bigBed), ки дар минтақаҳое даъват карда мешаванд, ки далели натиҷаи таҷрибавӣ мавҷуд аст. муҳим ҳисобида мешавад. Ин се "назар" -и ҳамон як маълумоти таҷрибавӣ метавонад ба таври иттилоотӣ ҳамчун маҷмӯи муттаҳидшуда дар дохили як суруди таркибии бисёрнамо дида шавад.

Намоишҳо ҳам ҳамчун зергурӯҳ ва ҳам ҳамчун мисраи треки алоҳида эълон карда мешаванд. Композит бо назари сершумор танҳо назари кӯдакон дорад ва ҳар як намуди он ҳамчун кӯдак як ё якчанд зертрек дорад. Се сатҳ бояд дар якҷоягӣ бо дохилшавӣ муайян карда шаванд, то иерархия возеҳ шавад.

Эзоҳ дар бораи мерос. Subtracks танзимотро аз волидони худ мерос мегиранд (ҳам аз композитҳо ва ҳам аз назари). Ин дуруст аст, вақте ки танзим меросӣ аст, ва ин одатан чунин аст. Истисноҳои возеҳ танзимҳое мебошанд, ки танҳо ба сатҳи болотар мувофиқанд. Мерос аз парадигмаи "наздиктарин ба хона" пайравӣ мекунад, ки дар он танзим дар сатҳи зертрек афзалият дорад, пас танзимоти сатҳи намоиш ва ниҳоят танзимоти сатҳи таркибӣ. Ин мерос ҳам ба танзимоти пешфарзи trackDb ва ҳам ба интихоби корбар дахл дорад. Танзимоти аз ҷониби корбар анҷомдодашуда як унсури вақтро низ дар бар мегирад: тағирот ба танзимоти сатҳи волидайн ҳамаи танзимоти як навъи кӯдакони онро бекор мекунад. Агар корбар баъдан танзимоти зертрекро созад, он ғуруби меросии ин як зертрекро бекор мекунад.

Аномалия дар доираи нақшаи мерос ин танзимоти "намоёнӣ" (ҳолати намоиш) мебошад. Баръакси дигар танзимот, намоён аз сатҳи супертрек маҷмӯӣ маҳдуд аст. Яъне, агар волидайн намоиши "зич" дошта бошанд ва намоиши кӯдак "бастабандӣ" бошад, кӯдак ҳамчун "зич" намоиш дода мешавад. Агар волидайн баъдан ба ҳолати намоиши "пурра" иваз карда шавад, кӯдак ҳоло дар ҳолати "маҷмӯа" нишон дода мешавад. Дар сатҳи trackDb, намоёнии пешфарз ҳамеша маҷмӯи маҳдудкунанда аст. Аммо, вақте ки корбар ба таври возеҳ намоиши зертрекро аз оне, ки аз волидон ба мерос гирифтааст, тағир медиҳад, он намоёнии зертрек меросро аз байн мебарад. Гарчанде ки нозукиҳои меросро шарҳ додан душвор аст, онҳо одатан дар амал интуитивӣ мебошанд. Дар зертрекҳои таркибӣ, танзимоти намоён мустақиман аз таркиби волидон мерос гирифта мешаванд, аз ин рӯ, ҳама гуна хатҳои намоёнӣ, ки дар сатҳи зертрекҳои кӯдакии таркиб илова карда мешаванд, сарфи назар карда мешаванд. Инчунин қайд кунед, ки хати волидайн бояд ҳамчун волидайн myComposite истинод карда шавад, агар касе мехоҳад зерҳисоби кӯдак дар таркиб ба таври нобаёнӣ намоён (санҷидашуда, интихобшуда) бошад.

Намоиш ҳамеша ҳамчун зергурӯҳ ва дар худи мисраи трек эълон карда мешавад. Эъломияи зергурӯҳҳо ба эъломияҳои қаблӣ монанд аст, аммо зергурӯҳи намоиш бояд намуди тег дошта бошад ва ҳамчун зергурӯҳи аввал эълон карда шавад. Аҳамият диҳед, ки мисраи намоиш аз мисраи таркибӣ бо як сатҳи дохилшавӣ мегузарад. Subtracks назари онҳоро бо сатҳи иловагии дохилшавӣ пайравӣ мекунанд.

Зергурӯҳ узвияти худро дар намоиш ҳам ҳамчун узвияти зергурӯҳ ва ҳам бо танзимоти волидайн, ки ба номи треки намоиш ишора мекунад, эълон мекунад. Дар хотир доред, ки суруд метавонад танҳо як волидайн дошта бошад. Вақте ки волидайни субтрек намоиш аст, суруди таркибӣ он аст номуайян бобою бибӣ.

Агар зердастҳо дар дохили намоиш танзимшаванда бошанд, он гоҳ намоиш назорати конфигуратсияро барои он дар қуттии зери афтанда намоёнии намоиш хоҳад дошт. Ин қуттии пур аз назорати конфигуратсия бо нобаёнӣ пинҳон карда мешавад, то интерфейси интерпретатсияшуда набошад. Истифодабаранда бояд пеш аз дидани мундариҷаи он қуттиро кушояд. Агар танҳо як намуди дорои танзимоти конфигуратсия мавҷуд бошад, ё ин ки намуди муҳимтарин бошад, қуттӣ метавонад ба таври нобаёнӣ кушода бошад. Ин параметрро дар банди намоиши танзимот истифода баред, то қуттии конфигуратсия ҳамчун кушода бошад.

Роҳҳо ба таври нобаёнӣ танзим карда мешаванд, агар навъи треки онҳо инро дастгирӣ кунад ва намоишҳо ва таркибҳо танзим карда мешаванд, агар навъи суруди кӯдаконашон инро дастгирӣ кунад. Ниҳоят, зертрекҳои инфиродӣ бо нобаёнӣ танзим карда мешаванд, агар намуди трекҳои онҳо онро дастгирӣ кунанд. Баъзан он матлуб аст, ки ба хомӯш кардани конфигуратсияи. Конфигуратсияро вақте ки он дар сатҳи баландтар хомӯш карда шудааст, дубора фаъол кардан мумкин аст. Масалан, ин метавонад дар ҳолате бо таркиби бисёрзинагӣ муфид бошад, ки дар он сатҳи таркибӣ одатан танзимшаванда бошад, аммо шумо мехоҳед танҳо як нуқтаи назарро дошта бошед, на ҳамаи фарзандони ин нуқта танзимшаванда бошанд. Гарчанде ки ин танзимот хеле кам лозим аст, он метавонад ба корбар аз дидани маълумоти шумо бо роҳҳои номуносиб маҳдуд кунад.

Композитсия ду нуқтаи назар дорад, ки яке аз онҳо нишон дода шудааст ва дар якҷоягӣ бо як зертрек ба ин нуқта тааллуқ дорад. Аҳамият диҳед, ки намоиш дар танзими андозаҳо иштирок намекунад, зеро он як андозаи номуайян аст, ки бо як қатор муколамаҳои намоёнӣ дар болои саҳифаи конфигуратсияи таркибӣ идора карда мешавад. Аҳамият диҳед, ки намуди назар дар зергурӯҳҳои дигар дар танзимоти sortOrder иштирок мекунад. Дар ин мисол, назари қуллаҳо зертрекҳои bigBed -ро дар бар мегирад, ки ҳама пешфарзҳои scoreFilter -ро дар сатҳи намоиш муайян мекунанд. Қариб ҳама танзимоте, ки барои тамоми дарахт умумӣ аст, дар сатҳи таркибӣ муайян кардан мумкин аст, ки ҳар як параметре, ки барои намоиш маъмул аст, дар сатҳи намоиш муқаррар карда мешавад ва ҳар танзимоте, ки ба як зертрек хос аст, бояд дар он сатҳ муқаррар карда шавад. Дар ёд доштани мерос, мо мебинем, ки зертрек нишон додашуда намуди пайраҳаи худро аз намуди мерос мегирад, аммо намоиши пешфарзии худро бо таркиб маҳдуд мекунад. Яъне, он намуди зоҳирии пурборро аз манзара мерос мегирад, аммо таркиб ҳамаи зергурӯҳҳои намоёнро ҳамчун зич нишон медиҳад.

Як чизи иловагиро бояд қайд кард, ки ин суруди таркибӣ "навъи кат 3" аст. Композитҳо барои муайян кардани формати додаҳояшон ниёз надоранд, зеро ҳама маълумот бо зертрекҳо алоқаманданд. Ғайр аз он, композитҳои бисёрнамо қариб ҳамеша форматҳои сершумори маълумот доранд. Аммо "навъ" инчунин назорат мекунад, ки кадом вариантҳои конфигуратсияро барои трек пешниҳод кардан мумкин аст. Одатан, таркиби яксатҳи якхела бо ҳамаи зергурӯҳҳои худ як навъ дорад ва имконоти конфигуратсияи корбарро дар сатҳи боло пешниҳод мекунад. Аммо таркиби сершумор аксар вақт ба устухонҳои луч "кат 3" дода мешавад ва имконоти конфигуратсияи корбарро дар сатҳи намоиш пешниҳод мекунад. Истисноҳо аз ин намуна вуҷуд доранд, аммо онҳо камёбанд.

Роҳҳои маҷмӯӣ ё қабати болоӣ: multiWig

Дар баъзе мавридҳо, маълумот аз якчанд трекҳо он қадар зич алоқаманданд, ки дидани он ҳамчун як трек маъно дорад. Намунаи премераи ин треки такрории сигнал мебошад (яъне " multiWig "). Роҳҳои қабати сигнал сигналҳои сигналро аз якчанд зертрекҳо бо тарзҳои мухталиф нишон медиҳанд ва имкон медиҳанд, ки маълумоти якчанд трекҳо якҷоя дар намуди конденсатор дида шаванд. Усули пешфарзӣ барои multiWigs ҳамчун шаффофиятҳои ранга аст, ки дар он ҳама графикҳо дар болои яки дигар ба тавре кашида мешаванд, ки минтақаҳои такроршаванда ранги дигар доранд. Интихоби дигар ин қабати сахт аст, ки дар он ҳама графикҳо то ҳол бо ҳам бо ҳам кашида мешаванд, аммо бе шаффофият. Интихоби сеюм дар он ҷо ҷойгир карда мешавад, ки дар он арзишҳои зертрекҳо дар болои якдигар ҷойгир карда шаванд ва бидуни ҳамдигар такрор нашаванд, ба тавре ки баландии умумии чархзанӣ маблағи ҳамаи арзишҳо дар зертрекҳо мебошад. Арзиши треки қабати болотар аз конденсатсияи тасвир аст. Баъзан ин роҳи муассиртарин барои муайян кардани муносибатҳои пинҳонӣ дар маълумоти асосӣ мебошад. Бо вуҷуди ин, треки қабати бояд аз ҳад зиёд истифода нашавад. Кӯшишҳо барои пӯшонидани зертрекҳои аз ҳад зиёд метавонанд маълумоти муҳимро пинҳон кунанд, зеро минтақаҳое, ки сигналҳои қабатиашон зиёд аст, барои тафсир кардан хеле торик мешаванд. Зиёда аз ҳашт зертрек дар як қабати ягона метавонад камтар аз идеалӣ бошад. Мисли композитҳо, барои трекҳои multiWig доштани андозаи якхелаи маълумот муҳим аст, яъне баландии сигнали 100 бояд барои тамоми маҷмӯи трекҳо ҳамин тавр тафсир карда шавад. Гарчанде ки ин барои таркиб ё намоиш дуруст аст, он махсусан барои пайроҳаҳои такрорӣ муҳим аст. Шумо наметавонед як сигналро аз 0-1 бо сигнали дигар аз 0-1000 боло гузоред.

Роҳҳои қабати сигнал ба монанди композитҳои оддӣ эълон карда мешаванд. Аммо, ба ҷои танзимоти "композитӣ", онҳо худро ҳамчун "контейнер"-и "навъи multiWig" эълон мекунанд. Мисли композитҳои оддӣ, ҳама намудҳои зертрек бояд якхела бошанд ва худи контейнер бояд ҳамон як навъ эълон карда шавад (масалан, "bigWig"). Инчунин ба монанди таркиб, волидайни контейнер бояд барои ҳамаи кӯдакон танзимоти умумӣ дошта бошанд. Баръакси композитҳо, контейнерҳо на зергурӯҳҳо ва на назари худро дошта наметавонанд. Ғайр аз он, ҳама зертрекҳо дар дохили контейнер тавре танзим карда мешаванд, ки ягон конфигуратсияи мустақили зертрекҳои инфиродӣ вуҷуд надорад. Ҳатто вақте ки корбар усули қабати худро ба ҳеҷ кас муқаррар намекунад ва зертрекҳо ҳамчун сигналҳои алоҳида ҳисобида мешаванд, онҳо то ҳол ҳамчун маҷмӯа танзим карда мешаванд.

Узвият дар треки контейнерӣ дар сатҳи зертрек эълон карда мешавад. Нишондиҳандаҳо бояд бо имтиҳон дар зери волидони контейнерашон муайян карда шаванд.

Эълон кардани усули ҷамъкунӣ муҳим аст, вагарна ин маҷмӯи трекҳо ҳамчун маҷмӯа бо маҳдудиятҳои иловагӣ намоиш дода мешаванд. Аз чаҳор интихоб, танзимоти афзалиятнок transparentOverlay аст. Танзимоти часпонидашуда графикҳоро дар реҷаи ҷамъшуда кашида мебарорад. Танзимоти solidOverlay набояд истифода шавад, агар зиёда аз якчанд трек мавҷуд бошад ва ҳеҷ кадоме аз онҳо набояд пешфарз бошад. Усули ҷамъкунӣ як варианти танзимшаванда аст, бинобар ин корбар метавонад барои дидани нозукиҳои дар ҳолати қабати пинҳоншуда муваққатан онро ба ҳеҷ кас муқаррар кунад.

Subtracks дар қабати дорои рангҳои инфиродӣ. Ин танзимотро барои нишон додани ранги бо ҳар кадоми онҳо дар саҳифаи конфигуратсияи трек истифода баред.

Ин контейнер барои қабати шаффофи трекҳои сигнал бо 2 зергурӯҳ нишон дода шудааст. Роҳҳо навъи "bigWig" мебошанд, гарчанде ки аввалин зертрек парик аст. Чунин омехтаҳо иҷозат дода мешаванд. Аҳамият диҳед, ки мӯй нисбат ба дигарон каме калонтар аст. Андозаҳои сигнал дар ин ҳолат ба қадри кофӣ наздиканд ва viewLimit -и пешфарз, ки ба ҳама зертрастҳо истифода мешавад, нишон медиҳад, ки ҳама гуна сигнали аз 10 боло қавӣ маънидод карда мешавад. Дар хотир доред, ки ҳар як зертрек бояд ранги худро муайян кунад ва дар ин мисол ин ранг дар саҳифаи конфигуратсияи суруд ва инчунин дар тасвир дида мешавад. Инчунин аҳамият диҳед, ки зертректи аввал ҷадвалро аз номи сурудаш фарқ мекунад. Одатан номи ҷадвал (ё решаи файли дурдаст) бо номи суруд якхела аст. Номи трек калиди беназир аст. Аммо аксар вақт чунин аст, ки ҷадвал ё файли додаҳои фосилавӣ метавонад ҳамчун трек ё зертрек инфиродӣ, инчунин як қисми треки қабати сигнал нишон дода шавад. Ҷойгир кардани номи ҷадвал дар ин ҷо аз он шаҳодат медиҳад, ки трек бо номи "myFirstWig" низ вуҷуд дорад ва ҳамон маълумотеро, ки дар ин треки такрорӣ истифода мешавад, намоиш медиҳад.

Ин контейнер барои қабати шаффофи роҳҳои сигнал бо 2 зертрек нишон дода шудааст. Роҳҳо аз намуди "bigWig" мебошанд. Аҳамият диҳед, ки зертректи аввал нисбат ба дигарон каме калонтар аст. Андозаҳои сигнал дар ин ҳолат ба қадри кофӣ наздиканд ва viewLimit -и пешфарз, ки ба ҳама зертрастҳо истифода мешавад, нишон медиҳад, ки ҳама гуна сигнали аз 10 боло қавӣ маънидод карда мешавад. Дар хотир доред, ки ҳар як зертрек бояд ранги худро муайян кунад ва дар ин мисол ин ранг дар саҳифаи конфигуратсияи суруд ва инчунин дар тасвир дида мешавад.

Роҳҳои фармоишӣ

Роҳҳои фармоишӣ роҳҳое мебошанд, ки тавассути браузер тавассути hgCustom CGI бор карда мешаванд. Баръакси роҳҳои дар маҳал ҷойгиршуда, ё ҳатто тректери Hub, онҳо барои муайян кардани формат ва рафтори онҳо дар браузер як trackDb.ra надоранд. Бо вуҷуди ин, онҳо аксари танзимотро ҳамчун як суруди дар сатҳи маҳаллӣ ҷойгиршавандаи як навъи дастгирӣ дастгирӣ мекунанд. Якчанд танзимоти иловагӣ мавҷуданд, ки барои пурра дастгирӣ кардани трекҳои фармоишӣ лозиманд.

Бо номи геном/маҷлиси db пур карда шудааст.

Танҳо як маротиба истифода мешавад, барои татбиқ кардани ҷуброн ба маълумоти навъи кати треки фармоишӣ.

Корбари дохилӣ танҳо &ndash таъин нашудааст. Бо ҳама сатрҳои сабки trackDb.ra аз вуруди hgCustom пур карда шудааст.

Корбари дохилӣ танҳо &ndash таъин нашудааст. Пур карда мешавад, агар роҳҳои фармоишӣ тавассути URL бор карда шаванд.

Танҳо корбари дохилии & ndash танзим намекунад.

Намедонам, ки чӣ тавр он аз tdbType фарқ мекунад.

Корбари дохилӣ танҳо &ndash таъин нашудааст. Бо шумораи сутунҳои кат, ки дар hgCustom CGI муайян карда шудааст, пур карда шудааст.

Танҳо корбари дохилии & ndash танзим намекунад. Бо ашёи аввал дар bedList дар hgCustom CGI пур карда шудааст.

Корбари дохилӣ танҳо &ndash таъин нашудааст. Бо ном, агар файли партов, ки тавсифи HTML барои треки фармоиширо дар бар мегирад, пур карда шудааст.

Танҳо корбари дохилии & ndash танзим намекунад. URL -и воридкардаи корбар пур карда шудааст

Корбари дохилӣ танҳо &ndash таъин нашудааст. Пур аз мавқеъ аз вуруди hgCustom.

Корбари дохилӣ танҳо &ndash таъин нашудааст. Бо номи фармоишии корхона, ки дар hgCustom CGI муайян шудааст, пур карда шудааст.

Танҳо корбари дохилии & ndash танзим намекунад. Бо ашёи бистари slCount дар hgCustom CGI пур карда шудааст.

Танҳо корбари дохилии & ndash танзим намекунад. Бо номи файли партов пур карда шудааст, ки дорои маълумоти maf мебошад, ки дар hgCustom CGI бор карда шудааст.

Корбари дохилӣ танҳо &ndash таъин нашудааст. Кӯҳна: Бо андозаи ҳадди ақали индекс барои db пур карда шудааст, ки якҷоя chromNamesро "ҳамвор" нахоҳад кард.

Танҳо корбари дохилии & ndash танзим намекунад. Бо хати "суруд" пур карда шудааст, ки корбар дар hgCustom CGI ворид кардааст.

Корбари дохилӣ танҳо &ndash таъин нашудааст.

Навъеро, ки бояд ба tdb->type дохил шавад, нигоҳ медорад.

Танҳо корбари дохилии & ndash танзим намекунад. Бо номи файли партов пур карда шудааст, ки дорои маълумоти дуии wib мебошад, ки дар hgCustom CGI бор карда шудааст.

Корбари дохилӣ танҳо &ndash таъин нашудааст. Бо номи файли партов пур карда шудааст, ки дорои маълумоти парике мебошад, ки дар hgCustom CGI бор карда шудааст.


Файли .broadpeak -ро бо 9 сутун чӣ гуна бояд эзоҳ дод? - Биология

ATACProc - лӯлаи коркарди додаҳои ATAC -seq

Таҳиягар: Сурая Бхаттачария

Роҳбарон: доктор Ферхат Ай ва доктор Пандуранган Виҷаянанд

Институти иммунологияи Ла Жолла, CA 92037, ИМА

ATACProc як лӯлаест барои таҳлили маълумоти ATAC-seq. Дар айни замон маҷмӯаҳои додаҳо бо яке аз чаҳор геноми истинод, яъне hg19, hg38, mm9 ва mm10 дастгирӣ карда мешаванд. Хусусиятҳои муҳими ин лӯла инҳоянд:

Маълумоти форматшудаи fastq ё BAM-и ягона ё ҷуфтшударо дастгирӣ мекунад.

Хулосаи ҳамоҳангсозӣ ва омори QC тавлид мекунад.

Зангҳои баландтарин бо истифода аз MACS2, барои чанд остонаи FDR (0.01 ва 0.05)

Эҷоди хом ва фарогирии мӯътадилгардонидашудаи трекҳои BigWig барои визуализатсияи маълумот дар браузери геноми UCSC.

Таҳлили такрорнашавандаи сатҳи кашфи (IDR) (https://github.com/nboley/idr) байни маҷмӯи занги баланд ё ҳатто маҷмӯи файлҳои ҳамоҳангсозии вуруд (BAM) (дар ин ҳолат қуллаҳо аввал ҳисоб карда мешаванд), ки ба маҷмӯи такрори биологӣ ё техникии ATAC-seq.

Нав дар версияи 2.0: Дастгирии партофтани хонишҳо дар минтақаҳои геномии сиёҳшуда

Нав дар версияи 2.0: Дастгирии истихроҷи хондани нуклеосомаҳои ройгон (NFR), як ё якчанд минтақаҳои нуклеосомаи дорои (+1M) барои таҳлили изи TF.

Нав дар версияи 2.0: Мутобиқати бастаи ATAQV (https://github.com/ParkerLab/ataqv) барои тавлиди омори ҷамъбастӣ дар маҷмӯи намунаҳо.

Версияи 2.1 - июли 2020

Тағироти ночизи синтаксиси дубораи такрории picard, мувофиқи версияи асбоби picard 2.8.14 Мо тавсия медиҳем, ки ин (ё дертар) версияҳоро истифода барем

Версияи 2.0 - Ноябри 2019

Дохил кардани изи пои TF, партофтани ихтиёрии минтақаҳои геномӣ дар рӯйхати сиёҳ, таҳлили мотивҳо

Омори ҷамъбастии навшуда бо дастгирии бастаи ATAQV (https://github.com/ParkerLab/ataqv)

Бастаи R ATACseqQC (https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ATACseqQC.html) ва амалиёти мувофиқ, асосан аз сабаби мураккабии вақт ва масъалаҳои эътимоднокӣ партофташуда.

Нусхаи аввалини лӯлаи ATAC-seq, ки тавлиди ченакҳои QC, зангҳои авҷи, трекҳои сигналро барои визуализатсия дар браузери геномии UCSC дастгирӣ мекунад, бароварда шуд.

Инчунин IDR -ро дар байни маҷмӯи қуллаҳо / ҳамоҳангсозӣ барои маҷмӯи такрориҳо дастгирӣ мекунад.

Ҳуҷҷатҳо / истинодҳо барои фаҳмидани QCs ATAC-seq:

https://github.com/crazyhottommy/ChIP-seq-analysis (хеле муфид дорои бисёр ҳуҷҷатҳо ва истинодҳо барои фаҳмидани маълумоти ChIP-seq ва ATAC-seq мебошад)

Фаҳмидани занги баланд

Фаҳмидани пойафзоли TF

Фаҳмидани таҳлили IDR

Пеш аз иҷрои ин лӯла бояд бастаҳо / китобхонаҳои зерин насб карда шаванд:

Муҳити R (мо 3.4.3-ро истифода бурдем)

Истифодабаранда инчунин бояд бастаҳои R -и зеринро иҷро карда, фармони зеринро дар дохили дархости R иҷро кунад:

install.packages(c("optparse", "ggplot2", "data.table", "plotly"))

Воситаҳои PICARD (мо версияи 2.8.14 -ро истифода мебурдем, ҳоло қаблан мо версияи 2.7.1 -ро истифода мебурдем) https://broadinstitute.github.io/picard/

Утилитҳои "bedGraphToBigWig", "bedSort", "bigBedToBed", "hubCheck" ва "fetchChromSizes" - аз анбори UCSC http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/ зеркашӣ карда мешаванд

HOMER (мо тавсия медиҳем, ки версияи охиринро истифода барем) http://homer.ucsd.edu/homer/

Бастаи ataqv (https://github.com/ParkerLab/ataqv). Истифодабаранда бояд файли GitHub-ро (.tar.gz) дар ҷои мувофиқ зеркашӣ кунад, онро истихроҷ кунад ва роҳи мувофиқро дар файли конфигуратсия пешниҳод кунад (дар зер зикр шудааст).

Аввалин корбар бояд модулро насб кунад RGT бо истифода аз фармонҳои зерин:

Папка rgtdata дар дохили феҳристи хонагӣ сохта мешавад. Қадами навбатӣ ин танзим кардани он ҷузвдон бо навиштани фармонҳои зерин аст:

Сипас, корбар бояд тавассути иҷрои фармонҳои зерин маълумоти конфигуратсияи мотивро насб кунад (беҳтараш дар муҳити qsub / кластер иҷро шавад)

Истифодабаранда бояд PATH -и китобхонаҳо / бастаҳои дар боло зикршударо дар дохили тағирёбандаи SYSTEM PATH дохил кунад. Ба таври дигар, насбкунии PATHS барои баъзе аз ин бастаҳо бояд дар файли алоҳидаи конфигуратсия зикр карда шавад (дар зер тавсиф шудааст)

Барои иҷрои рамзи IDR бояд бастаҳо / китобхонаҳои зерин насб карда шаванд

IDRCode (https://drive.google.com/file/d/0B_ssVVyXv8ZSX3luT0xhV3ZQNWc/view?usp=sharing). Истифодабаранда бояд архивро кушояд ва дар ҷои мувофиқ нигоҳ дорад. Роҳи ин дастгоҳ бояд барои иҷрои рамзи IDR пешбинӣ карда шавад.

Истифодабаранда бояд аввал ин қубурро дар ҷои мувофиқ бо истифода аз фармони зерин клон кунад:

Скрипти намунавии "pipepower_exec.sh" фармонҳои асосии иҷроро дар бар мегирад, то иҷрокунандаи асосии "boru.sh" (дар дохили папкаи "бин" ҷойгир бошанд). Иҷрошаванда дорои имконоти зерини фармон аст:

Воридот дар файли конфигуратсия (параметри аввал)

Файли конфигуратсия аз рӯи формати параметр = арзиш амал мекунад

Ва он бояд бо сабтҳои зерин пур карда шавад:

Тавсифи натиҷаи лӯлаи ATAC-seq

Дар дохили папка OutDir (бо варианти конфигуратсия -d муайян карда мешавад) файлҳои зерин (f) ва ҷузвдонҳо (F) мавҷуданд:

Хулоса кардани маҷмӯи намунаҳои ATAC-seq

Фарз мекунем, ки феҳристи "/home/sourya/Results" дар дохили он ҷузвдонҳои зеринро дар бар мегирад: 1, 2, 3, 4,. ҳар як мувофиқ ба баромади коркарди намунаҳои инфиродӣ ATAC-seq.

Барои гирифтани рӯйхати ҷамъбастшудаи нишондиҳандаҳои иҷрои ин намунаҳо, скриптро истифода баред Analysis/ResSummary.r, бо истифода аз синтаксиси зерин.

Фармон барои иҷрои кодҳои IDR

Лӯлаи ҷорӣ таҳлили IDR-ро дар байни рӯйхати файлҳои қуллаи ATAC-seq ё байни рӯйхати файлҳои ҳамоҳангсозӣ (BAM) дастгирӣ мекунад. Дар мавриди дуввум, аввал файлҳои BAM таҳлил карда мешаванд ва аз намуна гирифта мешаванд, то шумораи баробари хонишҳоро гиранд (шумораи ҳадди ақали хонишҳо дар воридот) ва баъдан қуллаҳо аз ин файлҳои BAM бо истифода аз MACS2 ҳисоб карда мешаванд. Сипас ин қуллаҳо барои таҳлили IDR истифода мешаванд.

Скрипти "sample_IDRScript.sh", ки дар ин баста мавҷуд аст, занги ду вазифаро нишон медиҳад (ҳарду дар папкаи "IDR_Codes" дохил карда шудаанд):

Тавсифи натиҷаи таҳлили IDR

Дар феҳристи баромади муайяншуда "OutDir", ки дар скрипти IDR зикр шудааст, файлҳои зерин (f) ва ҷузвдонҳо (F) мавҷуданд:

Барои ҳама саволҳо, лутфан як масъалаи GitHub эҷод кунед ё ба таври дигар ба мо тавассути почтаи электронӣ фиристед:


Муҳокима

Таҷрибаҳои ChIP-seq барои таҳқиқи он, ки чӣ тавр TF-ҳои пайванди ДНК-и мушаххас ифодаи генро танзим мекунанд, бештар истифода мешаванд. Дар ин гузориш, мо 'zingers' -ро муаррифӣ мекунем: чор синфи TFBSs, ки ғанисозии назарраси сайти ҳатмиро, ки ногаҳон ба авҷи максимум наздиканд, дар саросари таҷрибаҳои ҳатмии ChIP-seq барои дигар ТФҳо нишон медиҳанд. Дар давоми таҷрибаҳои инфиродӣ TF ChIP-seq, то 45% қуллаҳо мушоҳида карда мешаванд, ки мотиви каноникии ҳатмии ТФ надоранд ва дорои мотиви занҷир буда, ба ҳисоби миёна 12% (миёна 9%) мебошанд. Гарчанде ки ба қуллаҳои холҳои пасттар дар дигар маълумотҳои TF ChIP-seq ғаразноканд, ҳамон минтақаҳои бо zinger алоқаманд одатан қуллаҳои баланди хол дар дохили маҷмӯаҳои додаҳо барои zinger TF Chipped мебошанд, ки нишон медиҳад, ки ин минтақаҳо эҳтимолан бо zinger TF алоқаманданд. Қуллаҳои мотиви zinger аз 257,631 минтақа (ҳамсояҳо) дар геном бармеоянд, ки 36% онҳо дар маҷмӯаҳои додаҳо барои TF-ҳои гуногун мунтазам мушоҳида мешаванд, дар муқоиса бо маҳаллаҳое, ки танҳо мотиви CHIPped TF доранд, ки нисбатан кам такрор мешаванд. Баъзе минтақаҳое, ки ҳам мотиви ChIPped TF ва ҳам нақши занҷир надоранд, низ такроран мушоҳида карда мешаванд. Ҳарду мотиви зинг ва ҳамсоягии мотиви номаълум дар наздикии минтақаҳои сохторӣ ҷойгиранд, ки бо мавҷудияти маҷмӯаҳои гурӯҳҳои cohesin ва polycomb муайян карда шудаанд. Баҳисобгирии саҳми минтақаҳои марбут ба Зингер ба таҳқиқоти глобалии пайдарпаии танзим барои баррасии ояндаи маълумоти ChIP-seq хоҳад буд.

Фаҳмидани механизми асосии биохимиявӣ, ки тавассути он минтақаҳои бо зингер алоқаманд дар чунин маҷмӯаҳои гуногуни додаҳо мушоҳида мешаванд, бояд ҳал карда шавад. Аммо, бар асоси бозёфтҳои ин таҳқиқот, мо як модели "истгоҳи боркунӣ" -ро, ки ба ҳолати фаҳмиши мо мувофиқ аст, пешниҳод мекунем (Расми 6). Протеинҳои когезин/поликомб ва зингер пешниҳод карда мешаванд, ки дар демаркатсия ва мӯътадилсозии таъсири мутақобилаи байнисегментҳои ДНК, ки дар он TFҳо пайваст мешаванд, иштирок кунанд. Дар ин "истгоҳҳо", TF ChIPped метавонад тавассути робитаҳои мустақим (Расми 6B) ё бавосита (Расми 6C) бо ДНК мавҷуд бошад ва ё дар cis- ё транс- созишнома бо занҷири TFBS. Дар озмоиши ChIP, бо фарз кардани пайванди ковалентии CHIPped TF ва ДНК-и когезин ҷуфтшуда, намунаҳои ғанисозии мотивҳои дар ин гузориш мушоҳидашуда метавонанд пайдо шаванд, аз ҷумла мавҷудият ё набудани нақшҳо барои ҳам барои CHIPped TF ва ҳам занҷир. Ба таври алтернативӣ ё эҳтимолан дар якҷоягӣ, метавонанд минтақаҳои дорои зингер мавҷуд бошанд (Расми 6D), ки дар онҳо сафедаҳои зиёде мавҷуданд (дар сатҳи популятсияи ҳуҷайра). Чунин минтақаҳо метавонанд дорои як қатор эпитопҳо бошанд ва аз ин рӯ эҳтимоли зиёд дар таҷрибаҳои ChIP-seq, хусусан бо антителоҳои поликлоналӣ барқарор карда мешаванд. Дар доираи ин модел, TF-ҳо метавонанд ба минтақаҳои когезин ва зингер ишорашуда «боздид» кунанд, ки дар натиҷа барқароршавии паст, вале пайвастаи хондан дар таҷрибаи ChIP-seq оварда мерасонад. Модел барои пайдоиши такрории қуллаҳои мифҳои занҷир, наздикии қуллаҳо ба минтақаҳои муттаҳидшаванда ва чаро мотивҳои зинг ҳатто дар сурати набудани мотифи ChIPped TF дар пайдарпай мавҷуд буда метавонанд.

Моделе, ки барои бойсозии мотиви zinger дар маҷмӯаи маълумотҳои ChIP-seq ҳисоб карда мешавад. Модели истгоҳи боркунии TF муаррифӣ карда шудааст, ки бо ғанисозии мотивҳои занҷер дар саросари маълумоти гуногуни TF ChIP-seq ва хатҳои ячейка мувофиқ аст. Байзаки кабуди торик TF -и ChIPped, байзавии магина зингерҳоро, байзаҳои рангаи боқимонда TFs ё дигар сафедаҳо ё комплексҳое, ки бо ДНК алоқа доранд, ва ҳалқаи сурх сафедаҳои коэсин ва поликомбро ифода мекунанд. Рӯйҳои хокистарӣ хроматин мебошанд. (A) Баррасии станцияи борбардор. Протеинҳои сершумор метавонанд дар як минтақаи маҳаллӣ мутақобила кунанд, ки аз он TFҳо метавонанд барои ҷустуҷӯи минтақаҳои дигари танзимкунанда пароканда шаванд. Зингерҳо ва ҷузъҳои сохторӣ ба монанди сафеинҳои гурӯҳи когезин ва поликомб хусусиятҳои асосӣ мебошанд. Панелҳои B, C ва D сенарияҳои мушаххасро пешниҳод мекунанд, ки дар доираи он сегментҳои истгоҳи боркунии ДНК метавонанд дар таҷрибаи ChIP-seq барқарор карда шаванд. (Б) Пайванди мустақим. TF -и ChIPped мустақиман ба TFBS пайваст мешавад, дар ҳоле ки мотиви занҷир дар он мавҷуд аст транс (боло) ё дар cis (поён). (C) Пайванди ғайримустақим. ChIPped TF аз сабаби таъсири мутақобилаи ғайримустақим мавҷуд аст, ки протеини миёнаравро дар бар мегирад. Мотифи зингер боз дар он мавҷуд аст транс (боло) ё дар cis (поён). (D) Ҳодисаҳои ғайримуқаррарӣ. Дар истгоҳи боркунӣ сафедаҳои сершумор мавҷуданд, ки фаровонии эпитопҳоро таъмин мекунанд ва ҳамин тариқ эҳтимолияти барқароршавӣ дар таҷрибаи ChIP-seq меафзояд.

Аз нуқтаи назари механизми васеътар, механизми истгоҳи боркунӣ бо назарияи 'ҷаҳидан-ҷаҳидан' мувофиқ аст, ки чӣ тавр ТФҳо ядроҳоро барои расидан ба TFBS-ҳои худ самаранок ҷустуҷӯ мекунанд [27]. Модели пешниҳодшудаи истгоҳи боркунӣ дар адабиёти нав дастгирӣ карда мешавад. Форе ва дигарон.[23] нақши когезинро дар мӯътадилсозии комплексҳои калони сафеда-ДНК пешниҳод мекунанд. Дар ҳоле, ки ин дастнавис таҳти баррасӣ буд, Taipale ва дигарон.[28] тадқиқотро бо истифода аз хати ҳуҷайраи LoVo нашр кард, ки ишора мекунад, ки коезин ҳангоми нигоҳ доштани хроматин ҳангоми тақсимоти ҳуҷайраҳо барои мусоидат намудан ба ТФ -ҳо пас аз анҷоми тақсимот ба ин минтақаҳо бармегардад.

Мундариҷаи занҷири ҳар як маҷмӯаи маълумотҳои ChIP-seq бояд баҳо дода шавад, ки бо кӯшиши афзоянда барои интиқоди арзёбии ин маълумот [12], [29], [30] мувофиқ аст. Масалан, маҷмӯи маълумотҳои STAT1 (GM12878) ChIP-seq аз 30% қуллаҳо бо мотивҳои занҷер ба қуллаи MaxMax наздиктар аст, дар ҳоле ки мотивҳои STAT1 танҳо дар басомади пасзамина рух медиҳанд. Мо як усули умумиро барои омӯзиши мундариҷаи zinger пешниҳод мекунем. Барои ҳар як маҷмӯи додаҳои ChIP-seq, минтақаҳои қуллаҳо бояд барои мавҷудияти мотиви ChIPped TF дар наздикии peakMax скан карда шаванд. Қуллаҳое, ки мотиви ChIPped TF надоранд, бояд бо ҳамсоягии такрории зингер муқоиса карда шаванд (Файли иловагӣ 12: Dataset S1). Қисмати маҷмӯаи додаҳо, ки бо ҳамсояҳо ба ҳам мепайвандад, дар бораи хусусияти умумии таҷриба фаҳмиш медиҳад.


Маълумоти эзоҳ

Дар зер шарҳҳои гуногун мавҷуданд Саҳифаи маълумот оид ба изофоника аммо тавсия дода мешавад, ки хондани зерро идома диҳед, то фаҳмед, ки эзоҳҳо ва чӣ гуна ба даст омадаанд.

Аннотацияҳое, ки дар ин ҷо интишор шудаанд, ба чор категория тақсим мешаванд: аккордҳо, калидҳо, сегментатсияҳои сохторӣ ва таппакҳо/барҳо. Ҳадаф аз он иборат аст, ки тавассути омезиши якчанд хусусиятҳое, ки бо ҳам пайванданд, боз ҳам бештар мусиқиро ба даст оред. Албатта, шумо инчунин метавонед тавзеҳоти як хусусияти ягонаи мусиқиро алоҳида истифода баред.

Мо ҳама маълумотро бо ду усули комилан гуногун нашр мекунем, яъне формати матни оддӣ (бо тамдиди .lab ё .txt, вобаста ба намуди маълумот) ва RDF. Маълумоти RDF барои одамон ба осонӣ хонда намешавад, аммо имкон медиҳад, ки маълумотро дар заминаи васеътари веб семантикӣ истифода барад. Дар хотир доред, ки дар ҳоле ки маълумоти матнӣ ҳамчун ҳар як суруд ва ҳар як хусусият ҳамчун файлҳои алоҳида пешниҳод карда мешавад, дар як суруд танҳо як файли RDF мавҷуд аст. Агар шумо файли аслии аудиоӣ дошта бошед, файли RDF метавонад мустақиман дар Sonic Visualiser кушода шавад ва ҳама эзоҳҳо барои ин суруд намоиш дода мешаванд.

Мо ифтихор дорем, ки ин маълумотро интишор мекунем, аммо лутфан бидонед, ки он ҳеҷ гоҳ комилан "дуруст" нахоҳад буд, бо якчанд сабаб:

  • мусиқӣ ҳамеша номуайян аст ва одамони гуногун дар як мусиқӣ чизҳои гуногунро мешунаванд, аз ин рӯ тамға метавонад танҳо ҳақиқати даркшудаи шахс ё гурӯҳи одамонро инъикос кунад,
  • миёнараве, ки мо тафсирҳоро дар он пешниҳод мекунем, комил нест ва синтаксис ва умуман усуле, ки бо он хусусиятҳои мо шарҳ дода мешаванд, то ҳол беҳтар карда шаванд ва ниҳоят
  • хатогиҳои хаттӣ ва дигар хатогиҳо дар натиҷаи тафсири нодурусти шарҳдиҳанда (ки аз фарқияти дарки дар боло зикршуда фаротар аст) рух дода метавонанд.

Эзоҳҳо бо "тамғаҳои эътимод" меоянд (ниг. ба поён ва дар файлҳои инфиродии RDF), то ба шумо бигӯед, ки мо то чӣ андоза ин манбаи хатогии охирини "хато" мувофиқ аст.

Дар зер шумо дар бораи намудҳои алоҳидаи эзоҳҳо барои файлҳои матнӣ шарҳҳои мушаххас пайдо мекунед. Файлҳои RDF бояд ба корбари коршинос фаҳмо бошанд.

Аккордҳо

Синтаксиси Крис Хартро, ки дар рисолаи доктории соли 2010 [2] муфассал шарҳ дода шудааст, риоя кунед (ки ин пешниҳоди пешниҳоди ISMIR дар соли 2005 мебошад [3]). Файлҳои .lab файлҳои матнии тақсимшуда бо фазои холӣ бо се сутун мебошанд, ки мутаносибан ба вақти оғоз, вақти офсет ва нишони аккорд мувофиқанд. Арзёбии эътимоди мо:

  • Битлз: якчанд маротиба аз ҷониби Кристофер Ҳарте ва ҷомеаи MIR тафтиш карда шудааст, бо боварӣ истифода баред.
  • Zweieck, Малика: аз ҷониби Матиас санҷида, бо эътимоди мӯътадил истифода баред.
  • Кэрол Кинг: Бодиққат тафтиш карда нашудааст, бо эҳтиёт истифода баред.

Сегментатсияҳо

Инҳо сегментатсияҳои сохторӣ, нишонгузории оятҳо, хорҳо, рефринҳо ва ғайра мебошанд. Файлҳои .lab файлҳои матнии бо се сутун ҷудошуда мебошанд, ки мувофиқи вақти оғоз, вақти офсет ва нишони сегмент мебошанд. Ҳар як сегмент аз сарҳади бар сар мешавад ва сарҳадҳои қисм бояд хеле боэътимод бошанд. Қисмҳо (ба монанди як оят), ки қисман такрор мешаванд (шояд дертар дар суруд), аммо дар акси ҳол ба назар мерасанд, одатан ҳамчун як ҷузъ баррасӣ карда мешаванд, яъне ҳеҷ ҷузъе нест. Аммо тамғагузорӣ то ҳол чандон мувофиқ нест (ба нишонаҳои "хомӯшӣ" аҳамият диҳед), аз ин рӯ бо истифода аз тамғакоғазҳо барои муайян кардани он ки оё алгоритм дуруст муайян мекунад, ки "якхела" будани ду сегмент метавонад боиси ғам гардад. Умуман бо эҳтиёт истифода баред.

Ин тамғакоғазҳо дар як суруд минтақаҳои тоникиро ифода мекунанд. Файлҳои .lab файлҳои матнии тақсимшуда бо се сутун мебошанд, ки мутаносибан ба вақти оғоз, вақти офсет ва тамғаи калид мувофиқанд. Умуман, бо эҳтиёт истифода баред, махсусан калидҳои Битлз: калиди асосӣ ҳамеша эзоҳ дода мешавад, аммо дар баъзе файлҳо тағйироти калидӣ мумкин нест.

  • Малика, Цвейк, Кэрол Кинг: аз ҷониби Матиас Мауч санҷида шудааст, бо эътимоди мӯътадил истифода баред.
  • The Beatles: аксар вақт танҳо калиди асосӣ дода мешавад. Он метавонад ягона калид бошад ё не. Бо эҳтиёт истифода баред.

Мезад

Файлҳои латукӯб ҳамчун фосилаи холии файлҳои .txt, ки сутуни якум вақти латро ифода мекунад, меоянд, сутуни дуюм мавқеи метрӣ мебошад. Тамғакоғазҳои сатрро аз он метавон танҳо бо истифода аз вақтҳое, ки мавқеи метрикӣ "1" аст, ба даст овард.

  • Битлз: аз ҷониби Мэттью Дэвис тафтиш карда шудааст. Бо боварии мӯътадил истифода баред.
  • Zweieck: аз ҷониби Ҳелена ду Тоит ва Маттиас Мауч тафтиш карда шуданд. Бо эътимоди миёна истифода баред.

Аудио

Мо аудиоро тавре ки дар CD -ҳои зерин оварда шудааст, истифода бурдем:

  • Кэрол Кинг: Гобелен, Ode Records, 4931802003
  • Малика: Беҳтарин хитҳо I, парлофон, 0777 7 8950424
  • Малика: Бузургтарин Хитҳо II, Parlophone, CDP 7979712
  • Малика: Беҳтарин хитҳо III, Парлофон, 7243 52389421
  • Битлз: Лутфан ба ман писанд оед, CDP 7 46435 2
  • Битлз: Бо Битлз, CDP 7 46436 2
  • Битлз: Шаби рӯзи сахт, CDP 7 46437 2
  • Битлз: Битлз барои фурӯш, CDP 7 46438 2
  • Битлз: Кӯмак !, CDP 7 46439 2
  • Битлз: Рӯҳи резинӣ, CDP 7 46440 2
  • Битлз: Револвер, CDP 7 46441 2
  • Битлз: сержант. Банд клуби Lonely Hearts Pepper, CDP 7 46442 2
  • Битлз: Сафари Асрори ҷодугарӣ, CDP 7 48062 2
  • Битлз: Битлз (албоми сафед), CDS 7 46443 8
  • Битлз: Эбби Роуд, CDP 7 46446 2
  • Битлз: Бигзор он бошад, CDP 7 46447 2
  • Zweieck: Zwielicht (тамос барои маълумот ё харид)

Файли .broadpeak -ро бо 9 сутун чӣ гуна бояд эзоҳ дод? - Биология

Намунаи файлҳои воридотӣ дар зери маълумот мебошанд. Намунаи скрипт дар ин ҷо аст: example.sh

Вариантҳоро дар MAF шарҳ медиҳад (https://docs.gdc.cancer.gov/Data/File_Formats/MAF_Format/) бо шарҳи OncoKB. Ҳам python2 ва ҳам python3 -ро дастгирӣ мекунад.
Тафсилоти бештарро дар бораи сатри фармон бо истифода аз python MafAnnotator.py -h гиред.

Мо тавсия медиҳем, ки коркарди файлҳои VCF тавассути vcf2maf бо isoforms OncoKB пеш аз истифодаи MafAnnotator дар ин ҷо.

Шумо ба ҳар ҳол метавонед формати MAF-ро барои тавзеҳ додани тағироти атипӣ, ба мисли MSI-H, TMB-H, EGFR vIII истифода баред. Лутфан мисолҳои бештарро дар ИН ҶО бубинед.

Тафсилоти бештарро дар сатри фармон бо истифода аз python CnaAnnotator.py -h гиред.

OncoKB пешниҳод кардани варианти сохториро пешниҳод мекунад. Аммо дар аннотатор, мо танҳо омезиши функсионалӣ шарҳ медиҳем. Формати синтез барои ҳазфи дохили генӣ GENE-intragenic ё GENE-GENE мебошад. Барои дигар омезишҳо, лутфан GENEA-GENEB ё GENEA-GENEB Fusion -ро истифода баред.

Тафсилоти бештарро дар сатри фармон бо истифода аз python FusionAnnotator.py -h гиред.

Маълумоти клиникӣ (MAF+CNA+Fusion -ро якҷоя кунед)

Шумо метавонед ҳама аннотацияро дар сатҳи намуна/беморон бо истифода аз аннотатори маълумоти клиникӣ ҷамъ кунед.

Тафсилоти бештарро дар сатри фармон бо истифода аз python ClinicalDataAnnotator.py -h гиред.

Бо HGVSp_Short, HGVSp, HGVSg ё тағирёбии геномӣ эзоҳ диҳед

OncoKB MafAnnotator тавзеҳ додани тағиротро бо формати HGVSp, HGVSp_Short, HGVSg ё Genomic Change дастгирӣ мекунад. Лутфан намуди дархостро бо параметри -q муайян кунед. Қиматҳои қобили қабул HGVSp_Short, HGVSp, HGVSg ва Genomic_Change (ҳассос ба ҳарфҳо) мебошанд. Лутфан барои мисолҳо ба data/example.sh нигаред.
Агар шумо намуди дархостро муайян накунед, MafAnnotator кӯшиш мекунад, ки дар асоси сарлавҳаҳо навъи дархостро муайян кунад.

Барои HGVSp_Short, шарҳдиҳанда аз сутуни HGVSp_Short ё Alteration тағирот мегирад
Барои HGVSp, тавзеҳот аз сутуни HGVSp ё Тағирот тағирот мегирад
Барои HGVSg, аннотатор аз сутуни HGVSg ё Alteration тағирот мегирад
Барои Genomic_Change, аннотатор тағироти геномиро аз сутунҳои Chromosome, Start_Position, End_Position, Reference_Allele, Tumor_Seq_Allele1 ва Tumor_Seq_Allele2 мегирад.

Аннотация бо Genomic_Change нисбатан суст аст. Мо бояд аввал вариантро бо GenomeNexus (https://www.genomenexus.org/) шарҳ диҳем ва сипас як ба як шарҳ гирем. Барои такмил додани ин усул пешбинй шудааст. Агар шумо маълумоти зиёдеро шарҳ диҳед, лутфан ба истифодаи навъи дигари дархост, агар имконпазир бошад, афзалият диҳед.

Эзоҳ бо геномҳои истинодҳои гуногун (GRCh37, GRCh38)

OncoKB MafAnnotator шарҳ додани тағиротро бо геномҳои истинод GRCh37 ва GRCh38 дастгирӣ мекунад.

Аннотатор геноми истинодро аз сутуни файли MAF NCBI_Build ё Reference_Genome мегирад.
Агар дар файл ягон геноми истинод нишон дода нашуда бошад, мо геноми истинодро тавассути параметри -r истифода мебарем.

Шумо метавонед бо истифода аз параметр -r геномаи истинодро таъин кунед (Ин танҳо ба MafAnnotator.py дахл дорад).
Арзишҳои қабулшаванда GRCh37, GRCh38 мебошанд (дар ҳолати ҳассос).

Агар ҳарду арзиш муайян нашуда бошад, тавзеҳдиҳанда геномаи истинод ба OncoKB -ро истифода мебарад, ки GRCh37 аст.