Маълумот

Чаро баъзе генҳои хонагӣ беҳтар ҳисобида мешаванд?

Чаро баъзе генҳои хонагӣ беҳтар ҳисобида мешаванд?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Ҳар вақте ки PCR анҷом дода мешавад, мо бояд генҳои хонагӣ ба монанди GAPDH -ро истифода барем, то арзишҳоро худтанзимкунӣ кунем, то cDNA/DNA-и оғозшударо ҳисоб кунем. Ҳоло генҳои гуногун мавҷуданд, ба монанди GAPDH, ubiquitin, actin ва ғайра.

Ҳоло ҳангоми кор бо ҳуҷайраҳо, ман фаҳмида метавонам, ки аз сабаби табиати ҷовидонаи онҳо ва ошкоро ҳайратангези шумораи наслҳое, ки онҳо аз сар гузаронидаанд, ифодаи гени хонагӣ метавонад тағир ёбад.

Фарз мекунем, ки ман бо ҳуҷайраҳо ва ба ҷои бо бофтаҳои ҳайвонот сару кор надорам, оё муҳим аст, ки ман кадом гени нигоҳдории хонаро интихоб мекунам? Ё ба ибораи дигар, оё GAPDH ба ман ҳамон мувофиқати байни намунаҳоро ҳамчун чизе ба монанди RNA 18s Ribsomal медиҳад ё ман ягон чизи мушаххасро гум мекунам?


Бале, муҳим аст. Ифодаи ген аз рӯи бофтаҳо ва шароити зиндагӣ хеле фарқ мекунад, аз ин рӯ ба шумо лозим аст, ки генҳои гуногунро санҷед ва генҳоро бо фарқияти камтарин дар ифодаи намуна ва назорат интихоб кунед.

Агар шумо ягон чизро наёбед, шумо бояд генҳои дигарро барои ин мақсад санҷед. Ин аст муҳим, зеро ин метавонад ба натиҷаи озмоиши шумо таъсири сахт расонад, зеро шумо ба генҳои хонагӣ муътадил мешавед. Агар инҳо доимӣ набошанд, он боиси мушкилот мегардад. Ба истинодҳо нигаред, ин ба ман хеле кӯмак кард.

Иқтибосҳо:

  1. Нормализатсияи дақиқи маълумотҳои миқдории RT-PCR дар вақти воқеӣ тавассути миёнаи геометрии генҳои назорати дохилӣ.
  2. Ба эътидол овардани маълумоти ифодаи ген дар меланома: таҳқиқи истифодаи глицералдегид 3-фосфат дегидрогеназа ва 18S РНК рибосомӣ ҳамчун генҳои истинод дар дохили PCR барои вақти воқеӣ.
  3. Нормализатсияи маълумоти qRT-PCR: зарурати қабули шароитҳои систематикӣ, таҷрибавӣ - мушаххас, тасдиқи истинодҳо.

Бо вуҷуди ин, шумо бояд эҳтиёт шавед. Баъзе генҳои хеле истифодашаванда метавонанд ҳамчун генҳои хонагӣ дар qPCR хеле иттилоотӣ бошанд. ACTB ва GAPDH дорои тоннаҳои псевдогенҳо мебошанд (генҳои аналогӣ, ки сафедаҳо намедиҳанд), ки метавонанд ба PCR халал расонанд. Шумо метавонед бештар дар ин мақола хонед (1).

Барои боз ҳам бадтар кардани он, пораҳои амплификацияи PCR метавонанд дарозии дақиқи ампликони ACTB дошта бошанд, ки фарқиятро ғайриимкон месозад.

Илова бар ин, шумо бояд намуди мушаххаси ҳуҷайра/ариза/табобатро ба назар гиред, зеро баъзе mRNA-ҳо метавонанд тавассути табобати А дар намуди 1 ҳуҷайра хеле доимӣ бошанд, аммо бо табобати B ё дар намуди ҳуҷайраи навъи 2 фарқ мекунанд.

Ман фикр мекунам, ки беҳтарини он истифода бурдани якчанд хонагӣ (3-5) ва бубинед, ки онҳо нисбат ба ҳамдигар чӣ гуна рафтор мекунанд. Шумо инчунин метавонед аз ин корҳои хона истифода баред.

(1) Sun, Yuan, et al. "Псевдогенҳо ҳамчун заифи ACTB (Actb) ва GAPDH (Gapdh) ҳамчун генҳои истинод дар транскрипсияи баръакс ва реаксияҳои занҷири полимераз истифода мешаванд." PloS one 7.8 (2012): e41659.


Муайян кардани генҳои хонагии инсон ва генҳои интихобии бофтаҳо тавассути мета-таҳлили микроаррей

Гурӯҳбандии транскриптомҳои сафедаи бофтаҳои муқаррарӣ ба генҳои хонагӣ ва генҳои интихобкунандаи бофтаҳо як қадами бунёдӣ дар самти омӯзиши функсияҳои генетикӣ ва ассотсиатсияҳои генетикӣ ба бемориҳои бофтаҳои мушаххас мебошад. Тадқиқотҳои қаблӣ асосан ба чанд маҷмӯаи додаҳо бо намунаҳои маҳдуд дар ҳар як бофта асос ёфта буданд, ки намояндагии генҳои муайянкардаи онҳоро бозмедошт ва дар байни онҳо консенсуси камро ба вуҷуд овард.

Натиҷаҳо

Ин тадқиқот 1,431 намунаро дар 43 бофтаҳои муқаррарии инсон аз 104 маҷмӯи додаҳои микроаррей ҷамъ овард. Мо усули навро барои беҳтар кардани арзёбии экспрессияи ген таҳия кардем ва нишон додем, ки барои дақиқ муайян кардани транскриптомҳои сафедаи бофтаи бофта беш аз даҳ намуна лозим аст. Мо 2,064 генҳои хонагӣ ва 2,293 генҳои интихобии бофтаро муайян кардем ва рӯйхати генҳоро тавассути таҳлили ғанисозии функсионалӣ таҳлил кардем. Генҳои хонагӣ асосан дар вазифаҳои бунёдии ҳуҷайраҳо иштирок мекунанд ва генҳои интихобкунандаи бофтаҳо ба вазифаҳо ва бемориҳои ба пайдоиши бофта мувофиқат мекунанд. Мо инчунин созишномаҳо ва вазифаҳои алоқамандро дар байни генҳои хоҷагидории худ ва таҳқиқоти қаблӣ муқоиса кардем ва баъзе сабабҳои консенсусҳои камро нишон додем.

Хулосахо

Натиҷаҳо нишон медиҳанд, ки намунаҳои кофӣ муайянкунии транскриптомҳои сафедаи бофтаро беҳтар кардаанд. Мета-таҳлили ҳамаҷониба сифати баланди генҳои муайяншудаи HK ва TS-ро исбот кард. Ин натиҷаҳо метавонанд барои таҳқиқоти оянда дар бораи хусусиятҳои функсионалӣ ва геномии генҳои HK ва TS манбаи муфид пешниҳод кунанд.

Иқтибос: Чанг С-В, Ченг В-С, Чен К-Р, Шу В-Й, Цай М-Л, Хуанг С-Л ва дигарон. (2011) Муайян кардани генҳои хонагии инсон ва генҳои интихобии бофтаҳо тавассути таҳлили микроаррей. PLoS ONE 6 (7): e22859. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0022859

Муҳаррир: Кристиан Шёнбах, Институти технологии Кюсю, Ҷопон

Гирифтанд: 20 апрели соли 2011 Қабул: 29 июни соли 2011 Нашр шудааст: 27 июли 2011

Ҳуқуқи муаллифӣ: © 2011 Чанг ва дигарон. Ин мақолаи дастраси кушодаест, ки тибқи шартҳои Литсензияи Creative Commons Attribution паҳн карда мешавад, ки истифодаи бемаҳдуд, паҳн ва дубора тавлид дар ҳама гуна васоити ахбори оммаро иҷозат медиҳад, ба шарте ки муаллифи аслӣ ва манбаъ ба ҳисоб гирифта шаванд.

Маблағгузорӣ: Ин тадқиқот аз ҷониби Донишгоҳи Миллии Тсин Хуа, Тайван маблағгузорӣ карда мешавад (грант 99H11K6, http://www.nthu.edu.tw/english/index.php). Маблағгузорон дар тарҳрезии омӯзиш, ҷамъоварӣ ва таҳлили маълумот, тасмим дар бораи нашр ё омода кардани дастнавис нақш надоштанд.

Манфиатҳои рақобаткунанда: Муаллифон эълон кардаанд, ки манфиатҳои рақобаткунанда вуҷуд надоранд.


Хромосомаи X

Бемории ба X-пайванди инсон

Синдромҳои маъмултарини инсонӣ, ки бо хромосомаи X алоқаманданд, аномалияҳои шумораи хромосомаҳои ҷинсӣ мебошанд, ки дар натиҷаи ҷудошавӣ дар мейоз ба вуҷуд меоянд. Синдроми Тернер тақрибан дар 1 дар 2000 таваллуди занон рух медиҳад ва аз сабаби гум шудани тамоми хромосома, ки ба кариотипи XO оварда мерасонад, ба вуҷуд меояд. Барои фаҳмидани он ки чаро мавҷудияти як хромосомаи X дар занони XO зараровар аст, аммо на дар мардони XY, пешниҳод шудааст, ки синдроми Тернер аз як вояи як ё якчанд генҳо, ки одатан аз он хориҷ мешаванд, ба вуҷуд омадааст. X - ғайрифаъолкунӣ. Ин ба мушоҳида мувофиқ аст, ки мушҳо бо кариотипи XO фенотипи ошкоро надоранд ва генҳои муш камтар гузориш медиҳанд, ки аз ғайрифаъолшавии X гурезанд. Хромосомаи иловагии X дар 1 аз 600 мард, ки беморони синдроми Клайнфелтер мебошанд, ки кариотипи XXY доранд, мавҷуд аст. Камтар, духтарон низ бо XXX ва XXXX комплементҳо муайян карда шудаанд. Мутацияҳо ё азнавсозӣ дар генҳо, ки дар муайян кардани ҷинси ибтидоӣ ё дуюмдараҷа муҳиманд, метавонанд ба духтарон бо комплементи хромосомаи XY ва писарон бо комплементи XX оварда расонанд.

Мутация дар генҳои ягонаи ба X пайвастшуда дар мардон пурра ифода ёфта, боиси ихтилоли «бо ҷинс» мегардад, масалан, дистрофияи мушакҳои Дюшен, ки тақрибан 1 аз 3000 мардро ташкил медиҳад ва синдроми сустшавии рӯҳии ба X алоқаманд, ки дорои ҳодисаи тақрибан 1 аз 10000 мард. Дар натиҷаи ғайрифаъолшавии тасодуфии яке аз ду хромосомаи X-и онҳо дар рушди барвақт, ҳама духтарон мозаикаи ду популятсияи ҳуҷайраҳо мебошанд ва шумораи нисбии ҳуҷайраҳои ин ду популятсия дар байни фардҳо фарқ мекунанд. Аксар вақт духтарони гетерозигота барои гени мутатсияшуда комилан бетаъсир намемонанд, зеро популяцияи ҳуҷайраҳои ифодакунандаи аллели мутатсияшуда ё миқдори кофии маҳсулоти гении муқаррариро таъмин мекунад ё ҳангоми рушд ё фарқияти насл бар популятсияи ҳуҷайраҳои аллели мутантӣ бартарӣ дорад. Бо вуҷуди ин, баъзе интиқолдиҳандагони занон барои бемориҳои "рецессивии" бо X алоқаманд баъзе аломатҳои бемориро аз сабаби каҷшавии табиӣ ба манфиати ҳуҷайраҳо бо X-и мутатсияшуда ҳамчун хромосомаи фаъол зоҳир мекунанд. Аксар вақт, духтарони интиқолдиҳанда метавонанд ҳамон шиддати бетартибиро, ки дар мардон мушоҳида мешаванд, зоҳир кунанд. Мутатсияҳо дар генҳои ба X пайвастшуда инчунин метавонанд боиси ихтилоли "доминантӣ"-и ба X вобасташуда шаванд, ки танҳо дар духтарон пайдо мешаванд ва дар ин мавридҳо тахмин мезананд, ки писарони зарардида пеш аз таваллуд мемиранд. Намунаи маъмултарини доминант бо X алоқаманд синдроми Ретт аст, як бемории шадиди неврологии прогрессивӣ, ки тақрибан ба 1 аз 20000 зан таъсир мерасонад, ки ба наздикӣ бо мутатсия дар гени рамзгузори сафедаи метил-CpG алоқаманд аст.


Натиҷа ва Гуфтугӯ

Дар ин бахш, мо чаҳорчӯбаи муқоисавии худро барои таҳқиқи миқёс ва маҳдудиятҳои хамиртуруш ҳамчун организми намунавӣ барои омӯзиши биологияи хоси бофтаи одамон пешниҳод мекунем. Дар расми 1 мухтасари сатҳи баланди тарҳи омӯзишии мо нишон дода шудааст. Мо бо ҳамоҳанг кардани ҳар як шабакаҳои бофтаи инсон бо интерактомаи хамиртуруш оғоз мекунем. Мо модули ҳамоҳангиро бо модели нави оморӣ пайваст мекунем, то аҳамияти ҳар як ҳамоҳангиро арзёбӣ кунем ва онро барои хулосабарорӣ дар бораи шабоҳат/тафовути мувофиқи шабакаҳои бофтаи инсон бо ҳамтоёни мувофиқи онҳо дар хамиртуруш истифода барем. Бо истифода аз шабакаи шабоҳатҳои бофтаҳои бофта, ки бо истифода аз профили транскрипсияи онҳо ҳисоб карда шудаанд, мо нишон медиҳем, ки ҳамоҳангсозии шабакаи мо саҳ-арзишҳо бо гурӯҳҳое, ки аз имзоҳои транскриптсионӣ гирифта шудаанд, мувофиқанд. Мо ин шабакаи шабоҳатҳои матоъро барои муайян кардани чор гурӯҳи асосии бофтаҳо/намудҳои ҳуҷайра истифода мебарем. Ин гурӯҳҳое, ки бофтаҳои мағзи сар, ҳуҷайраҳои хун, бофтаҳои ганглионӣ ва бофтаҳои ба тести алоқамандро намояндагӣ мекунанд, минбаъд барои муайян кардани генҳои интихобкунандаи бофтаҳо, ки дар ҳар як гурӯҳ дар муқоиса бо боқимондаи бофтаҳо фаъоланд, истифода мешаванд.

Хулосаи ҷараёни кор. Ҷузъҳои асосии чаҳорчӯбаи таҳлили дар ин мақола пешниҳодшуда. Ҳар як марҳилаи коркарди мобайнӣ минбаъд дар зерфаслҳои алоҳида муфассал баррасӣ карда мешавад

Мо зергурӯҳҳои хонагӣ ва ҳам бофтаҳои интихобшудаи генҳои инсонро ба зербахшҳои ҳифзшуда ва хоси инсон тақсим мекунем. Мо тасдиқи васеъро барои генҳои интихобӣ нисбат ба ҳуҷайраҳои хун ва бофтаҳои майна таъмин мекунем. Расми 2 тақсимоти умумии генҳо ва зергурӯҳҳои нисбии онҳоро нишон медиҳад. Мо таҳлили амиқи ҳар яке аз ин зергурӯҳҳоро пешниҳод мекунем ва нишон медиҳем, ки дар ҳоле ки зергурӯҳҳои ҳифзшуда минтақаи бехатар ки барои он хамиртуруш метавонад ҳамчун организми идеалии намунавӣ истифода шавад, зергурӯҳи хоси инсон метавонад ба зерфазои сояафкан аз интерактомияи инсон дар хамиртуруш. Ин зермаҷмӯ метавонад самтҳои ояндаро барои сохтани моделҳои хамиртуруши инсонӣ таъмин намояд.

Таснифи функсионалии генҳои инсон. Хулосаи сатҳи баланди таснифоти генҳо, ки дар ин таҳқиқот анҷом дода шудааст

Ҳамоҳангсозии хамиртуруши хамиртуруш бо шабакаҳои махсуси бофтаи инсон

Дар глобалӣ Интерактомияи инсон тасвири статикии мутақобилаи физикии эҳтимолиро ифода мекунад, ки метавонад дар байни ҷуфтҳои сафедаҳо пайдо мешаванд. Бо вуҷуди ин, он ҳеҷ гуна маълумотро дар бораи хусусиятҳои фазо-вақтии мутақобилаи воқеии сафедаҳо пешниҳод намекунад. Ин муносибатҳо бояд бо динамикӣ пурра карда шаванд контекст, ба монанди андозагирии ифода, барои кӯмак расонидан ба тафсири дубораи сими мобилӣ дар шароити гуногун.

Босси ва Лехнер [57] сатҳи ифодаи mRNA-и ҳар як транскрипт (транскриптом) -ро дар бофтаҳои гуногуни инсон [58] дар болои глобалӣ interactome инсон, ки аз 21 пойгоҳи додаҳои PPI муттаҳид карда шудааст ва маҷмӯи 79 шабакаҳои мушаххаси бофтаи истинодро сохтааст. Мо ин шабакаҳоро қабул мекунем ва ҳар яки онҳоро ба таври алоҳида ба интерактомаи хамиртуруше, ки мо аз пойгоҳи додаи BioGRID сохтаем, мутобиқ мекунем.

Барои муқоиса кардани ин шабакаҳои махсуси бофтаи инсон бо интерактомаи хамиртуруш, бо дарназардошти ҳам шабоҳати пайдарпайии сафедаҳо ва ҳам топологияи таъсири мутақобилаи онҳо, мо усули ба наздикӣ пешниҳодшудаи ҳамоҳангсозии шабакаҳои парокандаро истифода мебарем, ки бар асоси равиши паҳнкунии эътиқод (BP) асос ёфтааст. Ин усул дар фасли «Материалҳо ва усулҳо» [59] тавсиф шудааст.

Генҳо ва сафедаҳои мувофиқи онҳо дар алоҳидагӣ фаъолият намекунанд, онҳо як шабакаи мураккаби мутақобила байни роҳҳои пайвастшудаи биохимиявиро ташкил медиҳанд, то нақш(ҳо)-и худро дар модулсозии мошинҳои ҳуҷайра иҷро кунанд. Ғайр аз он, ҳар як сафеда метавонад дар якчанд роҳҳо барои иҷрои як қатор вазифаҳо ҷалб карда шавад. Истифодаи равиши ҳамоҳангсозии шабака барои тарҳрезии ин роҳҳо дар байни намудҳо ба мо имкон медиҳад, ки на танҳо динамикаи дараҷаи якуми онҳоро тавассути ифодаи муштараки ҷуфтҳои сафедаҳои гомологӣ, балки контексти ифодаи онҳо низ баррасӣ кунем.

Барои сохтани фазои ҳолати ҷуфтҳои эҳтимолии гомологӣ, мо ҳама пайдарпаии сафедаҳоро дар инсон ва хамиртуруш ва хитҳои пеш аз филтр бо шабоҳати пайдарпай мувофиқ мекунем. Э-арзишҳо аз 10 калонтар. Барои генҳо бо изоформҳои сафедаи сершумор мо танҳо зарбаи муҳимтаринро нигоҳ медорем. Бо истифода аз ин гомологияҳои сатҳи пайдарпай, мо матритса месозем Л ки шабоҳатҳои пайдарпайии ҷуфтиро байни хамиртуруш ва сафедаҳои инсон рамзгузорӣ мекунад. Воридот дар матритса Л метавон ҳамчун вазнҳои канорӣ барои графики дутарафа, ки генҳои инсонро аз як тараф ва генҳои хамиртурушро аз тарафи дигар мепайвандад, дидан мумкин аст. Мо аз ин матритса истифода мебарем, то фазои ҷустуҷӯии усули ҳамоҳангсозии шабакаи BP-ро маҳдуд созем.

Параметрҳо α ва б(=1−α) вазни нисбии шабоҳати пайдарпайро назорат кунед (бо миқёси α) дар муқоиса бо нигоҳдории топологӣ (миқёси б) дар ҳамоҳангсозии шабакаи BP. Бо истифода аз маҷмӯи моделиронии пешакӣ, ки мутақобилаи глобалии инсонро бо зершабакаҳои махсуси бофтаи он, ки мо барои онҳо дуруст ҳамоҳангсозӣ, бо интихоби гуногуни α дар диапазони 0,1–0,9, мо интихоби (alpha =frac <1><6>) ва (eta =frac <5><6>)-ро муайян мекунем, то беҳтаринро дар мо иҷро кунем. тачрибахо. Мо як маҷмӯи параметрҳоро барои мувофиқ кардани ҳар як шабакаи ба матоъ бо интерактомияи хамиртуруш истифода мебарем, зеро он саҳми мутавозинро аз шабоҳатҳои пайдарпай ва шумораи кунҷҳои ҳифзшуда таъмин мекунад. Маҷмӯи ниҳоии ҳама ҳамоҳангсозӣ ҳамчун файли иловагии 1 дастрас аст

Таҳқиқи нақшҳои генҳои хонагӣ ва нигоҳдории онҳо дар байни намудҳо

Генҳои хонагӣ як маҷмӯи генҳои инсонро дар бар мегиранд, ки дар ҳама бофтаҳо ифода ёфтаанд ва барои нигоҳ доштани функсияҳои асосии ҳуҷайра, ки барои ҳама бофтаҳо заруранд, аз ҷумла тарҷума, коркарди РНК, интиқоли дохили ҳуҷайра ва мубодилаи энергия масъуланд [60-62]. Ин генҳо дар муқоиса бо генҳои хоси бофта дар зери фишори қавитари интихобӣ қарор доранд ва сусттар инкишоф меёбанд [63]. Ҳамин тариқ, мо интизорем, ки дар муқоиса бо генҳои хамиртуруш сатҳи баландтари нигоҳдории генҳои хонагии инсонро бубинем. Мо ба зергурӯҳи аз ҳама ҳифзшудаи генҳои хонагӣ дар байни одамон ва хамиртуруш муроҷиат мекунем, ки бо истифода аз ҳамоҳангсозии шабакаи шабакаҳои бофтаҳои мушаххас бо шабакаи хамиртуруш ҳисоб карда шудаанд. аслӣ генҳо.

Мо як генро ҳамчун хоҷагидорӣ муайян мекунем, агар он дар ифода карда шавад ҳама 79 бофта. Мо ҳамагӣ 1540 генро муайян мекунем, ки қисмати муштараки шабакаҳои бофтаи инсонро ташкил медиҳанд. Ин генҳо, дар ҳоле ки маҷмӯи якхелаи мутақобила байни ҳамдигар доранд, бо маҷмӯи генҳои интихобкунандаи бофта ба таври гуногун пайваст мешаванд.

Бо истифода аз шарикони ҳамоҳангсозии ҳама генҳои хонагӣ дар interactome хамиртуруш, мо ҷадвали ҳамоҳангии андозаи 1,540 × 79-ро месозем, ки ҳамоҳангсозии шабакаро дар зербахшҳои муштараки шабакаҳои махсуси бофтаҳо ҷамъбаст мекунад. Сипас, мо усули овоздиҳии аксариятро барои тасниф кардани генҳои хонагӣ истифода мебарем аслӣ, ки дар хамиртуруш нигоҳ дошта мешаванд, хоси инсон, ки дар тамоми бофтаҳои инсон пайваста ҳамоҳанг нестанд ва таснифнашуда, ки барои он мо далели кофӣ надорем, ки онро ҳамчун яке аз парвандаҳои қаблӣ тасниф кунем.

Ҳамоҳангсозии шабакаҳо пурғавғо мебошанд ва ҳам бардурӯғ-мусбат (ҳамчун ҷуфтҳои ҳамоҳангшуда муайян карда мешаванд, ки аз ҷиҳати функсионалӣ алоқаманд нестанд) ва инчунин бардурӯғ-манфӣ (ҷуфтҳои орфологҳои функсионалӣ, ки дар ҳамоҳангсозӣ гум шудаанд) доранд. Ин хатогиҳо метавонанд аз сарчашмаҳои гуногун, аз ҷумла маълумоти ифодаи генҳо (хатоҳои гиреҳ), interactome (хатоҳои канорӣ) ё тартиби ҳамоҳангсозӣ (хатоҳои харитасозӣ) пайдо шаванд. Мо усулеро пешниҳод менамоем, ки дар асоси овоздиҳии аксарият дар мувофиқатҳои гуногун (қисман) ба ҳисоб гирифтани ин хатогиҳо асос ёфтааст. Бо дарназардошти маҷмӯи ҳамбастагии шабака, мо як ҷуфти объектҳоро ба таври доимӣ (ҳам мувофиқ ё номувофиқ) баррасӣ мекунем, агар онҳо дар ҳадди ақал 100 ∗ мувофиқ бошанд τ % ҳамоҳангсозӣ дар маҷмӯа. Параметр τ, номида мешавад сатҳи консенсус, дарачаи ихтилофоти кабулшударо дар байни хамдигархои гуногун муайян мекунад. Арзиши баландтари суръати консенсус дақиқии усулро аз ҳисоби кам шудани ҳассосият зиёд мекунад. Барои интихоби параметри оптималии суръати консенсус, мо арзишҳоро дар диапазон [0,5−1,0] бо афзоиши (frac <1><2>) санҷидем. Мо интихоби параметрро муайян кардем τ=0,9, баробар ба 90% мувофиқати байни бофтаҳои ҳамзамон, барои иҷрои беҳтарин дар таснифи генҳои хоси инсон ва ҳифзшуда ҳангоми нигоҳ доштани маҷмӯи хуб ҷудошуда. Бо истифода аз ин равиш, мо тавонистем, ки 1,540 генҳои хонасозиро ба 595 генҳои консервшуда, 441 хоси инсон ва 504 генҳои таснифнашуда тақсим кунем. Рӯйхати пурраи ин генҳо ҳамчун файли иловагӣ 2 дастрас аст.

Барои таҳқиқи зершабакаи ҳифзшудаи генҳои аслӣ, мо графики ҳамоҳангии онҳоро ҳамчун маҳсули Kronecker аз субграфе, ки аз ҷониби генҳои аслӣ дар интерактомаи инсон ба вуҷуд омадаанд ва субграфи мувофиқи он дар хамиртуруш сохтаем. Кунҷҳои ҳифзшуда дар ин шабака ба интерологҳо, яъне ҷуфтҳои ортоологии сафедаҳои мутақобила байни хамиртуруш ва инсон мувофиқат мекунанд [64]. Графикаи ниҳоии ҳамоҳангсозии генҳои асосии хонагӣ барои зеркашӣ ҳамчун файли иловагии 3 дастрас аст.

Тасвири 3 бузургтарин ҷузъи пайвасти ин графики ҳамоҳангсозии сохташударо нишон медиҳад. Мо алгоритми кластерсозии шабакаи MCODE [65]-ро дар ин график барои муайян кардани минтақаҳои хеле бо ҳам алоқаманд, ки ба комплексҳои тахминии протеин мувофиқанд, истифода бурдем. Мо панҷ кластери асосиро муайян кардем, ки дар графики ҳамоҳангсозӣ бо ранг рамзгузорӣ шудаанд ва дар панелҳои ҳамсоя алоҳида нишон дода шудаанд. Рибосома калонтарин кластери марказӣ мебошад, ки дар графики ҳамоҳангсозии генҳои аслӣ муайян карда шудааст ва дар якҷоягӣ бо протеазома ва спликосома се комплекси аз ҳама ҳифзшударо дар графи ҳамоҳангсозӣ ташкил медиҳанд. Ин маҷмӯа ба таври ҷиддӣ бо eIFs барои модул кардани оғози тарҷумаи эукариотӣ ва инчунин протеазома, ки таназзули сафедаҳоро назорат мекунад, сахт пайваст аст. Дар маҷмӯъ, ин комплексҳо гардиши сафедаҳоро танзим мекунанд ва мувозинати байни синтез, камолот ва таназзули сафедаҳои ҳуҷайраро нигоҳ медоранд.

Графикаи ҳамоҳангсозии генҳои асосии инсон. Кунҷҳои ҳифзшуда дар графики ҳамоҳангсозии генҳои асосии хонагӣ, ки ба "интерологҳо" мувофиқанд, яъне ҷуфтҳои ортоологии сафедаҳои мутақобилан байни хамиртуруш ва инсон. Панҷ кластерҳои асосии протеин, ки ҳамчун минтақаҳои зиччи таъсири мутақобила дар графики ҳамоҳангӣ муайян карда шудаанд, мувофиқан қайд карда мешаванд ва бо шарҳи асосии функсионалии худ ба таври зерин шарҳ дода мешаванд: а рибосома, б Коркарди пре-мРНК-и дорои сарпӯши интрон, в протеазом, г vATPase, д Оғози тарҷумаи вобаста ба cap

Барои таҳлили минбаъдаи нақшҳои функсионалии ин генҳои хонагӣ, мо бастаи g:Profiler [66] R-ро барои муайян кардани истилоҳҳои аз ҳад зиёд муаррифӣшуда истифода мебарем. Дар байни синфҳои функсионалӣ, мо ба равандҳои биологии ген (GO) тамаркуз мекунем, ба истиснои эзоҳҳои электронӣ, роҳҳои KEGG ва комплексҳои сафедаи CORUM барои таъмин намудани маҷмӯи гуногуни нақшҳои функсионалӣ. Мо тартиби Бенҷамини-Хочбергро барои назорат кардани сатҳи кашфи бардурӯғ (FDR) истифода мебарем. саҳ-ҳадди арзиш α=0,05 ва ҳама истилоҳҳои ғанишуда бо зиёда аз 500 генро нест кунед, то истилоҳҳои аз ҳад зиёд умумӣ бурида шаванд. Бо истифода аз ин тартиб, мо истилоҳоти ғанишудаи функсионалии ҳам барои зермаҷмӯҳои аслӣ ва ҳам ба инсон хоси генҳои хонагӣ муайян мекунем. Рӯйхати пурраи вазифаҳои ғанишуда барои синфҳои гуногуни генҳои хонагӣ ҳамчун файли иловагии 4 дастрас аст.

Мо истилоҳоти муҳимтаринро дастӣ гурӯҳбандӣ мекунем (саҳ-арзиш ≤10 −10 ) дар генҳои аслӣ, ки дар натиҷа панҷ синфи асосии функсионалӣ, яъне биогенези рибосома, тарҷума, ҳадафгирии сафеда, пайвастани РНК ва назорати mRNA. Аввалан, мо харитаи як ба як байни истилоҳоти ғанишуда ва комплексҳои тахминии муайяншударо, ки ба оғози тарҷума мувофиқанд, мушоҳида мекунем (саҳ-қимат =7,1 ∗ 10 −17 ) ва рибосома (саҳ-арзиш =5,97 ∗ 10 −11 ). Ба гайр аз ин, хатми тарчума ва дарозшави низ бо кам шудани сатхи ахамият бой мешавад. Ғайр аз он, ин равандҳо бо ҳадафгирии протеинҳои муштараки тарҷумаи аз SRP вобаста зич алоқаманданд (саҳ-қимат =2,7 ∗ 10 −15 ). Ин, дар навбати худ, синтези сафедаро ҳамчун яке аз ҷанбаҳои ҳифзшудаи ҳуҷайраҳои эукариотӣ пешниҳод мекунад. Баъдан, мо қайд мекунем, ки ҳарду пайванди mRNA (саҳ-арзиш =7,04 ∗ 10 −10 ) ва таназзули миёнаравии сафсата (саҳ-арзиш =4,66 ∗ 10 −16 ) низ аз ҷумлаи муҳимтарин истилоҳҳои функсионалӣ ғанӣ шудаанд, ки фарзияи қаблии моро вобаста ба нақши сплайссома дар графики ҳамоҳангии генҳои аслӣ дастгирӣ мекунад. Ниҳоят, мо мефаҳмем, ки муҳимтарин истилоҳи функсионалӣ, инчунин якчанд истилоҳҳои дигари ба он алоқаманд дар сирояти вирусӣ иштирок мекунанд, ки аз он шаҳодат медиҳад, ки (як қисми) генҳои аслӣ дарвозаи вирусӣ ба ҳуҷайраҳои ширхӯрон. Инро бо назардошти ду далел шарҳ додан мумкин аст: i) организмҳои вирусӣ барои вазифаҳои асосии ҳуҷайравии худ ба дастгоҳи мизбон такя мекунанд ва ii) генҳои хонагӣ дар муқоиса бо генҳои интихобии бофтаҳо қадимтаранд ва генҳои аслӣ ҷузъҳои аз ҳама ҳифзшудаи онҳоро таъмин мекунанд. генҳои хонагӣ. Ҳамин тавр, ин генҳо метавонанд доменҳои мутақобилаи сафедаҳои бештар ҳифзшударо дар бар гиранд ва аз ҷиҳати сохторӣ ҳамчун шарикони мутақобила барои сафедаҳои вирусӣ бештар “шинохта шаванд” ва номзадҳои беҳтаринро барои пешгӯии мутақобилаи протеини мизбон ва патоген пешниҳод кунанд.

Минбаъд, мо як тартиби шабеҳро барои генҳои хонагии хоси инсон иҷро мекунем. Ин зермаҷмӯ, бар хилофи генҳои аслӣ, асосан бо истилоҳоти марбут ба рушди сохтори анатомӣ ва иртиботи проксималии ҳуҷайра ба ҳуҷайра (сигнализатсияи паракринӣ), ба истиснои комплекси I занҷири интиқоли электрон, ки қавитарин истилоҳи муайяншуда аст, бой шудааст. Ин NADH-хинон оксидоредуктаза бузургтарин аз панҷ комплекси ферментӣ дар занҷири нафаскашии ҳуҷайраҳои ширхӯрон мебошад. Аммо, ин маҷмӯа дар ҳуҷайраҳои хамиртуруш мавҷуд нест ва бо як зербахши NADH дегидрогеназа, ки бо ген NDI1 рамзгузорӣ шудааст, иваз карда шудааст. Беқурбшавии комплекси I бо ихтилоли гуногуни инсон, аз ҷумла бемории Паркинсон ва Ҳантингтон алоқаманд аст. Гузаронидани ҳуҷайраҳои мураккаби I-ноқис бо хамиртуруши NDI1 ҳамчун агенти табобатӣ ҳамчун як равиши муваффақ барои наҷот додани нуқсонҳои комплекси I пешниҳод шудааст [67, 68]. Ин техника, инчунин маълум аст Табобати NDI1, роҳҳои комилан навро мекушояд, ки дар он хамиртуруш метавонад ба тадқиқот ва рушди бемориҳои инсон мусоидат кунад: на танҳо хамиртуруш метавонад ҳамчун организми намунавӣ истифода шавад, балки инчунин метавонад номзадҳоеро пешниҳод кунад, ки барои табобати ген дар ҳуҷайраҳои ширхӯрон истифода шаванд.

Мушоҳидаи калидӣ дар ин ҷо ин аст, ки зермаҷмӯи хоси генҳои хонагӣ ба инсон на танҳо бо истилоҳҳои функсионалии камтар алоқаманд аст, балки бо ин истилоҳот камтар алоқаманд аст. Ин таъсирро метавон ба ду омил нисбат дод. Аввалан, мо қайд мекунем, ки баъзе генҳо, ки ба инсон хосанд, метавонанд артифакти усул бошанд. Масалан, усули таблиғи эътиқод (BP) шабоҳати пайдарпайро ҳамчун шарти зарурӣ, вале кофӣ нест, барои мувофиқ кардани як ҷуфт генҳо таъмин мекунад, ки ин маънои онро дорад, ки ҳама гуна генҳои инсонӣ, ки ба генҳои хамиртуруш монандӣ надоранд, мувофиқат карда намешаванд. дар генҳо ба таври сунъӣ ҳамчун хоси инсон тасниф карда мешаванд. Дуюм ва муҳимтар аз ҳама, аксарияти эзоҳҳои функсионалӣ барои генҳои инсон дар аввал ба намудҳои дигар, махсусан хамиртурушҳо мансубанд ва дар байни гурӯҳҳои ортоологӣ интиқол дода мешаванд. Дар асоси сохти мо, генҳои хоси инсон ҳамчун зермаҷмӯи генҳои хонагӣ бидуни орфология бо хамиртуруш муайян карда мешаванд. Аз ин рӯ, интизор шудан мумкин аст, ки ин генҳо фаро гирифта шудаанд зерфазои сояафкан фазои функсионалии генҳои инсон, ки зери шарҳ дода шудааст.

Миқдори шабеҳи бофтаҳои инсон бо хамиртуруш

Генҳои хонагӣ дар тамоми бофтаҳо ва намудҳои ҳуҷайраҳои инсон тақсим карда мешаванд. Онҳо маҷмӯи функсияҳои ҳифзшударо таъмин мекунанд, ки барои гомеостази ҳуҷайравӣ муҳиманд. Аммо, ин генҳо фаҳмиши мустақимро дар бораи он, ки бофтаҳои гуногун ин вазифаҳои калидиро барои нишон додани хусусиятҳои динамикӣ ва хоси бофтаи худ истифода мебаранд, таъмин намекунанд. Барои арзёбии шабоҳати ҳар як бофта бо хамиртуруш, мо модели нави омориро пешниҳод мекунем, ки ном дорад модели тасодуфии бофтаи мушаххас (TRAM), ки табиати дар ҳама ҷо мавҷуд будани генҳои хонагӣ ба назар гирифта мешавад ва сохтори топологии шабакаҳои бофтаҳоро тақлид мекунад (барои тафсилоти модели тасодуфӣ ба бахши "Материалҳо ва усулҳо" нигаред).

Мо ба сифати вазифаи ҳадаф холҳои ҳамоҳангии ҳар як ҷуфти хамиртуруши матоъро истифода мебарем. Барои арзёбии аҳамияти ҳар як холҳои ҳамоҳангсозӣ, мо усули моделсозии Монте-Карлоро истифода мебарем, то аз тақсимоти эҳтимолии асосии холҳои ҳамсонӣ интихоб кунем.

Барои ҳар як шабакаи мушаххаси бофта, мо (k_<oldsymbol >> = 10,000) бофтаҳои псевдо-тасодуфӣ бо андозаи якхела аз TRAM, онҳоро бо интерактомаи хамиртуруши алоҳида ҳамоҳанг созед ва шумораи кунҷҳои ҳифзшуда ва шабоҳати пайдарпайии ҷуфтҳои сафедаҳои мувофиқро ҳамчун омори ҳамоҳангсозӣ ҳисоб кунед, то ки эмпирикӣ ҳисоб карда шавад. саҳ-арзишҳо. Барои ҳар як ҳамоҳангсозии шабака, мо ҳисоб мекунем топологӣ, а гомологӣ (дар асоси пайдарпай) ва а омехта (холҳои ҳамоҳангӣ) саҳ-арзиш. Илова бар ин, мо ҳолатҳоеро истифода мебарем, ки дар он сифати ҳамоҳангсозӣ дар ҳамбастагии аслии матоъ ҳам аз ҷиҳати пайдарпаӣ ва ҳам топология ба таври назаррас беҳтар аст, барои муайян кардани миқдори сарҳади болоӣ дар ҳамоҳангӣ саҳ-арзишҳо. Баръакс, ҳолатҳое, ки ҳардуи ин тадбирҳо дар намунаҳои тасодуфӣ такмил дода мешаванд, метавонанд барои муайян кардани а сарҳади поёнӣ дар ҳамоҳангӣ саҳ-арзиш. Ҷадвали ниҳоии ҳамоҳангсозӣ саҳ-арзишҳо ҳамчун файли иловагӣ 5 барои зеркашӣ дастрасанд.

Аввалан, мо қайд мекунем, ки ҳамаи бофтаҳо бо назаррас омехта саҳ-арзишҳо инчунин ҳам топологӣ ва ҳам гомологии муҳим доранд (дар асоси пайдарпай) саҳ-арзишҳо. Барои аксарияти бофтаҳо бо ночиз омехта саҳ-арзишҳо, мо то ҳол гомологии назаррас, вале топологии ночизро мушоҳида мекунем саҳ-арзишҳо. Мо аз ҳама бештар ва камтарин бофтаҳои ба хамиртуруш монандро бо истифодаи остона ҷамъбаст мекунем α л=α у=10 −2 ба саҳ-мутаносибан ҳудуди болоӣ ва поёнии арзиш. Истифодаи саҳ-ҳадди болоии арзиш ((Delta _<oldsymbol >>) ) аз 10 −2 , мо аз 79 бофта ҳамагӣ 23-тоашро бо хамиртуруш шабоҳати зиёд муайян мекунем. Инҳо дар ҷадвали 1 оварда шудаанд. Дар байни онҳо, ҳуҷайраҳои хун пайваста аҳамияти баланд нишон медиҳанд, бидуни ҳатто як мисол аз 10,000 намуна, ки вазни ҳамсӯзанӣ ва ё бархӯрди канори намунаи тасодуфӣ аз ҳамбастагии аслӣ зиёд аст. Ба ҳамин монанд, хатҳои ҳуҷайраҳои иммунӣ ва бофтаҳои репродуктивии мардон низ ҳамоҳангии назаррасро нишон медиҳанд саҳ-арзишҳо, вале бо холҳои эътимоднокии камтар. Баръакс, аз 79 бофта 19-тоаш дорои (delta _<oldsymbol >> > 10^<-2>) . Инҳо камтар ба хамиртуруш монанданд. Дар байни ин бофтаҳо, ки дар ҷадвали 2 оварда шудаанд, бофтаҳои ганглионӣ пайваста ба хамиртуруш камтар монандӣ доранд. Мушоҳидаи ҷолиб ин аст, ки бофтаҳо ва намудҳои ҳуҷайраҳо дар ҳарду охири ҷадвал (ё бештар ё камтар монанд) одатан холҳои эътимоднокии хеле баланд доранд, яъне ҳам топология ва ҳам гомологияи онҳо саҳ- арзишҳо мувофиқанд.

Муайян кардани гурӯҳҳои бофтаҳои когерентӣ

Баъдан, мо таносуби байни шабоҳати бофтаҳои инсонро байни ҳамдигар ва чӣ гуна он бо ҳамбастагии мувофиқи онҳо меомӯзем. саҳ-арзишҳо бо хамиртуруш барои беҳтар фаҳмидани гузариши ин муносибат. Мо интизорем, ки бофтаҳои шабеҳ бояд ҳамоҳангии пайваста нишон диҳанд саҳ-қиматҳо, ки дар натиҷа гурӯҳҳои бофтаҳои якхела бо холҳои ҳамоҳангсозии мувофиқ ба вуҷуд меоянд.

Бо ин мақсад, мо аввал шабакаи шабоҳатҳои бофтаҳои бофтаро (TTSN) бо истифода аз транскриптомияи глобалии бофтаҳои инсон аз GNF Gene Atlas, аз ҷумла 44,775 транскрипти инсонӣ, ки ҳам генҳои маълум, инчунин пешгӯӣ ва суст тавсифшударо фаро мегиранд, месозем. Барои ҳар як ҷуфти бофтаҳо/намудҳои ҳуҷайра, мо бо истифода аз таносуби Пирсони имзоҳои транскриптсионии онҳо холҳои шабоҳатро ҳисоб мекунем ва 90 фоизи холҳои шабоҳатро барои интихоби ҷуфтҳои ба ҳам монанд истифода мебарем. Мо ҳар як гиреҳро дар TTSN бо ҳамбастагии мувофиқаш шарҳ медиҳем саҳ-арзиш ҳамчун ченаки шабоҳат бо interactome хамиртуруш. Ин мета-таҳлил ба мо имкон медиҳад, ки тафтиш кунем, ки чӣ гуна андозагирии хаттии фаъолияти ген/протеин ба фазои мутақобилаи сафедаҳо бо мақсади аз нав пайваст кардани интерактомҳои зеризаминӣ дар ҳар як бофтаи инсон.

Дар расми 4 шабакаи ниҳоӣ нишон дода шудааст. Дар ин шабака, ҳар як гиреҳ як намуди бофтаи/ҳуҷайраҳои инсонро ифода мекунад ва ҳар як канори вазншуда дараҷаи шабоҳати умумии транскрипсияи байни ҷуфтҳои бофтаҳоро нишон медиҳад. Ин шабака филтр карда мешавад, то танҳо ҷуфтҳои матоъҳоеро дар бар гирад, ки бо ҳамдигар баландтарин мувофиқат доранд. Барои таъин кардани ранг ба ҳар як гиреҳ, мо истифода мебарем з-муътадилгардонии холҳо оид ба ҳамоҳангсозии тағирёфта омехта саҳ-арзишҳо. Гиреҳҳои сабз ва сурх ба диапазони хеле мусбат ва хеле манфии мувофиқ мувофиқат мекунанд з-холҳо, ки мутаносибан бофтаҳои ба хамиртуруши монанд ва ба ҳам монандро ифода мекунанд.

Проексияи мутобиқшавӣ саҳ-арзишҳо дар шабакаи шабоҳатҳои бофтаю бофтаҳо. Ҳар як гиреҳ як бофтаи инсонро ифода мекунад ва кунҷҳо шабоҳати умумии транскрипсияи байни онҳоро ифода мекунанд. Шиддати ранги гиреҳҳо шабеҳӣ/тафовути ҳар як бофтаро ба интерактомияи хамиртуруш ифода мекунад ва рангҳои сабз ва сурх мутаносибан ба бофтаҳои шабеҳ ва ба ҳам монанд нестанд. Гурӯҳи бофтаҳои шабеҳ бо когерент саҳ-арзишҳо мувофиқан дар шабака қайд ва шарҳ дода мешаванд

Таҳлили пешакии ин шабака нишон медиҳад, ки ҳамоҳангӣ саҳ-арзиши бофтаҳо бо такрори умумии транскрипсияи онҳо хеле алоқаманд аст. Ғайр аз он, ин муносибатҳои сатҳи баланд бо ҳамдигар мувофиқат мекунанд ва дар доираи алоҳида ҷойгиранд гуруххо бо намунаҳои пайваста. Мо чаҳор чунин гурӯҳро дастӣ муайян кардем ва онҳоро дар шабака алоҳида шарҳ додем. Ин гурӯҳҳо ба бофтаҳои майна, ҳуҷайраҳои хун, бофтаҳои ганглионҳо ва бофтаҳои тестӣ мувофиқат мекунанд. Дар байни ин гурӯҳҳо, ҳуҷайраҳои хун ва бофтаҳои тестӣ бо хамиртуруш шабоҳати пайваста доранд, дар ҳоле ки бофтаҳои мағзи сар ва ганглионҳо фарқияти пайваста доранд.

Мавҷудияти гурӯҳи якхелаи бофтаҳо бо шабоҳати пайваста бо хамиртуруш шаҳодат медиҳад, ки дар ин кластерҳо як техникаи ҳифзшуда мавҷуд аст. Ин саволро ба миён меорад, ки дар дохили ҳар як гурӯҳи матоъ чӣ пайваста мувофиқат мекунад ва чӣ гуна он ба ҳамбастагии ҳисобшуда алоқаманд аст саҳ-арзиш? Мо ба ин савол муроҷиат мекунем ва онро бо фарорасии патологияҳои бофтаи мушаххас дар зерфаслҳои боқимонда алоқаманд мекунем.

Ҷудо кардани генҳои бофтаи интихобӣ нисбати нигоҳдории онҳо

Дар ин зерфасл, мо зермаҷмӯи генҳои хонагиро дар ҳар як гурӯҳи якхелаи бофтаҳои инсон таҳқиқ мекунем ва онҳоро ба маҷмӯи генҳо тақсим мекунем ва роҳҳои мувофиқи онҳоро, ки дар хамиртуруш нигоҳ дошта мешаванд ё хоси инсон мебошанд. Баъдан, мо таҳлил мекунем, ки чӣ гуна ин роҳҳо ба монандии умумӣ/номонандии бофтаҳои инсон бо хамиртуруш мусоидат мекунанд.

Дар расми 5 функсияи зичии эҳтимолият барои тақсимоти узвияти генҳои хонагӣ дар бофтаҳои гуногуни инсон оварда шудааст. Тақсимоти ду-модалии мушоҳидашуда нишон медиҳад, ки аксари генҳои хонагӣ ё дар шумораи ками бофтаҳои интихобшуда ё дар аксарияти бофтаҳои инсон ифода карда мешаванд. Мо инро барои тақсим кардани маҷмӯи генҳои ифодашудаи ғайри хонагӣ бо мақсади муайян кардани генҳое истифода мебарем, ки дар ҳар як гурӯҳи бофтаҳои инсон ба таври интихобӣ ифода карда мешаванд.

Тақсимоти аъзогии генҳои хонагӣ дар бофтаҳои инсон. Шумораи бофтаҳое, ки дар онҳо генҳои хонагӣ ифода карда мешаванд, бо истифода аз зичии ядрои Гаусс ҳамвор карда мешавад. Тақсимоти ду-модалии мушоҳидашуда нишон медиҳад, ки аксари генҳои хонагӣ ё дар якчанд бофтаҳои интихобшуда ё дар аксарияти бофтаҳои инсон ифода карда мешаванд.

Мо аз ҳама оғоз мекунем генхои хонагиро ифода на-муд дар ҳар як гурӯҳи бофтаҳо, яъне генҳое, ки дар ба камияш яке аз аъзоёни бофта. Минбаъд, барои муайян кардани зермаҷмӯи генҳои ифодашуда, ки ҳастанд интихобан дар хар як гурух ифода ёфтааст, мо истифода мебарем арзиши р-интихоби бофта аз ҳар як ген. Дар ин формула, ген ҳамчун интихобшуда ифодашуда муайян карда мешавад, агар он дар шумораи хеле зиёдтари бофтаҳои гурӯҳи додашуда нисбат ба зермаҷмӯҳои бофтаҳои ба таври тасодуфӣ интихобшудаи як андоза ифода карда шавад (барои тафсилот ба бахши “Маводҳо ва усулҳо” нигаред). Дар расми 6 тақсимоти интихобии бофтаҳо нишон дода шудааст саҳ-қиматҳои генҳои ифодашуда нисбат ба чор гурӯҳи асосӣ дар расми 4. Ҳар яке аз ин қитъаҳо хусусияти бимодалии шабеҳро ба функсияи тақсимоти аъзогӣ дар расми 5 нишон медиҳанд. Инро метавон бо он шарҳ дод, ки тақсимоти узвият омехта аст. тақсимот, бо ҷузъҳои асосӣ тақсимоти якхела барои зермаҷмӯи генҳо, ки дар гурӯҳҳои гуногуни бофта ифода мешаванд. Мо нуктаҳои муҳимро истифода мебарем саҳ- тақсимоти арзиш ба ҳадди генҳои интихобии бофта. Ҳавасмандии интихоби мо дар он аст, ки ин нуқтаҳо тағиротро дар тақсимоти асосӣ, аз генҳои интихобӣ ба бофтаи ҳама ҷо таъмин мекунанд. Бо назардошти хусусиятҳои ду-модалии ин тақсимот, ҳамаи онҳо се нуқтаи муҳим доранд, ки мо аввалини онҳоро ҳамчун нуқтаи буриши худ истифода мебарем. Ин баландтарин дақиқии генҳои интихобшудаи бофтаро таъмин мекунад, аммо нисбат ба ду интихоби дигар хотиррасонӣ камтар аст.

Тақсимоти бофтаҳои интихобӣ саҳ- арзишҳо дар гурӯҳҳои гуногуни бофтаҳо. а бофтаҳои майна, б ҳуҷайраҳои хун, в бофтаҳои ганглион, г Бофтаҳои testis. Ҳар як қитъа ба ҳамон тақсимоти ду модалӣ ба зичии узвияти генҳо шабоҳат дорад ва ҳуҷайраҳои хун ва бофтаҳои майна ҷудошавии равшани генҳои интихобшудаи бофтаро пешниҳод мекунанд. Нуқтаҳои муҳими ҳар як функсияи тақсимот, ки ҳосилаи функсияи pdf тақрибан ба сифр баробар аст, дар ҳар як қитъа қайд карда мешавад. Ин нуқтаҳо нуқтаҳои оптималии буридани интихоби матоъро таъмин мекунанд саҳ-арзишҳое, ки онҳо нуқтаҳои гузаришро дар функсияи асосии тақсимот қайд мекунанд

Пас аз муайян кардани зермаҷмӯи генҳои интихобкунандаи бофтаҳо нисбат ба ҳар як гурӯҳи матоъ, мо схемаи овоздиҳии аксариятро барои се тақсим кардани ин маҷмӯаҳо дар асоси мутобиқати онҳо бо хамиртуруш истифода мебарем. Монанди тартибе, ки мо барои се тақсим кардани генҳои хонагӣ истифода мебурдем, мо интихоби гуногуни параметри суръати консенсусро аз 50 то 100% бо афзоиши 5% санҷидем. Фоизи генҳои таснифнашуда бо суръати консенсус ба таври хаттӣ коҳиш меёбад, дар ҳоле ки қисмҳои нисбии генҳои ба инсон хос/ҳифзшуда бетағйир боқӣ мемонанд. Мо барои натиҷаҳои ниҳоии худ 90% -ро интихоб кардем, зеро он камтарин шумораи генҳоро ҳамчун таснифнашуда боқӣ мегузорад ва дар ҳоле ки генҳои ба инсон хос ва ҳифзшударо хуб ҷудо нигоҳ медорад. Маҷмӯи ҳама генҳои бофтаи хос барои зеркашӣ ҳамчун файли иловагии 6 дастрас аст.

Љадвали 3 шумораи генњои экспрессияшуда, генњои интихобї ифодаёфта ва фоизи генњои интихобшудаи бофтањоро, ки дар њар як гурўњи бофтањо консервашуда, хоси инсон ё таснифнашуда мебошанд, овардааст. Байни таносуби генҳои ҳифзшуда/хусуси инсон дар дохили ҳар як гурӯҳи бофтаҳо ва ҳамбастагии онҳо муносибати шабеҳ вуҷуд дорад. саҳ-арзишҳо, ки ин ҳамоҳангиро пешниҳод мекунанд саҳ-арзишҳо бо нигоҳдории генҳои интихобии бофтаҳо ва роҳҳои мувофиқи онҳо алоқамандии зиёд доранд. Тасвири 7 андозаи нисбии ҳар як зергурӯҳи генҳои дар ин таҳқиқот муайяншударо нишон медиҳад.

Хулосаи таснифоти генҳо дар ин таҳқиқот. Генҳои хонагӣ ва интихобии бофтаҳо дар чор гурӯҳи асосии бофтаҳои инсон аз рӯи нигоҳдории онҳо дар хамиртуруш ба се синфи асосӣ тасниф карда мешаванд.

Генҳои ҳифзшуда ва роҳҳои мувофиқи онҳо зерфазоҳои функсионалиро дар бар мегиранд, ки дар он мо метавонем хамиртурушро ҳамчун организми модели мувофиқ барои омӯзиши физиология ва патофизиологияи хоси бофта истифода барем. Аз тарафи дигар, генҳои хоси инсон маҷмӯи иловагиро фароҳам меоранд, ки метавонанд барои сохтани он истифода шаванд бофташуда моделҳои хамиртуруши инсонӣ. Онҳо инчунин номзадҳои умедбахшро барои терапевтҳои гении мушаххаси бофтаҳо ба монанди терапияи NDI1 пешниҳод мекунанд, дар ҳолатҳое, ки механизми алтернативии функсионалӣ дар хамиртуруш пайдо мешавад. Барои таҳқиқи минбаъдаи ин зергурӯҳҳо, мо ба ҳуҷайраҳои хун ва бофтаҳои майна тамаркуз мекунем, ки равшантарин ҷудоии генҳои интихобӣ ва консервшудаи онҳоро дар тақсимоти TSS-и худ нишон медиҳанд ва онҳоро дар зерфаслҳои оянда ба таҳлили амиқи функсионалӣ мегузоранд.

Фаҳмидани нақшҳои функсионалии майна ва генҳои интихобкунандаи хун

Мо g:ProfileR-ро ҳам дар генҳои хоси инсон ва ҳам ҳифзшуда барои муайян кардани функсияҳои ғанишудаи онҳо истифода мебарем. Рӯйхати пурраи функсияҳои ғанигардонидашуда ҳамчун файли иловагии 7 барои зеркашӣ дастрас аст. Ин ду зермаҷмӯа истилоҳҳои умумиро доранд, зеро пеш аз ҳарду зермаҷмӯҳои генҳои интихобшудаи бофта мебошанд. Барои муқоисаи таҳлили ин функсияҳо ва гурӯҳбандӣ кардани онҳо дар асоси хосиятҳои инсонӣ, мо сабти саҳ-таносуби арзиш байни генҳои хоси инсон ва ҳифзшуда барои филтр кардани истилоҳҳое, ки ҳадди аққал дар ғанисозии 2-каратаанд. Мо ба равандҳои биологии GO, роҳҳои KEGG ва комплексҳои сафедаи CORUM тамаркуз мекунем ва ҳама генҳо бо зиёда аз 500 генро хориҷ мекунем, то истилоҳҳои аз ҳад умумӣ филтр карда шаванд. Ниҳоят, барои якҷоя гурӯҳбандӣ кардани ин истилоҳот ва пешниҳоди визуалии фазои функсионалии генҳо, мо EnrichmentMap (EM) [69], плагини охирини Cytoscape [70] -ро барои сохтани шабакаи (харитаи) истилоҳоти ғанишуда истифода мебарем. . Мо таносуби логро истифода мебарем саҳ-арзишҳо барои ранг кардани ҳар як гиреҳ дар график. Дар расмҳои 8 ва 9 харитаи ниҳоии ғанисозии функсияҳои хоси инсонӣ ва ҳифзшудаи хун мутаносибан интихобӣ ва майна нишон дода шудаанд.

Харитаи ғанисозии функсияҳои хоси интихобкунандаи хун.Ҳар як гиреҳ истилоҳи функсионалӣ мебошад ва ғафсии кунҷҳо ба дараҷаи такрори байни истилоҳот мувофиқат мекунад. Маҷмӯи функсияҳои ҳифзшуда ва хоси инсонӣ мутаносибан бо рангҳои сабз ва сурх рамзгузорӣ карда мешаванд. Шиддати ранги гиреҳҳо ғанисозии истилоҳотро ифода мекунад. Дар харитаи ғанигардонӣ истилоҳҳои алоқаманд қайд ва шарҳ дода шудаанд

Харитаи ғанисозии функсияҳои беназири мағзи сар. Ҳар як гиреҳ истилоҳи функсионалӣ мебошад ва ғафсии кунҷҳо ба дараҷаи такрори байни истилоҳот мувофиқат мекунад. Маҷмӯи функсияҳои ҳифзшуда ва хоси инсонӣ мутаносибан бо рангҳои сабз ва сурх рамзгузорӣ карда мешаванд. Шиддати ранги гиреҳҳо ғанисозии истилоҳотро ифода мекунад. Дар харитаи ғанигардонӣ истилоҳҳои алоқаманд қайд ва шарҳ дода шудаанд

Функсияҳои интихобшудаи хун, ки дар расми 8 а нишон дода шудаанд, пеш аз ҳама бо истилоҳҳои марбут ба репликатсияи ДНК, афзоиши ҳуҷайраҳо ва омода кардани ҳуҷайра барои давраи ҳуҷайра бой шудаанд. Дар байни ин истилоҳот, репликатсияи ДНК - ҳам бо истилоҳҳои таъмири ДНК ва ҳам нигоҳдории теломер алоқаманд аст. Нигоҳдории теломер, махсусан тавассути ферменти теломераз, яке аз вазифаҳои ҳуҷайра мебошад, ки маълум аст, ки дар хамиртуруш нигоҳ дошта мешавад, аммо танҳо дар як зермаҷмӯи интихобшудаи бофтаҳои тафриқашудаи инсон ва намудҳои ҳуҷайра, аз ҷумла ҳуҷайраҳои бунёдии гемопоэтикӣ ва бофтаҳои репродуктивии мардон фаъол аст [71]. Истилоҳҳои функсионалии дар тағирёбии конформатсияи ДНК, аз ҷумла комплекси конденсин, инчунин гузариши марҳилаи давраи ҳуҷайра, махсусан аз фазаҳои G1 ба S, ду гурӯҳи дигари истилоҳҳои функсионалии ҳифзшуда мебошанд, ки аз хамиртуруш ба одам хеле нигоҳ дошта мешаванд. Аз тарафи дигар, функсияњои хоси интихобкунандаи хуни инсон, ки дар расми 8 б нишон дода шудаанд, асосан дар афзоиш ва фаъолшавии лимфоситњо иштирок мекунанд. Истилоҳоти ин ду гурӯҳ низ бо ҳам зич алоқаманданд ва якҷоя кластери калонтарро ташкил медиҳанд. Илова бар ин, истеҳсоли цитокинҳо ва ситотоксикии миёнаравии Т-ҳуҷайра инчунин хусусиятҳои хоси инсон ва хунро нишон медиҳанд. Ин қисман интизор аст, зеро ин функсияҳо функсияҳои хеле махсусгардонидашудаи иммунии ҳуҷайра мебошанд, ки махсусан дар одамон барои таъмини зинда мондани ӯ дар шароити камтар мусоид таҳия шудаанд.

Дар расми 9 а фазои функсионалии функсияҳои интихобшудаи мағзи сар нишон дода шудааст. Бисёре аз ин истилоҳот ба ҷанбаҳои гуногуни рушди майна, аз ҷумла лампаи бӯй, теленсефалон, паллиум ва инкишофи кортекси мағзи сар, инчунин схемаи танзимкунанда, ки рушди системаи асабро назорат мекунанд, мувофиқат мекунанд. Бо дарназардошти табиати якҳуҷайраи хамиртуруш, механизмҳои дақиқе, ки дар он ортологҳои ин роҳҳо мошини ҳуҷайраи хамиртурушро модул мекунанд, камтар омӯхта шудаанд. Таҳлили амиқ барои муайян кардани фенологҳои мувофиқ метавонад ба мо кӯмак кунад, ки хамиртурушро барои омӯзиши ихтилоли мухталифи марбут ба рушди майна истифода барем. Ҷанбаи дигари функсионалӣ, ки нигоҳдории баландро нишон медиҳад, комплекси mTOR 2 мебошад. Ҳадафи сигнализатсияи рапамицин (TOR) роҳи хеле ҳифзшуда мебошад, ки ду комплекси сафедаи аз ҷиҳати сохторӣ фарқкунанда, mTORC1 ва mTORC2 -ро ташкил медиҳад. Комплекси қаблӣ дар ҳассосияти маводи ғизоӣ ва афзоиши ҳуҷайраҳо нақши марказӣ дорад ва аз ин рӯ, барои омӯзиши маҳдудкунии калорияҳо (CR) дароз кардани умри миёнаравӣ васеъ истифода шудааст. Аз тарафи дигар, ба наздикӣ mTORC2 барои модулятсияи муттаҳидсозии хотираи дарозмуддат пешниҳод карда шуд [72]. Биосинтез ва интиқоли холестирин як ҷанбаи дигари функсионалии ҳифзшуда мебошад, ки аз дигар бофтаҳои инсон ба таври назаррас фарқ мекунад. Ҳамчун узви аз холестирин бойтарин дар бадан, ифодаи генҳои ба ретсепторҳои липопротеинҳо ва аполипопротеинҳо мувофиқаткунанда дар байни ҳуҷайраҳои гуногуни майна сахт танзим карда мешавад ва дар рушди мӯътадили майна нақши муҳим мебозад. Танзими ин роҳҳои мубодилаи моддаҳо дар ихтилоли гуногуни неврологӣ, ба монанди бемории Алтсгеймер, алоқаманд аст [73]. Ниҳоят, сохтори микротубулярӣ ва полимеризатсияи тубулин низ нигоҳдории назаррасро нишон медиҳад ва маълум аст, ки дар рушди майна нақши калидӣ мебозад [74]. Ин сафедаҳои ситоскелетӣ ба наздикӣ бо патологияҳои хоси майна, аз ҷумла эпилепсия алоқаманд буданд [75].

Дар охир, мо функсияҳои майнаи одамро меомӯзем, ки дар расми 9 б нишон дода шудаанд. Яке аз ҷанбаҳои асосии функсионалии ин гурӯҳ роҳи сигнализатсияи семафорин-плексин мебошад. Ин роҳ дар аввал дар асоси нақши он дар камолоти сохтори анатомикии майна, махсусан тавассути роҳнамоии аксони такфирӣ тавсиф карда шуд, аммо баъдтар маълум шуд, ки барои морфогенези доираи васеи системаҳои узвҳо, аз ҷумла узвҳои ҳассос ва рушди устухон муҳим аст [76] ]. Роҳи дигари сигнализатсия барои инсон, ки дар мағзи сар муайян карда шудааст, ин роҳи сигнализатсияи ретсепторҳои глутамат мебошад, ки он инчунин бо воридшавии сиркадианӣ ва инчунин интиқоли нейрон-нейронҳо гуфтугӯ мекунад. Ин роҳ дар пластикии асаб, рушди асаб ва нейродегенератсия нақши муҳим мебозад [77]. Он инчунин бо бемориҳои музмини мағзи сар, ба монанди шизофрения ва инчунин ихтилоли нейродегенеративӣ, ба монанди бемории Алтсгеймер алоқаманд аст [78].

Ҳам генҳои консервшуда ва ҳам хоси инсон дар патологияҳои бофтаи мушаххас нақши муҳим доранд. Илова бар ин, ин генҳо, ки бо функсияҳои танзимкунанда ва сигналӣ бой шудаанд, бо генҳои хонагӣ гуфтугӯ мекунанд, то вокуниши ҳуҷайраро ба омилҳои гуногун назорат кунанд. Ҳамин тариқ, тасвири пурраи пайдоиш, инкишоф ва пешрафти бемориро танҳо аз нуқтаи назари системавӣ ба даст овардан мумкин аст. Аз ин нуқтаи назар, мо на танҳо генҳоро (ё ҳолати онҳоро) меомӯзем, ки дар беморӣ зуд-зуд тағир меёбанд, балки роҳҳои асосии бофтаи мушаххас ва хонасозиро, ки дар онҳо онҳо барои намоиш додани фенотип(ҳо)-и мушоҳидашуда ҳамкорӣ мекунанд, меомӯзем. Дар зербоби оянда мо ин фарзияро боз ҳам таҳқиқ мекунем. Мо потенсиали зергурӯҳҳои гуногуни генҳои интихобшудаи бофтаро барои пешгӯии патологияҳои хоси бофта меомӯзем.

Арзёбии аҳамияти патологияҳои бофтаи хос дар байни генҳои интихобшудаи бофтаи консервшуда ва хоси инсон

Барои омӯзиши минбаъдаи қудрати пешгӯии генҳои бофтаи интихобӣ барои патологияҳои инсон, мо истифода мебарем базаи ассотсиатсияи генетикӣ (GAD) эзоҳҳои беморӣ ҳамчун стандарти тиллои мо [79]. Ин пойгоҳи додаҳо ассотсиатсияҳои генҳои бемориро аз таҳқиқоти ассотсиатсияи генетикӣ ҷамъ меорад. Илова бар ин, ҳар як беморӣ ба яке аз 19 синфҳои гуногуни беморӣ дар пойгоҳи додаҳои GAD таъин карда шудааст. Мо асбоби шарҳи функсионалии DAVID-ро барои таҳлили ғанисозии бемориҳо аз генҳои интихобии бофта истифода мебарем [80].

Аввалан, мо мекӯшем муайян кунем, ки кадом синфҳои беморӣ дар байни ҳар як маҷмӯи генҳои интихобкунандаи бофта ба таври назаррас бой шудаанд. Ҷадвали 4 синфҳои бемориро нишон медиҳад, ки дар ҳар як гурӯҳи генҳои селективии майна ва хун бой шудаанд. Генҳои интихобшудаи хун асосан бо саратон бой шудаанд, дар ҳоле ки генҳои интихобкунандаи хуни инсон асосан бо ихтилоли иммунӣ алоқаманданд. Инро бо натиҷаҳои қаблии мо алоқаманд кардан мумкин аст, ки нишон медиҳад, ки зермаҷмӯи ҳифзшуда асосан дар танзими афзоиш, репликатсияи ДНК ва сикли ҳуҷайраҳо иштирок мекунад, дар ҳоле ки генҳои хоси инсон пеш аз ҳама дар паҳншавӣ ва фаъолсозии лимфоситҳо иштирок мекунанд. Баръакс, генҳои интихобкунандаи мағзи сар дар робита ба синфҳои беморӣ, ки онҳо метавонанд пешгӯӣ кунанд, шабоҳатҳои бештар нишон медиҳанд. Ҳам генҳои интихобшудаи мағзи сар ва ҳам ба инсон хос метавонанд ихтилоли равониро пешгӯӣ кунанд, аммо ба назар чунин менамояд, ки зергурӯҳи хоси инсон як пешгӯии дақиқтар аст. Аз тарафи дигар, ихтилоли неврологӣ танҳо дар зермаҷмӯи хоси генҳои интихобкунандаи мағзи сар ғанӣ гардонида мешавад, дар ҳоле ки ихтилоли ҳамчун фармакогеномӣ ва химиявӣ таснифшуда дар генҳои ҳифзшуда ғанитарии бештарро нишон медиҳанд.

Барои ҷамъбаст кардани ихтилоли мушаххасе, ки дар ҳар як зергурӯҳи генҳои интихобкунандаи мағзи сар ғанӣ шудаанд, мо ҳамаи бемориҳои муайяншударо муттаҳид мекунем ва онҳоро дар асоси ғанисозии онҳо гурӯҳбандӣ мекунем. саҳ-арзиш, агар он танҳо дар як маҷмӯа ғанӣ шуда бошад, ё муҳимтарини онҳо саҳ-арзиш, агар он дар ҳарду маҷмӯа бой шавад. Ҷадвали 5 даҳ истилоҳҳои беҳтарини бемориро нишон медиҳад, ки дар генҳои хоси инсон ё генҳои интихобшудаи мағзи сар ғанӣ шудаанд. Дар аксари мавридҳо, генҳои хоси инсон нисбат ба генҳои ҳифзшуда бо патологияҳои махсуси мағзи сар бештар алоқаманданд. Илова бар ин, ихтилоли беназир, ба монанди шизофрения, ихтилоли дуқутбӣ ва мусодира вуҷуд доранд, ки танҳо дар байни генҳои хоси инсон бой мешаванд.

Хулоса, ҳам зергурӯҳҳои консервшуда ва ҳам ба инсон хоси генҳои интихобии бофтаҳо бо ихтилоли гуногуни инсон алоқаманданд. Бо вуҷуди ин, зергурӯҳи хоси инсон робитаи бештарро бо патологияҳои бофтаи хос нишон медиҳад. Бо ин мақсад, онҳо моро ба сохторҳои мувофиқи молекулавӣ (воридкунии генҳо) дар хамиртуруш роҳнамоӣ мекунанд, то механизмҳои молекулавӣ/функсионалӣ, ки боиси халалдор шудани функсияи бофта мешаванд. Чунин механизмҳоро дар одамон санҷидан мумкин аст ва агар тасдиқ карда шавад, хамиртуруш метавонад ҳамчун модели таҷрибавӣ барои таҳқиқоти минбаъдаи биомаркерҳо ва мудохилаҳои фармакологӣ ва генетикӣ хизмат кунад.


Мавод ва усул

Ҷустуҷӯи пайдарпайии геном

Тамоми пайдарпаии геноми 92 бактерияи хок аз пойгоҳи додаҳои интегратсионӣ ба геномҳои микробҳо (Markowitz et al., 2012) ва махзани геноми NCBI (Бенсон ва дигарон, 2006) гирифта шудааст. Интихоби ин намудҳои бактерияҳо пас аз ҳамаҷониба тасдиқ кардани табиати зисти хоки онҳо дар машварат бо адабиёти мавҷуда, аз ҷумла Дастури бактерияшиносии систематикии Бергей гузаронида шуд (Гаррити ва дигарон, 2001 Бреннер ва дигарон, 2005 Вос ва дигарон, 2009 Krieg et al., 2009). ., 2010 Whitman et al., 2012) ва метамаълумотҳои марбут ба маълумоти геноми дахлдор. Геномҳои намудҳои бактерияҳо бо метамаълумоти нодуруст дар бораи макони зист ва манбаи ҷудошавӣ ва шарҳи нопурраи пайдарпайии рамзгузорӣ дидаву дониста аз таҳлил дур монданд. Лоиҳаи геномҳои намудҳои бактерияҳо низ барои таҳлил ба назар гирифта нашудаанд. Намудҳо бе демаркатсияи штамм низ дар канор мондаанд, зеро "штамм" як ҷузъи ҷудонашавандаи консепсияи намудҳои бактерияҳоро ташкил медиҳад (Rossell&x000F3-Mora ва Аманн, 2001). 92 намуди бактерияҳои интихобшуда, ки дар ин таҳқиқот баррасӣ шудаанд, дар тамоми домени Eubacterial, ки ба панҷ синфҳои гуногуни таксономӣ тааллуқ доранд (яъне Proteobacteria, Firmicutes, Chlorobi, Actinobacteria ва Acidobacteria) дар 20 тартиби гуногун ва 27 оилаҳои гуногун паҳн шудаанд. Рӯйхати ин организмҳо дар Ҷадвали иловагии 1 оварда шудааст. Генҳо бо кодонҳои дурусти оғоз ва хотимавӣ барои ҳар як геном барои кам кардани хатогии интихоб баррасӣ карда шуданд.

Ҷустуҷӯи пайдарпаии генҳои 16S rRNA ва хонагӣ

Пайдарпайии нуклеотидҳои генҳои 16S rRNA ва генҳои хонагӣ atpD, infB, rpoB, ва trpB аз 92 насли бактериявӣ аз тамоми пайдарпаии геномҳо истихроҷ карда шуданд, то профили истифодаи кодонро омӯзанд ва ҳамоҳангсозии пайдарпайии чандкарата (MSA) барои хулосабарории муносибатҳои филогенетикӣ.

Таҳлили CUB

Параметрҳо ба монанди шумораи самараноки кодонҳо ё Nc (Wright, 1990), мундариҷаи GC дар мавқеи сеюми кодон ё GC3 (Wright, 1990), гидрофобӣ ва дарозии ген ҳисоб карда шуданд. Nc яке аз ченакҳои беҳтарин ва васеъ истифодашаванда мебошад, ки миқдори истифодаи генро аз истифодаи баробари кодонҳои синонимӣ муайян мекунад (Fuglsang, 2006 Liu, 2013). Он аз 20 то 61 аст. Қимати Nc камтар аз 40 ғарази истифодаи кодонро нишон медиҳад ва баландтар аз 40 истифодаи эҳтимолии баробари ҳама кодонҳои синонимро нишон медиҳад (Ботзман ва Маргалит, 2011 Пал ва дигарон, 2015 Ванг ва дигарон, 2018 Хандия ва дигарон. ., 2019). Гузориш шудааст, ки GC3 бо чандирии ДНК ва ғарази кодон дар прокариотҳо алоқаманд аст (Babbitt et al., 2014) ва инчунин дар ифодаи генҳо ва метилизатсия нақши танзимкунанда мебозад (Татаринова ва дигарон, 2013). Дар таҳқиқоти мазкур, GC3 ҳам барои тамоми геном ва ҳам барои ҳар як гени хонагӣ ҳисоб карда шуд. Гидрофобӣ воқеан барои пешгӯии табиати сафедаи ҳуҷайра, ки аз ҷониби гени мувофиқ дар геном мавҷуд аст, истифода мешавад. Қимати зери сифр мавҷудияти протеини гидрофиликиро нишон медиҳад ва аз сифр боло мавҷудияти протеини гидрофобиро ифода мекунад (Магделдин ва дигарон, 2012). Дар таҳқиқоти худ, мо ин параметрро барои ҳисоб кардани гидрофобияи физикии маҳсулоти генҳои хонагӣ истифода бурдем, ки аз ҷониби rpoB, atpD, infB, ва trpB ген. Сюжети Nc, ки таносуби байни Nc ва GC3-ро тасвир мекунад (Райт, 1990) барои муайян кардани тағирот дар шакли истифодабарии кодон байни мушаххас ва инчунин байни синонимӣ, ки дар тамоми геном ва генҳои хонагии бактерияҳои хок мавҷуд аст, сохта шудааст. Қитъаи Nc барои равшан кардани қувваҳои механикии ташаккули CUB ва гетерогении ген бо истифода аз ғарази кодон ва таркиби асос ба таври васеъ истифода мешавад (Sun et al., 2016 Wang et al., 2018 Khandia et al., 2019). Дар ин таҳқиқот, параметрҳои дар боло зикршуда барои тамоми геномҳо ва генҳои хонагӣ бо истифода аз INCA (Supek and Vlahovicek, 2004) ва CodonW (Peden, 1999) ҳисоб карда шуданд.

Тавлиди ҳамоҳангсозии пайдарпайии сершумор (MSAs)

MSA-ҳои генҳои 16S rRNA ва чаҳор генҳои хонагӣ аз 92 намуди бактерияҳо бо истифода аз веб-интерфейси Clustal Omega, ки дар вебсайти EMBL-EBI ҷойгир шудаанд (https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo) омода карда шудаанд. /). Clustal Omega як асбоби MSA мебошад, ки ҳамоҳангиро байни пайдарпаии сершумор бо истифода аз дарахтони роҳнамои тухмишуда ва усулҳои профили HMM истеҳсол мекунад (Sievers et al., 2011).

Таҳлили филогенетикӣ

Натиҷаҳои филогенетикӣ бо истифода аз гени 16S rRNA ва чаҳор генҳои хонагӣ бо истифода аз усули эҳтимолияти максималӣ (ML) бароварда шуданд. Аз нуқтаи назари дақиқ, вақт ва роҳат, усули ML яке аз усулҳои мувофиқтарини арзёбии дарахт ҳисобида мешавад, ки маълумотро дар бораи муносибатҳои эволютсионалӣ таъмин мекунад (Mulet et al., 2010). Ғайр аз он, ин усул функсияи эҳтимолиятро истифода мебарад ва метавонад ба осонӣ барои муайян кардани масофаи ҷуфт дар филограммаҳо истифода шавад (Ронг ва Хуанг, 2014). Азбаски моделҳои эволютсионӣ (ё моделҳои ивазкунии нуклеотидҳо) як ҷузъи калидии филогенетикаи молекулавӣ бо истифода аз усулҳо, ба монанди ML, барои ҳар як ген мебошанд, модели оптималии эволютсия бо истифода аз функсияи санҷиши модели MEGA 6.0 интихоб карда шуд (Кумар ва дигарон, 2008). ). Арзиши меъёри иттилоотии Bayesian (BIC) ҳамчун як меъёри муҳими интихоби модел баррасӣ шудааст ва моделҳое, ки арзиши пасттарини BIC-ро тасвир мекунанд, ҳамчун моделҳои оптималӣ интихоб карда шуданд (Posada and Buckley, 2004 Posada, 2009 Luo et al., 2010). Дарахтони филогенетикӣ бо истифода аз MEGA 6.0 сохта шудаанд (Кумар ва дигарон, 2008). Барои чор генҳои хонагӣ, ки дар ин таҳқиқот баррасӣ карда мешаванд, модели баргардонидани вақти умумӣ (Ней ва Кумар, 2000) бо гамма (G) тағирёбии суръатро дар байни сайтҳо дар якҷоягӣ бо ҳиссаи назарраси сайтҳои бетағйир (I) ё GTR + G & Модели x0002B I мувофиқи холҳои BIC оптималӣ дониста шуд. Дарахти филогенетикии гени 16S rRNA дар асоси модели 2-параметри Кимура (Кимура, 1980) хулоса бароварда шуд. Дарахти консенсуси bootstrap, ки аз 1000 нусха бармеояд (Felsenstein, 1985) барои муаррифии таърихи эволютсионии таксонҳои таҳлилшуда гирифта шудааст. Визуализатсия ва шарҳи дарахтони филогенетикӣ бо истифода аз абзори кушодаи онлайни Interactive Tree of Life (iTOL) ver. 4.4.2 дар https://itol.embl.de/ дастрас аст (Letunic and Bork, 2007, 2019). Маълумоти хоми дорои дарахтони филогенетикӣ дар якҷоягӣ бо дастгирии bootstrap ҳамчун файлҳои иловагӣ дар формати Нюик пешниҳод карда мешаванд.


Тавре ки шумо дар боло мебинед, такмилдиҳандаҳо метавонанд промоутерҳои генҳоро дар масофаи ҳазорон ҷуфтҳои пойгоҳ ҷойгир кунанд. Изоляторҳо аз пайвастани номувофиқ ва фаъол кардани промоутер гени дигар дар ҳамон минтақаи хромосома пешгирӣ мекунанд.

  • дарозии ДНК (то камтар аз 42 ҷуфти асосӣ метавонанд ҳилларо иҷро кунанд)
  • дар байни
    • такмилдиҳанда(ҳо) ва промоутер(ҳо) ё
    • хомӯшкунанда(ҳо) ва промоутер(ҳо)

    Такмилдиҳанда барои промоутер ген барои занҷири дельта гамма/дельта Ресептори Т-ҳуҷайра барои антиген (TCR) дар наздикии промоутер барои занҷири алфа ҷойгир аст алфа/бета TCR (дар хромосомаи 14 дар одамон). Ҳуҷайраи Т бояд яке ё дигареро интихоб кунад. Байни промоутер гени алфа ва промотори гени дельта изолятор мавҷуд аст, ки фаъолшавии яке ба дигараш паҳн нашавад.

    Ҳама изолятсияҳое, ки то имрӯз дар сутунмӯҳраҳо кашф шудаанд, танҳо ҳангоми бастани он кор мекунанд CTCF протеин. Мисоли дигар: Дар ширхӯрон (мушҳо, одамон, хукҳо) танҳо аллели барои омили афзоиши инсулин монанд - 2 (IGF2) аз падар мерос гирифта фаъол аст, ки мерос аз модар нест &mdash падидае ном дорад чоп кардан.

    Механизм: аллели модар дорои изолятори байни IGF2 тарғибкунанда ва такмилдиҳанда. Аллели падар низ ҳамин тавр мекунад, аммо дар ҳолати ӯ изолятсия метилизатсия шудааст. CTCF дигар наметавонад ба изолятсия пайваст шавад ва аз ин рӯ, такмилдиҳанда ҳоло озод аст, ки дастгоҳи падарро фаъол созад. IGF2 тарғибкунанда.

    Бисёре аз навъҳои аз ҷиҳати тиҷоратӣ муҳими хукҳо барои дорои ген парвариш карда шудаанд, ки таносуби мушакҳои скелетро ба фарбеҳ зиёд мекунад. Ин ген пайдарпай шудааст ва маълум мешавад, ки аллели IGF2, ки дар яке аз он мутацияи ягонаи нуқта дорад интронхо. Хукҳо бо ин мутация сатҳи баландтар тавлид мекунанд IGF2 mRNA дар мушакҳои скелетии онҳо (вале на дар ҷигарашон). Ин ба мо мегӯяд, ки:

    • Барои таъсир расонидан ба фенотип, мутатсияҳо набояд дар қисми рамзи сафедаи ген бошанд.
    • Мутация дар қисмҳои рамзгузории ген метавонад ба он таъсир расонад танзим шудааст (дар ин ҷо, тағйирот дар мушакҳо, вале на дар ҷигар).

    Генҳо тақдир нестанд

    Генҳо ба ҳар як ҷанбаи физиология, инкишоф ва мутобиқшавии инсон таъсир мерасонанд. Фарбеҳӣ истисно нест. Бо вуҷуди ин, дар бораи генҳои мушаххасе, ки ба фарбеҳӣ мусоидат мекунанд ва миқёси ба истилоҳ "таъсири мутақобилаи генетикии муҳити зист" нисбатан кам маълум аст, ки ҳамбастагии мураккаби байни сохтори генетикии мо ва таҷрибаи ҳаётии мо.

    Тадқиқоти соли 2014 нишон дод, ки истеъмоли ғизои бирён метавонад бо генҳои марбут ба фарбеҳӣ ҳамкорӣ кунад ва аҳамияти кам кардани истеъмоли ғизои бирёнро дар афроде, ки аз ҷиҳати генетикӣ ба фарбеҳӣ майл доранд, таъкид мекунад. (21) Ҷустуҷӯи генҳои фарбеҳии инсон чанд даҳсола пеш оғоз шуда буд. Пешрафтҳои босуръати биологияи молекулавӣ ва муваффақияти лоиҳаи геноми инсон ҷустуҷӯро пурзӯр карданд. Ин кор якчанд омилҳои генетикиро равшан кардааст, ки барои шаклҳои хеле нодир ва як гении фарбеҳӣ масъуланд. Тадқиқотҳои нав пайдошуда инчунин ба муайян кардани заминаҳои генетикии фарбеҳии ба истилоҳ "умумӣ", ки даҳҳо, на садҳо генҳо таъсир мерасонанд, оғоз карданд. Илова бар ин, тадқиқот дар бораи робитаи байни хӯрокҳои муайян ва фарбеҳӣ ба ҳамкории байни парҳез, генҳо ва фарбеҳӣ равшанӣ мебахшад.

    Он чизе, ки аз ин бозёфтҳои барвақт равшантар мешавад, ин аст, ки омилҳои генетикии то ҳол муайяншуда ба хатари фарбеҳӣ танҳо саҳми ночиз мегузоранд ва генҳои мо тақдири мо нестанд: Бисёр одамоне, ки ин генҳои ба истилоҳ “фарбеҳӣ” доранд. вазни зиёдатӣ мегардад ва тарзи ҳаёти солим метавонад ба ин таъсири генетикӣ муқобилат кунад. Ин мақола ба таври мухтасар саҳми генҳо ва таъсири мутақобилаи генҳо ва муҳити атрофро дар рушди фарбеҳӣ тавсиф мекунад.

    Шаклҳои нодири фарбеҳӣ, ки дар натиҷаи мутатсия дар як ген ба вуҷуд меоянд (фарбеҳии моногенӣ)

    Якчанд шаклҳои нодири фарбеҳӣ дар натиҷаи мутатсияҳои стихиявӣ дар генҳои якхела, ба истилоҳ мутацияҳои моногенӣ ба вуҷуд меоянд. Чунин мутатсияҳо дар генҳое кашф шудаанд, ки дар назорати иштиҳо, истеъмоли ғизо ва гомеостази энергетикӣ нақши муҳим мебозанд - пеш аз ҳама дар генҳое, ки лептини гормон, ретсептори лептин, про-опиомеланокортин ва ресепторҳои меланокортин-4 ва ғайраро рамз мекунанд. . (1)

    Фарбеҳӣ инчунин як аломати якчанд синдромҳои генетикӣ мебошад, ки дар натиҷаи мутатсия ё нуқсонҳои хромосомӣ ба монанди синдромҳои Прадер-Вилли ва Бардет-Бидл ба вуҷуд омадаанд. Дар ин синдромҳо, фарбеҳӣ аксар вақт бо ақибмонӣ, аномалияҳои репродуктивӣ ё мушкилоти дигар ҳамроҳӣ мекунанд. (2)

    “Фарбеҳии умумӣ”, ки дар натиҷаи мутатсия дар генҳои сершумор ба вуҷуд омадааст

    Дар асри 21 фарбеҳӣ як мушкилоти саломатӣ аст, ки ба ҷомеаҳои сарватманд ва камбағал, таҳсилдида ва бесавод, ғарбгарошуда ва ғайриғарбӣ таъсир мерасонад. Сатҳи равғани бадан аз ҳар як шахс фарқ мекунад, аммо баъзе одамон ҳамеша майл доранд, ки равғани баданро нисбат ба дигарон каме бештар гиранд. Далелҳо аз моделҳои ҳайвонот, омӯзиши робитаи одамон, омӯзиши дугоникҳо ва таҳқиқоти ассотсиатсияи популятсияҳо нишон медиҳанд, ки ин тағирот дар ҳассосияти мо ба фарбеҳӣ ҷузъи генетикӣ дорад. Аммо ба ҷои он ки аз ҷониби як ген назорат карда шавад, ба ҳассосият ба фарбеҳии маъмулӣ аз ҷониби бисёр генҳо (полигенӣ) таъсир мерасонад.

    Таҳқиқоти дугоникҳо дар бораи генетикаи фарбеҳии маъмулӣ каме фаҳмиш медиҳанд. Дар асоси маълумоти зиёда аз 25,000 ҷуфти дугоникҳо ва 50,000 аъзоёни оилаи биологӣ ва фарзандхонда, ҳисобҳо оид ба таносуби миёна барои индекси массаи бадан (BMI) барои дугоникҳои монозиготикӣ ("якхела") 0,74 ва барои дугоникҳои дизиготикӣ 0,32 аст. 8221) дугоникҳо, 0,25 барои бародарону хоҳарон, 0,19 барои ҷуфтҳои волидайн ва насл, 0,06 барои хешовандони фарзандхонда ва 0,12 барои зану шавҳар. (3) Таносуби қавӣ барои BMI байни дугоникҳои монозиготикӣ ва сустшавии он бо дараҷаи камтари генҳои муштарак таъсири қавии генетикиро ба BMI нишон медиҳад. Бо вуҷуди ин, ин хулоса бар он асос ёфтааст, ки дугоникҳои якхела ва бародарӣ дараҷаи якхелаи муҳити муштарак доранд - ва ин як фарзияест, ки дар амал татбиқ намегардад.

    Истифодаи тадқиқотҳои Ассотсиатсияи Геном барои муайян кардани генҳои марбут ба фарбеҳӣ

    Омӯзиши ассотсиатсияи умуми геномӣ садҳо ҳазор аломатҳои генетикиро дар ҳазорҳо маҷмӯи пурраи ДНК скан мекунад, то вариантҳои генҳоро, ки метавонанд ба як бемории мушаххас алоқаманд бошанд, пайдо кунанд. Ин тадқиқотҳо метавонанд барои дарёфти вариантҳои генҳо истифода шаванд, ки дар бемориҳои умумӣ ва мураккаб, ба монанди фарбеҳӣ нақш мебозанд. Аксар вақт, тағирот дар як қисми хурди ДНК, ки генро рамзгузорӣ мекунад, метавонад дар амали ген тағирот ворид кунад. Ин вариантҳои хурди ДНК, ки "вариантҳои ген" ё "полиморфизмҳои як нуклеотид" (SNPs) ном доранд, аксар вақт бо хатари беморӣ алоқаманданд.

    Дар соли 2007, муҳаққиқон бо истифода аз таҳқиқоти ассотсиатсияи геномӣ аввалин вариантҳои генҳои марбут ба фарбеҳиро дар гени ба истилоҳ “массаи фарбеҳӣ ва фарбеҳӣ” (FTO) дар хромосомаи 16 муайян карданд. (4, 5) Ин вариантҳои генҳо мебошанд. хеле маъмул аст ва одамоне, ки як бор мебардоранд, нисбат ба одамоне, ки надоранд, 20 то 30 дарсад зиёдтар хатари фарбеҳӣ доранд. Варианти дуюми гени марбут ба фарбеҳӣ, ки муҳаққиқон муайян кардаанд, дар хромосомаи 18 ҷойгир аст, ки ба гени ретсептори меланокортин-4 наздик аст (ҳамон ген барои як шакли нодири фарбеҳии моногенӣ масъул аст). (6, 7)

    То имрӯз, таҳқиқоти ассотсиатсияи умуми геномӣ зиёда аз 30 генҳои номзадро дар 12 хромосома муайян кардаанд, ки бо индекси массаи бадан алоқаманданд. (8 & # 821110) Дар хотир доштан муҳим аст, ки ҳатто умедбахши ин генҳои номзад, FTO, танҳо як қисми ками ҳассосияти генро ба фарбеҳӣ ташкил медиҳад. (11)

    Муносибатҳои ген ва муҳити зист: Чаро ирсият тақдир нест

    Тағйироти генетикӣ ба гумон аст, ки паҳншавии босуръати фарбеҳиро дар саросари ҷаҳон шарҳ диҳад. (1) Ин аз он сабаб аст, ки ҳавзи генҳои "8220" басомади генҳои гуногун дар саросари популятсия барои наслҳои зиёд устувор боқӣ мемонад. Барои паҳн шудани мутатсияҳо ё полиморфизмҳои нав вақти зиёд лозим аст. Пас, агар генҳои мо асосан якхела бошанд, дар тӯли 40 соли охир афзоиши сатҳи фарбеҳӣ чӣ тағир ёфт? Муҳити мо: муҳити ҷисмонӣ, иҷтимоӣ, сиёсӣ ва иқтисодӣ, ки ба чӣ қадар мо мехӯрем ва то чӣ андоза фаъол будани мо таъсир мерасонанд. Тағйироти муҳити зист, ки хӯрдани одамонро осонтар мекунад ва барои одамон фаъолияти кофии ҷисмониро душвортар мекунад, дар сар задани афзоиши вазни зиёдатӣ ва фарбеҳӣ нақши калидӣ бозидааст. (12)

    Кор дар бораи таъсири мутақобилаи ген ва муҳити зист вобаста ба фарбеҳӣ ҳанӯз дар марҳилаи ибтидоӣ қарор дорад. Далелҳо то ҳол нишон медиҳанд, ки майли генетикӣ сарнавишт нест - бисёр одамоне, ки генҳои ба истилоҳ "8220фарбеҳӣ" доранд, вазни зиёдатӣ надоранд. Баръакс, чунин ба назар мерасад, ки хӯрдани парҳези солим ва машқҳои кофӣ метавонад ба баъзе хатари фарбеҳии марбут ба ген муқобилат кунад.

    Масалан, дар соли 2008 Андреасен ва ҳамкасбон нишон доданд, ки фаъолияти ҷисмонӣ таъсири як гени мусоидаткунандаи фарбеҳӣ, як варианти маъмули FTO-ро ҷуброн мекунад. Тадқиқот, ки дар 17,058 Дания гузаронида шуд, нишон дод, ки одамоне, ки гени таблиғи фарбеҳиро доранд ва ғайрифаъол буданд, нисбат ба одамони бе варианти ген, ки ғайрифаъол буданд, BMI баландтар доранд. Доштани майли генетикӣ ба фарбеҳӣ барои одамони фаъол аҳамияте надошт: BMI-и онҳо нисбат ба одамоне, ки гени фарбеҳӣ надоштанд, баландтар ё пасттар набуд. (15)

    Корҳои минбаъда оид ба робитаи байни генҳои FTO, фаъолияти ҷисмонӣ ва фарбеҳӣ натиҷаҳои мухолиф доданд. (16 & # 821118) Барои ба даст овардани ҷавоби дақиқтар, муфаттишон ба наздикӣ маълумотро аз 45 таҳқиқот дар калонсолон ва 9 таҳқиқот дар кӯдакон - дар маҷмӯъ тақрибан 240 000 нафар муттаҳид ва дубора таҳлил карданд. (19) Онҳо дарёфтанд, ки одамоне, ки варианти гени FTO-ро, ки ба фарбеҳӣ мусоидат мекунанд, нисбат ба онҳое, ки нагирифтаанд, 23 дарсад зиёдтар хатари фарбеҳӣ доранд. Аммо бори дигар фаъол будани ҷисмонӣ хатарро коҳиш дод: калонсолони фаъоле, ки гени тарғибкунандаи фарбеҳиро доранд, нисбат ба калонсолони ғайрифаъол, ки генро доранд, 30 дарсад камтар хатари фарбеҳӣ доштанд.

    Аксарияти одамон вобаста ба таърихи оила ва этникии онҳо эҳтимолан майли генетикӣ ба фарбеҳӣ доранд. Гузариш аз майли генетикӣ ба худи фарбеҳӣ одатан тағирот дар парҳез, тарзи зиндагӣ ё дигар омилҳои муҳити зистро талаб мекунад. Баъзе аз ин тағйирот инҳоро дар бар мегиранд:

    • мавҷудияти омодаи ғизо дар ҳама соатҳои рӯз ва дар ҷойҳое, ки як вақтҳо хӯрок намефурӯхтанд, ба монанди нуқтаҳои фурӯши сӯзишворӣ, дорухонаҳо ва мағозаҳои лавозимоти корӣ
    • ба таври назаррас кам шудани фаъолияти ҷисмонӣ дар вақти кор, машғулиятҳои хонагӣ ва вақти истироҳат, махсусан дар байни кӯдакон
    • зиёд шудани вақти сарфи тамошои телевизор, истифодаи компютер ва иҷрои дигар корҳои нишастаро ва
    • воридшавии хӯрокҳои хеле коркардшуда, зуд-фуд ва нӯшокиҳои қанд дар якҷоягӣ бо маъракаҳои маркетингии ҳама ҷо, ки онҳоро таблиғ мекунанд.

    Хатти поён: Муҳити солим ва тарзи ҳаёт метавонанд ба хатарҳои марбут ба ген муқобилат кунанд

    Доштани фаҳмиши беҳтари саҳми генетикӣ ба фарбеҳӣ, махсусан муштараки фарбеҳӣ ва генҳо-муҳит, фаҳмиши беҳтареро дар бораи роҳҳои сабабҳое, ки ба фарбеҳӣ оварда мерасонанд, фароҳам меорад. Чунин маълумот метавонад рӯзе стратегияҳои умедбахш оид ба пешгирӣ ва табобати фарбеҳӣ диҳад. Аммо дар хотир доштан муҳим аст, ки дар маҷмӯъ, саҳми генҳо дар хатари фарбеҳӣ хурд аст, дар ҳоле ки саҳми ғизои заҳролуд ва муҳити фаъолияти мо бузург аст. Тавре ки як олим навиштааст, "Генҳо метавонанд ҳамзамон муайян кунанд, ки кӣ фарбеҳ мешавад, аммо муҳити мо муайян мекунад, ки чанд нафар фарбеҳ мешаванд." , барои ҳама.

    Иқтибосҳо

    1. Hu F. Пешгӯиҳои генетикии фарбеҳӣ. Дар: Ху Ф, ред. Эпидемиологияи фарбеҳӣ. Шаҳри Ню Йорк: Матбуоти Донишгоҳи Оксфорд, 2008 437-460.

    2. Farooqi S, O’Rahilly S. Генетикаи фарбеҳӣ дар одамон. Endocr Rev. 2006 27:710-18.

    3. Maes HH, Neale MC, Eaves LJ. Омилҳои генетикӣ ва муҳити зист дар вазни нисбии бадан ва фарбеҳии инсон. Генет рафтор кунед. 1997 27:325-51.

    4. Дина С, Мейре Д, Галлина С ва дигарон. Вариант дар FTO ба фарбеҳии кӯдакон ва фарбеҳии шадиди калонсолон мусоидат мекунад. Нат Генет. 2007 39:724-6.

    5. Frayling TM, Timpson NJ, Weedon MN, et al. Варианти маъмул дар гени FTO бо индекси массаи бадан алоқаманд аст ва ба фарбеҳии кӯдакон ва калонсолон моил аст. Илм. 2007 316:889-94.

    6. Loos RJ, Lindgren CM, Li S, et al. Вариантҳои маъмул дар наздикии MC4R бо массаи фарбеҳ, вазн ва хатари фарбеҳӣ алоқаманданд. Нат Генет. 2008 40:768-75.

    7. Qi L, Kraft P, Hunter DJ, Hu FB. Варианти маъмули фарбеҳӣ дар наздикии гени MC4R бо истеъмоли бештари энергияи умумӣ ва равғани парҳезӣ, тағирёбии вазн ва хатари диабети қанд дар занон алоқаманд аст. Хум Мол Генет. 2008 17:3502-8.

    8. O’Rahilly S. Генетикаи инсон роҳҳоро ба бемории мубодилаи моддаҳо равшан мекунад. Табиат. 2009 462:307-14.

    9. Speliotes EK, Willer CJ, Berndt SI, et al. Таҳлили ассотсиатсияи 249,796 нафар ҳаждаҳ макони нави марбут ба индекси массаи баданро ошкор мекунад. Нат Генет. 2010 42:937-48.

    10. Ҳейд IM, Ҷексон AU, Randall JC. Мета-таҳлил 13 локали наверо, ки бо таносуби камар ва хип алоқаманданд, муайян мекунад ва диморфизми ҷинсӣ дар асоси генетикии тақсимоти фарбеҳро ошкор мекунад. Нат Генет. 2010 42:949-60.

    11. Wallley AJ, Asher JE, Froguel P. Саҳми генетикӣ ба фарбеҳии ғайри синдромии инсон. Нат Рев Генет. 2009 10:431-42.

    12. Ци Л, Чо Я. Таъсири мутақобилаи ген-муҳит ва фарбеҳӣ. Nutr Rev. 2008 66:684-94.

    15. Андреасен CH, Stender-Petersen KL, Mogensen MS, et al. Фаъолияти ками ҷисмонӣ таъсири полиморфизми FTO rs9939609 ба ҷамъшавии равғани баданро таъкид мекунад. Диабет. 2008 57:95-101.

    16. Rampersaud E, Mitchell BD, Pollin TI, et al. Фаъолияти ҷисмонӣ ва ассотсиатсияи вариантҳои умумии генҳои FTO бо индекси массаи бадан ва фарбеҳӣ. Арч Intern Med. 2008 168:1791-7.

    17. Ruiz JR, Labayen I, Ortega FB, et al. Паст кардани таъсири полиморфизми FTO rs9939609 ба фарбеҳи умумӣ ва марказии бадан бо фаъолияти ҷисмонӣ дар наврасон: омӯзиши HELENA. Arch Pediatr Adolesc Med. 2010 164:328-33.

    18. Ҷонссон А, Ренстром Ф, Лиссенко В ва дигарон. Арзёбии таъсири мутақобилаи варианти FTO (rs9939609) ва фаъолияти ҷисмонӣ ба фарбеҳӣ дар 15,925 Шветсия ва 2,511 калонсолони Финландия. Диабетология. 2009 52:1334-8.

    19. KilpelinenTO, Qi L, Brage S, et al. Фаъолияти ҷисмонӣ таъсири вариантҳои FTO-ро ба хатари фарбеҳӣ суст мекунад: мета-таҳлили 218,166 калонсолон ва 19,268 кӯдакон. PLoS Med. 20118: e1001116. Epub 2011 1 ноябр.

    20. Веерман ҶЛ. Дар бораи бефоида будани скрининг барои генҳое, ки шуморо фарбеҳ мекунанд. PLoS Med. 2011 Ноябр8 (11): e1001114. Epub 2011 1 ноябр.

    21. Qi, Q, Chu, AY, Kang, JH, Huang, J, Rose, LM, Jensen, MK, Liang, L, Curhan, GC, Pasquale, LR, Wiggs, JL, De Vivo, I, Chan, AT , Choi, HK, Tamimi, RM, Ridker, PM, Hunter, DJ, Willett, WC, Rimm, EB, Chasman, DI, Hu, FB, Qi, L. (2014). Истеъмоли ғизои бирён, хатари генетикӣ ва индекси массаи бадан: таҳлили ҳамкории ген ва парҳез дар се таҳқиқоти когорти ИМА. BMJ 19348: g1610.

    22. Асаи М Рамачандраппа С Йоахим М Шен Й Чжан Р Нуталапати Н Раманатан В Строчлик, ДЕ Феркет П Линхарт К, Хо С Новоселова, ТВ Гарг С Риддерстр


    Саволҳои муҳим барои CBSE Синфи 12 Барномаҳои биотехнологии биология дар кишоварзӣ ва тиб

    1. Биотехнология аслан бо истеҳсоли миқёси саноатии биофармацевтика ва биологӣ сарукор дорад. Барномаҳои биотехнология терапевтӣ, ташхис, зироатҳои аз ҷиҳати генетикӣ тағирёфта барои кишоварзӣ, ғизои коркардшуда, биоремедиатсия, коркарди партовҳо ва истеҳсоли энергияро дар бар мегиранд.

    2. Биотехнология дорои се самти муҳими тадқиқотии зерин мебошад:
    (i) Барои таъмин намудани катализатори беҳтарин дар шакли организми беҳтаршуда, одатан микроб ё ферментҳои пок.
    (ii) фароҳам овардани шароити оптималӣ тавассути муҳандисӣ барои амал кардани катализатор.
    (iii) Технологияҳои коркарди поёноб барои тоза кардани пайвастагиҳои сафеда/органикӣ.

    3. Истифодаи биотехнологӣ дар кишоварзӣ
    (i) Татбиқи биотехнология дар соҳаи кишоварзӣ се варианти зеринро дар бар мегирад:

    • Хочагии кишлок ба агрохимия асос ёфтааст.
    • Кишоварзии органикӣ.
    • Хоҷагии қишлоқ, ки аз ҷиҳати генетикӣ сохта шудааст.

    (ii) Инқилоби сабз истеҳсоли ғизоро аз ҳисоби истифодаи:

    • Навъҳои беҳтаршудаи зироат.
    • Агрохимикатхо (нурихо ва пестисидхо).
    • Таҷрибаҳои беҳтари идоракунӣ.

    (iii) Организмҳои аз ҷиҳати генетикӣ тағирёфта (GMOs) наботот, ҳайвонот, бактерияҳо ва занбӯруғҳое мебошанд, ки генҳои онҳо тавассути манипуляция тағир дода шудаанд.
    (iv) Тағйирёбии генетикӣ дар растаниҳо боиси зерин мегардад:

    • Зироатҳо ба фишорхои абиотикй, ба монанди сармо, хушксолй, намак, гармй ва гайра бештар тобовар шуд.
    • Вобастагӣ аз пеститсидҳои кимиёвӣ, яъне зироатҳои ба ҳашароти зараррасон тобовар кам мешавад.
    • Талафоти баъди чамъоварии хосил кам шуд.
    • Самаранокии истифодаи маъданҳо дар растанӣ зиёд шуд (пешгирии гум шудани ҳосилхезии хок).
    • Қимати ғизоии ғизо баланд мешавад, масалан. витамини А - биринҷ бой.
    • Заводҳои фармоишӣ бо истифода аз нерӯгоҳҳои GM барои таъмини захираҳои алтернативӣ ба соҳаҳо дар шакли крахмал, сӯзишворӣ ва дорусозӣ таъсис дода мешаванд.
    • (v) Баъзе аз татбиқи биотехнология дар соҳаи кишоварзӣ истеҳсоли растаниҳои ба ҳашароти зараррасон тобовар мебошанд, ки миқдори пестисидҳои истифодашавандаро кам мекунанд.
      Bt токсин аз ҷониби як бактерия тавлид мешавад ва дар растаниҳо барои муқовимат ба ҳашарот ифода карда мешавад, дар амал биопестисид эҷод мекунад, масалан. Bt пахта, Bt ҷуворимакка, биринҷи тиллоӣ, помидор, картошка ва лубиё ва ғайра.
    • Bt пахта тавассути истифодаи баъзе штаммҳои бактерия, Bacillus thuringiensis (Bt шакли кӯтоҳ аст,) ба вуҷуд оварда мешавад.
    • Ин бактерия сафедаҳо истеҳсол мекунад, ки ҳашароти муайянро, аз қабили лепидоптеранҳо (тамоку, кирми кирм ва кирми лашкар), колеоптеранҳо (гамбӯсакҳо) ва диптеранҳоро (пашаҳо ва магасҳо) мекушанд.
    • thuringiensis дар марҳилаи муайяни афзоиши онҳо кристаллҳои сафедаҳоро ташкил медиҳад. Ин кристаллҳо дорои протеини заҳрноки инсектисид мебошанд.
    • Протеини токсин Bt ҳамчун протоксинҳои ғайрифаъол мавҷуд аст, аммо вақте ки ҳашарот токсинҳои ғайрифаъолро мехӯрад, аз ҳисоби рН-и ишқории рӯда ба шакли фаъоли токсин мубаддал мешавад, ки кристаллҳоро ҳал мекунад.
    • Токсини фаъолшуда ба сатҳи ҳуҷайраҳои эпителиалии миёнаи рӯда мепайвандад ва сӯрохҳоро ба вуҷуд меорад, ки боиси варами ҳуҷайра ва лизис мегардад, ки боиси марги ҳашарот мегардад.
    • Генҳои махсуси токсинҳои Bt аз Bacillus thuringiensis ҷудо карда шуданд ва ба якчанд растаниҳои зироатӣ ҳамчун пахта дохил карда шуданд.
    • Аксари токсинҳои Bt ба гурӯҳи ҳашаротҳо хосанд. Токсинро ген бо номи гиря код мекунад, г. сафедахое, ки генхо рамзгузори карда шудаанд, IAc гиря мекунанд ва IIAb гиря мекунанд, кирми гузаро назорат мекунанд ва фарьёд мезананд, ки IAb чуворимаккаро назорат мекунад.

    (vi) Растаниҳо ба ҳашароти зараррасон тобовар бо истифода аз равандҳои биотехнологӣ таҳия карда мешаванд.

    • Нематоди Meloidogyne incognita ба решаҳои растаниҳои тамоку сироят мекунад, ки истеҳсоли тамокуро кам мекунад.
    • Раванди дахолати RNA (RNAi) барои муҳофизати ҳуҷайра истифода мешавад. Он хомӯш кардани mRNA-и мушаххасро аз ҳисоби dsRNA иловагӣ дар бар мегирад. Он дар ҳама организмҳои эукариотӣ ҳамчун як усули муҳофизати ҳуҷайра пайдо мешавад.
    • dsRNA тарҷумаи mRNA-ро мепайвандад ва пешгирӣ мекунад (хомушкунӣ).
    • Сарчашмаи ин РНК-и комплементарӣ метавонад аз сирояти вирусҳои дорои геномҳои РНК ё унсурҳои генетикии мобилӣ (транспозонҳо), ки тавассути миёнаравии РНК такрор мешаванд, бошад.
    • Агробактериумвекторҳо барои ворид кардани генҳои хоси нематодҳо ба растании мизбон истифода мешаванд. Он дар ҳуҷайраҳои мизбон ҳам РНК-и ҳассос ва ҳам зидди ҳассосро тавлид мекунад.
    • Ин ду РНК ба ҳамдигар мукаммал мебошанд ва РНК-и дуқабата (rfsRNA) -ро ташкил медиҳанд, ки RNAi-ро оғоз мекунанд ва аз ин рӯ mRNA-и мушаххаси нематодро хомӯш мекунанд.
    • Паразит дар мизбони трансгенӣ зинда монда наметавонад, ки РНК-и мушаххаси интерферентиро ифода мекунад. Ҳамин тариқ, растании трансгенӣ худро аз паразит муҳофизат мекунад.

    4. Истифодаи биотехнологӣ дар тиб дар соҳаи тандурустӣ тавассути имкон додани истеҳсоли оммавии доруҳои бехатар ва самараноки табобатӣ таъсири бузург расониданд.

    • Терапевтикҳои рекомбинантӣ аксуламалҳои иммунологии номатлубро ба вуҷуд намеоранд, ба монанди маҳсулоти шабеҳ аз манбаъҳои ғайриинсонӣ.
    • Дар айни замон, дар саросари ҷаҳон тақрибан 30 терапевти рекомбинантӣ барои истифодаи одамон тасдиқ карда шудаанд. Дар Ҳиндустон 12-тои онҳо ҳоло ба фурӯш бароварда мешаванд.

    I. Инсулини аз ҷиҳати генетикӣ сохташуда ба мавҷудияти кофии инсулин барои табобати диабети калонсолон оварда мерасонад.
    (a) Инсулине, ки барои диабети қанд истифода мешуд, қаблан аз гадуди ғадуди гов ва хукҳои кушташуда гирифта мешуд. Ин боиси аллергия ё аксуламалҳои дигар дар баъзе беморон гардид.
    (б) Инсулин аз ду занҷири кӯтоҳи полипептидӣ иборат аст, яъне занҷири-А ва В, ки бо пулҳои дисульфидӣ ба ҳам пайвастанд.

    (в) Дар ширхӯрон инсулин ҳамчун прогормон синтез карда мешавад (пеш аз он ки он ба гормонҳои пурра пухта ва функсионалӣ табдил ёбад, коркард карда шавад), ки дорои дарозии изофӣ номида мешавад. С-пептид.
    (г) С-пептид Дар инсулини баркамол мавҷуд нест ва ҳангоми камолот ба инсулин хориҷ карда мешавад. Ҳамин тариқ, мушкилоти асосӣ барои истеҳсоли инсулин бо истифода аз усулҳои rDNA ҷамъ овардани инсулин ба шакли баркамол буд.
    (д) Эли Лили як ширкати амрикоӣ дар соли 1983 ду пайдарпаии ДНК-ро, ки ба занҷирҳои А ва В-и инсулини инсон мувофиқанд, омода карда, онҳоро дар плазмидаҳои E. coli барои тавлиди занҷирҳои инсулин ворид кард. Занҷирҳои-А ва В алоҳида истеҳсол карда шуданд, истихроҷ карда шуданд ва тавассути эҷоди пайвандҳои дисульфидӣ барои ташаккули инсулини инсон муттаҳид карда шуданд.
    II. Истеҳсоли ваксинаҳо тавассути муҳандисии генетикӣ чунин ваксинаҳоро ваксинаҳои рекомбинантӣ меноманд, ки онҳоро "ваксинаҳои зербахш" ё "ваксинаҳои насли дуюм" меноманд, масалан, гепатити В. Инҳо ду намуд мебошанд:
    (а) Ваксинаҳои протеинӣ истифодаи протеини мушаххасе, ки rDNA дар ваксина тавлид мекунад.
    (б) ДНК ваксинаҳо аз ДНК-и аз ҷиҳати генетикӣ сохташуда истифода мебаранд, ки ҳамчун ваксина барои тавлиди вокуниши иммунологӣ ворид карда мешаванд.
    Ваксинаи гепатитӣ дорои протеини лифофаи вирусӣ, антигени рӯизаминии гепатити В (HB8 Ag). Ин ген аз векторҳои хамиртуруш ҷудо карда шудааст.
    Баъзе генҳои рамзгузории сафеда, ки аз патогенҳо ҷудо карда шудаанд, инчунин дохил карда мешаванд ва дар растаниҳо ифода карда мешаванд, антигенҳо истеҳсол мекунанд ва инчунин ваксинаҳои ошӣ номида мешаванд.
    III. Терапияи ген маҷмӯаи усулҳое мебошад, ки ислоҳи нуқсонҳои гениро, ки дар кӯдак ё ҷанин ташхис шудаанд, имкон медиҳад.
    (а) Генҳо ба ҳуҷайраҳо ва бофтаҳои шахс барои табобати беморӣ ворид карда мешаванд.
    (б) Ислоҳи нуқсони ирсӣ интиқоли як гени муқаррариро ба фард ё ҷанин дар бар мегирад, то ин вазифаро ба ӯҳда гирад ва гени ғайрифунксионалӣ ҷуброн кунад.
    (в) Аввалин терапияи генӣ ба духтарчаи чорсола бо норасоии Аденозин Деаминаза (ADA) аз ҷониби М Марҳамат ва ВФ Андреско дар соли 1990

    • ADA аз сабаби нест кардани гени деаминазаи аденозин ба вуҷуд меояд.<
      Дар баъзе кӯдакон, норасоии ADA метавонад тавассути трансплантатсияи мағзи устухон ва терапияи ивазкунандаи ферментҳо табобат карда шавад, аммо онҳо комилан табобатшаванда нестанд.
      (г) Қадамҳои марбут ба инҳоянд:
    • Дар марҳилаи аввали терапияи ген, лимфоситҳо аз хуни бемор дар фарҳанг берун аз бадан парвариш карда мешаванд.
    • Сипас ба ин лимфоситҳо як cDNA функсионалии ADA (бо истифода аз вектори ретровирусӣ) ворид карда мешавад, ки баъдан ба бемор баргардонида мешаванд.
    • Азбаски ин ҳуҷайраҳо ҷовидона нестанд, бемор ба инфузияи даврии чунин лимфоситҳои аз ҷиҳати генетикӣ таҳияшуда ниёз дорад.
    • Агар гене, ки аз ҳуҷайраҳои мағзи устухон ҷудо карда шудааст, ки ADA тавлид мекунад, ба ҳуҷайраҳо дар марҳилаҳои аввали ҷанин ворид карда шавад, он метавонад як табобати доимӣ бошад.
    • Баъзе дигар бемориҳое, ки бо табобати генӣ табобат кардан мумкин аст, гемофилия, фибрози кистикӣ, бемории Паркинсон ва ғайра мебошанд.

    (IV) Ташхиси молекулавӣ ба халли масъалаи барвакт ташхис ва табобати беморихо ёрй мерасонад.
    $А) Бо истифода аз усулњои муќаррарии ташхис (тањлили хуноба ва пешоб) барваќт ошкор кардани беморињо имконнопазир аст.
    (б) Барои бартараф кардани ин мушкилот, баъзе усулҳои ташхиси молекулавӣ таҳия карда шуданд, ки барвақт ошкор кардани бемориҳоро таъмин мекунанд. Инҳо чунинанд:
    (i) Реаксияи занҷири полимеразӣ (PCR) барои барвакт ошкор кардани беморихо ё микроорганизмхо бо рохи пурзур кардани кислотаи нуклеинии онхо кумак мекунад.
    Консентратсияи пасти микроорганизмҳои патогенӣ (бактерияҳо, вирусҳо ва ғайра) дар хун имкон намедиҳад, ки онро ошкор кунанд.
    ПТР метавонад кислотаҳои нуклеинҳои чунин патогенҳоро афзоиш диҳад, ҳатто вақте ки консентратсияи онҳо хеле паст аст.
    Техникаи ПТР метавонад барои ошкор кардани ВНМО дар беморони гумонбаршудаи СПИД, мутацияи генетикӣ дар беморони гумонбаршудаи саратон ва муайян кардани ихтилоли ирсӣ истифода шавад.
    (ii) Технологияи рекомбинатии ДНК техникаи муосири ташхиси молекулавӣ мебошад. Он дар қадамҳои зерин анҷом дода мешавад:
    ДНК-и ягонаи ришта ё РНК, ки бо молекулаи радиоактивӣ бо номи зонд ишора шудааст, иҷозат дода мешавад, ки дар клони ҳуҷайраҳо ба ДНК-и комплементарии худ гибридизатсия шавад.
    Пас аз он ҳуҷайраҳо тавассути авторадиография муайян карда мешаванд.
    Клони дорои гени мутатсияшуда дар плёнкаи фотографӣ пайдо намешавад, зеро зонд бо гени мутатсияшуда пуррагӣ надорад.
    (iii) Таҳлили иммуносорбенти бо фермент алоқаманд (ELISA) ба принсипи таъсири мутақобилаи антиген ва антитело асос ёфтааст. Сироятро тавассути патоген тавассути мавҷудияти антигенҳо (сафедаҳо, гликопротеинҳо ва ғайра) ё бо роҳи муайян кардани антителоҳое, ки бар зидди патоген синтез карда мешаванд, муайян кардан мумкин аст.
    Саволҳои имтиҳони солҳои қаблӣ
    1 Саволҳоро қайд кунед
    1. Нақши С-пептидро дар инсулини инсон баён кунед. [Тамоми Ҳиндустон 2014]
    Ҷавоб. С-пептид як қисми иловагии пептидҳо мебошад, ки занҷирҳои А ва В-полипептидҳои инсулинро дар прогормон мепайвандад. Ҳангоми коркард барои баровардани инсулини баркамол ва функсионалӣ, ин C-пептид хориҷ карда мешавад

    2. Ба писарбача гирифтори норасоии ADA (Аденозин Деаминаза) ташхис шудааст. Ҳар як табобати имконпазирро пешниҳод кунед. [Деҳлӣ 2014C]
    Ҷавоб. Писарбачае, ки бо норасоии ADA ташхис шудааст, метавонад барои муолиҷаи генӣ гузарад, аммо ин табобати доимӣ нест.

    3. Манбаи эҳтимолии гени интерференсияи РНК (RNAi)-ро нависед. [Деҳлӣ 2013c]
    Ҷавоб. Унсурҳои генетикии мобилӣ, яъне транспозонҳо манбаи эҳтимолии генҳои интерференсияи RNA (RNAi) мебошанд.

    4. Ҳар ду усулеро номбар кунед, ки барои ташхиси барвақти баъзе бемориҳои бактериявӣ/вирусии инсон хизмат мекунанд. [Хориҷӣ 2011]
    ё
    Усули ташхиси молекулавиро номбар кунед, то мавҷудияти патогенро дар марҳилаи ибтидоии сироят муайян кунад. [Деҳлӣ 2010 Тамоми Ҳиндустон 2008]
    Ҷавоб. Усулҳое, ки барои ташхиси барвақти баъзе бемориҳои бактериявӣ/вирусии инсон хизмат мекунанд.
    (i) Реаксияи занҷири полимеразӣ (PCR).
    (ii) технологияи рекомбинатии ДНК ва
    (iii) ELISA усулҳои ташхиси барвақти бемориҳои бактериявӣ/вирусӣ мебошанд

    5. Чї тавр ds РНК ба њуљайраи эукариот дохил шуда, интерференсияи РНК-ро ба амал меорад? [Деҳлӣ 2011c]
    Ҷавоб. dsRNA ба ҳуҷайраҳои эукариотӣ ё тавассути:
    (i) сироят тавассути вируси дорои геноми РНК ё
    (ii) унсурҳои генетикии мобилӣ (транспозонҳо), ки тавассути миёнаравии РНК такрор мешаванд.

    6. Организми манбаи гени cry IAc ва ҳашароти зараррасони онро номбар кунед. [Хориҷӣ 2011]
    Ҷавоб. Сарчашмаи ген crylAc Bacillus thuringiensis ва кирмҳои ҳашароти зараррасони пахта мебошад.

    7. Хост, ки мањсули гении бегонаро тавлид мекунад, чї ном дорад? Ин маҳсулот чӣ ном дорад? [Хориҷӣ 2010]
    Ҷавоб. Организмҳои трансгенӣ ё организмҳои аз ҷиҳати генетикӣ тағирёфта мизбоне мебошанд, ки маҳсулоти гении хориҷӣ истеҳсол мекунанд.
    Протеинҳои рекомбинантӣ маҳсулот мебошанд.

    8. Генҳои гирякунандаро номбар кунед, ки мутаносибан кирми пахта ва куракро назорат мекунанд. [Тамоми Ҳиндустон 2009c]
    Ҷавоб. Генҳои гирякунандае, ки кирми гиёҳи пахтаро назорат мекунанд lAc гиря мекунанд ва llAb гиря мекунанд.

    9. Процесси интерференсияи РНК (РНК) дар организмњои эукариотї чї ањамият дорад? [Хориҷӣ 2008]
    Ҷавоб. Интерференсияи РНК (RNAi) дар ҳама организмҳои эукариотӣ ҳамчун муҳофизати ҳуҷайра амал мекунад

    10. Принсиперо, ки дар он ELISA кор мекунад, баён кунед. [Хориҷӣ 2008]
    Ҷавоб. ELISA ба принсипи таъсири мутақобилаи антиген ва антитело асос ёфтааст.

    11. Чӣ тавр хомӯш кардани мРНК-и мушаххас дар интерференсияи РНК сирояти паразитиро пешгирӣ мекунад? [Деҳлӣ 2008C]
    Ҷавоб. Инфексияи паразитиро бо истифода аз раванди интерференсияи RNA (RNAi) пешгирӣ кардан мумкин аст, зеро нематод наметавонад дар ҳости трансгенӣ зиндагӣ кунад, ки ҳамин тавр РНК-и мушаххаси дахолаткунандаро ифода мекунад ва онро дукарата месозад ва сафеда ё маҳсулотро тарҷума карда наметавонад.

    12. Ҳангоми ворид кардани генҳои хоси нематодҳо бо истифода аз векторҳои муайян ба растаниҳои тамоку чӣ фоида меорад? Векторҳои истифодашударо номбар кунед. [Деҳлӣ 2008C]
    Ҷавоб. Генҳои мушаххаси нематод ҳангоми ворид шудан ба растаниҳои мизбон раванди RNAi-ро оғоз мекунанд ва аз ин рӯ, mRNA мушаххаси нематодро хомӯш мекунанд. Паразит дар мизбони трансгенӣ зинда монда наметавонад, аз ин рӯ растаниҳоро аз ҳашароти зараррасон пешгирӣ кунед. Векторе, ки Agrobacterium истифода мешавад.

    2 Саволҳои баҳогузорӣ

    13. Бигӯед, ки чӣ тавр Agrobacterium tumefaciens ҳамчун вектори муфиди клонкунӣ барои интиқоли ДНК ба ҳуҷайраҳои растанӣ сохта шудааст. [Деҳлӣ 2014]
    Ҷавоб. Бактерияи Agrobacterium tumefaciens маълум аст, ки вектори табиӣ буда, қодир аст ДНК-и худро ба растанӣ гузаронад ва бо ҳамгироии ДНК-и он бо геноми мизбон варамро ба вуҷуд оварад. Гене, ки дар плазмиди ин бактерия ба вуҷуд меояд, бо гени ҷолиб иваз карда мешавад ва ҳоло ҳамчун вектори клонкунӣ барои интиқоли ДНК ба ҳуҷайраҳои растанӣ истифода мешавад.

    14. Терапияи генӣ чист? Аввалин ҳолати клиникиро, ки дар он истифода шудааст, номбар кунед. [Деҳлӣ 2014]
    Ҷавоб. Терапияи генӣ як табобати ислоҳкунанда ё усули муҳандисии генетикӣ барои иваз кардани гени нодуруст ё ғайрифаъол бо гени функсионалии солим,
    Аввалин терапияи клиникии генӣ ба духтари 4-сола бо норасоии ADA (Аденозин Деаминаза) дар соли 1900 бо сабаби нест кардани рамзгузории ген барои ADA дода шуд.

    15. Чаро заҳри Bt бактерияеро, ки онро тавлид мекунад, нест мекунад, балки ҳашароте, ки онро мехӯрад, мекушад? [Деҳлӣ 2014]
    ё
    Чаро сафедаҳои заҳрноки инсектисидӣ, ки аз ҷониби Bacillus thuringiensis ҷудо мешаванд, ҳашаротро мекушанд, на худи бактерия? [Хориҷӣ 2010]
    Ҷавоб. Bt toxin бактерияҳоро нест намекунад, зеро он ҳамчун протоксин ғайрифаъол мавҷуд аст.
    Вақте ки токсин Bt аз ҷониби ҳашарот ворид мешавад, он аз ҳисоби рН-и ишқории рӯда ба шакли фаъоли худ табдил меёбад. Токсини фаъолшуда ба сатҳи ҳуҷайраҳои эпителиалии рӯдаи мобайнӣ мепайвандад ва сӯрохиҳоро ба вуҷуд меорад. Оби воридшуда боиси варам ва лизиси ҳуҷайраҳои бадани ҳашарот мегардад.

    16. Фаҳмонед, ки чӣ тавр Эли Лилӣ, як ширкати амрикоӣ инсулинро тавассути технологияи рекомбинатии ДНК истеҳсол кардааст.
    [Хориҷӣ 2014]
    Ҷавоб. Истеҳсоли инсулин аз ҷониби ширкати Эли Лилли
    (i) пайдарпаии ДНК, ки ба ду полипептид, А ва В-занҷири инсулин мувофиқанд, дар vitro синтез карда мешаванд.
    (ii) Онҳо ба ДНК плазмиди E. coli ворид карда мешаванд.
    (iii) Ин бактерия дар шароити мувофиқ клон карда мешавад.
    (iv) Трансген дар шакли полипептидҳои А ва В ифода карда мешавад, ки ба муҳити атроф ҷудо карда мешаванд.
    (v) Онҳо бо роҳи сохтани пули дисульфидӣ барои ташаккули инсулини инсон истихроҷ карда мешаванд.

    17. “Генҳои гирякунанда” дар Bacillus thuringiensis барои чӣ кор мекунанд? Ахамияти онро барои пахтакорй баён кунед. [Тамоми Ҳиндустон 2014C]
    Ҷавоб. "Генҳои гирякунанда" дар Bacillus thuringiensiscodes барои сафедаҳои заҳрноки инсектисидӣ, ки ҳамчун прототоксинҳои ғайрифаъол мавҷуданд.
    Ин протеинҳо ҳангоми дар зироатҳои пахта ба воситаи муҳандисии генетикӣ ифодашуда ба ҳашароти зараррасон бар зидди кирми гуза муқовимат мекунанд ва зарарро пешгирӣ мекунанд. Чун кирми ин ҳашарот ҳангоми ғизо додан ба қисмҳои растании пахта, токсин дар рӯдаи онҳо фаъол шуда, ҳуҷайраҳои онҳоро пароканда мекунад ва ба ин васила ба марг оварда мерасонад ва онҳоро ба ҳашароти зараррасон тобовар месозад.

    18. Инсулини инсон, ки дар бадан синтез мешавад, пеш аз он ки амал кунад, бояд коркард карда шавад. Сабабҳоро шарҳ диҳед. [Деҳлӣ 2014c]
    Ҷавоб. Инсулини инсон, вақте ки дар бадани инсон аввал синтез мешавад, аз се занҷири пептидӣ иборат аст - A, B ва C. Пептиди С як қисми иловагии аминокислотаҳо мебошад, ки ба занҷирҳои А ва В пайваст мешаванд. Инро проинсулин ё прогормон меноманд. Он барои баровардани инсулини функсионалии баркамол, ки метавонад вазифаҳои муқаррарии худро иҷро кунад, коркард ё пайвастшавӣ мегузарад. Ҳангоми коркард, C-пептид хориҷ карда мешавад. Танҳо занҷирҳои А ва В ба ташаккули инсулини функсионалӣ мусоидат мекунанд.

    19. Ду роҳеро нависед, ки чӣ гуна растаниҳои аз ҷиҳати генетикӣ тағйирёфта муфиданд? [Тамоми Ҳиндустон 2014C]
    Ҷавоб. Сипас растаниҳои аз ҷиҳати генетикӣ тағирёфта муфиданд, зеро онҳо:
    (i) кам ё кам кардани истифодаи маводи кимиёвӣ, нуриҳо, инсектисидҳо, гербисидҳо ва ғайра.
    (ii) кам кардани талафоти пас аз ҷамъоварии ҳосил ва баланд бардоштани арзиши ғизоии зироат.

    20.Бемориро номбар кунед, ки аввалин маротиба табобати генро табобат кардааст. Сабаби беморӣ ва таъсири он ба беморро нависед. [Деҳлӣ 2014C]
    Ҷавоб. Бемории норасоии ADA (Adenosine Deaminase) аввалин шуда табобати генро табобат кард.
    Беморӣ дар натиҷаи нест кардани ген, ки ферменти Аденин Деаминаза (ADA)-ро рамзгузорӣ мекунад, ба вуҷуд меояд. Норасоии ферментҳои ADA ба фаъолияти системаи иммунӣ таъсир мерасонад.

    21. Чаро проинсулин чунин ном дорад? Инсулин аз он чӣ фарқ дорад? [Тамоми Ҳиндустон 2013]
    Ҷавоб. Дар таркиби проинсулин як қисми иловагӣ бо номи C-пептид мавҷуд аст, ки бояд барои инсулини комил баркамол гардад, аз ин рӯ онро проинсулин (прогормон) меноманд. Инсулини функсионалии баркамол танҳо занҷири пептидҳои А ва В дорад

    22. (i) Нақши лигазаи ДНК-ро дар биотехнология баён кунед.
    (ii) Вақте ки Meloidogyne incognita ҳуҷайраҳоро бо гени RNAi истеъмол мекунад, чӣ мешавад? [Деҳлӣ 2012]
    Ҷавоб. (i) Ферментҳои лигазаи ДНК барои пайваст кардани ду порчаи ДНК аз нӯги онҳо истифода мешаванд.
    (ii) Вақте ки Meloidogyne incognita (паразит) ҳуҷайраҳои дорои гени RNAi-ро истеъмол мекунад, паразит зинда монда наметавонад ва ин сироятро пешгирӣ мекунад. ДНК-и воридшуда ҳам РНК-и ҳис ва ҳам зидди ҳисро ташкил медиҳад. Ин ду ришта ба якдигар шакли sRNA пурракунанда буда, ба RNAi оварда мерасонанд. Ҳамин тариқ, мРНК-и нематод хомӯш карда мешавад ва паразит дар он ҷо зиндагӣ карда наметавонад. Ин растаниҳои тамокуи тобовар ба Meloidogyne incognita тавлид мекунад.

    23. (i) Сабаб ва системаи баданеро, ки аз норасоии ADA дар одамон зарар дидаанд, зикр кунед.
    (ii) Вектореро номбар кунед, ки барои интиқоли ADA-DNA ба ҳуҷайраҳои реципиент дар одамон истифода мешавад. Ҳуҷайраҳои қабулкунандаро номбар кунед. [Тамоми Ҳиндустон 2012]
    Ҷавоб. (i) ADA аз сабаби нест кардани ген барои деаминазаи аденозин ба вуҷуд омадааст. Аз ин сабаб системаи иммунии бадан таъсир мерасонад.
    (ii) Вектори ретровирусӣ барои интиқоли ADA-DNA ба ҳуҷайраҳои реципиенти инсон истифода мешавад.
    Ҳуҷайраҳои қабулкунанда - лимфоситҳо.

    24. Фањмонед, ки бемории ирсиро чї тавр ислоњ кардан мумкин аст. Аввалин кӯшиши бомуваффақияти ислоҳи чунин бемориро мисол оред? [Деҳлӣ 2011]
    ё
    Дар табобати беморони норасоии ADA чӣ гуна терапияи ген истифода мешавад? [Тамоми Ҳиндустон 2008C]
    Ҷавоб. Бемории ирсиро тавассути терапияи генӣ ислоҳ кардан мумкин аст. Ин маҷмӯи усулҳоест, ки ислоҳ ё иваз кардани гени ноқисро имкон медиҳад. Аввалин терапияи генӣ соли 1990 ба духтарчаи 4-сола бо норасоии аденозин-деаминаза (ADA) гузаронида шуд. Он аз сабаби нест кардани гени аденозиндеаминаза ба вуҷуд омадааст.
    Табобат қадамҳои зеринро дар бар мегирад:
    (i) Лимфоситҳо аз хуни бемор дар фарҳанг берун аз бадан парвариш карда мешаванд.
    (ii) Сипас ба ин лимфоситҳо як ADA функсионалии cDNA (бо истифода аз вектори вирусии ретро) ворид карда мешавад.
    (iii) Чунин лимфоситҳои аз ҷиҳати генетикӣ сохташуда ба хуни бемор баргардонида мешаванд.
    (iv) Инфузияи даврии чунин лимфоситҳои аз ҷиҳати генетикӣ сохташуда аз ҷониби бемор талаб карда мешавад.

    25. Технологияи рекомбинатии ДНК дар муайян кардани мавҷудияти гени мутант дар беморони саратон чӣ гуна кӯмак мерасонад? [Тамоми Ҳиндустон 2011c]
    Ҷавоб. ДНК ё РНК-и ягонаи ришта, ки бо молекулаи радиоактивӣ (зонд) нишон дода шудааст, иҷозат дода мешавад, ки бо ДНК-и комплементарии худ дар клони ҳуҷайраҳо гибридизатсия карда, бо истифода аз авторадиография муайян карда шавад.
    Клоне, ки гени мутатсияшуда дорад, дар филми аксбардорӣ пайдо намешавад, зеро зонд бо гени мутатсияшуда мукаммал нахоҳад шуд, бинобар ин, дар ошкор кардани мавҷудияти гени мутатсияшуда дар беморони саратон муфид хоҳад буд.

    26. Процесси интерференсияи РНК-ро шарњ дињед. [Деҳлӣ 2011]
    Ҷавоб. Раванди дахолати РНК (RNAi) бо хомӯш кардани mRNA мушаххас алоқаманд аст. Ин як усули муҳофизати ҳуҷайра дар ҳама эукариотҳо мебошад.
    (i) РНК-и комплементарӣ ба mRNA мепайвандад, ки онро дуқабата месозад ва тарҷумаи онро пешгирӣ мекунад.
    (ii) Ин РНК-и комплементарӣ метавонад аз сирояти вирусҳои дорои геномҳои РНК ё унсурҳои генетикии мобилӣ (транспозонҳо) бошад, ки тавассути миёнаравии РНК такрор мешаванд.
    (iii) Бо истифода аз векторҳои Agrobacterium, генҳои мушаххаси нематод ба растаниҳои мизбон ворид карда шуданд.
    (iv) Он дар ҳуҷайраҳои мизбон ҳам РНК-и ҳассос ва ҳам зидди ҳиссиёт истеҳсол мекунад.
    (v) Ин ду РНК, ки ба ҳамдигар мукаммал мебошанд, РНК-и дуқабата (dsRNA) -ро ташкил медиҳанд, ки RNAi-ро оғоз карда, mRNA-и мушаххаси нематодро хомӯш мекунанд.
    (vii) Аз ин сабаб, паразит дар як мизбони трансгенӣ, ки РНК-ро ифода мекунад, зинда монда натавонист. Ҳамин тариқ, растании трансгенӣ муҳофизат карда мешавад.

    27. Чаро воридшавии лимфоситҳои аз ҷиҳати генетикӣ сохташуда ба бемори норасоии ADA табобати доимӣ нест? Табобати доимии имконпазирро пешниҳод кунед. [Деҳлӣ 2010]
    Ҷавоб. Лимфоситҳои аз ҷиҳати генетикӣ сохташуда умри дароз доранд. Аз ин рӯ, бемор инфузияи даврии лимфоситҳои аз ҷиҳати генетикӣ сохташударо талаб мекунад, бинобар ин табобат доимӣ нест. Табобат метавонад доимӣ бошад, агар гени аз ҳуҷайраҳои мағзи иликӣ ҷудошуда, ки ADA тавлид мекунад, ба ҳуҷайраҳо дар марҳилаҳои аввали ҷанин ворид карда шавад.

    28. Эли Лили инсулини одамро чи тавр синтез кард? Як фарқияти байни ин инсулин ва инсулинеро, ки гадуди зери меъдаи инсон тавлид мекунад, қайд кунед. [Ҳамаи Ҳиндустон 2010]
    Ҷавоб. (I) Истеҳсоли инсулин аз ҷониби ширкати Эли Лилли
    (i) пайдарпаии ДНК, ки ба ду полипептид, А ва В-занҷири инсулин мувофиқанд, дар vitro синтез карда мешаванд.
    (ii) Онҳо ба ДНК плазмиди E. coli ворид карда мешаванд.
    (iii) Ин бактерия дар шароити мувофиқ клон карда мешавад.
    (iv) Трансген дар шакли полипептидҳои А ва В ифода карда мешавад, ки ба муҳити атроф ҷудо карда мешаванд.
    (v) Онҳо бо роҳи сохтани пули дисульфидӣ барои ташаккули инсулини инсон истихроҷ карда мешаванд.
    (II) Тафовут байни инсулини аз ҷониби rDNA тавлидшуда ва инсулини аз гадуди зери меъда тавлидшуда инҳоянд:
    29. Чӣ тавр пахтаи Bt барои муқовимат ба кирми гуза сохта мешавад? [Деҳлӣ 2010C]
    Ҷавоб. Генҳои токсинҳои Bt cryI Ac ва cryllAb кирми гузаро назорат мекунанд. Ин генҳо аз бактерия ҷудо шуда, ба растаниҳои пахта дохил мешаванд.
    "Генҳои гирякунанда" дар Bacillus thuringiensiscodes барои сафедаҳои заҳрноки инсектисидӣ, ки ҳамчун прототоксинҳои ғайрифаъол мавҷуданд.
    Ин протеинҳо ҳангоми дар зироатҳои пахта ба воситаи муҳандисии генетикӣ ифодашуда ба ҳашароти зараррасон бар зидди кирми гуза муқовимат мекунанд ва зарарро пешгирӣ мекунанд. Чун кирми ин ҳашарот ҳангоми ғизо додан ба қисмҳои растании пахта, токсин дар рӯдаи онҳо фаъол шуда, ҳуҷайраҳои онҳоро пароканда мекунад ва ба ин васила ба марг оварда мерасонад ва онҳоро ба ҳашароти зараррасон тобовар месозад.

    30. Ягон чор бартарии организмҳои аз ҷиҳати генетикӣ тағйирёфта (GMOs) таъкид кунед. [Хориҷӣ 2009 Тамоми Ҳиндустон 2008C]
    1. Афзалиятҳои GMO инҳоянд:
    (i) Таҳаммулпазирӣ ба фишорҳои абиотикӣ, аз қабили сард, хушксолӣ, намак, гармӣ.
    (ii) вобастагӣ аз пеститсидҳои кимиёвиро коҳиш медиҳад.
    (iii) Кам кардани талафоти баъди ҷамъоварии ҳосил.
    (iv) Баланд бардоштани самаранокии истифодаи маъданҳо аз ҷониби растаниҳо. Афзалиятҳои GMO инҳоянд
    31. Се усули ташхиси молекулавиро номбар кунед, ки барои ошкор кардани микроорганизмҳои патогенӣ аз беморони гумонбаршуда кӯмак мерасонанд, Як бартарии ин усулҳоро нисбат ба усулҳои анъанавӣ зикр кунед. [Деҳлӣ 2009c]
    Ҷавоб. Усулҳои ташхиси молекулавии патогенҳо инҳоянд:
    (i) Реаксияи занҷири полимеразӣ (PCR).
    (ii) Технологияи рекомбинатии ДНК.
    (iii) Таҳлили иммуносорбенти бо фермент алоқаманд (ELISA).
    Бартарии ин усулҳо дар он аст, ки онҳо дар ошкор ва муолиҷаи бемориҳо, ки бо ташхиси муқаррарӣ имконнопазир аст, кумак мекунанд.

    32. ELISA -ро васеъ кунед. Санҷиши ELISA ба кадом принсип асос ёфтааст? Ду роҳи муайян кардани сироятро номбар кунед бо ин озмоиш. [Тамоми Ҳиндустон 2009C]
    Ҷавоб. ELISA & # 8211 Таҳлили ферментҳои вобаста ба иммуносорбент.
    ELISA ба таъсири мутақобилаи антиген ва антитело асос ёфтааст.
    Ду роҳи муайян кардани мавҷудияти сироят ё беморӣ тавассути ELISA инҳоянд:
    (i) Мавҷудияти антигенҳо (сафедаҳо, гликопротеинҳо ва ғ.) ошкор карда мешаванд.
    (ii) Антителоҳое, ки бар зидди патоген тавлид мешаванд, ошкор карда мешаванд.

    3 Саволҳои баҳо

    33. Чӣ тавр раванди дахолати РНК барои мубориза бо нематод аз сироят кардани решаҳои растании тамоку кӯмак кард.
    Ҷавоб. Вақте ки нематод решаҳои растаниҳои тамокуро сироят мекунад ва ба ҳуҷайраҳои дорои гени RNAi ғизо медиҳад. Ин ДНК ҳам РНК-и ҳассос ва ҳам зидди ҳиссиётро дар ҳуҷайраҳои мизбон (ниҳоли тамоку) ба вуҷуд овард ва ба mRNA-и функсионалии нематод пурракунанда аст. Ин комплементарӣ байни ҳарду РНК онро дуқабата месозад ва аз ин рӯ ба сафеда табдил наёфтан хомӯш мешавад. Даалат ба ифодаи РНК ва синтези сафеда зинда мондани патогенро дар растаниҳои тамоку мушкил мекунад ва аз ин рӯ кушта мешавад. Бо ин роҳ дахолати РНК сирояти нематодро муҳофизат ва назорат мекунад.

    34. Растании њосилкунанда ва ќисми онро номбар кунед, ки Meloidogyne incognita сироят мекунад. Нақши агробактерияҳоро дар истеҳсоли dsRNA дар корхонаи мизбон. [Деҳлӣ 2014C]
    Ҷавоб. Нематоди Meloidogyne incognita решаи растании тамокуро сироят мекунад.
    Агробактерияҳо ҳамчун векторҳое истифода мешаванд, ки генҳои мушаххаси нематодро доранд, ки дар растании мизбон ворид карда мешаванд. Ин генҳо ҳангоми ифода дар дохили растании мизбон риштаҳои РНК-и ҳассос ва зидди ҳассосро ба вуҷуд меоранд, ки ба mRNA функсионалии нематод илова мекунанд. Ин пайвастшавӣ ба ташаккули РНК-и дуқабата оварда мерасонад ва тарҷумаи РНК-и муайяншударо бозмедорад ё хомӯш мекунад. Ин раванд интерференсияи РНК номида мешавад.

    35. Хашароти зараррасонеро номбар кунед, ки куракхои пахтаро нест мекунад. Роли Bacillus thuringiensis-ро дар мухофизати хосили пахта аз хашароти зараррасон барои баланд бардоштани хосил фахмонед. [Тамоми Ҳиндустон 2013]
    ё
    Заводи Btcotton чӣ гуна ҳамчун як заводи GM сохта шудааст? Он аз сирояти кирми гул чӣ гуна муҳофизат карда мешавад? [Деҳлӣ 2013C]
    Ҷавоб. Хашароти зараррасоне, ки куракхои пахтаро нест мекунад, кирми гуза ва курак мебошанд. Пахтаи Bt тавассути истифодаи баъзе штаммҳои бактерия, Bacillus thuringiensis (шакли кӯтоҳи Btis) сохта шудааст.
    (i) Ин бактерия протеин тавлид мекунад, ки ҳашароти муайянеро, аз қабили лепидоптеранҳо (кирми тамоку ва кирми арми), колеоптеранҳо (гамбӯсакҳо) ва диптеранҳоро (пашаҳо ва магасҳо) мекушанд.
    (ii) Bacillus thuringiensis дар марҳилаи мушаххаси афзоиши онҳо кристаллҳои сафедаҳоро ташкил медиҳад. Ин кристаллҳо дорои протеини заҳрноки инсектисид мебошанд.
    (iii) Протеини токсин Bt ҳамчун протоксинҳои ғайрифаъол мавҷуд аст, аммо вақте ки ҳашарот токсинҳои ғайрифаъолро ворид мекунад, аз ҳисоби рН-и ишқории рӯда, ки кристалҳоро ҳал мекунад, ба шакли фаъол мубаддал мешавад.
    (iv) Токсини фаъолшуда ба сатҳи ҳуҷайраҳои эпителиалии миёнаи рӯда мепайвандад ва сӯрохҳоро ба вуҷуд меорад, ки боиси варами ҳуҷайра ва лизис мегардад, ки боиси марги ҳашарот мегардад.
    (v) Генҳои мушаххаси Bttoxin аз Bacillus thuringiensis ҷудо карда шуда, ба якчанд растаниҳои зироатӣ дохил карда шуданд.
    (vi) Аксари Бттоксинҳо ба гурӯҳи ҳашарот хосанд. Аз ин рӯ, токсин аз ҷониби ген бо номи гиря рамзгузорӣ карда мешавад. Масалан, сафедаҳое, ки генҳо рамзгузорӣ шудаанд, I Ac гиря мекунанд ва lAb гиря мекунанд, кирми гузаро назорат мекунанд ва lAb гиряи ҷуворимаккаро назорат мекунанд.

    36. Генҳоеро номбар кунед, ки растаниҳои пахтаи Bt-ро ба ҳамлаи кирми гуза тобовар мегардонанд. Фаҳмонед. [Деҳлӣ 2012]
    Ҷавоб. Генҳо IAc гиря мекунанд ва cryIIAb кирми гузаро назорат мекунанд.
    "Генҳои гирякунанда" дар Bacillus thuringiensiscodes барои сафедаҳои заҳрноки инсектисидӣ, ки ҳамчун прототоксинҳои ғайрифаъол мавҷуданд.
    Ин протеинҳо ҳангоми дар зироатҳои пахта ба воситаи муҳандисии генетикӣ ифодашуда ба ҳашароти зараррасон бар зидди кирми гуза муқовимат мекунанд ва зарарро пешгирӣ мекунанд. Чун кирми ин ҳашарот ҳангоми ғизо додан ба қисмҳои растании пахта, токсин дар рӯдаи онҳо фаъол шуда, ҳуҷайраҳои онҳоро пароканда мекунад ва ба ин васила ба марг оварда мерасонад ва онҳоро ба ҳашароти зараррасон тобовар месозад.

    37. (i) Растаниҳои тамоку ҳангоми гирифтор шудан бо бемории Meloidogyne incognita ба таври ҷиддӣ осеб мебинанд. Стратегияеро, ки барои боздоштани ин сироят қабул шудааст, номбар кунед ва шарҳ диҳед,
    (ii) Вектореро номбар кунед, ки барои ворид кардани гени мушаххаси нематод дар растании тамоку истифода мешавад. [Тамоми Ҳиндустон 2012]
    ё
    Чӣ тавр дахолати РНК дар рушди муқовимат ба растании тамоку бар зидди сирояти нематод кӯмак мекунад? [Деҳлӣ 2010]
    Ҷавоб. (i) Бо истифода аз дахолати РНК сирояти растании тамокуро қатъ кардан мумкин аст
    (RNAi) раванд.
    Раванди RNAi
    Раванди дахолати РНК (RNAi) бо хомӯш кардани mRNA мушаххас алоқаманд аст. Ин як усули муҳофизати ҳуҷайра дар ҳама эукариотҳо мебошад.
    (i) РНК-и комплементарӣ ба mRNA мепайвандад, ки онро дуқабата месозад ва тарҷумаи онро пешгирӣ мекунад.
    (ii) Ин РНК-и комплементарӣ метавонад аз сирояти вирусҳои дорои геномҳои РНК ё унсурҳои генетикии мобилӣ (транспозонҳо) бошад, ки тавассути миёнаравии РНК такрор мешаванд.
    (iii) Бо истифода аз векторҳои Agrobacterium, генҳои мушаххаси нематод ба растаниҳои мизбон ворид карда шуданд.
    (iv) Он дар ҳуҷайраҳои мизбон ҳам РНК-и ҳассос ва ҳам зидди ҳиссиёт истеҳсол мекунад.
    (v) Ин ду РНК, ки ба ҳамдигар мукаммал мебошанд, РНК-и дуқабата (dsRNA) -ро ташкил медиҳанд, ки RNAi-ро оғоз карда, mRNA-и мушаххаси нематодро хомӯш мекунанд.
    (vii) Аз ин сабаб, паразит дар як мизбони трансгенӣ, ки РНК-ро ифода мекунад, зинда монда натавонист. Ҳамин тариқ, растании трансгенӣ муҳофизат карда мешавад.
    (ii) Векторе, ки барои ворид кардани гени мушаххаси нематод дар растании тамоку истифода мешавад
    аст Агробактерия.

    38. Чӣ гуна биотехнология дар тавлиди растании тамокуи тобовари Meloidogyne incognita кумак кард?
    (ii) Чаро ин нематод ҳангоми хӯрдани чунин растании GM мемирад? [Деҳлӣ 2010C]
    Ҷавоб. (i) Вақте ки Meloidogyne incognita (паразит) ҳуҷайраҳои дорои гени RNAi-ро истеъмол мекунад, паразит зинда монда наметавонад ва ин сироятро пешгирӣ мекунад. ДНК-и воридшуда ҳам РНК-и ҳис ва ҳам зидди ҳисро ташкил медиҳад. Ин ду ришта ба якдигар шакли sRNA пурракунанда буда, ба RNAi оварда мерасонанд. Ҳамин тариқ, мРНК-и нематод хомӯш карда мешавад ва паразит дар он ҷо зиндагӣ карда наметавонад. Ин растаниҳои тамокуи тобовар ба Meloidogyne incognita тавлид мекунад.
    (ii) Бо сабаби раванди RNAi, mRNA мушаххаси нематод хомӯш карда мешавад. Натиҷа ин аст, ки паразит ҳангоми хӯрдани чунин ГМ ё растании трансгенӣ (мизбон) зинда монад, ки РНК-и мушаххаси интерферентиро ифода мекунад.

    39. Таъсири несткунии гени ADA-ро дар шахси фард фахмонед.
    (ii) Чӣ тавр терапияи ген дар ин ҳолат кӯмак мекунад? [Тамоми Ҳиндустон 2010c]
    Ҷавоб. (i) Нобудшавии ген барои ADA дар як шахс боиси ихтилоли норасоии ADA мегардад. Ферментҳои аденозин деаминаза (ADA) барои фаъолияти системаи иммунӣ муҳим аст.
    (ii) Табобати ген дар сурати норасоии ADA муфид аст.
    Бемории ирсиро тавассути терапияи генӣ ислоҳ кардан мумкин аст. Ин маҷмӯи усулҳоест, ки ислоҳ ё иваз кардани гени ноқисро имкон медиҳад. Аввалин терапияи генӣ соли 1990 ба духтарчаи 4-сола бо норасоии аденозин-деаминаза (ADA) гузаронида шуд. Он аз сабаби нест кардани гени аденозиндеаминаза ба вуҷуд омадааст.
    Табобат қадамҳои зеринро дар бар мегирад:
    (i) Лимфоситҳо аз хуни бемор дар фарҳанг берун аз бадан парвариш карда мешаванд.
    (ii) Сипас ба ин лимфоситҳо як ADA функсионалии cDNA (бо истифода аз вектори вирусии ретро) ворид карда мешавад.
    (iii) Чунин лимфоситҳои аз ҷиҳати генетикӣ сохташуда ба хуни бемор баргардонида мешаванд.
    (iv) Инфузияи даврии чунин лимфоситҳои аз ҷиҳати генетикӣ сохташуда аз ҷониби бемор талаб карда мешавад.

    40. Плазмид барои биотехнология фоидаовар аст. Ин изҳоротро бо истинод ба истеҳсоли инсулини инсон ҳамчун мисол асоснок кунед. [Тамоми Ҳиндустон 2009]
    Ҷавоб. Плазмид як ДНК-и даврии иловагии хромосомаи мустақилона такроршаванда мебошад, ки дар ҳуҷайраҳои бактериявӣ мавҷуд аст. Азбаски он метавонад дар дохили ҳуҷайраи бактериявӣ такрор шавад, он ҳамчун вектор дар технологияи rDNA истифода мешавад.
    Истеҳсоли занҷирҳои полипептидҳои инсулин дар алоҳидагӣ аз ҷониби плазмидҳои E. coli ба истеҳсоли сунъии инсулини баркамол имкон дод.
    (I) Истеҳсоли инсулин аз ҷониби ширкати Эли Лилли
    (i) пайдарпаии ДНК, ки ба ду полипептид, А ва В-занҷири инсулин мувофиқанд, дар vitro синтез карда мешаванд.
    (ii) Онҳо ба ДНК плазмиди E. coli ворид карда мешаванд.
    (iii) Ин бактерия дар шароити мувофиқ клон карда мешавад.
    (iv) Трансген дар шакли полипептидҳои А ва В ифода карда мешавад, ки ба муҳити атроф ҷудо карда мешаванд.
    (v) Онҳо бо роҳи сохтани пули дисульфидӣ барои ташаккули инсулини инсон истихроҷ карда мешаванд.
    Тафовут байни инсулини аз ҷониби rDNA тавлидшуда ва инсулини аз гадуди зери меъда тавлидшуда инҳоянд:
    41. Сарчашма ва навъҳои генҳои кри аз он ҷудошударо номбар кунед, ки аз ҷониби биотехнологҳо ба зироатҳо ворид карда мешаванд. Фаҳмонед, ки чӣ гуна ин генҳо дар Зироатҳои аз ҷиҳати генетикӣ тағирёфта тағйироти судманд оварданд. [Тамоми Ҳиндустон 2009]
    Ҷавоб. Сарчашмааш Bacillus thuringiensis мебошад.
    Намудҳои кригенҳо IAc гиря мекунанд, IIAb гиря мекунанд, lAb гиря мекунанд.
    Тағйироте, ки генҳои гиря дар зироатҳои GM ба вуҷуд омадаанд:
    (i) Генҳои гиря барои сафедаҳои кристаллӣ, ки токсинҳои Bt доранд, рамзгузорӣ мекунанд.
    (ii) токсин Bt ҳамчун протоксини ғайрифаъол мавҷуд аст ва дар рН ишқории рӯдаи ҳашарот ба шакли фаъол (токсин) мубаддал мешавад.
    (iii) Токсини фаъолшуда ба ҳуҷайраҳои эпителиалӣ, ки рӯи рӯдаи мобайниро пӯшонидаанд, мепайвандад ва сӯрохҳоро ба вуҷуд меорад, ки боиси варам ва лизиси ҳуҷайраҳо мешаванд ва дар ниҳоят боиси марги ҳашарот мегардад.
    (iv) Ҳамин тариқ, зироатҳои GM бар зидди ҳашароти зараррасон муқовимат нишон медиҳанд.

    42. Ширкати Эли Лилӣ барои тайёр кардани инсулини инсон чӣ гуна кор кард? Ҳамин тариқ, инсулини тавлидшуда аз инсулини гени функсионалии инсулини инсон чӣ фарқ дорад? [Хориҷӣ 2009]
    Ҷавоб.Истеҳсоли инсулин аз ҷониби ширкати Эли Лилли
    (i) пайдарпаии ДНК, ки ба ду полипептид, А ва В-занҷири инсулин мувофиқанд, дар vitro синтез карда мешаванд.
    (ii) Онҳо ба ДНК плазмиди E. coli ворид карда мешаванд.
    (iii) Ин бактерия дар шароити мувофиқ клон карда мешавад.
    (iv) Трансген дар шакли полипептидҳои А ва В ифода карда мешавад, ки ба муҳити атроф ҷудо карда мешаванд.
    (v) Онҳо бо роҳи сохтани пули дисульфидӣ барои ташаккули инсулини инсон истихроҷ карда мешаванд.
    Тафовут байни инсулини аз ҷониби rDNA истеҳсолшуда ва инсулини аз гадуди зери меъда тавлидшуда инҳоянд:
    43. Протеинҳои Cry кадомҳоянд? Организмеро, ки онро тавлид мекунад, номбар кунед. Инсон ин протеинро чӣ гуна ба манфиати худ истифода кардааст? [Деҳлӣ 2009c]
    Ҷавоб. Крипротеин (протеини кристалл) як токсинест, ки бо фарёди ген рамзгузорӣ шудааст ва барои баъзе ҳашарот заҳрнок аст. Ҳамин тариқ, муқовимат ба растаниҳо бар зидди ҳашарот таъмин.
    Bacillus thuringiensis протеини гиря тавлид мекунад.
    Ген тавлидкунандаи сафедаи гиря ба растанӣ интиқол дода мешавад, то ба кирми ҳашарот муқовимат нишон диҳад. Одам тавассути ворид кардани ин генҳо аз бактерияҳо ба растаниҳои зироатӣ, аз қабили Bt пахта, Bt ҷуворимакка ва ғайра якчанд зироатҳои трансгениро таҳия кардааст.

    5 Саволҳои баҳо

    44. Манбае, ки пештар аз он инсулин гирифта шуда буд, номбар кунед. Чаро ин инсулин аз ҷониби одамони гирифтори диабет истифода намешавад?
    (ii) Раванди синтези инсулинро аз ҷониби ширкати EH Lilly шарҳ диҳед. Техникаеро, ки ширкат истифода мебарад, номбар кунед.
    (iii) Инсулини бадани инсон аз инсулини истеҳсолкардаи ширкати дар боло зикршуда чӣ фарқ дорад? [Тамоми Ҳиндустон 2011]
    ё
    (i) Инсулини баркамол аз проинсулин аз гадуди зери меъда дар инсон чӣ фарқ дорад?
    (ii) Фаҳмонед, ки чӣ тавр инсухни функсионалии инсон бо истифода аз технологияи rDNA тавлид шудааст.
    (iii) Чаро инсулини функсионалии ба ин васила тавлидшуда нисбат ба инсулинҳое, ки қаблан беморони гирифтори диабет истифода мешуданд, беҳтар ҳисобида мешаванд? [Деҳлӣ 2009]
    Ҷавоб. (I) Инсулин қаблан аз гадуди ғадуди хукҳо ва ҳайвоноти чорвои кушташуда гирифта мешуд. Инсулин, ки аз ин манбаъҳо гирифта шудааст, ба сафедаи хориҷӣ баъзе аллергия ё аксуламалҳои дигарро ба вуҷуд овард.
    (II) Истеҳсоли инсулини инсон аз ҷониби ширкати Эли Лилли.
    Истеҳсоли инсулин аз ҷониби ширкати Эли Лилли
    (i) пайдарпаии ДНК, ки ба ду полипептид, А ва В-занҷири инсулин мувофиқанд, дар vitro синтез карда мешаванд.
    (ii) Онҳо ба ДНК плазмиди E. coli ворид карда мешаванд.
    (iii) Ин бактерия дар шароити мувофиқ клон карда мешавад.
    (iv) Трансген дар шакли полипептидҳои А ва В ифода карда мешавад, ки ба муҳити атроф ҷудо карда мешаванд.
    (v) Онҳо бо роҳи сохтани пули дисульфидӣ барои ташаккули инсулини инсон истихроҷ карда мешаванд.
    Тафовут байни инсулини аз ҷониби rDNA тавлидшуда ва инсулини аз гадуди зери меъда тавлидшуда инҳоянд:
    />Ширкат барои ин технологияи rDNA-ро истифода бурд.
    (III) Истеҳсоли инсулин аз ҷониби ширкати Эли Лилли
    (i) пайдарпаии ДНК, ки ба ду полипептид, А ва В-занҷири инсулин мувофиқанд, дар vitro синтез карда мешаванд.
    (ii) Онҳо ба ДНК плазмиди E. coli ворид карда мешаванд.
    (iii) Ин бактерия дар шароити мувофиқ клон карда мешавад.
    (iv) Трансген дар шакли полипептидҳои А ва В ифода карда мешавад, ки ба муҳити атроф ҷудо карда мешаванд.
    (v) Онҳо бо роҳи сохтани пули дисульфидӣ барои ташаккули инсулини инсон истихроҷ карда мешаванд.
    Тафовут байни инсулини аз ҷониби rDNA истеҳсолшуда ва инсулини аз гадуди зери меъда тавлидшуда инҳоянд:
    />45. Раванди тавлиди растании тамокуи ба нематод тобоварро бо истифода аз техникаи генетики номбар кунед. Стратегияеро, ки барои рушди чунин растаниҳо қабул шудааст, шарҳ диҳед. [Хориҷӣ 2011,2009 Тамоми Ҳиндустон 2009,2008]
    Ҷавоб. Раванде, ки дар истеҳсоли растаниҳои тамоку ба нематод тобовар аст, дахолати RNA (RNAi) номида мешавад, ки хомӯш кардани mRNA-и мушаххасро дар бар мегирад.

    46. ​​Яке аз вазифаҳои асосии биотехнология кам кардани истифодаи инсектисидҳо дар зироатҳои кишт мебошад. Бо ёрии мисоли мувофиқ фаҳмонед, ки чӣ тавр бо истифода аз усулҳои биотехнология зироатҳои ба ҳашарот тобовар ба вуҷуд оварда шудаанд. [Деҳлӣ 2009 Хориҷӣ 2008]
    Ҷавоб. Хашароти зараррасоне, ки куракхои пахтаро нест мекунад, кирми гуза ва курак мебошанд. Пахтаи Bt тавассути истифодаи баъзе штаммҳои бактерия, Bacillus thuringiensis (шакли кӯтоҳи Btis) сохта шудааст.
    (i) Ин бактерия протеин тавлид мекунад, ки ҳашароти муайянеро, аз қабили лепидоптеранҳо (кирми тамоку ва кирми арми), колеоптеранҳо (гамбӯсакҳо) ва диптеранҳоро (пашаҳо ва магасҳо) мекушанд.
    (ii) Bacillus thuringiensis дар марҳилаи мушаххаси афзоиши онҳо кристаллҳои сафедаҳоро ташкил медиҳад. Ин кристаллҳо дорои протеини заҳрноки инсектисид мебошанд.
    (iii) Протеини токсин Bt ҳамчун протоксинҳои ғайрифаъол мавҷуд аст, аммо вақте ки ҳашарот токсинҳои ғайрифаъолро ворид мекунад, аз ҳисоби рН-и ишқории рӯда, ки кристалҳоро ҳал мекунад, ба шакли фаъол мубаддал мешавад.
    (iv) Токсини фаъолшуда ба сатҳи ҳуҷайраҳои эпителиалии миёнаи рӯда мепайвандад ва сӯрохҳоро ба вуҷуд меорад, ки боиси варами ҳуҷайра ва лизис мегардад, ки боиси марги ҳашарот мегардад.
    (v) Генҳои мушаххаси Bttoxin аз Bacillus thuringiensis ҷудо карда шуда, ба якчанд растаниҳои зироатӣ дохил карда шуданд.
    (vi) Аксари Бттоксинҳо ба гурӯҳи ҳашарот хосанд. Аз ин рӯ, токсин аз ҷониби ген бо номи гиря рамзгузорӣ карда мешавад. Масалан, сафедаҳое, ки генҳо рамзгузорӣ шудаанд, I Ac гиря мекунанд ва lAb гиря мекунанд, кирмҳои барги пахтаро назорат мекунанд ва lAb ҷуворимаккаро назорат мекунанд.

    47. Номи ферменти ADA-ро васеъ кунед. Чаро фермент дар бадани инсон муҳим аст? Барои норасоии он табобати генро пешниҳод кунед. [Тамоми Ҳиндустон 2009]
    Ҷавоб. ADA-Аденозин деаминаза. Он барои фаъолияти дурусти системаи иммунӣ зарур аст.
    Табобати ген барои норасоии ADA инҳоянд:
    Табобати ген дар сурати норасоии ADA муфид аст.
    Бемории ирсиро тавассути терапияи генӣ ислоҳ кардан мумкин аст. Ин маҷмӯи усулҳоест, ки ислоҳ ё иваз кардани гени ноқисро имкон медиҳад. Аввалин терапияи генӣ соли 1990 ба духтарчаи 4-сола бо норасоии аденозин-деаминаза (ADA) гузаронида шуд. Он аз сабаби нест кардани гени аденозиндеаминаза ба вуҷуд омадааст.
    Табобат қадамҳои зеринро дар бар мегирад:

    (i) Лимфоситҳо аз хуни бемор дар фарҳанг берун аз бадан парвариш карда мешаванд.
    (ii) Сипас ба ин лимфоситҳо як ADA функсионалии cDNA (бо истифода аз вектори вирусии ретро) ворид карда мешавад.
    (iii) Чунин лимфоситҳои аз ҷиҳати генетикӣ сохташуда ба хуни бемор баргардонида мешаванд.
    (iv) Инфузияи даврии чунин лимфоситҳои аз ҷиҳати генетикӣ сохташуда аз ҷониби бемор талаб карда мешавад.

    48. Норасоии ADA чист? Се усули табобати онро тавсиф кунед. [Тамоми Ҳиндустон 2009]
    Ҷавоб. Норасоии ADA аз сабаби нест кардани ген барои деаминазаи аденозин ба амал меояд.
    Усулҳои табобати норасоии ADA инҳоянд:
    (и) Усули 1 Дар баъзе мавридҳо, онро метавон тавассути трансплантатсияи мағзи устухон ва терапияи ивазкунандаи фермент табобат кард, аммо он пурра табобат намекунад.
    (ii) усули 2 Лимфоситҳо аз хуни бемор дар фарҳанг ва функсионалии ADA парвариш карда шуданд, cDNA дар ин лимфоситҳо бо истифода аз вектори ретровирусӣ ворид карда шуд. Пас аз он лимфоситҳо ба бадани бемор интиқол дода шуданд. Инфузияи даврии чунин лимфоситҳои аз ҷиҳати генетикӣ сохташуда анҷом дода мешавад, зеро ин ҳуҷайраҳо мурдаанд.
    (iii) Усули 3-ум Ин усули доимӣ аст. Генҳои аз ҳуҷайраҳои мағзи устухон ҷудошуда, ки ADA тавлид мекунанд, дар марҳилаи аввали ҷанин ба ҳуҷайраҳо ворид карда мешаванд.

    49. (i) Плазмид чист? (ii) Норасоии ADA чӣ маъно дорад? Чӣ тавр табобати генӣ ҳалли ин мушкилот аст? Чаро он табобати доимӣ нест? [Деҳлӣ 2008 Хориҷӣ 2008]
    Ҷавоб. (i) Плазмид як молекулаи иловагии хромосомӣ, худпликатсияшаванда, даврашакл ва дуқатор ДНК мебошад, ки табиатан дар бактерияҳо пайдо мешавад.
    (ii) Норасоии ADA аз сабаби нест кардани гени ферменти аденозиндеаминаза ба амал меояд. Ин фермент барои фаъолияти системаи иммунии одамон муҳим аст.
    Дар табобати ген, лимфоситҳо аз хуни беморон дар фарҳанг берун аз бадан парвариш карда мешаванд. Пас аз он ADA-и функсионалӣ, cDNA бо истифода аз вектори ретровирусӣ ба лимфоситҳо ворид карда мешавад. Баъдан ин лимфоситҳо ба бемор баргардонида мешаванд.
    Азбаски ин ҳуҷайраҳо ҷовидона нестанд, бемор ба инфузияи даврии чунин лимфоситҳои аз ҷиҳати генетикӣ муҳандисишуда ниёз дорад.

    50. (i) Чаро Bacillus thuringiensis барои рушди растаниҳои GM мувофиқ ҳисобида мешавад?
    (ii) Фаҳмонед, ки чӣ тавр он барои рушди зироатҳои GM истифода шудааст. (хориҷӣ 2008)
    Ҷавоб. (ii) Bacillus thuringiensis протеинро ба вуҷуд меорад, ки барои кирми ҳашарот заҳролуд аст, ба монанди кирми гиёҳ, пашша, гамбӯсак ва ғ. Ген Bttoxin аз бактерияҳо клон карда мешавад ва дар растаниҳо барои муқовимат ба ҳашарот бе зарурат муқовимат мекунад. инсектисидҳои химиявӣ.
    (ii) Усули рушди растаниҳои GM дар бар мегирад
    (а) рамзгузории криген барои сафедаҳо бо истифода аз ферментҳои маҳдудкунанда ҷудо карда шудааст. Онҳо дар векторҳо клон карда мешаванд ва сипас ба растаниҳои зироатҳои дилхоҳ ворид карда мешаванд. Намудҳои гуногуни кригенҳо, ки крипротеинҳои хоси ҳашаротро рамз мекунанд, crylAc ва cryllAb мебошанд, ки кирми гузаро назорат мекунанд. crylAb ҷуворимаккаро назорат мекунад.
    (б) Растаниҳои трансгенӣ, яъне Bt пахта, Bt ҷуворимакка, Bt биринҷ дар ҳуҷайраҳои худ сафеда тавлид мекунанд ва ба ҳашароти зараррасон муқовимат мекунанд.

    51. (i) Чаро баъзе растаниҳои пахтаро растаниҳои пахтаи Bt меноманд?
    (ii) Фаҳмонед, ки чӣ тавр Bt пахта ба ҳашароти зараррасон тобовар аст. [Деҳлӣ 2008C]
    Ҷавоб. (i) Растаниҳои Btcotton растаниҳои аз ҷиҳати генетикӣ тағирёфта мебошанд, ки дорои криген аз Bacillus thuringiensis (Bt) гирифта шудаанд. Bttoxin аз ҷониби криген рамзгузорӣ карда мешавад ва аз ҷониби бактерияи Bacillus thuringiensis (Bt) истеҳсол мешавад.
    (ii) Генҳои махсуси токсинҳои Bt аз ин бактерия ҷудо карда шуданд ва ба якчанд растаниҳои зироатӣ, аз қабили пахта, барои муқовимат ба ҳашарот ва ҳашароти зараррасон дохил карда шуданд.
    Аз ин рӯ, ин растании пахтаи дорои генҳои Bt номида мешавад.
    Генҳои токсинҳои Bt IAc гиря мекунанд ва гиря мекунанд II Ab кирмҳои барги пахтаро назорат мекунанд. Ин генҳо аз бактерия ҷудо шуда, ба растаниҳои пахта дохил мешаванд.
    "Генҳои гирякунанда" дар Bacillus thuringiensiscodes барои сафедаҳои заҳрноки инсектисидӣ, ки ҳамчун прототоксинҳои ғайрифаъол мавҷуданд.
    Ин протеинҳо ҳангоми дар зироатҳои пахта ба воситаи муҳандисии генетикӣ ифодашуда ба ҳашароти зараррасон бар зидди кирми гуза муқовимат мекунанд ва зарарро пешгирӣ мекунанд. Чун кирми ин ҳашарот ҳангоми ғизо додан ба қисмҳои растании пахта, токсин дар рӯдаи онҳо фаъол шуда, ҳуҷайраҳои онҳоро пароканда мекунад ва ба ин васила ба марг оварда мерасонад ва онҳоро ба ҳашароти зараррасон тобовар месозад.


    Ташаккур

    Тадқиқоти мазкур аз ҷониби дастгириҳои зерин амалӣ карда шуд: Грантҳо барои тадқиқоти илмии эҷодӣ (№ 18GS0313 ба HT), Тадқиқоти илмӣ оид ба самтҳои афзалиятнок (№ 19060002 то HT № 19060001 ба MS), Тадқиқоти илмӣ (A) (№ 17207005 ба HT ва GH) Донишгоҳи Сидней (ба MEB) Deutsche Forschungsgemeinschaft (Le1412-3/1) ва Институти пешбурди инноватсия тавассути илм ва технология дар Фландрия барои стипендияҳои докторӣ ва постдокторӣ ва FP7-Мари Кюри барномаи идрорпулии IEF MC-273068 ба ҳамкорони MVL Муаллифон ба Кумитаи тадорукоти IBC 2011 изҳори сипос мекунанд, то ба онҳо имкон диҳанд, ки симпозиумеро, ки дар натиҷаи ин мақола баррасӣ шуд, диҳанд.


    МУАЙЯН КАРДАНИ БАКТЕРИЯ ИСТИФОДА БАРОИ 16S РРНА

    Бактерияҳо ё изолятҳои номаълум бо профилҳои номуайян.

    Яке аз ҷолибтарин истифодаҳои потенсиалии информатикаи пайдарпаии генҳои 16S rRNA ин таъмини ҷинсҳо ва намудҳо барои изолятҳое мебошад, ки ба ягон профили биохимиявии эътирофшуда мувофиқат намекунанд, барои штаммҳое, ки танҳо эҳтимолияти кофии генофондиро тавлид мекунанд ё мувофиқан қобили қабуланд. ба системаҳои тиҷоратӣ ё барои таксонҳое, ки бо бемориҳои сироятии одамон хеле кам алоқаманданд. Натиҷаҳои ҷамъбастии шумораи маҳдуди таҳқиқот то ба имрӯз нишон медиҳанд, ки пайдарпайии генҳои 16S rRNA дар аксари ҳолатҳо (& # x0003e90 & # x00025 }, аммо камтар нисбат ба намудҳо (65 то 83 & # x00025), аз 1 то 14& #x00025 аз изолятҳое, ки пас аз санҷиш номаълум боқӣ мондаанд (5, 11, 17). Мушкилоте, ки дар дарёфти ҷинс ва намудҳо дучор мешаванд, эътирофи таксонҳои нав, пайдарпаии аз ҳад зиёд дар пойгоҳи нуклеотидҳо ҷойгиршуда, намудҳое, ки пайдарпаии шабеҳ ва/ё якхелаи 16S rRNA-ро мубодила мекунанд ё мушкилоти номенклатурае, ки аз геномоварҳои сершумори ба як намуд ё комплексҳо таъиншуда бармеоянд, иборатанд.


    Видеоро тамошо кунед: КЛИПИ НАВИ АЛИШЕР НАБИЕВ БОЗ ҲАМАРО БА ГИРЯ ОВАРД! МОДАРАМ НАДИД 2021 (Ноябр 2022).